北洋系內部也不平靜，北京政.府任命各省督軍命令頒佈後，很快發生了馮國璋和張勳互爭地盤的糾紛。
張勳的地盤應該是在安徽，但他的總部卻設在徐州，並將隴海線徐州以東的廣大地區據爲己有。這些地區是無疑是屬於江蘇的，馮國璋對此早就很不滿。
但是，在袁世凱末期，他正想利用馮、張兩人的這一矛盾而視若不見。馮國璋顧及袁的態度，所以只得隱忍。袁死後，督軍命令發表後，馮認爲不能再容忍了，因此電請張勳移駐安慶以符合定製。
那知張勳卻告訴馮，他除了安徽督軍一職外，還兼長江巡閱使。江蘇是在長江流域內，長江巡閱使駐防徐州不能說不符定製。
馮接了這個電報，氣得要死，和張勳無理可講，便向北京政.府提出辭職。
馮辭職當然是一種姿態，是敦促北京下令張勳讓徐州。北京政.府這時對這種事也是有心無力，只能委婉地勸張自動讓防，張勳根本不理。
八月二十九日，馮再電北京政.府，歷數辮子軍在徐海一帶橫行不法種種，使人民痛苦不堪，馮身爲江蘇督軍，不能坐視不理；加以張對政.府命令置之不理，政.府應該處理。於是，北京政.府再度勸告張勳移駐安慶。
那知張勳也用辭職手段要脅，他電告北京政.府寧可辭去安徽督軍，也不會讓徐州。
這樣一來，馮、張的糾紛只好不了了之。
張勳的情況並非個案，安徽省長倪嗣沖的駐地也不在省會安慶而在江蘇的蚌埠，安慶只設有督軍和省長的駐省辦事處。安徽的民政、財政、教育等部門都在省會安慶，省政諸事每天要用函電向蚌埠請示處理。
倪嗣沖也是一個驕橫之人，怎麼說也不肯離開蚌埠。北京政.府雖然一再敦促他把省長公署遷至安慶，他就是不予理會。
這表明，各路諸侯稱霸的局面，已經是在形成之中。另一方面，中.央.政.府對底下的掌控，也已經是很軟弱了。
六月六日袁世凱去世，六月七日陝西陳樹藩宣佈取消獨立，六月八日四川陳宦宣佈取消獨立，六月九日廣東龍濟光也宣佈取消獨立。段祺瑞對這三個取消獨立的地方首長採取各別不同的辦法，他的目的只在於達到北洋派專政和分化護國軍力量。
和湖南一樣，廣東這邊也衝突不斷。
龍濟光本就是在廣西護國軍和廣東各地民軍四面包圍下被迫宣佈獨立的。在宣佈獨立時，他取得了袁世凱的秘密指示和諒解。雖然獨立了，卻仍然和袁用密電保持往來，還曾請袁世凱調北洋軍由海道開至廣東以解救他的危機。袁死後，他又與繼承袁的段祺瑞取得了密切聯繫。
護國軍軍務院在肇慶成立後，雲南護國軍第二軍總司令李烈鈞，根據護國軍取道廣西和廣東向江西進兵的總體安排，率領張開儒、方聲濤兩個梯團，於五月十二日開到肇慶。
這時袁世凱還未死，龍濟光是既不肯出兵北伐，又拒絕滇軍通過廣州。他所持的理由是害怕引起誤會，主客兩軍自相沖突。
陸榮廷也害怕在廣東境內引起這種衝突，因而主張對龍妥協。經和龍濟光商定，滇軍由肇慶經三水到琶江口，轉乘火車到韶關，這樣就避開了廣州。
六月七日張開儒梯團到達韶關時，袁已去世，龍濟光竟藉此理由，電令韶關鎮守使朱福全閉門不納，迫使滇軍露宿城外。
護國方與韶關守軍交涉，又發生了守軍在城上架炮轟擊護國軍事件，由此而引發了北江之戰。
