自1903年開始的清朝新政，是清朝歷史上最後一次，也是規模最大的一次自上而下的制度變革。新政之所以能夠推行，現實原因是西方國家與清政府達成的妥協，以承認西太后的統治，換取中國全面的屈服與開放，而首先是中國政府機構與西方接軌。於是，總理衙門改爲外務部，成爲中國政府改革的先聲，隨後，政府改革一點點地並不是很有序地推行，直至1903年全面展開。其實，改革的更深一層動因還是來自中國內部，戊戌的使命依然需要完成。事實上，新政改革，在開始的時候基本上是依照戊戌的方案，從學俄學日人手。但是，西太后照抄戊戌方案，卻堅決不給戊戌變法平反，中國20世紀最初也是最後一次和平的改革，就在這樣一種彆扭的政治空氣中拉開了大幕。
一、新政的中央政府機構改革
庚子以後，首先改革的機構是總理衙門。八國聯軍侵佔了北京、清朝政府全面妥協之後，西方列強自然覺得對中國有了半個主子的資格，可以理直氣壯地對清政府發號施令了。他們早就不滿意清朝外交機構暗含“天下中心”的自我感覺，竟然想“總理”中國的事務，於是，在“議和”尚在進行之際，就提出要求清政府將總理衙門改爲外務部，各國公使的聯合照會，甚至非常具體地規定外務部的地位必須排在六部之前，而且管部大臣必須由近支王公擔任，部尚書必有一人是軍機大臣，侍郎必有一人懂外語。由於中國已經沒有了跟西方討價還價的資本，儘管這些要求看起來很蠻橫，但是，後來在外務部組建時，基本上都落實了。
改組之後的外務部，設四司、一廳、五處。四司爲；和會司，負責安排各國使節覲見，派遣使節，以及本部官員的升遷考覈；考工司，負責原來總理衙門的各種實業性的洋務，包括鐵路、開礦、機器製造、軍火和船政等等；榷算司，負責本部開支，關稅監督，對外借還款，以及貨幣郵政等項事宜；庶務司，負責防務、邊界，傳教以及外國人的保護。一廳是司務廳，負責往來文書以及一切雜務。五處分別是俄、德、法、英、日處，分別負責辦理與五國的交涉事務。改組後的外務部跟總理衙門職掌完全一樣，只是機構正式化了，與其他六部機構大體相近，屬官也跟六部一樣，設郎中、員外郎和主事，變成了清朝政府的正式機關。顯然，這樣的外務部，跟西方國家的外交部門，還是不甚相同，並沒有在實質上走上現代行政軌道。
1903年，改革正式拉開大幕。從1903年7月到1905年4月，清政府相繼添設了商部、巡警部、學部和財政、練兵、稅務三個2處，開始以新機構的添置，逐步爲取代舊機構做準備。其中商部相當於現代國家的工商部；巡警部標誌着中國開始有了警察，相當於民政和警務部；學部即教育部。財政處，雖然叫處，但並不意味着級別就低，設置這個機構爲的是逐漸取代戶部；練兵處是清朝統一籌劃辦理編練新軍的機構，等於是後來的陸軍部的前身；稅務處的設置，標誌着清政府不再將洋務統歸外事機構管理，成立獨立的管理全國稅收的部門。
1906年7月，以載澤爲首的考察各國政治的五大臣回國後，清朝中央政府的改革進入了整體改革階段。原先沒有用的舊衙門已經相繼裁撤，比如詹事府，通政使司，太常、光祿、鴻臚三寺。內閣、軍機處、外務部、吏部和學部不動，其餘舊有六部體系與新設的商部、巡警部、財政等處一併打亂重組。其機構設置如下：
1．外務部
機構基本與前述相同。
2．度支部
