1946年8月23日出生於浙江省餘姚縣橋頭鎮，在家鄉讀完小學。
1957年—1963年，先後就讀於上海新會中學、晉元中學、培進中學至高中畢業。其間，曾獲上海市作文比賽首獎、上海市數學競賽大獎。
1963年考入當年最難考的上海戲劇學院戲劇文學系，但入學後以下鄉參加農業勞動爲主。
1966年夏天遇到“**”災難，家破人亡。父親餘學文先生因被檢舉有“錯誤言論”而關押十年，全家八口人經濟來源斷絕；唯一能接濟的叔叔餘志士先生又被造反派迫害致死。1968年被髮配到軍墾農場服勞役，每天從天不亮勞動到天全黑，極端艱苦。
1971年9.13事件後，周恩來總理爲搶救教育而佈置復課、編教材。從農場回上海後被分配到復旦大學魯迅教材編寫組，但自己擇定的主要任務，是冒險潛入外文書庫獨自編寫《世界戲劇學》，對抗當時的“八個革命樣板戲”。
1976年初，編寫教材被批判爲“右傾翻案”，便逃到浙江省奉化縣大橋鎮半山一座封閉的老藏書樓研讀中國古代文獻，直至當年10月“**”結束，下山返回上海。
1977年—1985年投入重建當代文化的學術大潮，陸續出版了《世界戲劇學》《中國戲劇史》《觀衆心理學》《藝術創造學》《Some Observations on the Aesthetics of Primitive Theatre》等一系列學術著作，先後獲全國優秀教材一等獎、上海哲學社會科學著作獎、全國戲劇理論著作獎。其中，獨自在災難時期開始編寫的《世界戲劇學》，出版至今三十餘年仍是全國在這一學科的唯一權威教材，直到2014年一年內還被三家不同的出版社再版。
1985年2月由上海各大學的學術前輩王元化、蔣孔陽、伍蠡甫等資深教授聯名推薦，在沒有擔任過副教授的情況下直接晉升爲正教授，是當時全國最年輕的文科正教授。
1986年3月，因國家***在上海戲劇學院舉行的三次民意測驗中均名列第一，被任命爲上海戲劇學院副院長、院長，爲當時全國最年輕的高校校長。主持工作一年後，即被***教育司表彰爲“最有現代管理能力的四名院長”之一。與此同時，又出任上海市諮詢策劃顧問、上海市寫作學會會長、上海市中文專業教授評審組組長兼藝術專業教授評審組組長。被授予“國家級突出貢獻專家”、“上海十大高教精英”等榮譽稱號。
1989年—1991年，幾度婉拒了升任領導職位的徵詢，並開始向國家***遞交辭去院長職務的報告。辭職報告先後共遞交了二十三次，終於在1991年7月獲准辭去一切行政職務，包括多種榮譽職務和掛名職務。辭職後，孤身一人從西北高原開始，系統考察中國文化的全部重要遺址。當時確定的考察主題是“穿越百年血淚，尋找千年輝煌”。在考察沿途所寫的“文化大散文”《文化苦旅》《山居筆記》等快速風靡全球華文讀書界，被稱爲“印刷量最大的現代華文文學書籍”。他也由此成爲國際間最具影響力的華文作家之一。
1991年5月，發表《風雨天一閣》，在全國開啓對歷代圖書收藏壯舉的廣泛關注。
1992年2月開始，先後被多所著名大學聘爲榮譽教授或兼職教授，例如復旦大學、上海交通大學、同濟大學、上海大學、中國科技大學、西安交通大學等。
1993年1月，發表《一個王朝的背影》，首次肯定少數民族王朝入主中原的特殊生命力，重新評價康熙皇帝，開啓此後多年“清宮戲”的拍攝熱潮。
1993年3月，發表《流放者的土地》，首次揭露清朝統治集團迫害和流放知識分子的兇殘面目，並介紹不屈的“流放文化”。
1993年7月，發表《蘇東坡突圍》，刻劃了中國文化史上最可愛、最可親的人格典範，揭示中國知識分子所必然面臨的一層層來自朝廷和同行的酷烈包圍圈，以及“突圍”的艱難。此文被兩岸三地的報刊廣爲轉載。
