談到不這次人事變動，楊杏佛說，與“革命勢力已達長江，黃炎培、丁文江相率辭職”有關，其目的是爲了“和緩各方之空氣”。他還說，當年北京各團體選舉中基會時，蔡元培和汪精衛得票最多，但是郭秉文卻“藉口孟祿、曹錕之反對，不使入選”，從而使中基會淪爲“少數私人壟斷中國文化之工具”。楊的話是1928年6月在寫給外交部長王正廷的信中講的，當時楊是大學院副院長（院長蔡元培），大學院是管理全國學術教育的最高行政機關，因此這封信見報後影響極大。儘管任鴻雋也承認“杏佛所說有許多並非事實”，但這件事表明南京國民政府成立後，中基會所面臨的嚴酷處境。
1928年6月底，醞釀多日的中基會第四次年會還未召開，社會上已經是滿城風雨、謠言四起了。當時不僅郭秉文、丁文江等人不能爲新政權所容，就連胡適也好像要大禍臨頭。
7月上旬，朱經農寄給胡適一份剪報，內有北京市民大會電請國民政府通緝段祺瑞等人的消息，大會還要求將胡適作爲“三一八”慘案的“附逆黨徒……一體拿辦”。
7月27日，《民國日報》有消息說：蔡元培在“國府席上，提出的改組中華教育文化基金董事會案，即任命胡適、貝克、貝諾德、孟祿、趙元任、司徒來登（即司徒雷登）、施肇基、翁文灝、蔡元培、汪兆銘、伍朝樞、蔣夢麟、李石曾、孫科、顧臨等爲董事，……還提出了中華教育文化基金董事會章程修正如下：原章第三條‘董事由大總統任命’，以後缺出‘由董事會自選繼任董事’，改爲‘……董事任期三年，期滿由大學院根據全國學術界公意，提出人選，呈請國府另行任命’。”
胡適將此類剪報保存在日記中，還在上述“章程修正”後加了“此條最無道理”的眉批。
爲什麼說“此條最無道理”呢？胡適在8月11日寫給蔡元培的信中做了解釋。
他說：“文化基金董事會章程的基本原則爲脫離政治的牽動，故董事缺額由董事會自選繼任者。前年我們在上海所擬英國庚款董事會的組織，即依此原則爲標準。今忽廢去此條，改爲董事三年期滿由大學院呈請政府任命，便是根本推翻此原則了。”
這就是說，按照原章程規定，董事會一旦成立，其人事變更以及各項事宜就應該脫離政治，不再被政府左右。這個“基本原則”不僅保證了中基會及其教育文化事業的獨立，也爲其他國家退還庚款樹立了榜樣。然而由蔡元培提出的章程修正案，卻從根本上推翻了這個原則。
胡適還對蔡元培說：提出這種建議的人也許是“以爲當日政府不良，故須防政治的牽動；今爲國民的政府，不應防禦其干涉了”。這種想法看似有理，然而“事實上政治是否完全，是否盡如人意，誰也不敢擔保”。何況“先生在大學院，能有幾年，大學院自身能存在幾時，都不可知”。因此學術文化教育事業對於政局的變動和政治的干涉，“似亦不可不防”。此外，胡適還爲張伯苓、周詒春等董事作了辯護。
爲此，胡適在當天日記中說：“寫了一封信給蔡先生，討論中華文化基金會的事。此事我若不開口，別人更不開口了。故我不能不說幾句話。”
第二天，胡適還就此事與傅斯年作了長談，並表示準備辭去大學院委員和中基會董事。對此，傅斯年當即進行了勸阻，後蔡元培得知後，也來信好言相勸。只是，這兩個人對這個問題都沒有胡適敏感，也沒有看到問題的嚴重性。
8月31日，胡適在日記中寫道：“中華文化基金會事，我本想辭了不幹，但叔永（任鴻雋字叔永）力勸我勉強不要辭，將來或可盡點維持之力。我不忍太堅持，只好暫擱起來再說。”日記之後，還有一份大學院公函、一份剪報、一通周詒春致任鴻雋的信。前兩份材料證實上述改組方案已獲國民政府批准，後一封信則談到貝諾德、顧臨和司徒雷登等美方董事對修改章程的擔憂。
