進入東漢以後，事情發生了變化。首先是尚書檯過於龐大，已經成爲準外朝的官僚機構，特別是太尉領尚書事之後，尚書檯幾乎變成了另一種意義上的相府，只不過是跟皇帝關係過於密切的相府，等於是將原來中朝官的一大部分職能分離了出去。其次，鑑於西漢末年王莽篡位的教訓，新朝有意在制度安排上裁抑外戚，間隔內外，所有的皇后和皇太后官屬都換成了閹人。同時，由於東漢經學大盛，禮教的講究，官方對於道德教條的刻板強調，使得男女之防日見其嚴，逐漸地皇宮裡難以見到正常人，內廷近侍悉用閹人，原來士人和閹人兼用的中常侍、黃門侍郎等侍從官職，都歸了宦官。如此一來，勢必導致宦官人數的增加，進而導致其機構的擴張和完善。然而，真正導致宦官形成氣候的，還是因爲東漢自第三個皇帝漢章帝以後，絕大多數君主都是幼年登基，這勢必導致那些年紀輕輕的太后當政，而年輕的太后們礙於禮教，不得不依靠宦官來交通內外，於是，宦官勢力進一步增加。更進一步，由於太后稱制往往會引起外戚的專權，當小皇帝長大以後，爲了對抗跋扈的外戚，對於從小生長在深宮裡的他們來說，似乎值得依賴的人只有身邊的宦官。宦官是他們的玩伴、是他們的保姆、也是事實上帶他們成長的父母，他們想要從跋扈的外戚手裡奪回權力，可以依靠的首選只有宦官。在依靠宦官剪滅外戚之後，宦官則因功而成爲主宰朝廷的勢力。經過幾番的促進和強化，終於釀成了東漢末年的宦官專權，雖然後世王朝都痛恨東漢的宦官之禍，但宦官制度的基本模式也由此奠定。從此以後，無論統治者如何抑制和防範，宦官作爲一種制度性的勢力或者說危害始終存在。
東漢桓帝年間，外戚樑冀專權，在樑太后和樑後相繼死後，漢桓帝依靠中常侍單超、具瑗等宦官首領，謀劃剪滅梁氏。延熹二年（159年）八月丁丑，具瑗率領千餘禁軍，突然包圍樑府，逼得樑冀自殺，宦官將樑家宗親無論男女老幼統統殺掉，與樑冀有牽連的朝臣和地方官被處死者數十，被罷免者三百餘人。單超等五人因功被封萬戶侯，連小黃門劉普等人也被封爲列侯。從此，外戚專權被宦官專權所取代。
三、官僚體系
漢朝承襲了秦朝龐大的官僚體系，建構了從中央到地方的金字塔式的等級官制，作爲處理國家政務、特別是行政事務的工具。漢朝的官僚系統雖然基本依照秦朝的框架，但其繁複程度明顯加大，從一開始就存在着兩種形式的科層化跡象。一種是國家治理的結構；一種是皇帝家事管理結構。官僚的人員構成，在秦朝的時候還存有貴族公子的痕跡，出將入相者，大抵是六國的貴族後裔，但是，經過秦末的戰亂，漢朝新起的權貴，大多出身卑賤，官僚制進一步趨於平民化。
漢初諸臣，只有張良出身最貴，系韓國丞相之子。其次則張蒼，秦御史；叔孫通，秦待詔博士。蕭何、曹參爲縣小吏，任敖爲獄吏，周苛爲卒史，傅寬爲魏騎將，申屠嘉爲材官，其餘陳平、王陵、陸賈、酈商、酈食其、夏侯嬰等都是白丁，樊噲是殺狗的，灌嬰是販繒（一種絲織品）的，婁敬是拉車的。（趙翼：《廿二史札記》卷2）
1．外朝官
兩漢的官吏大體上可以分爲外朝官和中朝官兩個系統。所謂外朝官是指在宮廷外辦公的官員，中朝官是指在宮內辦公的官員，顯然，一部分的中朝官屬於宦官。
在漢朝之初，絕大多數官員都屬於外朝官，外朝官幾乎等於官僚體系的代名詞。詳細說來，外朝官又分爲中央和地方兩部分，中央又可以分爲丞相三公體系和九卿與列卿體系兩部分。丞相三公分管行政、監察和軍事，但實際操作中權限又互有交叉，九卿和列卿按理屬於丞相三公所屬的各有分工的部門，但實際上大多是配屬皇家和宮殿的官員以及各自的衙門，只有主管刑獄的廷尉和主管賦稅的大司農（秦時爲治粟內史）的職責，與丞相府有交叉。在這裡，首先大致介紹中央官。
