根據周士相和宋襄公事先商定並集合現有武器裝備，太平軍自即日起整編爲步軍左營步軍右營，親兵營炮營輜重六營，另編水營一部騎營一部，同時成立軍帥府並增設預備兵營。
步軍左右營由原陷陣營雄威營震虜三營合併而成，不足兵員由近衛虎捷抽調。
整編後的步軍左右營各3000人，其中步軍左營武器標配爲刀1000把矛2000杆，弓160張弩30具，另有鐵甲150具，棉甲1200幅盾900面。
步軍右營爲半火器兵，武器標配爲銃1200桿刀500把矛1200杆，斧120把，另鐵甲60具棉甲600幅盾300面。
親兵營由原近衛營改編，全營兵力1000人，武器標配爲刀200把矛800杆；
炮營全營兵力1000人，設有大小銅炮116門，銃炮130杆虎尊小炮40門，另有炮車150輛雙輪推車100輛，拉炮用駑馬驢騾合計400頭。
輜重營由近衛虎捷二營剩餘兵力並抽調原後營保安團丁組成，兵員配製爲1500人，武器以刀矛爲主。太平軍原先擁有可拉車的牲畜除調撥炮營外全部集中於輜重營，供運輸使用。
水營以新招香山漁民及原降兵中的潮州兵組成，暫定800人，因水營爲新組建，故還沒有戰船配署。
爲解決水營有名無實的尷尬，周士相讓廖瑞祥儘量從漁民手中收購漁船，將其改建爲可在內河駛行的小型戰船，供水營先行訓練起來。另外還要重金聘期工匠到香山爲水營打造能在珠江譚江上面航行的戰船。最好還能在海上航行。
這個要求顯然有些不切實際，公庫的資金也不足以承擔打造水師的要求，因此周士相便只能耐性子緩步發展。抱着試一試的心態。他派人到新會向陳奇策購船，還讓人到沿海地區要漁民帶話給洋上海盜。若他們願歸順太平軍，周士相將予以重用。
騎營由邵成國的騎兵隊擴充，因戰馬騎手不足，短期內無法進行大規模擴充，故暫定兵員300人，實際有戰馬52匹，駑馬80匹。
整編後，太平軍建制兵員10600人。
步軍左右兩營營兵力配製爲10人一伍。50人一隊，300人一衛，600人一旅，全營爲一師（營）。
一伍設伍長一名，小旗銜副伍長一名，軍士銜；一隊設隊長一名，總旗銜副隊長兩名，小旗銜；一衛設衛長一名，百戶銜副衛長兩名，試百戶銜；一旅設旅長一名。千戶銜副旅長兩名，總旗銜；一師設師長（營官）一名，衛指揮使銜副師長兩名。指揮同知銜。
同時於各隊設安軍小使一名，小旗銜；各衛設安軍中使一名，總旗銜；各旅設安軍大使一名，百戶銜；各師設安軍使一名，千戶銜。
親兵營和輜重營炮營參照步軍左右營定製編員，水營和騎營因規模不及以上諸營，暫以一旅定製，對外則稱全營。
各營營官人選分別爲：
步軍左營營官葛義，副營官姜樊宋二牛；
步軍右營營官鐵毅。副營官鄭鐵柱王有喜；
親兵營營官邵九公，副營官管三水朱慶來；
炮營營官齊豪。副營官牛根生江四海；
輜重營營官趙四海，副營官陸武崔豹；
水營營官唐正兵。副營官鄭慶錢來；
騎營營官邵成國，副營官王化鮑德。
以上諸營成立後，各營即挑選所屬士兵入營整訓，剩餘人員則編入預備兵營，同時各鄉保安隊戰時也歸預備兵營提調，用以補充作爲野戰軍種的其它各營。自成軍之日起，有來投太平軍的也全部集中到預備兵營進行訓練，訓練合格後方可獲得補充至野戰軍的資格。
預備兵營營官暫以受傷的蔣和擔任，待其傷愈後再行擇將。預備兵營主官職銜等同戰兵各營，以則各降一等。
同時成立太平軍軍帥府，各營歸軍帥府直接指揮，軍帥自然由周士相擔任，副軍帥則由向來穩重的秦智生擔任。
宋襄公則擔任軍帥府總幕僚一職，負責軍帥府日常運作，公文軍令軍紀制定糧草物資分發等，同時協調地方事務，戰時與預備兵營營官一同補充兵員至前線。
各營駐地也要進行變動，原先駐各鄉太平軍太過分散，不利力量集中，也不利應付突發戰事需要。故重新整編後，步軍左營進駐增城一線的銀瓶嘴山，步軍右營和炮營則全部進駐良字都。親兵營和騎營駐香山縣城，輜重營駐龍眼都，水營駐永樂鄉。以上諸營爲野戰軍種，不事生產，而預備兵營則在訓練同時要進行生產，故又名生產建設兵團，駐地爲前山寨。
新的軍制和官制都是周士相結合衛所軍制和後世軍制自創的新軍制，當中肯定有不合理之處，但時間不等人，周士相也只能先如此安排了。不過爲了滿足部們升官發財的願望，周士相在太平軍內部實行自己那一套軍制，對外則是按普通明軍建制進行封官。
秦智生和蔣和被授予副將銜，葛義邵九公趙四海齊豪，鐵毅被授予參將銜，其他副營官旅長等都被授予遊擊都司守備等官職，一時間，太平軍之內大人稱呼不絕於耳，當然，這些大人們全是記名的，還沒有永曆朝廷正式授予的官憑和官印。