1993年9月，發表《千年庭院》，首次用散文方式梳理了中國古代最優秀的教學方式——書院文化。
1993年11月，發表《抱愧山西》，首次向海內外系統描述了中國古代最成功的商業奇蹟——晉商文化。由於中國傳統文化歷來輕視商業文明，因此，全文一開始就抱持着一種隔代的慚愧心態和追尋心態，爲當時正在崛起的經濟熱潮尋得了一個古代範本。此文發表後一時讀者無數，連很多高官也爭相傳誦。
1994年3月，發表《天涯故事》，首次系統地論述沉埋已久的海南島文化的歷史框架，並把海南島文化歸納爲“生態文明”和“家園文明”，主張以吸引旅遊爲其發展前景。
1994年5月—7月，發表長篇作品《十萬進士》（上、下），首次清理千年科舉制度對中國文化的正面意義和負面意義。
1994年9月，發表《遙遠的絕響》，描述魏晉名士對中國文化的震撼性記憶。由於文章格調高尚悽美，一時轟動文壇。
1994年11月，發表《歷史的暗角》，首次清理“小人”在中國文化中的隱形破壞作用，以及古今君子對這個龐大羣體的無奈。發表後在兩岸三地引起巨大反響，被公認爲“研究中國負面人格的開山之作”。
1995年4月，應邀爲四川都江堰題詞“拜水都江堰，問道青城山”，鐫刻於該地兩處。
1996年1月，應邀爲道教勝地茅山題詞“大道巍峨”，鐫刻於該山山壁。
1996年7月，多家媒體經調查共同確認餘秋雨爲“全國被盜版最嚴重的寫作人”，他的著作的盜版量大約是正版的十八倍。由此被邀請成爲“北京反盜版聯盟”的唯一個人會員，並被聘爲“全國掃黃打非督導員（督察證爲B027號）”。
1998年6月，新加坡召集規模盛大的“跨世紀文化對話”而震動全球華文世界。對話主角是四個華裔學者，除首席餘秋雨教授外，還有哈佛大學的杜維明教授、威斯康辛大學的高希均教授和新加坡藝術家陳瑞獻先生。餘秋雨的演講題目是《第四座橋》。
1999年開始，引領和主持**鳳凰衛視對人類各大文明遺址的歷史性考察，成爲目前世界上唯一貼地穿越數萬公里危險地區的人文教授，也是9.11事件之前最早向文明世界報告恐怖主義控制地區實際狀況的學者。由此被日本《朝日新聞》選爲“跨世紀十大國際人物”。
2002年4月，應邀爲李白逝世地撰寫《採石磯碑》（含書法），鐫刻於安徽馬鞍山三臺閣。
從2000年開始，由於環球考察在海內外所造成的巨大影響，一些媒體爲了追求“逆反刺激”的市場效應而發起誹謗。先由北京大學一個學生誤信了一個上海極“左”派文人的傳言進行顛倒批判，即把周恩來總理爲了搶救教育而佈置的教材編寫組說成是“**寫作組”，並誤植了筆名“石一歌”。由此，形成十餘年的批判大潮，並隨之出現了一批“啃餘族”。據楊長勳教授統計，由官方媒體發表的誹謗文章多達一千八百多篇。餘秋雨先生對所有的誹謗沒有作任何反駁和回擊，他說：“馬行千里，不洗塵沙。”
2003年7月，由於多年來在中央電視臺的文化欄目中主持“綜合文史素質測試”而成爲全國觀衆的最高收視熱點，上海一個當年的造反派首領就趁勢做逆反文章，聲稱《文化苦旅》中有很多“文史差錯”，全國有一百五十六家報刊轉載。10月19日，我國當代著名文史權威章培恆教授發文指出，經他審讀，那個人的文章完全是“攻擊”和“誣陷”。
2004年2月，由於有關“石一歌”的誹謗浪潮已經延續四年仍無消停跡象，卻又一直沒有出示任何證據，餘秋雨本人就採取了“懸賞”的辦法。宣佈“只要證明本人曾用這個筆名寫過一篇、一段、一節、一行、一句這種文章，立即支付自己的全年薪金”，還公佈了執行律師的姓名。十二年後，餘秋雨宣佈懸賞期結束，以一篇《“石一歌”事件》作出總結。