度支部即現代意義上的財政部，由原來戶部和財政處合併而成。下設兩廳、十司和一個金銀庫，設尚書一人，左右侍郎、左右丞和左右參議各一。各個廳司依然設郎中、員外郎、主事。1908年成立責任內閣的時候，原來的尚書改爲大臣，侍郎爲副大臣。度支部的附屬機構有大清銀行、造幣總廠、寶泉局、崇文門稅關、倉場總督衙門等。
3．民政部
民政部是由巡警部改設的，是完全意義上的新式機構。負責地方行政、警察和衛生諸事務。長官設置和屬官與度支部基本相同，機構有兩廳五司，只是民政部候補和額外官員比較多，超過正式官員。
4．陸軍部
陸軍部是由兵部和練兵處合併而成，原來的閒置衙門太僕寺也一併併入。長官設置與度支部同，有兩廳十司。陸軍部有大量專業技術官員，佔正式官員的半數以上，同時，候補官員也非常多，比正式官員多一半。陸軍部還附設海軍處和軍諮處，1910年，海軍處獨立成爲海軍部，軍諮處也於1909年獨立，1911年改爲軍諮府，負責全**政籌劃和全國疆域測量和地圖繪製。
5．法部
法部由原來的刑部改建，機構與職掌基本相當。由於新政開始改造舊的法律體系，所以另設修訂法律館，由法部負責人兼管。另外，在北京模仿西方司法體系建立的初等與高等檢察廳和審判廳，也一併附屬於法部。
6．農工商部
由原來的工部部分機構和後來的商部合併而成，有四司。
7．郵傳部
這又是一個完全新式的部門，負責3郵政和交通，有兩廳四司。附屬機構有郵政總局、鐵路總局、電政總局、電話局、交通銀行等。
8．學部
學部依然維持1905年的建制，此時負擔着在科舉制廢除之後新舊教育體系轉型的任務。
9．吏部
吏部依然維持，但內部機構和長官設置與其他部相同，1911年，吏部取消，分設承宣廳、制誥局和敘官局。
10．禮部
禮部在這次改革中依然維持，但職掌已經被學部拿去大半。1911年禮部取消，改爲典禮院。
此外，原來的大理寺改爲大理院，定性爲司法終審機關。理藩院改爲理藩部，職掌依舊，只是將原來負責的部分外交事務移交外務部管轄。1911年另設統計局，作爲內閣直屬機關。
經過這次改制，中央行政機構由原來的六部和各個監寺，變爲外務、吏、民政、度支、禮、學、陸軍、法、農工商、郵傳、理藩、大理12個部院，基本上有了現代行政的形式。無論是新建各部還是原來的部，不僅長官配屬已經打破了原來的滿漢雙軌、多頭負責的格局，而且內部機構也按照現代行政要求進行了改造。當然，改革還存在很大的侷限性，原來機構的冗員依然保留，使得新機構效率大打折扣，機構設置還存在相當多的舊痕跡，禮部一直被保持，而且將原來沒有什麼用處的太常、光祿和鴻臚寺併入，直到清朝滅亡那年，才被革掉。
清朝新政，新組建的各部，如外務、郵傳、農工，其組織皆採用新法，經費充裕，人才多，爲京官所羨慕，其得上峰賞拔居要津者，大抵皆東西洋留學生。（徐珂：《清稗類鈔》第三冊）
宣統三年（1911年）四月，作爲立憲的前奏，清朝政府成立責任內閣，設總理大臣、協理大臣和國務大臣，國務大臣由各部大臣擔任，與總理、協理一道組成內閣。內閣成立後，原來的各部隸屬於內閣，原來的內閣、軍機處被撤銷，但又成立了弼德院，作爲皇帝的顧問機關，弼德院的成員可以參與機密，與內閣共議大政。成立責任內閣原本是政治上的一種進步，但由於當時把持政權的滿族親貴擔心大權旁落，13人的內閣成員，滿族佔了9名，其中皇族有5人之多，而且都在要津，結果反而失掉了人心，加速了清朝的覆滅。
二、新政的地方官制改革
