話又說回來，倘若朱元璋全不念這些，像對午門外的宋濂一樣毫不容情，李善長又有什麼迴天之術？他也犯不上低三下四、卑躬屈膝地去求生，反叫朝野上下看不起。由於打定了這樣的主意，他便一言不發。
連李善長這樣的人都不乾淨，在胡惟庸反心畢露時都模棱兩可，這着實叫朱元璋灰心又傷心，但他確實不能殺李善長，至少現在不能殺。可惱的是他居然不跪下求饒，這同樣是對朱元璋皇權的大不敬和侵犯。
朱元璋對李善長說：“因爲你有功於社稷，也免李存義一死，發往崇明島效力，但你侄兒李佑是不能免死的。”
李善長跪在皇帝面前，竟未言謝。朱元璋很生氣，敲山震虎地來了一句：“人老了就糊塗，不明事理了嗎？”
李善長仍無動於衷甚至有點麻木地跪着，好像真的老糊塗了，根本聽不懂朱元璋的話似的。
朱元璋嘆息着說：“劉伯溫臨終時，上了個彈劾胡惟庸的奏疏，還叫他兒子捎話給朕，他希望時間證明胡惟庸是個好人，是他看錯了胡惟庸，他說他願意自己錯了，那將是天下人的福氣。不幸的是，胡惟庸被劉伯溫言中了。朕周圍要是能多幾個劉伯溫，何至如此？”
這話如同鞭子一樣抽打在文武百官每個人的心上，不留鞭痕，卻叫人慚愧，許多大臣都不敢擡頭。
這時劉三吾越位出班，朗聲奏道：“據臣所知，葉昇既是胡惟庸死黨，藍玉應當連坐，因爲藍玉和葉昇是親戚、姻親。”
朱元璋心裡暗罵，劉三吾老兒也很會看風使舵，他必是得到些宮闈中的風聲，知道藍玉勾引惠妃的隱情，他上這個條陳不是正中皇上下懷？豈不知他想錯了。朱元璋生怕打草驚蛇，現在藍玉手握重兵，雄踞邊陲，弄不好一扯起反旗，那還得了？所以劉三吾捱了訓斥，朱元璋說，藍玉是他的衛青、霍去病，橫掃大漠，捍衛北疆，質問劉三吾說這話是什麼意思。
熱臉貼了人家的冷屁股，劉三吾討了個沒趣，退了下去。
朱元璋又叫人把宋濂帶上來。
值殿官答應着跑出去，朱標滿懷希冀地望着朱元璋。
宋濂被帶上來了，朱元璋問：“宋先生有什麼話可說嗎？”
宋濂不卑不亢地說：“我本不應爲官，這是咎由自取。”這話說得夠遠的了，且有點風馬牛不相及，朱標爲他着急。
朱元璋說：“你不要顧左右而言他。你是教子不嚴之過，看在你爲太子師份上，對你從輕發落。”朱元璋眼睛向屏風上一掃，上面有個大字紙條，寫有“茂州鹽案”字樣，他靈機一動，說了句：“罰你流放四川茂州，下去吧。”朱標鬆了一口氣。
宋濂卻說了句：“那就再活幾年。”搖搖擺擺地下殿去了。見他如此倨傲，連謝都不謝，朱元璋很生氣，但也斷無立刻反悔之理，他靈機一動，反倒解嘲外加開脫地說，都是自己寬縱過度，才把臣子寵成這樣，赦免了死罪，宋濂不謝，李善長也不謝。
幾天後，愁雲慘霧的殺戮開始了。這次的殺戮震動了京城，萬人空巷，都來觀看行刑，那些公侯大臣，每人頸後都插着奪命牌，每人身後站一個赤衣劊子手。
胡惟庸則很特別，五套馬車分別朝向五個不同方向，每輛馬車後頭有一條鐵鏈子，分別綁在胡惟庸的頭部和四肢。三聲炮響，監斬官徐達、湯和手中的令旗舉起來了，五輛馬車上的馭手揮鞭打馬，先是把胡惟庸從平地上平擡了起來，懸在半空，隨後又一聲炮響，只見五馬拉車，車拼命向不同方向拉去，人們眼前立時血光飛濺，聽到一聲淒厲的慘叫，人潮洶涌地往後退。隨着砍瓜一樣的行刑開始，濺起的血水使前面看熱鬧的人迸了一身，人羣漸漸散去。
朱元璋廢除丞相制
一個月後，朱元璋下令廢除中書省，由自己直接統領六部，並規定此後朝廷不得再立丞相這個職位，所有的權力都集中到他一個人手中。