（1）丞相、三公體系。
丞相是秦漢從戰國承襲下來的官制。戰國時期的相，權力不僅大而且範圍廣，有時甚至可以充當將軍擔任出征軍隊的指揮。秦漢的丞相也承襲了這一特點，責權重而且管得寬。西漢初年，丞相與秦時一樣，屬於三公之首，主要負責行政事務，但實際上往往無所不管，既要負責日常的行政事務，又可以管官員的任用以及賞罰，甚至在特殊情況下可以對犯法的官員先斬後奏，有的時候還參與軍事行動的指揮策劃。相府是中央政府中最龐大的機關，各種屬員長史，司直以下曹、掾動輒數以百計，各有分工，在某種意義上類似於我們今天的國務院。只是這個“國務院”不包含各部（九卿與列卿），而且所有的屬員都是丞相自己挑選任命的，只對丞相負責。“政府”一詞的古義，就是指丞相府。三公的另外兩位情況有所不同，御史大夫主管監察，但與丞相一同開府，各立門戶，實際上也是什麼都管，從一般的行政到領兵出征。而且在某些能力奇強和比較霸氣的人任此職時，權力甚至要超過丞相，如漢武帝時有名的酷吏張湯任御史大夫時，“丞相取充位，天下事皆決於湯”（《漢書》卷59《張湯傳》）。西漢初年，丞相、御史大夫並稱二府，權力很大。只有太尉相對來說要清閒一點，名爲朝廷的最高軍事長官，但實際上只是皇帝的高級軍事顧問而已。除了總理國家事務外，漢代的三公還有一個特殊的職責，那就是調和陰陽，使國家風調雨順。如果出現大的災害，按例三公、尤其是丞相要自請免職。調和陰陽職責的背後，是朝廷對農業生產的高度重視，同時也反映了以董仲舒爲代表的今文經學的某種理念，即自然現象是跟人事活動具有相關性，人事可以引起天象的變化。
西漢時，丙吉爲丞相，一次行長安道上，遇見有人鬥毆，傷及人命，丙吉置若罔聞。然而見有牛臥在地上喘息，卻連忙跑過去對牽牛人問這問那。從人不解，說有人鬥毆出人命了你不管，見個老牛喘息卻問長問短，是什麼道理？丙吉答道：鬥毆之事，自有地方官和廷尉管，宰相負有調和陰陽之責，今方陽春，半即喘息，有陰陽不協之嫌，怎麼能不問呢？
自漢武帝以來，爲了加強自身的權力，皇帝逐漸賦予尚書檯更多的權力，到了西漢末年，以尚書檯爲核心的中朝官已經架空了三公。漢成帝時，改丞相爲大司徒、御史大夫爲大司空、太尉爲大司馬，三公在某種意義上已經成爲榮譽性的虛銜。東漢伊始，改三公爲太尉、司徒、司空，這時的司空已經成爲主管土木建築的官，跟監察沒有了關係，而御史臺則交由御史中丞領銜，三公的性質多少有點變味了。只是東漢時期尚書往往由太尉兼領，所以，有尚書職務的太尉往往跟西漢初年的丞相一樣，權力十分大。到了這個地步，中朝官的一部分已經在事實上轉化爲外朝官。
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（2）九卿與列卿體系。
除三公外，漢朝並設九卿與列卿，九卿與列卿名義上歸丞相管轄，實際在多數情景下獨立行使職權。九卿分別爲：太常，即秦之奉常，管祭祀，國家的樂、祝、史、卜、醫諸官均屬之；光祿勳，即秦之郎中令，皇帝侍衛的首領；衛尉，即皇宮衛戍司令；太僕，掌皇帝的輿服車馬；廷尉，掌刑獄，爲國家最高司法官；大鴻臚，即秦之典客，掌賓客朝覲之事；宗正，管理王族事務；大司農，即秦之治粟內史，漢武帝時改爲掌賦稅徵收與管理；少府，掌山澤租稅，主要是供應皇家度用。列卿分別爲：中尉，主管京師治安；將作大匠，主管宮室的修建；典屬國，負責藩屬國事務，西漢末撤；水衡都尉，管理皇家園林上林苑。
