就這樣在明奉聖夫人：客印月，的有意作梗之下，還真就讓明熹宗：朱由校，原本答應把「司禮監掌印太監」之位給明司禮監秉筆太監：王安，的但如今這個職位卻給推沒了。
再加上明惜薪司太監：魏忠賢，與明奉聖夫人對食後，就藉着明奉聖夫人之力日益親近明熹宗。
這時明奉聖夫人爲了能夠控制內廷事務，就勸明惜薪司太監想辦法驅逐明司禮監秉筆太監，但明惜薪司太監卻有所猶豫。
關鍵時候還是明奉聖夫人說了句“昔日西李（李皇貴妃）都曾被王安給倒打一耙，何況你我二人怎能比得上那西李？你根本就是在留後患！”
另一邊明都察院右僉都御史兼廣寧衛巡撫：王化貞，此刻正在廣寧衛、廣寧中衛、廣寧左衛、廣寧右衛，等處招集從都司府遼陽衛散亡下來的軍民，並激勵士民們，還聯絡西部的漠南蒙古各部，才讓人心稍微穩定一點。
明遼東總鎮巡撫兼暫代遼東總鎮經略：薛國用，也看重他的能力，還替他上奏朝廷，對此朝臣們都覺得其有才，對其所奏請無不批准。
6月初6日，熊廷弼來朝覆命了，首先請停止之前言官們的貶謫，被明熹宗給拒絕，並又提出分三方佈置的策略，說道“廣寧衛當用馬步兵在三岔河上設立壁壘，憑藉山川形勢打擊敵人，以牽制敵人的全部兵力，而天津衛、天津左衛、天津右衛、登州衛、萊州衛，各港口則應設置水師船隊，乘虛打入敵人南方的駐地，動搖他們的軍心，這樣敵人勢必就會有內顧之憂，如此遼陽衛就可以收復了。”
於是各官員們就在討論登州衛、萊州衛，設立何人爲巡撫之事？像天津三衛一樣，首先由陶朗先充任，而山海衛特設經略一人管轄一方，統一事權。
接着明熹宗就封熊廷弼，爲［兵部尚書兼都察院右都御史］駐紮在山海衛，負責經略遼東都指揮使司軍務，又重新賜予〈尚方寶劍〉。
明兵部尚書兼都察院右都御史領遼東總鎮經略：熊廷弼，就藉此請出尚方寶劍，調兵二十餘萬，以兵馬、糧草、器械之類責成戶部、兵部、工部給出補給。
又請旨讓監軍道臣高出、胡嘉棟，督餉郎中傅國昭雪，恢復官職，讓他們理事。
還建議啓用遼人原贊畫主事：劉國縉，爲〖登萊招練副使〗、明夔州衛指揮同知：佟卜年，爲〔登萊監軍僉事〕、原臨洮推官：洪敷教，爲〈兵部職方清吏司主事，充當軍前贊畫〉用以收攏遼人的心。
這點均被明熹宗予以批准。
7月初1日，明遼東總鎮經略：熊廷弼，啓程時，明熹宗特地賜給他一身〈麒麟服〉四枚彩幣，並設宴於郊外，還派文武大臣們爲他陪酒、餞行，這是少有的禮遇。
事後又加派五千名京軍三大營抽調勇士，作爲前鋒護送他前去遼東都指揮使司赴任。
此時新任的明兵部尚書兼陝西三邊總督：張鶴鳴、明薊遼總督：王象乾，相繼出關與明遼東總鎮經略：熊廷弼，相遇。
因新任的明遼東總鎮經略性格剛毅好鬥，且喜歡罵人，故此就與明兵部尚書：張鶴鳴，不合！互相之間產生了一些矛盾。
反倒是認爲明廣寧衛巡撫：王化貞，知書達禮，所以極度信任王巡撫，但是王巡撫本身就是個庸才，喜歡說大話，而且王巡撫所建議的事情張尚書幾乎全都同意，根本不受熊總鎮經略的節制。
這樣一來熊總鎮經略、王巡撫兩人的矛盾，就日益加深了，也爲邊疆安全埋下了重要隱患。
又加之二人的守禦方針不同，王巡撫主張分兵把守要害，熊總鎮經略則主張集兵把守廣寧衛一帶，因此兩人遂有間隙，進而互相牴牾。
再加上明廣寧衛巡撫主戰，明遼東總鎮經略卻主守，卻反而遭到了明兵部尚書及朝中大臣們多偏袒王巡撫。
7月11日，明惜薪司太監：魏忠賢，唆使給事中：霍維華，私自上奏彈劾明司禮監秉筆太監：王安，讓其降爲〈南海子淨軍，既～南苑〉，而以明寶鈔司太監：劉朝，爲［南海子提督］在暗自挑唆其斬殺明南海子淨軍：王安。
故此明南海子提督：劉朝，剛到任後，就絕了明南海子淨軍：王安，的飲食，使得明南海子淨軍只得取籬園中的蘿蔔吃，三日內任然不死。
同時因明遼東總鎮巡撫：薛國用，辭職告養職位改由明廣寧衛巡撫：王化貞，代替。
於是明遼東總鎮巡撫：王化貞，就部署將領，沿河設立六所軍營，每營設置左參將一人、守備一人，各自畫地分守。
