在重新洗牌之後的大唐中樞，雖然距離杜睿所設想的權利構成還有很大的差距，但至少在限制權力和保障社會秩序穩定上已經有了顯著的進步，這種進步顯然是杜睿樂意看到的。
新的權利模式規定，大唐皇帝和中書令共同商議政務，行使立案，立案所定的敕命原稿，在經過門下省同意後，方能交付尚書省實施。
中書爲天子的權力，而門下則代表貴族的勢力，尚書則負責確保全體大唐臣民的利益，故中央政府可以說是由貴族出身的大臣所組成的合議政體，而確保他們能夠坐穩位子的根本，則是不侵害大唐百姓的利益。
只不過如今李賢尚未親政，作爲輔政大臣，杜睿則在一定程度上取代了皇帝的權利，掌控着立法和行政的權利。
爲了防止權利過大，杜睿還提前成立了內閣，這種內閣形式仿照後世明朝的內閣制度，內閣成員由三省六部的主官擔任，尚書令任內閣首輔。
同時爲了保障官僚系統的廉潔，杜睿也立案提高了官員的待遇，並廢除了以往那種混亂的恩賞方式，有了明確的規定，給予官吏的俸給分祿米和料錢兩部分支付，此外，並有職分田以維持侍從僕用人之費用。
俸祿根據品級發放，以九品區分職級，作爲發給俸祿的標準。同時有散官與職官之分，散官是一種表示身份地位的等級稱號，沒有實際職掌，職官表示實際職守，有職有權。
各級官員的品級依正、從、上、下分爲九品三十級，而俸祿只依九品正從分爲十八級。領取的俸祿包括祿米、俸錢和職分田等。
京官正一品每年給祿米700石，從一品600石，正九品40石，從九品30石，月俸只給銅錢與食料。
月俸又包括雜用、防閣和庶僕等內容。防閣是一種衛士，相當於後世的警衛員，五品以上的官員才配有防閣，庶僕是一般的傭人，配給六品以下的官員。官員的俸錢中不但有生活費，還包括辦公費。
在重新完善過的均田制度規定下，職事官、散官、封爵、勳官等均可按品級受職分田和永業田。一品有職分田12頃，二品10頃，遞至九品2頃，皆給百里內之地。
諸州都督、都護、親王府官二品12頃，三品10頃，遞至九品2頃50畝。武官、三衛中郎將、上府折衝都尉六頃，中府五頃五十畝，遞至隊正、隊副80畝。
此外，又有永業田，親王100頃，職事官一品60頃，郡王、職事官從一品50頃，國公、職事官從二品35頃，縣公、職事官三品25頃，遞至九品2頃。上柱國30頃，柱國25頃，上護軍20頃，護軍15頃，散官五品以上給同職事官。
如果職事官被解免者，則追回田畝，若被除名者，則僅受口分之田，若襲爵者，不另給田畝。
在給與好待遇的同時，杜睿也取消了官僚的一項特權，原本官員即使犯了流刑，徒刑，也可以官當來換刑，杖刑，笞刑則可以支付銅錢來贖罪免刑，確保法律的公正性，保證對官僚系統腐化的打擊力度。
同時爲了保證官僚系統的辦事效率，以及官僚系統的活力，杜睿還規定了朝臣每十天休假一天，稱“荀假”，此外，還有各種節令假、定省節、婚假、喪假、病假。官員身體欠佳或年逾七旬可以退休，稱致仕，五品以上官員退休由內閣擬定，皇帝批准，六品以下官員退休則由內閣批准。五品以上官員退休享受半俸，有功之臣因皇帝特恩者可獲全俸。