在新政期間，清朝的地方官制變動不大，總的說來只有三處：一是將學政改爲提學使，設置提學使司，負責各省的教育改革與新式學校的行政管理。提學使司從原來學政相當簡練的隨從，變成一個具有六個科的龐4大衙門。另外還設立學務公所，由當地紳士充任議長和議員，參與當地的學務。二是將按察使司改爲提法使司，作爲一省的司法行政機關。另設高等、地方和初級審判廳，負責司法審理，各級審判廳接受提法使司領導（由於人才缺乏，實際上終清之世，地方三級審判體制並沒有真正確立）。三是增設巡警、勸業兩道，前者負責辦理地方警務，後者負責促進地方的工商業發展。實際上，前者等於是民政部警察部門的地方機構，後者等於是農工商部的下屬機構。兩道的機構設置和職掌都與原來的分巡道不同，類似於省級的司。除了這兩道之外，撤除原來所有的分巡道，使得原來已經成爲一級行政架構的道，基本上完成了歷史使命。
作爲地方改制的試點地方，東三省還設置了交涉使司、民政使司、度支使司，先後爲一些省份效法。
三、新政的選官及學校制度的改革
自庚子之後，原來融選官和教育制度爲一體的科舉制度就面臨改革。首先是考試內容廢八股改策論，開經濟特科。1905年清政府又進一步廢除科舉制，以從中央到地方的三級新式學堂的教育體系取而代之。在新政的改革思路里，依然沒能將按現代社會原理本來不屬於一回事的選官和教育制度分開。於是，在改革者和廣大的士子眼裡，大學生相當於過去的進士，中學生相當於舉人，而小學生則相當於秀才。科舉廢除之後，各地公辦和私立的新式學堂紛紛建立。由於當時的中國新式人才缺乏，大學層次的教育還談不上（即使是京師大學堂，充其量不過是專科水平），中學質量高的也不多，而且各種學堂程度不一，水平相差甚遠。可以說，在新政維持期間，中國的新式教育主要是在原來的士和準士階層普及了一下西式的基礎教育。
小學本是針對兒童的教育，但是在新政期間，幾乎沒有適齡兒童進小學堂，小學學生基本上都是原來科舉體制的童生。郭沫若14歲進新式小學，居然是他那一年級年齡最小的一個，同學都是20歲一30歲甚至更大的成年人。
改革的結果，是在中國基本結束了傳統的舊教育體制，新式教育體制從此得以確立。雖然在新舊體制的轉換和銜接上，還存在着太多問題，但畢竟開始了中國教育面向社會而不僅僅面向官場的時代。但從制度變遷的角度看，這場改革對於制度的平穩過渡卻害處極大，如同倒髒水的時候連小寶寶一併倒掉了，學校的改革連帶選官制度也被廢除，後果相當嚴重，舊制度中聯繫普通士人與朝廷的紐帶和階梯中斷了，原來以官方爲核心的士紳金字塔趨於瓦解。而新的教育體系5，不僅目的與選官要求不盡符合，而且也沒有選官所要求的嚴整程序，所以，改革後在官吏選拔方面，陷入了混亂局面，極大地削弱了士人對朝廷的依附性。在傳統和現代的轉型時期，極大地突出和暴露了轉折中的裂痕。
四、新政的憲政與地方自治
新政從官制改革走到憲政改革，是革命黨人在外施加壓力和勢力更大的立憲黨人大力推動的結果。五大臣出國考察政治回來之後，西太后相信了大臣們實行立憲政體並不會損害清朝皇族利益的說辭，下決心實行立憲。1906年和1907年兩次下詔，宣佈“預備立憲”。與此同時，在1907年夏，在中央成立資政院，在地方各省成立諮議局，作爲成立議會前的過渡。
1．資政院