在此期間，孟祿和蔡元培等人曾通過函電往來討論此事。孟祿認爲，中基會的組織管理應該相對獨立於政府，不受政局變動的影響；如果擅自進行改組，不僅無法保證董事會的連續性，還會引起不必要的外交衝突。蔡元培則強調：“因爲中華基金會的中方成員是曹錕委派的，所以政府對此會的改組是必要的。”
10月4日，《時事新報》發表《大學院改組教育文化基金董事會說明》，內稱自國民政府明令改組中基會以後，大學院多次接到外交部來函來電，通報美國方面的反映。這些反映可以歸納爲三點：一是改組董事會以及修改章程沒有得到美國政府同意，違背了原來的約定；二是董事會是非政治機構，不應該受政局變化的影響；三是原章程規定董事應該自選，如今由政府委派，違背了自選原則。
對於這些意見，大學院的解釋是：第一，美國退還庚款，本來是無條件的，因此這次修改章程和改組董事會不需要徵求美國政府同意。第二，董事會成立時，曹錕政府曾拒絕學術教育團體推舉的人選，這說明此事一開始就無法脫離政治。第三，由賄選總統任命的這個董事會，是不可能通過自選方式來完成其更新換代的；只有對它進行改組，才能走上非政治的道路。而在此之前，蔡元培爲了辭職已經攜帶家眷離開南京，由楊杏佛代行其事。這好像證明了胡適的先見之明。
儘管大學院的解釋振振有詞，但是早在9月13日，胡適就收到楊杏佛以大學院名義發來的一份公函，內有“現準孟祿來電，請從緩改組中華教育文化基金董事”等語，並請胡適、蔣夢麟“將這次改組理由及補救辦法”，向孟祿詳細解釋，以免引起誤會。可見楊杏佛等人雖然表面上嘴硬，實際上已經在尋求妥協和退路了。
問題是中基會的改組不僅引起了誤會，還涉及到兩個重要的問題。
第一是外交和法律的問題。
按照規定程序，美國退還的第二批庚子賠款，是在中基會成立之後，由美國總統簽署命令撥付的。現在中國政府對它進行改組，等於說原來的受款機構已經不復存在，即美國政府已經失去付款對象，不能繼續付款了。美國是一個法制健全的國家，要想改變這種令人尷尬的狀況非常困難。可見南京政府改組中基會之舉，過於草率。
第二是觀念和影響的問題。
按照楊杏佛等人的想法，既然國民革命已經成功，國民政府已經成立，那就應該對中基會進行改組，因爲它畢竟是由賄選總統曹錕任命的。但是他們沒有想到，越是一個好的政府，就越應該尊重學術文化教育的獨立。這是現代社會的一個最基本的原則。何況政府的“好”“壞”是相對而言、不以個別人意志爲轉移的客觀存在。因此，假如一個“好”的政府不能保護學術文化教育的獨立，那就很可能爲“壞”的政府破壞這種獨立留下藉口，甚至是開了先河。對於這個問題，孟祿教授有一句非常精闢的話。他說：“如果一個出於最善良動機的好政府可以干涉董事會的運作，那麼一個帶有自私動機的壞政府也可以做同樣的事情。”
1928年10月，南京國民政府因改制而取消大學院，並在行政院之下設立教育部。11月下旬，胡適收到新任教育部長蔣夢麟來信，討論中基會改組的事應該如何補救。蔣根據孟祿、任鴻雋的意見，提出由教育部召集原來的董事開會，讓政府不喜歡的5人辭職，再補選5名新的董事。至於修改章程的問題，可以由新董事會討論解決。蔣還說，等到孟祿抵達上海後，就可以開會。
12月3日，蔣夢麟電邀胡適抵達南京，並於當晚宴請胡適、蔡元培、任鴻雋、王寵惠、羅家倫、孫科等人。胡適曾對孫科說，事已至此，最好由新董事致函原董事會，情願放棄董事資格，請原董事自由選舉，這纔可以減少政府幹涉之嫌，又能讓他們重新當選。