此外，三品以上致仕者還享受朔望聽朝參，其班列在該品現任官之上，以表尊崇。這些制度和規定對於鼓勵官員退休是有一定作用的。
經過了杜睿重新洗牌的三省六部內閣責任體制，在當下的大唐社會已經十分完備了，各個部門職責明確，部門之間相互配合，又相互牽制，各種職官分工細密，職守分明。
三省之間的分工是：中書省制定政策，草擬詔敕；門下省審覈復奏；尚書省頒發執行。如果中書省所擬詔敕有失當之處，門下省有權予以封駁，要求重擬。對於各部門呈上的重要奏章，必須通過尚書省交門下省審議，門下省認可後，方準送中書省呈交內閣擬票，如認爲有不妥之處，可駁回修改，等到通過之時，才交由皇帝披紅。
這樣以來，基本上就可以避免了某個人，包括皇帝的權利過大，造成的社會不穩定，和政令不能一貫如一的現象。
在中樞重新洗牌，改制，劃分的同時，地方官制，也經歷了一番重新整頓，由此前州郡不分，刺史，太守職責不明的情況，變爲道、州、縣三級制。根據當地的地理位置、轄境大小、戶口多少以及經濟發達程度劃分爲不同等級。
道，屬於監察區名稱，是監察機構而非正式行政機構。長官爲牧，杜睿規定由親王遙領，這也是爲了確保大唐皇室的特有尊榮，每道置採訪使，檢察非法，如漢刺史之職。
州的長官爲刺史，刺史之下有別駕、長史、司馬等官，稱爲上佐官，他們沒有職權，朝廷往往以其品高俸厚安置閒散官員。但是如果刺史缺員，上佐官可以代理州事。刺史之下還有司功、司倉、司戶、司法、司兵、司田等曹參軍，負責處理各方面的政務，由錄事參軍事統領，這些官稱爲判司，具有實權。
縣的長官統稱縣令，其下有佐助之官縣丞，有分判衆曹、催徵租賦的縣尉，有掌管文書簿計的主簿等官。
至於此前設立的都督府，屬於大軍區性質，在杜睿改制之前大唐天下共有九個都督府，分別爲，安西都護府，漠北都護府，遼東都護府，安南都護府，三韓都護府，倭州都護府，天竺都護府，波斯都護府，南洋都護府，以及遙領的澳洲，吐蕃兩地。
當初設立都護府不過是爲了加強對周邊少數民族的管理和鞏固邊防，作爲邊疆地區的都護府管轄着若干羈縻府、州。羈縻是束縛、攏絡的意思。大唐政府爲了便於控制邊遠的少數民族，在那些少數民族聚居地區設置羈縻府、州作爲行政特區，大者稱都督府，小者稱州，以當地少數民族的首領爲都督、刺史，可以世襲。
這些羈縻府州有一定的行政自治權，可不向朝廷交納貢賦，但必須接受邊區都督和都護的轄制。據《新唐書?地理志》記載，唐代的羈縻府州多達856個，比內地的府州還多。實行的這種少數民族自治的羈縻府州制度雖然在短時間內有助於穩定邊疆地區的局勢，加強中央同邊遠少數民族的和睦關係，同時對於這些少數民族地區的經濟開發和文化發展也是十分有利。但是從長遠的角度來看，都護府，羈縻州府制度的存在，卻無法從根本上起到穩定邊境的作用，一旦中原有事，華夏社稷衰頹，總歸是免不了分崩離析的危險。
而且從歷史上來看，都護府的存在，無可避免的會造成邊境軍事團體逐漸坐大的趨勢，比如大唐中後期由都護演變成的節度使勢力大增，發展成割據一方的地方分裂勢力，最終導致了大唐的滅亡。
