明朝立國之初，承襲元制，在中央政府設中書省，有左右丞相和平章政事總理朝政。但是，很快這種體制就令朱元璋感到不自在，有大權旁落的感覺。此公是有名的雄猜之主，有做大事的才略和膽魄，但也難免心地狹隘，猜忌心重。出身遊民的他，早歲顛沛流離，生活中充斥着白眼和歧視，不得不時刻處於防範他人傷害的警惕之中，生怕一不留神就會被同伴和對手算計了去。在打天下的時候，這些隱藏在深處的陰暗心理還能剋制，儘量表現出大度、善於用人的一面。然而，做了皇帝以後，身在深宮裡的他，越來越對大臣們放心不下，生怕人家在背後搗鬼，瞞着他做一些對他不利的事情。他覺得這個制度將他與國家日常事務分開了，真正操控一切的是宰相，而不是他本人。加上擔任宰相和其他高官的大多是他昔日的夥伴，幫他打天下、立下汗馬功勞的功臣，他的猜忌心就更重了。他未嘗不知道這些人對他的忠心，只是他更瞭解他們的本事。當天下初定之後，對功臣本事的擔心越來越重，生怕他們在天下太平之後，將這些本事用在他的身上。事實上，除了自己的親骨肉以外，朱元璋什麼人都信不過。
徐達是朱元璋的“布衣之交”，又是朱的親家，爲人忠厚老實，對朱元璋一向忠心耿耿，雖然能征善戰，功勳卓著，但從來不居功，不攬權。在戰爭歲月，深得朱元璋的信任，朱對徐達的評價是，“中正無疵，昭明乎日月”。可是，朱元璋當了皇帝以後，卻對這個老實人也不信任，一次，要將自己當初做吳王時的舊宅賜給徐達，試探徐的反應，徐達堅決地拒絕了。但是，朱還不死心，一次藉故和徐來到他的故居，將徐達灌醉，然後令人擡到正室的牀上。徐達醒了以後，發現自己原來在朱元璋的舊居正房裡，嚇得連忙爬起來，跑到朱元璋腳下跪倒，連呼死罪。顯然，朱元璋對徐達的表現還算滿意，於是龍心大悅。（《明史》卷125《徐達傳》）
於是，一場陰謀開始了。洪武十三年（1380年）朱元璋拿獨任丞相的胡惟庸開刀，說他謀反，一口氣株連了三萬餘人，封了侯的功臣被殺了二十幾個。原來功勞最大的李善長、宋濂等都被牽連進去（李被誅，宋賴皇后太子救援，總算保住了性命，遭到貶斥）。從某種意義上說，功臣問題和宰相體制是連在一塊的，胡案也可以說是朱元璋爲了廢相而尋出來的。胡惟庸一倒，朱元璋迫不及待地將宰相制度廢掉，提升六部的規格，同時將原來負責軍事的大督都府一分爲五，六部、五府均直接隸屬皇帝。從這種深思熟慮的安排看，應該是早有準備。朱元璋只等着拿胡惟庸的人頭做2引子，啓動這個過於重大的制度變革，結果是在三萬人頭落地的聲響中，一個延續1500年的制度就這樣被革掉了。胡案之後，朱元璋又接連興三個大獄，幾乎將跟他打天下的功臣悉數殺掉。沒有被殺的，實際上也在這接二連三的大動盪中憂懼而亡。朱元璋連半個舊臣宿將也沒給他的繼承者留下，原以爲是幫子孫的忙，替繼承他的皇太孫去掉隱患，結果卻是使他的繼承者建文帝身邊連一個有經驗的大臣也沒有。在削藩過程中舉措失當，面對朱棣的反叛，喪失了抵抗能力，這也是朱元璋所始料未及的。
在廢相15年後，朱元璋怕他的子孫再次恢復舊制，特意將不立宰相作爲朱家的家法，定爲永制，不許更改。自以爲是的他至死也不知道，他的這個改革，給他的子孫和他創立的王朝，帶來了無窮無盡的麻煩。
1．作爲皇帝秘書班子的內閣的由來和演變
（1）從四輔官到殿閣學士。
廢相之後，朱元璋實現了大權全攬，用今天的話來比方，就是既是國家元首，又是政府首腦。但是這樣一來，原來由宰相分擔的政府日常事務，就悉數壓在了他自己肩上。加上此老猜忌心重，事無鉅細均要過問，臣子早就在接連的大獄中給嚇破了膽，自然什麼事情都推到他那裡去，請他定奪。每天要處理幾百件事，弄得他廢寢忘食，還忙不過來，很快，他就覺得受不了了。當然，剛愎自用的他，決不可能也決不樂意恢復舊制。他還是堅持親自處理政務，只是要找幾個幫忙的。在廢相的當年，他找來了幾個在他看來比較老成的儒者，任命他們爲四輔官，春夏秋冬各一，每官有數人。按季節值班，幫助皇帝處理公務。四輔官實際上是內閣的先聲。
