清承明制是歷史定論，不過，細說起來，兩朝的制度還是存在一定差別的，但是在皇權**方面，明清卻有一以貫之的精神血脈，所有的制度安排，無一不是圍繞着如何加強皇帝的權力展開的。在中樞決策層面上，雖然清代將內閣閒置，另闢軍機處，但以朝臣爲皇帝做秘書的決策機制是跟明代一致的。明清皇帝制度的差別，主要體現在皇帝自身素質和表現上，總的來說，明代的皇帝政務荒怠的多，出了一些空前絕後的昏君，但清代皇帝勤政的多一點，除了晚清沒有當過家的同治皇帝有些荒嬉之相外，其他皇帝，無論賢與不肖，對政務倒是都還關心，人人都把祖宗的基業當回事。
正因爲如此，清朝中樞決策機制的運轉，完全是圍繞着皇帝的意志和行動在轉，不像明朝那樣，時常大權旁落到司禮監太監和內閣的手中。原來居住在白山黑水之間的滿族人，從一個並不十分強大的耕獵民族過渡到一個龐大的帝國統治者，確實走過了很長的一段路。他們在學習漢文化方面做得比元人好，在吸收明朝君主**精神上做得更好。跟明朝不同的是，作爲一個少數民族統治者，他們的集權不僅指向皇帝，還指向整個統治民族，將滿人集權和皇帝集權結合起來。只是他們的做法比較巧妙，大權集中小權分散，而且實行滿漢隔離，所以，雖然集權程度相當高，但並沒有引起民族間的強烈敵視。
清朝的決策機構和機制經過了一個比較長的進化期。這期間，既有學習和漢化的過程，也有對自身傳統的克服，以及自己的青出於藍的“創造”。
1．從議政王大臣會議到軍機處
滿族雖然跟從前入主中原的女真人有種族上的關係，但在文化上，他們之間的繼承性已經基本中斷了（原來的女真文字歷史，跟後來的滿人毫無關係）。明朝中葉以來再次崛起的建州女真，文明程度還處於相對較低的層次上。努爾哈赤所建立的八旗組織，帶有較濃的原始部落氣息，旗主和旗衆之間，存在較強的人身依附關係，而各旗也具有很強的自治意味。努爾哈赤雖然是個具有特殊魅力和才能的領袖，但依然得尊重部落的軍事民主傳統。滿族開始建立的後金政權，實際上是一人領導下的各旗旗主（八貝勒）共治國政的體制。最高決策實行的是議政制。只是由於努爾哈赤個人能力超強，才使得政體圍繞着他一個人轉，似乎是一種個人的集權統治。
到了皇太極時代，八貝勒共治轉化爲議政王大臣會議。議政時不僅八貝勒參加，而且各旗的第二號、第三號人物（大臣）也被邀參加議政，人數的增加意味着原來的決策人員貝勒權力的2減弱，這實際上有利於皇帝意志的推行。同時，由於滿人的漢化已經達到一定程度，在制度上，皇帝的集權畢竟跟原始民主制有着本質衝突，所以，這一時期皇帝經常甩開議政王大臣會議，另起爐竈，開始由類似皇帝秘書班子的內三院介入決策。
入關之初，由於皇帝年幼等原因，滿族王公貴族的勢力有所增長。在相當長的一段時間裡，議政王大臣會議的作用有所增強，這種體制決定了清朝初年國策的基本走向，使得這個少數民族王朝呈現出某種元朝的面貌。然而，畢竟滿人不是蒙古人，一方面，蒙古的前車之鑑告訴他們，單憑武力，是無法統治漢族這個具有悠久文化傳統的龐大民族的；另一方面，已經定居多年的滿人，在關外就已經深受漢族俗文化的薰陶，大量接受漢人的俗文化。漢人的小說和各種說唱藝術，在滿人中很有市場，因此具有漢化的基礎。進關以後，對於整個滿人上層而言，漢人文化從雅到俗的兩方面誘惑力，是處在從矇昧到開化的過程中的他們所難以抵禦的。滿人自己新創的文字沒有歷史和典籍，更沒有屬於滿文的詩歌、小說、戲劇和傳奇。在政治上，他們需要漢人的經驗和學說，需要消化漢人的制度和典章。以康熙消滅鰲拜集團親政爲標誌，滿人漢化的趨向取得了壓倒性的勝利，與此相關，議政王大臣會議也逐漸淡出。到乾隆年間這種制度正式結束自己的使命。