唐玄宗時就是爲了加強邊防的軍事力量，在邊境地帶設置八個節度使，統轄邊地軍隊，原本爲的是加強中央對地方的掌控力度，可是發展到最後，卻釀成了安史之亂。
安史之亂爆發後，中原用兵，於是內地也設節度使。爲了適應戰爭形勢的需要，節度使不僅領兵，而且兼任所在州的刺史，兼理民政。
後來節度使又都加京官和御史大夫頭銜，又兼觀察使、營田使、度支使等，於是集軍、政、財、監察諸權於一身，成爲割據一方的藩鎮。
在中唐以後，節度使的轄區也稱道，後來全國劃成四十餘道。這時的道已不是唐初那種單純的監察區劃，而成爲實際的行政區劃了。
這種道也稱爲方鎮，所以節度使對所屬各官大多是自行任命的，除了設置原有的武職、文職官員外，還有一套幕僚班子。
節度使把許多重要的職務委派給這些幕僚去擔任，於是稱他們爲差遣官。這些幕職人員未經朝廷任命，有些差遣也非正式職官，無品階。
既然知道這種都護府制度發展到後來的弊端，杜睿自然不會允許這種危機大唐穩定的畸形產物繼續存在了，因此都護府該成道也就事在必行了。
太宗皇帝貞觀元年二月，並省全國的州縣，將全國分爲十道，即關內道、河南道、河東道、河北道、山南道、隴右道、淮南道、江南道、劍南道、嶺南道，廢郡爲州，故每道各轄若干州，所置治所皆以道理通暢爲主。
關內道，轄19個州，135個縣，轄地相當於後世的陝西、甘肅、內蒙古三省區，東到黃河，西至烏鞘嶺，南達秦嶺，北到貝加爾湖。領隴、涇、原、寧、慶、鄜、坊、丹、延、靈、威、會、鹽、夏、綏、銀、宥、勝、豐19州，治所長安。
河南道，轄境在黃河之南，故名，東盡海，西距函谷，南濱淮，北臨河。領虢、陝、汝、鄭、滑、汴、許、陳、蔡、潁、亳、宋、徐、泗、宿、海、濮、曹、登、萊、密、青、沂、兗、淄、齊、鄆、棣、濠共30個州府。轄境相當於後世的山東省、河南省全境，江蘇省北部和安徽省北部，治所汴州。
汴州能夠成爲一道的治所，是由於當地位於水陸的要津，四通八達，所涉及的地區相當廣泛。由長安和洛陽通向東方的道路就是經過汴州。汴州和其東北的魏州，一河之隔，中間雖夾着滑州，也還不算很遠。就是和河北各處都可以通過魏州相互往來。汴州之南同樣也可以達到相當遙遠的地方。汴州之南爲許州和陳州，再南爲蔡州。
汴州雖有這樣一些陸路，主要交通還是憑藉汴渠。就是其他水道也還有助於交通。汴州之南，原來有一條蔡水，可以通到陳州。蔡水下游流入潁水，在這中間還分出一條渦水，因而和潁水、渦水兩流域都能有所交往。
汴州當天下之要，總舟車之繁，控河朔之咽喉，通淮湖之漕運。
河東道，轄境在黃河之東故名，故名，東距常山，西據河，南抵首陽、太行，北邊突厥，領蒲、晉、絳、慈、隰、汾、沁、遼、嵐、石、忻、代、雲、朔、蔚、潞、澤，共18州。基本地域在後世的山西省和河北省西北部，治所蒲州。
蒲州古稱蒲阪，司馬遷在《史記》中稱這裡爲“天下之中”。《路史》中記述：“柱所都蒲阪”，認爲上古傳說中的農神，即烈山氏之子柱曾建都於此。
蒲州地處西都長安、東都洛陽、北都晉陽“天下三都”之要會，這裡控黃河漕運總水陸形勝，“扼天下之吭”，戰略地位極爲重要。