夜深人靜時，他會想三萬個頭顱裝在馬車裡要拉走，要裝多少車？怕要三百輛馬車吧？那麼運屍身的恐怕要六百輛。九百輛裝着屍首的車隊從金陵排過去，也許要排到浦口。這念頭讓朱元璋自己都嚇了一跳。
奉先殿裡，朱元璋在燈下飲酒，一杯接一杯地喝。他並不是嗜酒的人。坐在一旁的馬秀英從來沒見他喝這麼多酒，勸他別再喝了。
“朕高興啊！殺了這麼多謀逆之臣，朕能不高興嗎？”他苦笑着，突然大放悲聲，一邊哭一邊又往口裡倒酒，馬秀英奪了酒杯。
“朕今天殺了十侯，奪死去的侯爵十二侯！你說，他們爲什麼背叛朕？那華雲龍、費聚、吳楨、陸仲亨，都是我同縣同村的朋友，還有內弟郭興，我把他們帶出來，把他們從一個吃不上飯的平民，舉上了公侯大臣的地位，他們還有什麼不滿？還有什麼不知足？你說該不該殺？”
“現在說該不該殺的也都晚了。”馬秀英說她記得大明律裡規定，“王侯有罪，前三次只是警告，犯第四次才治罪呀！再說，皇上不是一向反對不教而誅嗎？”
“你好糊塗！可寬宥三次，那要分是什麼罪，謀反罪一次就夠殺頭了，難道朕應當允許他們每個人造三次反嗎？”
馬秀英並不相信這些人都是謀反的，“大多數人是受了株連，況且，殺開國功臣，總是叫人心寒的，人家會說陛下忘本。況且他們當中好多人只是與胡惟庸交往多一點，有幾個是要造反的！”
朱元璋卻並不後悔，他們當中有自恃功高的、有倚老賣老的，造反往往都是這些人，最有危險的也是他們。
馬秀英聽了這話，很費解，吃驚地望着他。
朱元璋說：“你以爲我殺這麼多人好受嗎？我的心都在哆嗦！”
馬秀英認爲這些人多是上了胡惟庸的賊船，有的是受了牽連。她就不信，李存義和李善長的兒子也會謀反，他哥哥位極人臣，他侄兒是當朝駙馬，他本人是太常寺丞，他就是追隨胡惟庸改朝換代，他又能怎麼樣？他也對不起他哥哥呀！他真若反叛，這不是給李善長臉上抹黑嗎？
“李善長也不是什麼好東西。”朱元璋說，“胡惟庸怎麼起家的？不是他提攜的嗎？李存義和胡惟庸結成兒女親家，還不是想借着他的權勢往上爬？”朱元璋說他夠給李善長的面子了，講連坐李善長也有罪。
馬秀英稱道對李善長網開一面還是得人心的。胡惟庸一案几乎席捲了開國功臣一半以上，殺了三萬多人，誰聽了都倒吸一口涼氣。
這時，宮女扶着哭泣的郭寧蓮來了，不知是不是嚇醒了酒，朱元璋竟站起來讓座：“是寧妃，這麼晚了還沒睡？”
郭寧蓮道：“皇上喝慶功酒，我也想喝呀！”
馬秀英預感到要壞事，忙拉郭寧蓮坐，說：“妹妹，有話好好說，我知道你心裡不好過。”郭寧蓮不坐，指着朱元璋的鼻子說：“你大義滅親，滅到我郭家門上了，你殺了我大哥郭興，爲什麼不殺我呀！不是滅九族嗎？我哥哥有什麼罪，他不過與胡惟庸有交往，有禮尚往來，那時胡惟庸並沒有謀反啊，皇上早知他有反骨，幹嗎用他做宰相啊？說陛下也是胡黨，這應該吧？”
朱元璋竟啞口無言。郭寧蓮哭着說：“你好沒良心！你當窮和尚討飯，昏倒在我家門前，是誰救了你？是誰給你點了墳山？我兩個哥哥跟你南征北討三十年，最後就換來個滿門抄斬的結局嗎？我父親剛死，屍骨未寒，你敢到他墳上去說一句嗎？”
被罵得狗血噴頭的朱元璋忍耐不住了，大喊：“賤人，你越發放肆了！來人！”擁進來幾個錦衣衛的人，但沒敢動手。
朱元璋發令：“把她捆起來，打入冷宮。”武士們看着馬秀英，仍不敢馬上下手，馬秀英跪下道：“請皇上看在寧妃出生入死跟你打江山的情分上，原諒她吧，人都有感情，她心疼自己的哥哥，也是人之常情啊！”朱元璋把酒壺酒杯全稀里嘩啦地摔在地上，氣哼哼地走了。
皇覺寺的刺客
