軍機章京跟軍機大臣一樣，也是從各個衙門抽調的，在原來的衙門都有自己的本職，人選軍機處後，擔任具體的辦事人員，俗稱“小軍機”。軍機章京分爲滿漢兩房，分別辦理各自的事務。由於軍機處的主要工作就是草擬皇帝的諭旨，而這項工作實際上又是由軍機章京來承擔的，也有相當的空間，可以上下其手。所以，小軍機的地位也很重要，被外界視爲決策的核心成員。
比之明代的內閣，軍機處跟皇帝關係更加密切。由於沒有宦官的摻和，軍機處的秘書功能發揮到了極致，軍機大臣幾乎要隨時隨地伺候在皇帝身邊。皇帝出行的時候，也要隨皇帝一起行動，招之即來。
軍機處的主要工作有這樣幾項，一是與皇帝商議重大事務，一般由皇帝將全體軍機大臣召到身邊開會，聽取大臣們的意見。二是秉承皇帝的旨意，草擬上諭和詔書。三是對皇帝發下來的奏章進行處理，提出處理意見供皇帝參考，這項工作有點類似於明代內閣的票擬。軍機處的工作特點，時人概括爲三個字：密、簡、速。密即辦事機密，每日清晨，太監將軍機處的大印捧出交給值班軍機，日暮時再將它收回去。軍機處的臺階，不是本衙的人員，一律不得踏上半步，否則格殺勿論。跟其他衙門相比，軍機處由於人員少，所以辦事的確手續簡便，而且在皇帝的直接督促之下，辦事效率也高。
清代皇帝都比較勤政，喜歡自己做主，所謂“乾綱獨斷”。軍機大臣在商議軍國大事的時候，如果過於有主見，話說多了，難免有失。真正能比較長久保持地位的，往往是少說話多辦事的人，即主意皇帝來拿，自己只是按皇帝的旨意來辦事。有的時候，即使已經看出了問題的要害，皇帝不說，爲臣子的絕不好先說。軍機大臣中經歷乾、嘉、道三朝的曹振鏞，深得歷代君主的歡心，秘訣就是“多磕頭少說話”。
2．清代皇帝的決策核心地位
比起明代多數皇帝來，清朝的皇帝對國家政治的掌控更加實在。首先，清朝採用了密摺制度，允許和鼓勵四品以上的中央和地方官員，直接向皇帝遞密摺。時間一長，本該由通政使司轉達的奏章（題本），反而變成無關緊要的東西，而真正可以應付的公文倒成了密摺。密摺制度的作用有兩個，一是使得朝政進一步黑箱化，增添皇權的神秘感。二是起到了使官員、尤其是同僚，相互告密的作用。比如一省之內，督撫、布政使、按察使、道臺都可以獨自上折密奏，那麼誰還有膽量揹着皇帝做不臣之事？明代使用特務監視羣臣，效果其實不好，因爲專業的特務等於都有記號，是哪一類人大家心裡有2數，可以預先提防。而密摺制度使得同僚變成了“特務”，誰都有被打小報告的可能，自然是防不勝防，於是只好老老實實。
其次，皇帝親掌國家的人事大權。在清代，連知縣這種七品芝麻官上任，都需皇帝親自考察。上任之前，須皇帝親自接見，如果皇帝當場感覺不好，那麼這個官哪怕手續都辦好了，也做不了。再大一點的官吏任命，都由皇帝和軍機大臣商議好了直接下達，吏部的職能退化成了只負責官吏的考覈。不僅官員上任皇帝要親見，到任升遷或者轉任皇帝也要接見。皇帝通過接見，一是瞭解各地的情況，二是考察官員本身的素質。
再次，皇帝親掌國家的司法大權。在清代，全國的死刑犯，都必須由刑部、大理寺和都察院（俗稱三法司）會審後，報皇帝勾決。清代皇帝往往不僅看刑部報上來關於犯人的簡要“說帖”，而且經常調集案卷，親自考察，牢牢掌握着司法的最後決定權。當然，如果不是十惡大逆，皇帝往往會法外施恩，減輕三法司定的刑罰，比如將斬首改爲絞刑等等。
最後，清代的皇帝，對於意識形態控制抓得特別緊。元朝皇帝基本上是外行，以馬上治天下。明朝皇帝雖然實行特務統治，朱元璋時代雖然興過文字獄，其實對思想文化的控制並不嚴，文字獄都是以爲人家觸犯自己禁忌而一觸即跳的小兒科。但是，到了清朝，尤其是所謂的康雍乾盛世，諸位精通儒術的皇帝，一手抓“文化建設”修書，一手抓文字獄。清朝文字獄雖然有的也是捕風捉影，但有一些真的打在了士大夫的七寸上，逐漸打掉了他們對異族統治殘餘的不平之氣。至於聲勢浩大的修四庫之舉，雖然不能說沒有文化典籍整理的意義，但其中文化篩選和清洗的目的，還是相當明顯的。對過去的書籍，一部分“政治上反動”的要銷燬，片甲不存；一部分有問題的，書毀而目存；還有一部分則將個別有問題的言語刪掉。所以，後世有人說，清人修書而圖書亡。