河北道，轄境在黃河之北，故名，東並海，南臨於河，西距太行、常山，北通渝關、薊門，渝關即後世的山海關，薊門即後世的居庸關，領懷、魏、博、相、衛、貝、邢、洺、恆、冀、深、趙、滄、德、定、易、幽、瀛、莫、平、嬀、檀、薊、營24州。爲後世河南江河以北及山東、河北之地，包括河北大部、河南、山西、北京、天津的一部分，治所魏州。
魏州雖非位於永濟渠的南口，卻可控制永濟渠的全流。循永濟渠而下，就能直達永濟渠終點的幽州。只是位置稍偏東些，因而不能位於太行山東麓的南北道路上，好在相隔並非很遠，還可互相調劑。魏州之西，就是相州，西南爲衛州，西北爲洺州。相、衛、洺三州都是太行山東麓南北道路經過的地方，魏州就可藉此三州與這條道路相聯繫。
太行山東麓的南北道路誠爲重要的交通道路，若僅就河北道來說，則顯然偏西，而魏州和幽州之間也應該有道路可以互相往來。
不過促使魏州繁榮的還是由於永濟渠的開鑿成功。永濟渠可以通江淮之貨，江淮之貨運到河北道先要到魏州。河北道是當時盛產絲織品的地區，幽州以南幾乎無州不產，向外運輸大都要借永濟渠，運到中原去的，更須經過魏州，魏州的繁榮是離不開永濟渠的。
山南道，在終南太華之南，故名，東接荊楚，西抵隴蜀，南控大江，北距商華之山，統荊、襄、鄧、唐、隨、郢、復、均、房、峽、歸、夔、萬、忠、樑、洋、金、商、鳳、興、利、閬、開、果、合、渝、涪、渠、蓬、壁、巴、通、集等州。所轄包括護士的湖北大江以北，漢水以西，陝西終南以南，河南北嶺以南，四川劍閣以東大江以南之地，治所襄州。
襄州位於由長安東南行，出藍田關，經過鄧州，至於荊州，更南至於廣州的道路上，地位相當重要。襄州見重於當世，還在所瀕的漢水。每當汴渠漕運受阻，或長安因事不守時，江淮租布就得轉道由漢水西運，經過襄州，運到梁州。
由襄州至長安和梁州，除過這兩條道路外，還有兩條歧路：其一、爲由襄州西北行，經過房州，至於金州，再往西行，達到梁州。這是在上面已經論述過的。還有一條就是所謂上津路，上津爲唐時商州屬縣，在今湖北鄖西縣西北。縣屬商州，南距漢水並非很遠。這條道路就是在上津縣離漢水北行，過豐陽縣而至商州。當鄧州的道路受阻時，江淮漕運就由此繞道輸送至長安。陝鄂之間有漫川關，道路就通過漫川關。
襄州之北赴長安和赴梁州的道路有歧路，就是由襄州前往東南各處也有歧路，不必都過荊州。由於漢水可以航行，則由襄州東南行，就不必繞道江陵。
歷史上白居易被貶於江州，其赴任時，到了襄州，就由漢水而下，因而途中可以路過郢州。郢州治所在今湖北京山縣，已在江陵之東了。
韓愈由袁州北歸長安，先到江州。由江州泝江而上，轉至安陸，又過隨州，再由隨州至襄州。安陸、隨州皆離漢水稍遠，可知漢水近旁別有一條由河州至襄州的道路。
隴右道，因在隴山之右，故名。東接秦州，西逾流沙，南連蜀及吐蕃，北界朔漠。相當後世甘肅隴山六盤山以西，青海省青海湖以東及新疆東部地。轄秦、河、渭、鄯、蘭、臨、階州、洮、岷、廓、疊、宕、涼、沙、瓜、甘、肅、伊、遠、西、庭、龜州，治所鄯州。