朱元璋成功地擊垮了達蘭和胡惟庸，他自己的精神也被擊垮了，一夜之間好像顯著地衰老了。他忽然想起了皇覺寺，那裡雖也有辛酸，此時想來卻充滿溫馨。
人是很奇怪的，處於逆境時容易想起舊時的歡樂與痛苦，人在巔峰時也一樣，憶舊也是一種精神上的自我慰藉吧？不管他內心怎樣悒鬱、沉重。回故鄉的皇覺寺，他必須令萬民看出他是衣錦榮歸的榮耀。這是洪武十六年的重陽節，坐落在鳳陽（濠州）地面上的皇覺寺出盡了風頭。五十六歲的朱元璋回來祭廟了，鳳陽和臨淮兩地萬人空巷，輝煌的皇覺寺山門內外人山人海，觀者如堵。
幾百個和尚在住持長老率領下鳴着法器、擡着祭器在山門前接駕。
朱元璋皇帝的鹵簿、大駕浩浩蕩蕩向皇覺寺山門開來。
隊伍最前面開路的是老將徐達、湯和率領的五百紅、黑甲士方陣，隨後是左右各十二面龍旗，北斗旗居前，豹尾旗居後，稍後是左右各六十四面旗，門旗、日旗、月旗、青龍、白虎、風、雲、雷、雨及江、河、淮、濟旗，還有天馬、天祿、白澤、朱雀、玄武及木、火、土、金、水五星旗。
隨後跟進的是玉輅，朱元璋乘坐的高一丈三尺九寸五分紅黑漆的玉輅居中，左金輅、次革輅、右象輅、次木輅。朱元璋乘坐的玉輅四周羅列着黃麾仗、黃蓋、紫方傘、雉扇、朱團扇等，幢節、儀刀、鐙仗、畫戟等儀仗後面太監們擡着金交椅、金腳踏、水盆、金痰盂等。
在這一片明黃耀眼的隊伍中，朱元璋的玉輅車門簾高卷，他躊躇滿志地望着他即位後出資重修的皇覺寺，是那樣金碧輝煌，稱它爲天下第一寺毫不過分。
在衆和尚中，腮上有疤的一個五十多歲的和尚顯得不夠安分，他手裡擊打着木魚，眼睛卻不時地四下溜着，注視着漸漸走近的皇家儀仗，他就是如悟。皇家大樂起，登時蓋過了鐘鼎木魚之聲。
衆和尚全都斂首長揖，目不斜視。疤臉如悟動了一下，手不由自主地在袈裟外面按了一下，可惜沒有人注意他。
朱元璋在文武百官的簇擁下，走下玉輅，他眯起眼睛，望望皇覺寺巍峨的正殿檐角和雕得玲瓏剔透的獸頭，聽着悠悠的風鈴聲，不由得感嘆不已。
這就是朕起家的皇覺寺嗎？當年若沒有這座廟爲朕遮風擋雨，有一碗僧粥果腹，若沒有佛性大師的開導，會從這裡走出一個大明王朝嗎？世事滄桑，故我安在？大概由於感慨太多，朱元璋看了身旁的雲奇一眼，正要接受長老呈獻法器。忽然疤臉如悟從和尚方陣裡跳了出來，他扔掉木魚，從懷中抽出一把寒光閃閃的利刃，向朱元璋撲來。
雲奇最先認出了他，驚駭地啊啊大叫，想制止也來不及了。說時遲，那時快，如悟已衝到跟前，左手抓住朱元璋的玉帶，右手舉刀便刺。在衆大臣和校尉、護衛們一片驚呼聲中，老將徐達大吼一聲“蟊賊勿傷吾主”，凌空躍起，飛起一腳，踢落如悟手中利刃。
立刻擁上一羣錦衣衛士兵，把如悟死死擊倒在地上，不由分說，刀劍齊下，頓時血光四濺。雲奇又驚又痛，閉上了眼睛。和尚們嚇壞了，跪倒一大片。驚魂甫定的朱元璋在校尉們扶持下，倉皇地上了玉輅，連平天冠也滾到了車下，幸虧雲奇發現，拾了起來，一瘸一拐地追隨倉皇回程的大駕而去。
和尚們全都遭了殃，錦衣衛的官兵們對和尚揮舞棍棒，打得僧人滿地滾爬，鬼哭狼嚎，看熱鬧的百姓一鬨而散，互相推搡，山門前到處是遺棄的鞋子和雜物。
朱元璋處於嚴密護衛中，他在晃晃悠悠的玉輅中閉着眼，情緒極爲低落。如悟這不是恩將仇報嗎？當年如果不聽雲奇和馬皇后的，一刀把他宰了，焉有今日之禍？當年只割了他的舌頭留下一條命，本是寬大，寬大的報答是十六年後的行刺！朱元璋灰心到了極點，人人都說他過於重殺戮，這麼殺，仍然殺不退鋌而走險者，可見還是手軟了。