需要指出的是，大權獨攬的清朝皇帝有一個特別的政治習慣，就是如果不是他主動發問，他不喜歡臣子提建議，更不允許臣子給他提意見，尤其反對臣子公開的諫議，認爲那不過是臣子爲了自己揚名而“彰君之惡”。因此，清朝基本上不存在像明代那種大規模的臣子上書諫諍，甚至連原本屬於諫官的六科給事中，也退化爲一般的御史。監察機構只對下，不對上，變成了純粹的皇帝鷹犬。
比起明朝來，清代的皇帝對國家政治運行的掌控程度明顯要高。無論局面如何變換，形勢多麼複雜，皇帝對於國家機器從來沒有失控過。對局面掌控得3牢，往往意味着掌權者不僅要勤勉，還要具有超強的能力。顯然，清朝皇帝是不可能個個同時具有這兩者的（就是對康熙和乾隆，現在的評價也有拔高之嫌）。即使具備這兩種能力，不喜歡聽意見的習慣，也難免讓皇帝出大的失誤。這裡，我們不得不提到清朝政治的另一個特色，那就是對規矩和習慣的依賴。清朝的《會典》和《則例》多次被修訂，日常的國家事務，往往依靠《會典》與《則例》來辦。即使皇帝本人，一般也要顧及規矩的規定，不肯隨意突破藩籬。清朝政治的循規蹈矩，使得這個朝代政治的運行相當穩定。明代爲禍甚烈的宦官專權現象，在清朝基本上沒有出現，即使在晚清西太后掌權的時候，宦官勢力雖然稍有擡頭，卻也談不上專權。不僅如此，有清一朝，沒有外戚和權臣專權，更沒有軍閥割據，以往王朝的弊病，在這個朝代表現得都相當輕。但是，清朝也沒有什麼特別的思想家，甚至連名臣和賢臣都沒有。用龔自珍的話來說，街上連“才偷”都沒有。皇帝的手下，只有奴才，最好是能幹的奴才。在這種政治氛圍中，出大亂子難，但改革積弊也難。
3．翰林院在中樞的特殊位置
翰林院是承襲明代的機構，理論上所有著作、制誥、圖書、修史、經筵之事都歸這個機構負責。但實際上除了爲皇帝做起居注和爲修史做準備工作，以及偶爾有一點應制文章外，翰林院的學士和翰林們，基本上無事可做。但是，翰林官是居於科舉金字塔頂尖的明珠。凡是進入翰林院的人，一般都是科舉考試中名次最好的優勝者，一向受到皇帝的重視。一般的翰林，雖然官階不高，但地位相當特殊。他們不僅可以享受許多優待，在服飾上也與衆不同，而且出息特別地好，一般各地鄉試的主考、副主考，例由翰林充任，各省的學政，也是翰林的專利。只要當了考官和學政的差，那麼即使只有七品官階，到了地方其最高的長官總督巡撫都得親自來接，畢恭畢敬，完全跟他們平起平坐。翰林外放，被稱爲“老虎班”，升遷特別快，如果沒有意外，十來年的工夫就可以升爲地方大吏。如果不想出京，那麼也可以在翰林院內部升轉。清代不預立太子，但原本作爲太子屬衙的詹事府卻依舊保留，什麼公務也沒有，就是用來作爲翰林升官遷轉的。只要翰林升爲翰林院和詹事府的中層官員，那麼很快就會轉成六部和各個監寺的高級官員。
事實上，翰林在清朝的中樞決策圈中起了某種非常特殊的作用。一方面，進入決策圈的高級官員，大多翰林出身；另一方面，翰林院的成員，大抵是負責皇子教育的老師的當然人選。同時，4他們之中的某些人，還會被皇帝選中，進入南書房陪皇帝讀書，實際上是皇帝的文學侍從，在政治決策中發揮特別的作用。在某些特殊場合，這些侍從對皇帝的影響力，要超過正式的中樞成員。按照傳統權力結構的一般規律，凡是接近最高權力中樞的人，無論其是否擁有制度上規定的發言權，都可以影響決策。清朝皇帝對宦官和后妃都有足夠的警惕，往往有意識地去限制他們的影響，在正式的決策過程中又不鼓勵中樞成員的主動行爲，那麼，皇帝可以接受意見的途徑大概只剩下滿族親貴的內部交流和身邊的文學侍從了。小說.中國政治制度史導論（第2版）