2004年3月，參加聯合國開發計劃署《人類發展報告》的設計、研討和審覈。2004年年底，被聯合國教科文組織、北京大學、中華英才雜誌等單位選爲“中國十大文化精英”、“中國文化傳播座標人物”。
2005年4月，應邀赴美國巡迴演講：
1）4月9日講《中國文化的困境和出路》（在紐約大學亨特學院）；
2）4月10日講《中國知識分子的問題所在》（在北美華文作家協會）；
3）4月12日上午講《空間意義上的中華文化》（在馬里蘭大學）；
4）4月12日下午講《君子的腳步》（在華盛頓國會圖書館）；
5）4月13日講《時間意義上的中華文化》（在耶魯大學）；
6）4月15日講《中國文化所追求的集體人格》（在哈佛大學）；
7）4月17日講《中華文化的三大優勢和四大泥潭》（在休斯頓美南華文寫作協會）。
2005年7月20日在聯合國“世界文明大會”上發表主題演講《利瑪竇的結論》，論述中華文明自古以來的非侵略本性，引起極大轟動。演說的論據，後來一再被各國政界、學界引用。
2005年11月，應邀撰寫《法門寺碑》（含書法），鐫刻於陝西法門寺大雄寶殿前的映壁。
2006年4月，應邀撰寫《炎帝陵碑》（含書法），鐫刻於株洲炎帝陵紀念塔。
2005年—2008年，被**浸會大學聘請爲“健全人格教育奠基教授”，每年在**工作時間不低於半年。
2007年1月，發表《問卜中華》，詳盡敘述了甲骨文的出土在中華文明瀕臨湮滅的二十世紀初年所帶來的神奇力量，同時論述了商代的歷史面貌。
2007年3月，發表《古道西風》，系統敘述了中華文化的兩大始祖老子和孔子的精神風采。
2007年5月，發表《稷下學宮》，對比古希臘的雅典學院，首度將兩千年前東西方兩大學術中心進行對比。
2007年7月，發表《黑色的光亮》，以充滿感情的筆觸表現了被中國文化史長期冷落的平民思想家墨子的人格光輝。
2007年8月，應邀爲七十年前解救大批猶太難民的中國外交官何鳳山博士撰寫碑文（含書法），鐫刻於湖南益陽何鳳山紀念墓地。
2007年9月，發表《詩人是什麼》，論述“中國第一詩人”屈原爲華夏文明注入的詩化魂魄，分析了他獲得全民每年紀念的原因，並解釋了一些歷史誤會。
2007年11月，發表《歷史的母本》，以最高座標評價了司馬遷爲整個中華民族帶來的歷史理性、歷史品格和歷史力量。
2008年5月12日，中國發生“汶川大地震”，第一時間趕到災區參加救援。見到遇難學生留在廢墟間的破殘課本，決定獨資捐建三個學生圖書館，卻被人在網絡上炒作成“詐捐”，在全國範圍喧鬧了兩個月之久。後由災區教育局一再說明捐建實情，又由王蒙、馮驥才、張賢亮、賈平凹、劉詩昆、白先勇、余光中等名家紛紛爲三個學生圖書館題詞，風波才得以平息。
2008年9月，上海市教育委員會頒授成立“餘秋雨大師工作室”（此前上海教育系統僅有一所“周小燕大師工作室”）。上海市靜安區**決定爲“餘秋雨大師工作室”贈建辦公小樓。
2009年5月，應邀爲山西大同雲岡石窟題詞“中國由此邁向大唐”，鐫刻於石窟西端。
2010年1月，《揚子晚報》在全國青少年讀者中問卷調查“你最喜愛的中國當代作家”，餘秋雨名列第一。“冠軍獎座”是錢爲教授雕塑的餘秋雨銅像。
2010年3月27日獲澳門科技大學所頒“榮譽文學博士”稱號。同時獲頒榮譽博士稱號的有袁隆平、鍾南山、歐陽自遠、孫家棟等著名專家。
2010年4月30日，接受澳門科技大學任命，出任該校人文藝術學院院長。宣佈在任期間每年年薪五十萬元港元全數捐獻，作爲設計專業和傳播專業研究生的獎學金。
2010年5月21日，聯合國發佈自成立以來第一份以文化爲主題的“世界報告”，發佈儀式的主要環節，是聯合國教科文組織總幹事博科娃女士與餘秋雨先生進行一場對話。餘秋雨發言的標題爲《駁亨廷頓“文明衝突論”》。