鄯州位於黃河支流湟水的沿岸。由長安西行，出大震關，經秦、渭兩州，再經臨洮軍和河州，通往西域的道路，就經過鄯州。出大震關西行，還有一條道路，是逾成紀、武川，抵河廣武樑，經過蘭州和龍支城，也可達到鄯州。
鄯州之北，越過姑臧南山爲涼州。鄯州和涼州之間亦有道路可以通往來。姑臧南山下設有隸屬於涼州都督府的張掖守捉，山下設守捉。
鄯州西北通西域，西南又可通吐蕃。通吐蕃的道路乃是出赤嶺。赤嶺今爲日月山，在青海湖東南。由赤嶺經今青海多瑪，渡過黃河。黃河以南的驛程可考知的有衆龍驛，過犛牛河和截支川，再過悉諾羅驛、野馬驛、閣川驛、農歌驛，邏些城即在農歌驛的東南。
鄯州作爲通西域道路的都會，商旅雲集，經濟繁榮。
淮南道，領揚、楚、滁、和、濠、廬、壽、光、蘄、申、黃、安、舒，共計14州、57縣。相當於後世的江蘇省中部、安徽省中部、湖北省東北部和河南省東南角，即淮河以南，長江以北，湖北應山、漢陽以東的江淮地區門，治所揚州。
揚州地處後世江蘇省的中部，長江下游北岸，江淮平原南端，三江口、江都水利樞紐。向南接納蘇南等地經濟輻射，向北作爲蘇北的前沿陣地和傳導區域，素有“竹西佳處，淮左名都”之稱。
江南道，轄境在長江之南，故名，東臨海，西抵蜀，南極嶺，北帶江，領潤、常、蘇、湖、杭、睦、歙、婺、越、臺、括、建、福、宣、饒、撫、虔、洪、吉、袁、郴、江、鄂、嶽、潭、衡、永、道、邵、朗、澧、辰、巫、施、思、南、黔、費、夷、溱、播、珍等州，爲後世浙江、福建、江西、湖南及江蘇、安徽、湖北之大江以南、四川東南部、貴州東北部之地，治所蘇州。
蘇州位於江南河畔，論蘇州的主要交通道路，就是這條河流。還可以說由太湖通到其西南的湖州。由於地處長江下游三角洲太湖流域，它和周圍各州都不時在經濟上獲得發展，尤其是在歷史上安史之亂及其以後，發展更爲迅速。
吳者，國用半在焉。所謂三吳是指吳郡、吳興、丹陽而言。吳郡就是蘇州，吳興爲湖州，丹陽爲潤州。三郡都在太湖周圍，俱是富庶地區，故爲當時國用所恃依。三吳雖負擔半數的國用，蘇州的負擔當爲更多。可以想見蘇州的繁榮超過其附近各州之上，高居於最前列。
劍南道，廢除州、郡制，改益州爲劍南道，治所位於成都府。因位於劍門關以南，故名。轄境相當於後世的四川省大部，雲南省瀾滄江、哀牢山以東及貴州省北端、甘肅省文縣一帶，轄彭、蜀、漢、嘉、眉、邛、簡、資、巂、雅、黎、茂、翼、維、戎、姚、鬆、當、悉、靜、柘、恭、保、真、霸、乾、梓、遂、綿、劍、合、龍、普、渝、陵、榮、昌、瀘等州。
嶺南道，治所位於廣州，轄境包含後世的廣東全部、廣西大部、雲南東南部、越南北部地區，轄岡、潮、廣、韶、循、賀、端、康、封、瀧、恩、春、義、竇、勤、桂、昭、富、梧、蒙、龔、潯、鬱林、平琴、賓、澄、繡、象、柳、融、邕、貴、黨、橫、田、嚴、山、巒、羅、潘、容、辯、白、牢、欽、禺、滾、湯、巖、古、武峨、粵、芝、愛、福祿、長、罐、林、景、峰、陸、廉、雷、籠、環、德化、郎茫、崖、儋、瓊、萬安、夷各州。
此外改遼東都護府，三韓都護府，倭州都護府爲遼東道，所轄包括後世的東三省、朝鮮半島、日本諸島、黑龍江以北流域、庫頁島等廣大地區，治所錦州。