不過，幾個老儒雖然夠老實，但辦事能力和經驗卻一點也沒有。沒辦法，朱元璋只好撤掉四輔官，另尋出路。洪武十四年，也就是廢相的第二年，他下令讓翰林院的詞臣先幫他擋擋駕，奏章上來，先讓他們看一道，認爲合適才聞奏。接着，他設置了殿閣學士一職，從翰林院裡挑選一些文辭優美的翰林，擔任殿閣學士，幫他審閱奏章，操持筆墨，做名副其實的秘書。所謂的殿閣學士，意思就是能進皇宮裡的殿閣的學士。到了這個階段，內閣已經有一點眉目了，只是這些學士還沒有辦公地點，只是跟着皇帝轉。
（2）殿閣學士有了辦公處。
在朱棣奪取政權以後，皇帝對於秘書班子的要求趨於年輕化。他從翰林院挑選了一些年輕幹練的一般翰林，作爲他的秘書。定都北京之後，在新建皇宮的東閣開闢了一個辦公處，讓這些秘書在裡面辦3公。這些秘書被明成祖朱棣依爲心腹，朝夕相處，甚至皇帝上了牀，想起什麼來，還要招他們來，在臥榻上嘁嘁喳喳。這些人不僅幫助皇帝處理公務，操持筆墨，而且在軍國大事上提供諮詢，地位已與朱元璋時代不能相比。這些人後來陸續被提升爲翰林院侍讀、侍講、學士和殿閣大學士，備受信任。他們不僅爲皇帝出謀劃策，而且還擔負教育太子的職責，實際上成爲最核心的智囊團。到此，內閣的雛形已經具備了。只是，秘書班子還沒有屬員和印信。這些皇帝的秘書，雖然身在中樞，參與機要，但仍然是翰林院的官員，官階不過五品，比起六部長官還差得遠。
（3）內閣制度的最後形成。
朱棣的兒子仁宗朱高熾，是長在深宮裡的皇帝。由於他一向不爲父親所喜，因而地位幾乎不保，幸虧他有個好兒子，格外聰明討朱棣的喜歡，加上作爲他師傅的內閣成員拼死相爭，他才能最終登上帝位。他一上臺，馬上提升他師傅們的官階，讓他們掛上了六部堂官（負責人）的頭銜，並加太子少傅和少保銜，領雙份薪餉。這樣，內閣成員的地位一下子躍上了官僚機構的頂端，地位遠在各部尚書之上，突破了原來位卑權重的秘書模式，向重臣方向演進了。後來，內閣成員也不再限於從翰林中選拔，凡六部尚書和侍郎中有被皇帝看上的，就可以入閣。
更重要的是，內閣正式獲得了“票擬權”。所謂的票擬，又叫條旨，就是內閣成員先將需要處理的公文奏章審閱一遍，然後代皇帝草擬好處理意見，即代皇帝擬好批答諭旨，然後貼在奏章上送交皇帝最後拍板。皇帝如果同意，再用硃筆謄改一遍，作爲正式諭旨下發，如果不同意，則交內閣再議。至於那些儀式性的制、誥等類的皇帝詔書，更是出自內閣的手筆了。其實，在朱棣時代，皇帝批答奏章也經常參考“秘書”的意見，複雜的詔令，讓“秘書”先打個草稿的事情也是有的，只是當時朱棣經常喜歡操筆塗鴉，也沒有票擬這個說法，所以，人們一般認爲票擬權是在永樂以後纔有的。票擬權的出現，使得內閣實際上掌握了朝政的處理大權。由於皇帝對奏摺的批示意見是內閣起草的，六部開始向內閣請示工作，以便預先留有餘地，免得奏摺被駁回。宣宗即位，內閣的名稱，也逐漸開始見於官方文獻。到了明英宗時，人們開始將內閣類比中書省，英宗甚至稱閣老爲輔相。到了嘉靖年間，內閣開始出現首輔和次輔的排次，更加接近於原來有宰相時的左右丞相，入閣的人，外間統稱閣老，以示尊崇。
（4）明代內閣的特點。
明代的內閣，從本質上來說4，實際上是朱元璋以後的皇帝對宰相體制的部分恢復，或者說一種替代補償機制。因爲讓皇帝親自處理繁雜的日常政務，對皇帝來說，實在是一項過於辛苦的差事。有從政經驗的雖然辛苦，也許還能對付，輪到那些生長在深宮裡的皇帝的時候，往往不堪其苦，不僅身體受不了，對精神和心理都是一種折磨。況且，作爲世襲制的帝王，能力參差不齊，碰上能力差的，可能連應付都應付不下來，祖制又不能違反。或者後來的皇帝內心裡也不想違反，所以只能在原來的秘書班子上打主意，不斷地增加他們的地位，添加其權力，讓他們幫自己幹活，部分地做事實上的行政首腦。小說.中國政治制度史導論（第2版）