魏晉南北朝是個制度紊亂的年月，但又是個各種創新初現的時代。後來在隋唐時期定型的三省六部制，實際上在魏晉已經出現雛形，只是還不夠穩定。同時原來的三公九卿制依然存在，雖然更多地成爲一種名譽官銜，但由於各自的機構不撤，所以，不排除特殊情況下，舊體制重新掌握實際權力的可能。但總的來說，新的三省實現制度替代的趨向還是明顯的。雙軌制的存在，是制度變遷過渡時期的一大特色。
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1．中書省的出現，尚書檯之權第一次分割
在西漢武帝時，由於君權擴張，除了尚書檯開始擴大之外，皇帝身邊的各種侍從和顧問也開始增加。其中有一些是備顧問和諮詢的“文學侍從”，以各種大夫、議郎、給事的名義出入內廷。還有些是專門陪伴皇帝左右的，做些應手的事情，或者插科打諢，給皇帝解悶，以常侍、侍中等名目存在。做後一種侍從的，往往爲士人和宦官，到了東漢，宦官逐漸多了起來。東漢靈帝時，成立侍中寺，賦予其“省尚書事”，即審查尚書起草的詔書的權力。東漢的覆滅，依附在朝廷大樹上的宦官集團受到很大打擊，於是進入三國時代，皇帝的侍從又恢復到了西漢時的狀況。
這兩部分侍從的前一部分，在魏代漢以後，逐漸演變成了皇帝的專門秘書班子——中書省，而後一部分則演變成門下省。顯然，這種演變也是由於皇帝力圖對權力直接控制的結果。自尚書檯侵奪了丞相的權力，變成實際上的中樞機構之後，兼尚書事的重臣往往變成了事實上的丞相，而尚書檯內朝的意義也隨之變淡，實際上成了兼任尚書事重臣的附屬機關。曹操在事實上取代東漢王朝後，用自己的幕僚爲秘書，將本屬尚書的草詔權拿了過來，直接掌握。朝代更迭之後，新朝爲了強化君權，順理成章地將秘書變成中書。特立機構中書省，將尚書檯的權力分割出了一部分，專門負責起草詔書，掌機要，自然也就成了參與最高決策的核心機構。
中書省設中書監和中書令。副手爲中書侍郎，其下有舍人、通事等屬官。由於中書省設在宮苑，而且由皇帝的近侍顧問轉成，所有王朝政令皆自所出，所以權威日重，人稱“鳳凰池”。雖然當時尚書令官階還是比中書省長官要高，但一般士人均以在中書任職爲榮，是第一號清要之職。西晉荀勖久任中書監，後遷爲尚書令，人往賀之，勖怒曰：“奪我鳳凰池，諸君賀我耶？”（《晉書》卷39《荀勖傳》）對於權力慾頗重的荀勖來說，負責行政事務的尚書令，既沒有掌握機要、出納王命的中書監地位重要，也沒有其富有榮耀感。實際上，自西晉以來，中2書監、令已經成爲高品勢族的專有物。
2．門下省，從侍從到諫議
皇帝侍從中比較有文學才能、平時充當顧問的一部分，分出去成立了中書省，而比較純粹的侍從也開始發揮作用。自秦漢以來，這一類的侍從雜用閹人，屬於伺候皇帝的人，甚至連褻器虎子（尿壺）、唾壺都管，後世譏諷侍從出身的人，往往稱之爲“持虎子者”（《三國志》卷16《魏書，蘇則傳》注）。做的事雖然不堪，但由於能與皇帝近距離接觸，所以依然被人看重。兩漢有許多著名人物，像衛青、霍去病、霍光等人都是侍中出身，以滑稽出名的東方朔，也是個中人。魏文帝曹丕設侍中、散騎二曹，並令二曹長官侍中、黃門侍郎、散騎常侍、侍郎等，在尚書奏事時在坐。可見，侍中的地位已經凌駕於尚書諸曹之上，可以跟尚書令相抗詰。
進入晉朝以後，設立門下省和散騎省，但以散騎省隸屬門下（後合而爲一），長官爲侍中、給事黃門侍郎。屬官有散騎常侍、給事中、通直散騎常侍、員外散騎常侍、散騎侍郎、通直散騎侍郎、員外散騎侍郎等，有議論尚書奏事之職。在對尚書奏事說三道四的同時，由於其皇帝跟班的地位，所以還可以時常對皇帝的闕失提點意見，起拾遺補闕的作用。隨着時間推移，門下省的權力越來越大，漸漸地開始對中書省起草的詔書發表批評意見，最後發展到在一定條件下，可以將不合適的詔書駁回重議，即獲得了所謂“封駁權”。這樣，就形成了對中書省的制約。同時，門下省也以這種特殊的方式參與決策，成爲政治核心機關。至此，尚書檯（南朝改省）的權限只限於行政事務執行，三省形成了中書出令，門下審覈，尚書執行的分工制約機制。
在這種情形下，門下省的人員開始注重文學之士。不過，由於門下省官員依然是皇帝的侍從，所以，在人員挑選上，往往還注重“風姿”，即相貌的漂亮。在兩晉南北朝期間，門下省的主要官員由於接近最高權力中心，參與機要，所以跟中書省一樣，成爲門閥的首選之職。