至於西平堡、鎮武堡、盤山，平洋橋堡，等要害地帶則分別設立防哨，此議報上後，明遼東總鎮經略：熊廷弼，卻不以爲然，反而上書道“河面狹窄不可靠，城堡太小難容駐兵，現在只應牢牢地守住廣寧衛即可，如果分兵在河上駐守，那部隊分散力量就弱小了，敵人用輕騎兵偷偷渡過河來，專攻一所營房，那麼我軍力量必然不支，若一營潰敗，其餘各營就會兵敗，西平堡等地的防哨也不能守住，河邊只適於設立游擊隊，輪番出入，使敵人不知淺深，不該屯聚一處，給敵人乘隙襲擊的機會。”
待奏章交上後，明熹宗：朱由校，當即下詔表揚了他。
恰好明都察院山東道監察御史：方震孺，也認爲防河有六條不可靠的地方，因此王總鎮巡撫的建議，被就此作罷了。
而王總鎮巡撫也因爲自己的計策，未被朝廷採納，所以恨透了他，竟把軍事責任全推託到熊總鎮經略的身上。
於是明遼東總鎮經略：熊廷弼，就請示朝廷，要警告王總鎮巡撫，不得有人藉口節制軍務，以免坐失戰機。
隨後在接待四方援遼的軍隊上面，明遼東總鎮巡撫又大做文章，全改名號爲〈平遼〉致使遼人們很不愉快，明遼東總鎮經略見狀就站出來說道“遼人未曾叛亂，請改爲（平東）或「徵東」以安慰遼人的心。”
從此以後明遼東總鎮巡撫與明遼東總鎮經略的矛盾愈演愈烈，總鎮經略、總鎮巡撫，不和睦的風聲，也就開始傳起來了。
然而王總鎮巡撫敢與上司～熊總鎮經略針鋒相對，最爲重要的原因，還是在於朝中有人支持，而他的支持者，便是王總鎮巡撫當年科舉的主考官、當今朝中明內閣首輔：葉向高，以及與熊總鎮經略素來關係不和的明兵部尚書：張鶴鳴。
正是在這兩人的支持下，王總鎮巡撫纔敢肆無忌憚的挑戰熊總鎮經略的權威，與此同時，王總鎮巡撫也迫切的需要一場戰鬥的勝利，來進一步鞏固自己在遼東都指揮使司廣寧衛的地位，進而到達限制熊總鎮經略對於遼東都指揮使司軍隊的控制力和影響力。
於是王總鎮巡撫就趁着熊總鎮經略尚未過山海衛之際，在並未告知的情況下，悄悄派遣明定遼右衛左參將：毛文龍，冒險出兵。
7月14日，親率養子明定遼右衛遊擊將軍：毛承祿、明定遼右衛鎮撫使：尤景和、明定遼右衛千戶：王輔、明定遼右衛百戶：陳忠，等一百九十七名勇士，安撫了；豬島、海洋島、大長山島、小長山島、廣鹿島，石城島、王家山島、鹿島，等二千餘里沿海島嶼。
還一舉擒綁了後金金州衛副將：胡可賓、後金復州衛守備：任光先、後金金州中左守禦千戶所百戶：何國用，等人。
在經過詢問後，又得知鎮江堡的後金主力去雙山抄殺，不肯「剃髮易服」從而投降後金的大明百姓，因此城中必定空虛，遂與明黃骨島堡生員：王一寧，商議以後金鎮江堡中軍守備：陳良策，爲內應，繼續率領197人打算夜襲鎮江堡。
果然在明定遼右衛左參將率領下，又配合了內應使得明軍出其不意攻其不備，奇襲鎮江堡擒拿住了之前後金反明七大恨後，攻打撫順守禦千戶所時叛變投敵的大明東州堡左參將～現在的後金定遼右衛遊擊將軍：佟養真（後來的滿清清康熙帝姥爺）及其長子後金定遼右衛鎮撫使：佟豐年、其侄子後金鎮江堡總兵：佟鬆年，等將領打算即刻與捷報一起送往京師交由皇帝陛下處理。
僅有次子後金正藍旗牛錄額真：佟圖賴，一人逃脫。
隨即又派出明廣寧右衛千總：陳忠，等將領再次奇襲雙山，擒賊先擒王先斬後金鎮江堡遊擊將軍：繆一真，等將領斷其後金軍士氣，在一鼓作氣衝擊出來，打敗後金軍，史稱［鎮江大捷］。
此戰之後，寬奠堡、湯站堡、險山堡，等地城堡的殘餘大明軍民相繼前來歸降毛家軍，一時間數百里之內，幾乎望風歸附，紛紛加入到大明的懷抱之中，歸順之民絡繹不絕，使得全遼震動，也引起了後金方面的極大恐慌。
8月初1日，明遼東總鎮經略上書道“三方面佈置的戰略實施，必須得聯絡李氏朝鮮王國，請抓緊時間加派欽差使臣，前去訪問李氏朝鮮王國的君臣，讓他們徵發李氏朝鮮八道的全部兵力，在江面上設立連營，以助我軍的聲威。”
奏摺送上去之後，還不忘舉薦了明蓋州衛監軍副使：樑之垣，說他從小在海濱長大，又熟知李氏朝鮮王國的事情，可以充任欽差使臣。
明熹宗得知馬上就同意了，並且按照行人奉使的慣例，賜給一品官服以示寵信。
於是明蓋州衛監軍副使還上書提出加強他們的事權、以確定自己的職責等八條要求，明熹宗也都同意了。
正當明蓋州衛監軍副使正在和有關部門商議兵餉之事時，王總鎮巡撫所派遣的明定遼右衛左參將襲取鎮江堡大捷的捷報，便傳入了朝中。