改漠北都護府爲漠北道，所轄後世俄羅斯貝加爾湖、色楞格河南岸，蒙古高原、河西走廊和新疆東部哈密、吐魯番等地區，治所庭州。
改安西都護府爲安西道，所轄新疆、中亞鹹海沿岸地區和阿姆河流域，陰山南麓的漠南地區、河套地區，治所碎葉。
改安南都護府爲安南道，所轄中南半島，治所交趾。
改南洋都護府爲南洋道，所轄南洋羣島，治所爪哇島。
改天竺都護府爲天竺道，所轄後世的印度，巴基斯坦，斯里蘭卡等喜馬拉雅山脈西南的廣袤地區，治所裡州。
改波斯都護府爲波斯道，所轄後世的中亞，以及西亞的部分地區，治所石州。
改吐蕃爲吐蕃道，所轄後世的西藏以及青海部分地區，治所拉薩。
改澳洲爲澳洲道，所轄後世的澳大利亞，新巴布幾內亞，新西蘭等大洋洲諸島嶼，治所新奧。
在完成了中樞，地方行政機構改制的同時，杜睿將各州刺史所掌握的兵權統統收歸國有，徹底摒棄了此前太宗皇帝所確立的府兵制度。
府兵制度雖然在此前的貞觀變法之時，已經逐漸被義務兵所取代，但是還殘留了不少，畢竟當時的社會環境之下，想要實現完全的變革並不是一件容易的事情。
府兵制，作爲一種建立在均田制基礎上的兵農和寓兵於農的制度。在天下各地設置“軍府”若干，“府兵”由各地軍府從所在州縣的農民中挑選，年二十入役、六十免役，平時在家生產、農閒訓練。
雖然在大唐立國之初，府兵制度可以保證國家在戰時的兵員充足，但是卻也存在着極大的弊端。
特別是在中唐以後，均田制遭到破壞，府兵制土崩瓦解，衛府喪失戰鬥力，僅能充爲儀飾之用。
杜睿從根本上主動瓦解了這種已經不能滿足於當下現實情況的兵制，並且將原先拱衛長安的八支禁軍全部重新打亂，重組，演變成了現在的北衙禁軍和南衙禁軍。
其中北衙禁軍指的是屯駐於宮城以北，以保衛皇帝和皇家爲主要職責的皇帝私兵，與國家軍隊南衙禁軍相對。
其中左右羽林軍，定額爲一萬兩千人，設左右羽林大將軍各一人，爲段軌，張旭統領。下設統軍一人，將軍三人。左右羽林大將軍府屬官有長史、錄事參軍事，倉、兵、胄曹參軍事，司階、中候、司戈、執戟，長上、錄事、史、亭長、掌固等。
左右龍武軍，定額爲一萬兩千人，設左右龍武大將軍各一人，爲李業詡，李業嗣統領。
下設統軍一人，將軍三人。左右龍武大將軍府屬官有長史、錄事參軍事，倉、兵、胄曹參軍事，司階、中候、司戈、執戟，長上、錄事、史、亭長、掌固等。
左右神武軍，亦稱神武天騎，定額爲一萬兩千人，設左右神武大將軍各一人，爲屈突壽，屈突詮統領。下設統軍一人，將軍三人。左右神武大將軍府屬官有長史、錄事參軍事，倉、兵、胄曹參軍事，司階、中候、司戈、執戟，長上、錄事、史、亭長、掌固等。
左右神威軍定額爲一萬兩千人，設左右神威大將軍各一人，爲杜睿的弟子邱遠恕，章賢誠統領。下設統軍一人，將軍三人。左右神武大將軍府屬官有長史、錄事參軍事，倉、兵、胄曹參軍事，司階、中候、司戈、執戟，長上、錄事、史、亭長、掌固等。
左右神策軍，定額爲五萬人，設左右神策大將軍各一人，爲尉遲寶慶，尉遲寶林統領。下設統軍一人，將軍三人。左右神策大將軍府屬官有長史、錄事參軍事，倉、兵、胄曹參軍事，司階、中候、司戈、執戟，長上、錄事、史、亭長、掌固等。