南朝宋代文帝時，王華爲侍中，經常與皇帝接膝共語。孝武帝時，挑選侍中，講究風貌，其中何偃深受寵愛，與武帝形影相隨，一次同輦而行，車過門坎，顛了一下，何將傾倒，武帝馬上將他接住，說，我是陪你的。（《南齊書》卷16）
3．尚書省分工的細化
原來無所不管的尚書檯（省），現在權限被限制在行政執行上。雖然權力有所縮小，但事務比較專一，反而有利於其機構分工和職權細化。所以，在魏晉時期，尚書檯的機構反而得到3了擴大，辦事人員成十倍地增加，負責的實際事務也大大增多。原屬九卿的大部分管轄事務，也歸屬尚書檯。只是到了這個時候，尚書檯纔不僅在實際上，而且在名義上從原來主管皇家事務的少府中分離出來，成爲一個獨立的政府機構。不過，由於魏晉南北朝是個過渡時期，制度的穩定性很差，加上作爲執行機構，本身事務就比較繁雜，而這一時期政治格局本身變化也比較大，所以，比起後來的尚書省六部，尚書省的內部分工一直多半體現在尚書這一級，即後來部以下的司一級。在這一級上分工是明確的，但尚書以下各曹的歸屬比較混亂，往往幾個似乎不相干的曹歸在一個尚書門下。同時，機構設置也不穩定，尚書的數目時有增減，省下時而五尚書，時而六尚書，時而七尚書。每個尚書管領的部門有的比較有同一性，像吏部和度支，其他的仍然比較雜亂。魏爲吏部、左民、客曹、五兵、度支五尚書；晉爲吏部、殿中、五兵、田曹、度支、左民六尚書；東晉則減爲吏部、祠部、五兵、度支、左民五尚書；南朝則吏部、祠部、度支、左民、都官、五兵六尚書，有時加一個起部，呈現出過渡時期官制變動不居的特徵。
總括起來，這一時期的尚書省下面的各部尚書大概有這樣幾個：
（1）吏部尚書。
吏部尚書是從東漢的選曹尚書轉化而來。它去掉了原任主管的祭祀之責，專管官吏選任、考覈、升遷。自曹魏以來，吏部尚書一直處於各尚書首位，地位之高，權位之隆，有時甚至壓過尚書省長官。自兩晉以來，吏部長期爲高門勢族把持。渡江以後，更是王、謝家族的掌中物。南朝謝覽，“三世居選部，當世以爲榮。”（《梁書》卷15《謝覽傳》）雖然有時皇帝爲了跟勢族抗衡，故意找寒族人士擔任，但往往不能長久。把持吏部是維持門閥政治的一個關鍵環節，所以，只要門閥勢族的勢力尚大，就不可能放手。爲了維護勢族高門壟斷高官的局面，吏部尚書甚至可以公然對抗宰輔的旨意。東晉穆帝時，司馬昱爲宰輔，想要任命兩個非勢族出身的人做不大的地方官，可是吏部尚書王彪之居然抗命，認爲即使如此，他們也不配。（參見《晉書》卷76《王彪之傳》）渡江以來，歷代皇帝和宰輔均有意削弱吏部權力，但均以失敗告終，在門閥政治佔主導社會背景下，吏部一枝獨秀的局面是不可能改變的。
（2）度支尚書。
度支即國家的財政。自曹魏起，國家財政管理開始專門化，設度支尚書，分設主管國家收支、倉庫管理、戶籍管理、田賦管理以及貨幣和度量管理等曹（部門）。度支4尚書掌管國家財政，屬於政府的“財神爺”，權力也很大。但由於事務較繁，而且管理的是世族人士所不樂計較的金錢，所以，不算世族所熱衷的清要崗位。
（3）祠部尚書。
這一時期，客曹與祠部往往混用。不過，這個部門主管的事務卻比較固定，掌管禮制和祭祀，兼管外國來客。北朝的祠部有時還負責管理國家工程和屯田事務。
（4）左民尚書。
左民尚書有時又稱右民，與駕部有混淆。左民尚書主管戶籍，與度支有權限的重疊，同時，左民還兼管“工事”，即一般性的宮苑維修，以及國家手工業。凡有大的宮苑修建，就另立起部，事畢則解散機構，事務歸左民。
（5）五兵尚書。
五兵尚書掌管軍事事務。軍官的升遷、考覈，軍隊後勤事務等均屬之。所謂的五兵，即中兵、外兵、騎兵、別兵和都兵。
（6）都官尚書。
都官尚書是從東漢的三公與二千石曹演化而來，但有時還設三公尚書，與都官混置。都官主管刑獄，審理賊盜案件，所以人稱“賊曹”。
殿中尚書。
殿中尚書主管宮中宿衛，管的是從前衛尉的事務，但衛尉之職並沒有因此而去掉，反映了過渡時期的制度特色。
田曹尚書。
田曹尚書有時也稱屯田尚書，主管屯田事務。此部門在曹魏時非常重要，關係國家收支和兵源。但渡江後，屯田事務基本上沒有了，故而此部門被裁撤。
（9）起部尚書。
起部負責皇家的宮苑修建。屬於臨時機構，有事則設，無事則省。一般事務歸在左民尚書或者祠部尚書。
以上只是一個概要的說明，實際的部門設置，職能分工都要複雜得多，南北各個朝代、國家都有許多具體的變化。總的來說，有比較確定分工的有吏部、度支、都官（後來演化爲刑部）、五兵（後來演化爲兵部）。這幾個部門也比較穩定，較少變動，而其他部門則處於分化演變之中。小說.中國政治制度史導論（第2版）