資政院設總裁二人（1910年開院時減爲一人），副總裁二人，屬於政府官員，由皇帝任命。總裁和副總裁在資政院開會期間，擔任正副議長。資政院共有議員200人，其中的一半由皇帝欽定。包括宗室王公16人，滿漢世爵12人，外藩王公14人，宗室覺羅6人，各部院官員32人，最後還有“碩學通儒”即著名學者10人和“納稅多額者”即著名工商業者10人。另一半從各省諮議局議員中選舉產生，再經各省督撫審定確認，資政院議員任期3年，任滿後一次性改選。
資政院多少還有官府衙門的意味，至少，清朝政府當它是一種特殊的政府機關，正副議長和一半的議員，均由皇帝任命，其中正議長的資格，跟政府重要的部一樣，須由王公大臣擔任。但是，資政院畢竟是當時中國國內立憲運動的一個果實，根據資政院的章程和它成立後的實踐來看，它已經部分具備了議會的功能。按資政院章程，資政院可以討論國家的預算，制定稅法，公債的發行，各種法令的制定，以及各種皇帝認爲應該討論的問題。資政院議決的事情，如果行政部門認可，則通過皇帝下發成爲法令；如果行政部門不認可，則交還資政院重議，如果資政院依然堅持原議，則提交皇帝裁決。此時的資政院，已經基本接近日本明治以後的議會。在資政院總共召開的兩次會議中，通過了不少讓朝廷爲難的議案。比如速開國會案、成立責任內閣案、彈劾軍機大臣案、赦免戊戌志士和革命黨人案等等，幾乎都是當時政治的禁忌。
2．諮議局
各省的諮議局在1907年到1909年間相繼成立，其性質有點類似於中央的資政院，等於是各省的資政院。當時全國共有22個行省，但卻成立了23個諮議局，因爲江蘇督撫不同城，隱然有兩個中心，所以特許成6立兩個諮議局。各省諮議局議員的名額，是由中央政府參照各省學額定的，其中奉天50，吉林30，黑龍江30，順直（直隸和京師順天府）140，江寧55，江蘇66，安徽83，江西97，浙江114，福建72，湖北80，湖南82，山東100，河南96，山西86，陝西63，甘肅43，新疆30，四川105，廣東91，廣西57，雲南68，貴州39。除了上述定額之外，還爲旗人增設若干名額，順直10名，各省1～3名。
對於諮議局議員的選舉資格，除了要有一定學歷（新舊俱可）和資歷（曾任官職），強調其興辦公益的資歷和成績，以及資產數額。同時規定本省的現任官吏幕友、軍人、巡警官和在校學生不得當選。選舉權也有財產和資格的限制，財產少於5000元的人，沒有選舉權。由於當時民風未開，實際參加選舉的人數，大大少於預定數目。
諮議局設議長1名，副議長2名，常駐議員若干（佔議員總數的1／5），由議員推選產生。
雖然諮議局還不是省議會，但它的存在畢竟極大地限制了督撫的權力，而且，立憲派利用諮議局的陣地，大力宣傳立憲，極大地促進了新政改革向深度發展。在辛亥革命之後，很多省份的地方政權，都是在諮議局的參與下建立起來的。
3．地方自治
地方自治是新政期間得到大力推行的制度變革。從某種意義上講，由於地方勢力自太平天國起義被鎮壓之後，一直處於上升態勢，到新政期間，已經呈現出不可遏制的狀況，地方自治的推行，多少迎合了地方勢力上升的勢頭。
清末的地方自治，按規劃分爲兩個層次。一是城鎮鄉自治，二是府州縣廳自治。1909年和1910年，清政府先後頒佈了《城鎮鄉地方自治章程》、《城鎮鄉地方自治選舉章程》，和《京師地方自治章程》、《府廳州縣地方自治章程》、《府廳州縣議事會選舉章程》，先在城鎮鄉的層面，然後又在設有地方政府的府州縣廳，推行地方自治。小說.中國政治制度史導論（第2版）