其實，早在皇太極時代，滿人已經開始學漢人皇帝，爲自己安排秘書班底，設置內三院。人關以後，又將內三院改爲內閣。康熙獨立主政之後，內閣體制得到了進一步完善，幾乎恢復到明代的規模。不過，成年以後的康熙，很快對內閣這種在明代已經過於成熟，也過於龐大的辦事機關感到不滿意，凡事保密程度很差，而且效率低下。於是，皇帝讀書的南書房，逐漸成爲另一個更受皇帝歡迎的秘書處。秘書的組成是陪皇帝讀書的文學之士，他們大多是翰林院的翰林，平時在陪皇帝說經講史、談詩論賦的同時，也在政務的處理方面，爲皇帝提供諮詢。由於南書房不是一個機構，擔任秘書的這些人雖然都是被皇帝看上、受到特殊信任的官員，他們的本職依然是翰林或者別的官員，個別人甚至是白衣（如方苞）。他們職務上的特殊之處，只是加上個“南書房行走”或“人值南書房”的名義。顯然，比起內閣來，這些位卑而且年輕的文學之士，做秘書要更稱職些，所以，在康熙中期以後，決策的中心就逐漸地轉移到南書房了。
方苞因戴名世案入獄，後因李光地的營救出獄。康熙對方苞的學問十分仰慕，命他以白衣之身入值南書3房。每奏事，康熙則嘉賞之，說就是翰林院中老輩也超不過他。方苞還參與編校樂律和歷算書，康熙又讓諸皇子跟他學習，皇子自誠親王以下皆呼之爲先生。（徐珂：《清稗類鈔》第三冊）
雍正上臺之後，出於對西北用兵的需要（對付準噶爾），建立辦理軍機處，以便能快捷而機密地辦理西北軍事事宜。由於雍正爲了消弭“奪位”的謠傳而不在正殿乾清宮居住，搬到偏殿養心殿，於是軍機處也就設在隆宗門內緊靠西六宮的牆邊，離養心殿只有幾步遠。此後雖然有過短時間的反覆，但軍機處逐漸成爲清朝的決策中樞。南書房雖然一直還有作用，但處理政務的重心已經轉移到軍機處，而內閣則變成了只有幾個低品級的中書待着的閒衙門，內閣大學士則成爲朝廷給予德高望重的朝臣的榮譽銜。
清代內閣大學士分爲三殿三閣，依地位排列依次爲保和殿大學士、文華殿大學士、武英殿大學士，體仁閣大學士、文淵閣大學士、東閣大學士，各個殿閣還另配一個協辦大學士。大學士正一品，協辦大學士從一品。在清代，凡是位列大學士和協辦大學士的人，都會被尊稱爲“相”或者“相國”，實際上如果這些人不兼任軍機大臣的話，是沒有資格參與機要的，他們事實上只是作爲文官的榮譽領袖存在的。
軍機處在性質上跟明代的內閣一樣，仍然屬於皇帝的秘書班子，只是這個秘書班子要比南書房更正式一點。軍機處有軍機大臣和軍機章京兩類辦事人員。軍機大臣是軍機處的主要成員，原本都有自己的本職，如六部的尚書、侍郎等等，進了軍機處，本職事務依然不免。所謂的軍機大臣，只是在本職之上加上“軍機大臣上行走”、“軍機處上行走”的頭銜，新選的加上“軍機處學習行走”、“軍機大臣上學習行走”之類的頭銜，俗稱“大軍機”。軍機大臣沒有定額，少的時候3、4人，多的時候達到過11人，一般則3、4人到4、5人不等。軍機大臣每日輪流值班，隨時聽候皇帝差遣，處理軍國大事。如果有大事需要商議的話，則全體到養心殿去，跟皇帝一起議事。他們的職責主要是在皇帝發問的時候，提供諮詢。軍機大臣中通常資歷最老者爲首席軍機大臣，資歷最淺者俗稱“打簾子軍機”，因爲軍機大臣到皇帝處商議國事，太監一律不許在旁，進出養心殿都得軍機大臣自己打門簾，資歷最淺者進出都在最後，自然打簾子之事非他莫屬。
軍機處設立之初，清朝各部的部員多借故前來探聽消息，擁擠于軍機處窗外，不成體統，而王公大臣，也往往以前來找軍機大臣攀談爲名，打探機密。嘉慶初年，爲4了加強軍機處的保密性，特令都察院和六科給事中，加派御史輪流到軍機處外監督看守，嚴禁非軍機處的人進入。非軍機處的人，即使貴爲王公閣相，只要擅自踏上軍機處臺階半步，一律格殺勿論。清朝滅亡前幾年，張之洞被招入京，朝廷準備讓他入主軍機，張到軍機處辦事，猶然不肯踏上臺階，其實，當時這條禁令其實早已廢弛。小說.中國政治制度史導論（第2版）