左右神策軍人數最衆，自然也就成了拱衛長安的重要軍事力量。
歷史上的神策軍是唐代後期主要的禁軍，神策軍原爲西北的一支戍邊軍隊，唐玄宗時哥舒翰擊敗吐蕃，在天寶十三載置神策軍於洮州磨環川，以成如璆爲軍使，統兵戍邊，防遏吐蕃。安史之亂起，成如璆軍將衛伯玉率千餘人赴中原參戰。參加了乾元二年攻圍安慶緒之戰。
九節度兵敗鄴城後，衛伯玉與宦官觀軍容使魚朝恩退守陝州，防備安史。這時神策軍故地已被吐蕃佔領，衛伯玉所統之軍仍沿用神策軍的名號，衛伯玉爲兵馬使。
後衛伯玉入朝，此軍歸陝州節度使郭英乂，郭英乂入朝，神策軍遂屬魚朝恩。在這期間，魚朝恩把陝州節度使所轄軍隊併入神策軍，使其擴大爲萬人以上的大軍。
廣德元年，吐蕃進犯長安，禁軍潰敗，代宗奔陝州，魚朝恩率此軍護衛代宗，京師克平之後，魚朝恩便率神策軍歸於禁中。
永泰元年，吐蕃軍隊再次進攻關中，神策軍於是屯苑中，分爲左、右廂，正式成爲天子禁軍。
大曆五年魚朝恩因獲罪被處死，以後十幾年均以本軍將領爲兵馬使統率之。建中四年，德宗以司衣卿白志貞爲使，卻遇到所謂“涇卒之變”，德宗出奔。
事定後，德宗認爲文武臣僚不可信賴，興元元年，命宦官分領神策軍，爲左、右廂都知兵馬使。貞元二年，改神策左、右廂爲左右神策軍。貞元十二年又置左右神策軍護軍中尉。
左右神策軍成立後，各設大將軍一人，正二品，將軍各四人，從三品。統軍各二人，正三品。護軍中尉各一人，中護軍各一人，判官各三人，都句判官二人，句覆官各一人，表奏官各一人，支計官各一人，孔目官各二人，驅使官各二人，長史、錄事參軍事、倉曹參軍事、兵曹參軍事、胄曹參軍事各一人，司階各二人，中候各三人，司戈、執戟各五人，長上各十人。
最高統帥爲護軍中尉，神策將吏皆受其節制。由於神策軍分屯在京師、畿內與關中要塞之地，所以在兩護軍中尉之下設左右神策行營，分統京畿和所在地區軍隊。
歷史上的大唐後期，由於朝廷集權與地方割據的矛盾日益尖銳，嚴重的局勢使大唐統治者認識到必須擁有一支由朝廷直接掌握的、有戰鬥力的武裝力量，加強神策軍勢在必行。
神策軍有過兩次較大規模的擴編。第一次大規模擴編是在代宗大曆初年。主要收編了平盧鎮邢君牙部、陽惠元部，安史降將尚可孤部，朔方鎮郝廷玉部、侯仲莊部等。這些軍隊都是久經沙場，極有戰鬥力的藩鎮部隊，使得神策軍勢力大增。
第二次大規模擴編是在德宗貞元年間。主要收編鎮國鎮駱元光部，朔方鎮李朝採部，河東鎮浮璘部等。又以“神策行營”的名義，強行把京畿和關內的諸軍兼併，如鳳翔鎮、銀夏鎮的軍隊等。另外，還招募了部分新兵，如神策軍使白志貞從京師曾一次招募3000人，宰相李泌把因隴右失陷而留居京師的西域朝貢酋長，安西、北庭校吏及其子孫4000人，盡數召入神策軍。
此後，還進行過多次規模較小的擴編，使神策軍的兵力達到15萬人。到唐穆宗初年，京西、京北及振武、天德八道節度使及都防禦使下神策一十二鎮將士等共186700餘人，爲神策軍的全盛時期。