2011年10月10日，寫作《一個轉折點》一文，以親身經歷爲“**”十年劃分出四個時期，在同類研究中是一個首創。不久，又發表《文化之痛》一文，揭示“**”的文化本質。
2012年1月-9月，最終完成以萊辛式的“極品解析”方法來論述中國美學的著作《極品美學》。
2012年10月12日，中國藝術研究院成立“秋雨書院”。北京衆多著名學者、高官、企業家出席成立大會，並熱情致詞。該書院是一個培養博士生的高層教學機構，現培養兩個專業的博士研究生：一、中國文化史專業；二、中國藝術史專業。
2013年10月18日下午，再度應邀赴美國紐約聯合國總部大廈演講《中華文化爲何長壽》。當天聯合國網站將此演講列爲國際第一要聞。
2013年10月20日，在紐約大學演講《中國文脈簡述》。
2013年12月，完成莊子《逍遙遊》的巨幅行草書寫，並將《逍遙遊》譯成可誦可吟的現代散文。
2014年1月，完成屈原《離騷》的巨幅行書書寫，並將《離騷》譯成可誦可吟的現代散文。
2014年1月25日—31日，完成《祭筆》。此文概括了作者自己握筆寫作的全部人生歷程，記述了“**”時期和“苦旅”時期的艱辛筆墨，更是以沉痛的心情回顧了從二十世紀九十年代以來難以想象的文化遭遇。
2014年3月，發表以現代思維解析《般若波羅蜜多心經》的文章《解經修行》，並表明這是一項重大學術規劃的開端。那就是，在已經完成了的“時間意義上的中國、空間意義上的中國、人格意義上的中國、審美意義上的中國”四大研究專題共二十餘卷著作之後，繼續完成“修行意義上的中國”這最後一個專題。該書名爲《泥步修行》，由“破惑”、“問道”、“安頓”三部分組成。
2014年4月《餘秋雨學術六卷》出版發行。
2014年5月，古典象徵主義小說《冰河》（含劇本）出版發行。
2014年8月，系統論述中華文化人格範型的《君子之道》出版發行，立即受到海峽兩岸讀書界的熱烈歡迎。
2014年10月《秋雨合集》二十二卷出版發行。
2014年10月28日，出任上海圖書館理事長。
2015年3月，再度應邀在臺灣大學和臺灣各大城市進行“環島巡迴演講”，自臺北市、新北市、臺中市到高雄市。雙目失明的星雲大師聞訊從澳大利亞趕回臺灣，親率僧侶團隊到高雄車站等待和迎接。這是餘秋雨自1991年首度訪問臺灣後第四次大規模的環島演講。本次演講的主題是《中華文化和君子之道》。
2015年4月，懸疑推理小說《空島》和人生哲理小說《信客》出版發行。
2015年9月，應邀爲佛教勝地普陀山書寫《心經》，鐫刻於該島迴瀾亭。
2016年3月，應邀爲佛教勝地寶華山書寫《心經》，鐫刻於該山平臺。
2016年11月，被選爲世界餘氏宗親會名譽會長。
2017年，中華書局編輯出版《中華文化讀本》七卷，均選自餘秋雨著作。
（周行、劉超英整理，經大師工作室校覈。）
獲獎記錄
獲獎頗多，難以統計，大致有：
1984年全國戲劇理論著作獎；
1986年上海哲學社會科學著作獎；
1991年上海優秀文學藝術獎；
1992年中國出版獎；
1993年全國優秀教材一等獎；
1995年金石堂最有影響力書獎；
1997年臺灣讀書人最佳書獎；
1998年北京《中關村》“最受尊敬的知識分子”獎；
2001年**電臺最受聽衆推薦獎；
2002年臺灣白金作家獎；
2002年馬來西亞最受歡迎華語作家獎；
2006年全球數據測評系統推薦影響百年百位華人獎；
2010年臺灣桂冠文學家獎（設立至今幾十年只評出過五位）；
2014年全國美術書籍金牛杯金獎（書法集）；
……