從九卿和列卿的職掌可以看出，這些官職的設置，大多是圍繞皇家事務安排的，可以說，他們基本上是皇帝的家臣。有的管皇帝的警衛，有的管皇家的車馬，有的負責爲皇家籌措經費，還有的乾脆就是皇帝侍衛長。但是也有少數官職負責的是國家公共事務，比如廷尉和大司農。爲什麼會出現這種情況呢？錢穆先生告訴我們，秦漢之際，國家的官還有皇帝家臣的意味。當然，三公已經難以說還像皇帝的家臣了，但九卿與列卿卻家臣痕跡依然。由於戰國時期國家事務大多是由三公的前身相與將來管理的，所以，三公比九卿更快一點地脫出了家臣的舊跡。可以說，實際上官僚體系就是從家臣產生和發展起來的。到了秦漢時，九卿與列卿還基本上都是皇帝的家臣，主要負責皇家的私事，只有少數的官職如廷尉才由家臣性質的官員設置衍生出來，承擔處理國家公共事務的任務。
2．中朝官
中朝官是指在宮中辦公和皇帝身邊的官員，他們既存在於像尚書檯那樣的機構，也包括一些外朝官而加上皇帝侍從頭銜，作爲皇帝親信的一些官員。
（1）皇帝的親衛武將。
中朝官地位最尊者，要算皇帝的親衛武將，他們有大將軍、重號將軍和雜號將軍。大將軍是皇朝的最高軍事長官，同時又是有別於外朝太尉的皇帝親衛侍從，地位最尊。漢武帝以皇后的異父兄弟衛青爲第一個大將軍，加大司馬頭銜，地位相當於丞相。同爲武帝裙帶之親的霍去病爲驃騎將軍（重號將軍之首），加大司馬銜，地位也相當於三公。由於將軍體系的設置，本不是嚴格的制度安排，所以，大將軍之下，重號將軍的稱謂在當時並不完全統一，地位和排序也不嚴格，大體上有驃騎將軍、車騎將軍、衛將軍等，雜號將軍又稱列將軍，往往是因事而設，名號雜多，帶兵出征，事畢則罷。雜號將軍地位不一，關鍵看本人原來的地位，但即使原來地位不高的，掛上將軍銜之後，也相當於九卿。兩漢期間，皇帝的親衛武將往往是其親戚（這是漢武帝開的頭）。皇帝通過自己人掌握武裝，保障對武力的控制。但是，也開了外戚專權的先河，西漢末年和東漢年間掌權的外戚，都有大將軍的頭銜。以外戚掌握親衛武裝，給外戚專權提供了制度上的可能性。
（2）尚書檯。
尚書在秦朝本是少府的屬官，其特殊之處在於機構設在宮內，負責收發和記錄奏章的技術性工作，起在行政機關和皇帝之間傳達信息的作用。尚書機構的長官如果是士人擔任，就叫尚書令，如果是閹人擔任就叫中書令。從漢武帝開始，皇帝爲加強自己的權力，有意識擴大尚書的機構，擴張其權限。尚書開始有了拆閱和事先審閱奏章的權力，就是說，所有的奏章要具正副兩本，由尚書先拆看其副本，然後決定是否上呈皇帝。後來，尚書又獲得了將皇帝批閱過的奏章下發的權力，連帶着，皇帝的詔書，大部分也由尚書郎起草。進而連傳統屬於丞相與御史大夫的職掌，如官員的任免、彈糾等，也不時地受到侵蝕。當然，在西漢時期，尚書檯的這些“權限”還屬於給皇帝做“秘書”而派生出來的，在皇帝比較明白的時候，尚書檯還難以專權和舞弊，臺臣侵奪三公和九卿的行政權的行爲，實際上是皇帝之手的延伸。到了東漢年間，事情發生質的變化，尚書檯不僅得到了迅速的組織擴張，而且通過三公之一的太尉領尚書事，等於是將尚書的地位提高到了官僚體系的頂端。這樣一來，太尉取代丞相成爲行政機關的首腦，而尚書檯成爲事實上的政府機關，只是與皇帝的關係更加密切，最大限度地防止了行政首腦的獨斷專行（只是到了東漢末年，權臣專權以後，才重新出現丞相之名，只不過這時東漢王朝已經名存實亡了）。