爲了解決這個問題，周士相頭一次以記名潮州總兵的身份向昆明的永曆朝廷發去奏章，奏章是宋襄公一個字一個字寫來的，字裡行間反覆推敲又推敲，做到沒什麼犯諱這才送到新會，請陳奇策派人送到雷州的總督衙門，再由兩廣總督連城壁代爲上呈朝廷。
奏章中。周士相向永曆帝表明了自己身爲明臣，堅決抗清的忠心態度，並詳細記錄了太平軍自羅定立營後的大小戰事。及爲朝廷奪取新會香山的經過。周士相請求朝廷能給予自己合適的身份，畢竟他麾已有上萬人馬。單一記名總兵的身份無法讓地方士紳信服，也無法讓自己的部安心，所以爲了廣東抗清的大局，也爲了安定人心，天子最好能給自己一個實授的總兵封號，並且給予自己的部實授官缺。
這份奏章是擺明了跟永曆朝廷要官的，這不是一個臣子應有的態度，宋襄公勸周士相不要這樣寫。只說說功勞就行，永曆朝廷裡那幫大臣們不是傻子，會知道接來怎麼辦。
可週士相偏不同意，非要這麼寫，他的理由是太平軍是自己一手拉起來的，新會也是自己奪守住再交給陳奇策的，更別說自己還重創了清軍，如今太平軍在香山，朝廷一文銅板也沒撥過，一粒糧食也沒給過。他周士相卻偏偏替朝廷收復了香山，牽制了廣東清軍，並且正在部署收復廣州。收復廣州肯定是虛張聲勢。誇大其詞，不過周士相愛怎麼寫就怎麼寫，永曆帝總不會因爲他虛張聲勢就抹殺他的功勞吧，也不能不給他迴應吧！
周士相併非是真的要官，只是不想讓部們失望而矣。他任命得再好聽，也都是些記名，而能去掉這個“記名”的只有永曆朝廷，否則除了他扯旗自己幹就一點辦法也沒有。畢竟有正統的大明皇帝給自己授官，一衆土匪貧民降兵出身的太平軍官們會覺得身價倍增。這個官也是有名有實，能光耀祖上門楣的。最重要的是有了永曆朝廷正式的任命。這些人對於永曆政權纔能有最切實的認知，對於南明的忠誠纔會慢慢建立。
周士相不會昏了頭學孫可望。所以他要宋襄公寫了這封要官的奏章，至於永曆帝怎麼想就是他的事了。雷州的連城壁又是如何看待他這份奏章，周士相也不在乎，甚至這份奏章是不是能送到昆明他也不在乎。他實際就是表明一個態度，而這個態度本質上是讓連城壁瞧的——你到底給不給我實授？
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新的編制和各將主官任命後，太平軍上就迅速忙碌起來，連帶着各鄉公所也跟着忙，畢竟軍隊移防的事情要牽涉到他們。所有人都在忙，周士相也沒閒着，他要挑選自己的親兵。
親兵營的營官是邵九公，但親兵營同樣也是歸軍帥府直接指揮的力量，所以周士相決定自己挑兵，他讓宋襄公把風放了出去，結果回去的各營主官很快就將手的精壯新兵送到了仁厚坊，足有2000多人。
最終周士相從這2000多人中選了600人出來，這樣加上原先近衛營的400人，正好湊齊1000人。那600個新兵聽說自己被抽中調入總兵大人的親兵營後，興奮的不得了。
什麼是親兵營，那不就是總兵大人的家丁嘛！想到以後能享受將領親信家丁的待遇，這六百人想想也高興。另外一千多人雖然沒有被選中但也沒有失望，因爲成爲總兵親兵家丁固然是好，但喪命的風險也大，打起仗來這些人可是要衝在前頭的。
經個大半個月的重組，新建的太平軍諸營方纔稍稍定當來，軍帥府制定的新訓練大綱也派發了去，各項規章制度也在不斷的出臺。隨着一道道軍令發出，太平軍也越來越像個軍隊的樣子。
宋襄公跟廖瑞祥要了10多個秀才進入軍帥府，以協助他這總幕僚處理公務。因爲軍中大半將領都不怎麼識字，請示周士相後，軍帥府行文各營的安軍使，讓他們在本職安軍工作之餘，也要擔任主將的參謀一職。這個參謀不是幫助參謀軍情，而是幫着看公文寫公文。
廖瑞祥的衙門差事幹得不錯，花了近兩個月時間，他在香山境內共設置了12處驛站，並全部交接給太平軍。驛站對於軍情和公文傳遞有着十分重要的作用，因此周士相又讓宋襄公將這些驛站管起來，將其中幾處位於交通要道的驛站升級爲兵站，負責補給物資接收傷病員招待過往軍隊等。兵站由軍帥府直接從公庫撥銀，免得廖瑞祥老來訴苦說縣衙沒錢，周士相對他盤剝太狠。
剛進入三月，張安傳來重要情報，由滿州正藍旗固山額真噶來道噶統率的南八旗兵已經到達廣州。
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(未完待續。)