李烈鈞率領的滇軍在韶州遭遇龍濟光的濟軍攻擊後，全軍極爲憤慨，便對韶州發動猛烈攻擊，當日便攻入韶州。
龍濟光派軍增援，七月三日又被滇軍在源潭予以痛擊，濟軍大敗。桂軍莫榮新乘機由西路攻入三水，龍被迫放棄一切，集中兵力困守廣州。
龍濟光不和軍務院聯絡便擅自宣告取消獨立，就是想擺脫軍務院的干涉。他一直認爲北洋軍系是全國最強大的軍事力量，依賴北洋系作靠山，他就不怕滇軍和桂軍。
他也時刻想着把滇軍和桂軍驅逐出廣東，只有這樣，自己在廣東才能安枕。在取消獨立的同時，秘密電請段內閣，要求三路出兵“援粵”。他所謂的三路就是由海道運輸北洋軍來粵，和江西、福建兩省的北洋軍由陸路開進廣東。在他看來，這樣就可以夾擊滇軍，先擊敗滇軍再驅逐桂軍。
不料這個電報卻被軍務院截獲，由代理撫軍長岑春煊通電公佈。龍無法抵賴，只好僞造軍務院不肯撤銷和岑春煊、李烈鈞兩人密謀攻佔廣東的往還電以資抵消。
段祺瑞當然不想看到護國軍繼續北進，當即接受了龍的乞援電。隨後便電令江西督軍李純就近調遣北洋軍第六師全部開往贛南，福建督軍李厚基率軍開往閩南。並派薩鎮冰率海軍以保護外僑爲名開往廣州，試圖把廣東仍保留在北洋軍的勢力範圍之內。
李純已有江西，李厚基已有福建，既然有自己的地盤，對於廣東就不太感興趣。所以對段的命令陽奉陰違，只是象徵地派兵，其目的是防堵滇軍侵入贛、閩。
鑑於廣東形勢的變化，段內閣乃於七月六日發表全國各省軍民長官命令時，藉機對廣東問題大做文章。將李烈鈞調到北京“另有任用”，以陸榮廷爲廣東督軍，朱慶瀾爲廣東省長，龍濟光爲兩廣礦務督辦。同時又任命陸榮廷暫署湖南督軍，陸未到廣東前，仍由龍濟光暫署廣東督軍。
在這個人事命令中，包含了諸多玄機：其一調李烈鈞入京是調虎離山，移開了廣東北洋派正面的敵人。其二桂軍雖然也和龍濟光爲敵，可是態度不似李烈鈞那麼頑強，所以發表陸榮廷爲廣東督軍，就可以軟化桂軍。其三又派陸榮廷署理湖南督軍，是阻止陸到廣東接任督軍，使龍濟光可以繼續留在廣東督軍位子上，以待北洋軍的來援。這是一石兩鳥的妙計，對滇軍是調虎離山，桂軍是緩兵之計。
就段祺瑞來說，處理廣東問題已是煞費苦心。
段祺瑞對廣東的安排引起廣東人士激烈的反對，以唐紹儀、梁啓超、王寵惠爲首的各黨各派代表，紛紛電請北京政.府罷免這個廣東人民的公敵龍濟光。於是段乃藉口“粵事真相不明”，加派剛由湖南逃出來的湯薌銘爲廣東查辦使，並派海軍上將薩鎮冰爲粵閩巡閱使，借海軍來向敵對方面鎮壓。
湯薌銘和黎元洪、段祺瑞都有相當關係。由於他是湖北人，和黎元洪是同鄉，又同爲海軍學生出身。袁世凱未死前，馮國璋召集南京會議，湯薌銘和馮國璋都是主張袁退位的。馮這樣主張，是爲了自己想借南方支持登上總統寶座，湯則是自始至終主張由副總統黎元洪繼任大總統。
因爲這個原故，黎元洪內心對湯極有好感。段祺瑞知湯是在重大壓力下被迫宣佈獨立的，更知道湯這個人不會投靠國民黨。加上段這時正要借重湯薌銘的哥哥、進步黨領袖湯化龍在國會內相助，所以也極力想拉攏湯薌銘。