作爲少府的附屬機構，尚書檯原來人員很少，尚書令也不過是六百石的小官，屬員不過數人。漢武帝時，尚書令增秩爲千石，官階雖依然不高，但機構卻逐漸膨脹起來。東漢時尚書檯已經發展成爲一個龐大的機關，尚書令秩千石，但增秩至二千石，與九卿相當。上朝時，尚書令與御史中丞和司隸校尉專席獨坐，號稱“三獨坐”，威勢已壓百官之上。尚書令下屬尚書僕射二人，作爲副手，其下有尚書若干，分曹理事。大體分爲：三公曹，管官吏考覈；吏曹，掌選官；民曹，管賦稅和工程；二千石曹，又叫賊曹，掌刑獄；客曹，管護駕和胡羌往來之事，有時還設中都官曹，管京城水火盜賊之事。各曹屬官有丞，丞之下有尚書郎，再下有令史。此時的尚書檯，已經初步具備了分工科層制的雛形，後世的六部，即源於此。
（3）皇帝的侍從。
兩漢時期，皇帝身邊往往存在一些兼職性和專職的侍從官，這些人或者是德高望重者，或者是飽學碩儒，或者是皇帝的親信，或者爲插科打諢的優伶。無論其本職如何，只要有了侍從的加官，那麼就可以出入禁中，與皇帝接近，地位和權勢自然就不一般了。侍從在皇帝周圍，最主要的職能是幫忙辦事，拾遺補闕，同時也免不了給皇帝提提意見，防止皇帝決策出錯，或者在出錯以後做點補救。大體上，兩漢時兼職的侍從官有這樣幾種：侍中、散騎、中常侍、給事中（有事殿中，故名）、給事黃門。專職的侍從是大量的郎官：議郎、中郎、侍郎郎中等，還有太中大夫、中大夫和諫大夫等。西漢時，凡是皇帝從民間徵召來的人才，按例都給郎官。東漢年間，中常侍和黃門成爲宦官的專有官職，而皇帝的侍從也逐漸變成了只有宦官才名副其實，其他人只是一種榮譽性的虛銜，最後到靈桓時代，演成宦官專權的悲劇，以至於後世以“黃門”指代宦官。
漢武帝曾經造了一座以香柏爲樑的柏梁臺，元封三年（公元前108年），漢武帝在臺上大宴羣臣，自己首先做詩一句，然後諸王、大將軍、丞相、御史大夫等依次往下續，每個人的詩句都反映了自己的身份。詩續成之後，人稱柏梁詩，全詩如下：
日月星辰和四時（漢武帝）
驂駕駟馬從樑來（樑孝王）
郡國士馬羽林材（大司馬）
總領天下誠難治（丞相石慶）
和撫四夷不易哉（大將軍衛青）
刀筆之吏臣執之（御史大夫倪寬）
撞鐘伐鼓聲中詩（太常周建德）
宗室廣大日益滋（宗正劉安國）
周圍交戟禁不時（衛尉路博德）
總領從宗柏梁臺（光祿勳徐自爲）
平理清讞決嫌疑（廷尉杜周）
修飾輿馬待駕來（太僕公孫賀）
郡國吏功差次之（大鴻臚壺充國）
乘輿御物主治之（少府王溫舒）
陳粟萬石揚以箕（大司農張成）
徼道宮下隨討治（執金吾中尉豹）
三輔盜賊天下危（左馮翊盛宣）
盜阻南山民爲災（右扶風李成信）
外家公主不可治（京兆尹）（京兆尹、左馮翊和右扶風是京師和京師附近兩郡的地方長官，人稱三輔。京兆長官，最頭痛的事情莫過於皇親國戚的驕橫跋扈，所以說，外家——外戚和公主不可治）
椒房率更領其材（詹事陳章）
蠻夷朝賀常會期（典屬國）
柱析（jī）檮（bó）櫨相支持（大作匠）
枇杷桔慄桃李梅（大官令）（大官令是管理皇家園林的官，他不會做詩，接了七個字的果名。）
走狗逐兔張罘（fú）恩（sī）（上林令）
齧妃女脣甘如飴（郭舍人）
迫窘詰屈幾窮哉（東方朔）（郭舍人和東方朔是武帝身邊的弄臣，這裡他們以兩句戲言收結，和前面有所不同。）
3．地方官
兩漢基本上襲承秦制，地方區劃上實行郡縣兩級制。只是到了東漢末年纔將原本作爲監察區劃的州，升格爲郡之上的一級行政單位，變成了三級制。