然唐穆宗以後，神策軍漸漸腐化，戰鬥力下降。神策軍的腐化孕育於其極盛之時。由於其擁有許多特殊權利，故促成了其自身的腐化。
神策軍至少在三個方面享有特權：第一是給養三倍於其他軍隊，以及經常性的額外賞賜。從代宗以來，每次大赦都要厚賜神策軍。每個新皇帝即位，也要犒賞神策軍。如穆宗即位，賜左右神策軍士人錢五十緡，六軍、威遠人三十緡，左右金吾人十五緡。
第二是在其將吏遷轉升任方面有優先權。據載：“開成以來，神策將吏遷官，多不聞奏，直牒中書令復奏施行，遷改殆無虛日。”他們的這種優先權也得益於護軍中尉的偏愛和關照。
第三是法律上享有特權。唐制，京師各機構、各部門，每季派御史巡按監察。後來由於禁軍地位特殊，御史皆不敢去巡查。貞元十九年，監察御史崔遠不瞭解這種變化，進入了右神策軍駐地，結果被杖四十，流放外州。這說明皇帝業已承認神策軍在法律上的這種特權地位。
這些特權不僅促使神策軍日益腐化，而且在一定條件下成爲某些藩鎮發動叛亂的藉口。大唐末年，藩鎮勢力屢次進犯京師，常以剪除宦官爲口號，而這時的神策軍將吏大都捲入宦官集團中去。
由於穆宗以後，神策軍很少外出征戰，軍紀日益敗壞。其普通軍士也非當年善戰的邊兵，多以工商富豪子弟充任，不堪一戰。唐廷給予神策軍特權，目的是讓這支軍隊爲維護李家統治發揮更大的作用，卻適得其反，促使其走向腐化，喪失戰鬥力，這是唐廷所始料不及的。
唐僖宗時，黃巢起義軍入關，僖宗倉皇南逃入蜀，左右神策軍或潰敗，或爲藩鎮招諭收容。後宦官田令孜另招神策新軍54都，每都千人，以都將分領。
唐昭宗景福二年，鳳翔節度使李茂貞舉兵攻長安，昭宗“悉發五十四軍屯興平，已而兵自潰，茂貞逼京師，昭宗爲斬神策中尉西門重遂，乃引去。”
天覆二年，宣武節度使朱全忠進入關中，次年擊敗李茂貞，逼昭宗殺死大宦官韓全誨等20餘人，把參與的神策左右軍的兵士併入左右羽林、龍武、神武等劉軍，神策軍就此解散。
杜睿當然不會再犯歷史上唐廷所犯下的錯誤，從貞觀年間的軍制改革之時，杜睿就不斷的給將士們灌輸包圍國家是軍人義務的概念，他們非但不能享受任何特權，相反的，他們所要承擔的義務也更重，尤其是號稱天下精銳的禁軍。
與北衙十軍相對應的便是南衙十六衛，既左右衛，左右驍衛，左右武衛，左右威衛，左右領軍衛，左右金吾衛，左右監門衛，左右千牛衛。
和北衙十軍的構成都是新招募的士卒不同，南衙十六衛則是在原先拱衛長安的八支禁軍的基礎上擴編的。
北衙十軍的主要職責是拱衛長安，保護皇室的安全，而南衙十六衛的主要職責則是作爲大唐中樞的機動兵力，負責征戰四方。
北衙十軍的掌控權在皇帝的手中，沒有皇帝的兵符，任何人不得隨意調動，這樣安排，杜睿也是爲了能夠保障皇室的基本權益，畢竟沒有一支完全忠於皇室的軍隊，對未來大唐的穩定是不利的。
而南衙十六衛的掌控權則在內閣，一旦發生戰爭，則由杜睿組織內閣擬票，通過之後，呈報給皇帝御批，兵部負責組織，總參謀部負責制定出兵計劃。
所以嚴格上來說，南衙十六衛並非掌控在杜睿的手中，也並非是掌控在內閣的手中，杜睿這樣安排，則是爲了防止日後有人做大，掌控了這麼大的軍事力量，威脅到皇權。