幾天後，胡適又在信中對孫科說：也可以“由新董事向政府辭職”，然後“讓舊董事會自由選補。”這兩個方案的共同點是尊重董事會獨立的原則，區別在於前者是讓新董事“放棄”董事資格，後者則是讓他們向政府“辭職”。在這封信中，胡適還用英文引述了孟祿所謂好政府、壞政府的話。
12月中旬，孟祿如期到達上海，中基會第三次常會也準備在半個月以後舉行。經過一番接觸和胡適的反覆解釋，蔡元培等人終於明白問題的嚴重性。與此同時，孟祿卻發現一個新的問題：由於政府的命令在前，如果以教育部而不是國民政府的名義召開會議，還“不能使舊董事會有法律根據”。
這時已經是12月23日，距國民政府本年度的最後一次行政例會只剩下兩天時間了。在這種情況下，胡適急忙與蔣夢麟聯繫，併爲他起草了呈請國民政府批准開會的文件，然後讓他帶回南京。
直到28日傍晚，胡適從蔣夢麟來電中得知，“前案已通過國民政府”，他才如釋重負。爲此，胡適在當天的日記中感嘆道：“其實此次所提之案即是我以前爲孫哲生（孫科字哲生）擬的辦法。而我的原辦法比今回所通過的辦法，冠冕堂皇的多了。他們一定不採用我的辦法，卻一定要等到一個外國人來對他們說，‘不這樣辦是拿不到錢的’，他們然後照辦！說起來真可羞！”
1929年1月3日，中基會在杭州召開會議。胡適在當天的日記中抱怨說：“此次大家都是很難爲情的。楊杏佛放了一把火，毫不費力；我們卻須用全部救火隊之力去救火！”胡適認爲大家忍辱負重、顧全大局，不過是“給這個政府留一點面子，替一個無識的妄人圓謊”。爲此他又氣又恨，非常痛苦。
會議開始後，又出現兩個棘手的問題：一是原定由汪精衛接替周詒春擔任董事，但是有人反對汪當選，美國董事也“怕他搗亂”；二是5名舊董事的辭職表面上是自己提出，其實仍有政府脅迫之嫌，何況原來由政府任命的5人如果全部當選，也給人以做戲的感覺。
當天晚上，胡適遲遲不能入睡，他覺得“實在沒有面孔留在基金會，遂決計辭職，提出任叔永爲繼任人。”
第二天一早，胡適拿起周詒春交給他的一個董事任期名單，仔細看罷，“忽然想到一個絕妙的解決方法”：第一，由於郭秉文到六月份就要任滿，如果讓汪精衛接替郭，汪的任期就沒多久了。屆時只要不推選汪連任，第一個問題就解決了。第二，爲了避免有政府脅迫之嫌，董事會應批准他辭職，並選舉任鴻雋爲董事。這樣一來，改選名單由5人變爲6人，既可以證明缺額“由本會自選”的原則，又可以表明董事會並沒有按政府的意圖辦事。此外胡適還認爲，他主動辭職對於被迫辭職的張伯苓、周詒春等人來說，也是個安慰。
第二天一早，他將這個絕妙的方案介紹給大家，並在會上獲得通過。大家本來不同意他辭職，他說：“今年六月便有缺額，你們要讓我回來，可以再舉我。”董事改選後，新一屆董事會又選舉蔡元培和蔣夢麟爲正副董事長，任鴻雋爲秘書兼幹事長，翁文灝、趙元任爲執行委員。
會議結束後，有人給胡適寄來一份雜誌，內有一篇《胡適之掃興而回》的署名文章。文章說：胡適對“收回庚子賠款運動頗爲賣力，故得歷任委員，其公費聞每月有千金之巨”。最近胡適因爲落選，“如青天霹歷，懊喪異常，……在杭盤桓一夕，即掃興而回。今後胡博士生活上恐將大受影響矣。”胡適看了之後哈哈大笑，隨即給雜誌主編回覆一信，信中解釋了他們“不支俸給，也不支公費，只有到會時可支旅費”的事實，指出了文章中的其他錯誤，還表示他辭去董事以後，心情非常高興。
這一年6月，中基會在天津召開第五次年會，“全體一致票選胡適君繼任汪兆銘董事之任”，至此，中基會改組風波纔算平息。