段祺瑞派湯薌銘爲廣東查辦使，是想讓湯最終署理廣東，他的這一招應該是和袁世凱學的。袁世凱在癸丑二次革命時，曾派湯爲湖南查辦使，率領一部分軍艦開到洞庭湖，隨後即發表他爲湖南都督。廣東人士深怕段也來這一手，趕走了一個殺人魔王，又來了一個殺人魔王，因此堅決反對湯到廣東。
陸榮廷是怎樣想法呢？他的桂軍本是向廣東和湖南兩方面發展的。他在廣東，不像滇軍那樣和濟軍尖銳化，在滇軍和濟軍相持時，藉機帶領了一部分桂軍開進湖南，把湖南控制在他的手裡。
拿湖南和廣東相比，湖南地處要衝，內部情況複雜，財源不及廣東富饒，兩者相較，在魚與熊掌不可得兼的條件下，陸榮廷當然要舍湖南而取廣東。因此，七月十日陸榮廷不理睬北京命令他暫署湖南督軍的命令，由衡州班師回桂，集中主力準備開赴廣東。
段祺瑞在北京聽說陸榮廷由湘班師回桂，正準備入粵的消息後，大爲不安。這與他的安排恰恰相反，他本是一套假戲，而陸則是認了真要假戲真做。
段祺瑞這時在處理廣東問題時，引起了閣潮。他和北洋諸將，對李烈鈞都懷有敵意，認爲李是北洋系的大敵。調李入京不過是虛招，他斷定李不會受調，就可藉機翻臉。秘書長徐樹錚瞭解他的用心，未經閣議討論和通過，便將令贛、閩兩省出兵“討伐”李烈鈞的通電發出，從而導致了內務總長孫洪伊和徐樹錚的正面衝突。
這時，在徐州的張勳也於七月三十一日發出通電痛斥李烈鈞，主張贛、閩兩省出兵“援粵”，接着倪嗣沖電請北京下令“討伐”李烈鈞。北方各省立即隨聲附和，張懷芝、趙倜、孟恩遠、楊善德、閻錫山、馮國璋、王佔元、畢桂芳、陳樹藩紛紛通電“致討”，對李烈鈞極盡攻擊。
八月十一日，北京政.府發表處理廣東問題的命令說：
“龍濟光未交卸以前，責任守土，自應約束將土，保衛治安。李烈鈞統率士卒，責有攸歸。着即均勒所部，即日停兵。此後如有抗令開釁情事，自當嚴行聲討以肅國紀。”
段祺瑞此舉是想用中央的威信向李烈鈞攤牌，如果李烈鈞不聽命令，就是反抗政.府，背叛國家，他便可以號召全國，羣起而攻之。
如果真是這樣，搞不好國家又是一場內亂。
只是這個時候，陸榮廷已帶兵到了肇慶，他已發表爲廣東督軍，可是出師有名。在滇、桂軍雙重壓力下，“責任守土”的龍濟光先不爭氣而打了退堂鼓。
龍主動提出卸職條件：（一）濟軍二萬人（虛報）以上，應編爲兩師；（二）請撥付軍餉和移防經費三百萬；（三）督辦兩廣礦務，應選擇兩廣扼要地點屯駐濟軍，在濟軍駐防區內，其他各軍須撤出；（四）督辦兩廣礦務公署應照督軍公署的規模，直隸中央，本省長官無權調度。
李烈鈞這時也看清楚自己留在廣東有礙大局，成爲北洋軍干涉廣東問題的藉口。便於八月十七日通電自行解除職務，在粵境內的滇軍由張開儒、方聲濤兩師長直接統轄。
八月二十二日李烈鈞和滇軍告別。北京對於他肯定是是非之地，他自是不會去的。
急流勇退的李烈鈞，於二十七日到肇慶會晤陸榮廷後，取道香.港趕赴了上海。
八月二十五日薩鎮冰到了廣州，和廣東省長朱慶瀾調停粵局。龍濟光討到餉款後率兵移駐瓊州（海南島），陸榮廷後來在肇慶就職廣東督軍。
廣東的亂局，總算告一段落。