北洋政|府於3月19日接到了督軍們的聯名電報，這通電報以曹錕爲首，包括長江三督在內，共有15省三特區的北洋軍閥們，他們要求段祺瑞再起組閣，內雲：“錕等互相約定，我公復任揆席，則同人誓當一致，共扶危局，否則亦惟從公高蹈，不問世事，全國安危，同人離合，均系我公一身。”
馮國璋接到這個電報，簡直像接到哀的美敦書一樣，沒奈何只好再請段祺瑞“勉應衆命，以北洋團體爲重”，接受組閣大命。
要是這樣就放過他，段祺瑞也不配稱爲民國政壇的不倒翁，他很光棍地仍表示“無意於此”。
形勢已經惡化了，馮國璋指天誓日地表示願與段同生死，共患難。並且自動承認五個條件：參陸辦公處仍然遷回國務院，以靳雲鵬爲主任以代師景雲----靳是段的四大金剛之一；國務院決議，總統保證不擅改一字；閣員由總理選擇，不必徵求總統同意；公府秘書長由總理推薦；中|央（指總統）致各省的電報，須由院方核發。
這五項條件一擺，老馮基本上是自己把自己放到傀儡的高位了。他之所以如此，一方面是暫避鋒芒；另一方面，他又趁着段祺瑞忙於組閣及善後的空隙，迅速整合直系在各省的力量，以備反撲。
這次，段祺瑞是全權掌握了北京中|央政權。3月23日大總統令準署國務總理王士珍辭職，特任段祺瑞爲國務總理。
24日派張志潭爲國務院秘書長。
25日參陸辦公處遷回國務院。
27日令張敬堯爲湖南督軍兼署省長。
28日令改海軍總司令爲特任，以藍建樞爲總司令。
29日令陸徵祥復任外交總長，錢能訓爲內務總長，段芝貴爲陸軍總長，劉冠雄爲海軍總長，傅增湘爲教育總長，朱深爲司法總長，田文烈爲農商總長，曹汝霖爲交通總長兼署財政總長，吳鼎昌爲財政次長。這些均是皖系的重要人物。從這一刻起，皖系完全控制了北洋中|央政|府。
作爲對擁戴人員的激勵，北洋政|府4月4日晉授曹錕勳一位，一等大綬寶光嘉禾章；授予張敬堯一等文虎章，二等大綬寶光嘉禾章；授予吳佩孚勳三位，二等大綬寶光嘉禾章。
段祺瑞第三度復任總理，馮國璋是完全低頭了，就是主和的實力分子直系的長江三督也不敢唱反調。這時政局中的大紅人是徐樹錚，李純也竭力拉攏徐，江西督軍陳光遠公開表示接受第三期作戰計劃。到此時期，直系已完全屈服於皖系。
當此之際，段祺瑞在漢口的軍事會議中說明團結北洋派的重要性和貫徹對南作戰方針的決定，然後提出第四期作戰計劃，發交有關各省按照計劃執行。關於總統問題，段祺瑞主張迅速召集新國會以便如期進行總統的選舉，這就是由皖系親信徐樹錚策劃的後來著名的安福國會。
段祺瑞三度組閣前，一切有利的情勢都傾向於他，可是等他上臺後，情況就兩樣了：皖系和主戰派的軍閥擁護他是自有打算的，希望因爲作戰而能分到日本的借款和軍火，同時因爲作戰而各自可以截留國稅，買馬招兵。
而奉軍入關時即“順道”劫奪了一批軍火後並不滿足，段上臺不久，第二批從日本運來的槍械30000支又在塘沽被奉軍劫收！段祺瑞政|府和日本的勾結，並沒有得到什麼好處，因爲軍火的供應只便宜了奉軍，兩次日本軍火都被奉軍劫取。借款雖多，卻是遠水不能救近火。
兩次截軍火之後，張作霖用這些軍火共裝備了7個旅的兵力，實力大增。本來毅軍之宋九齡團歸順後張漢卿又整合了許多閒散部隊，給了他一個混成旅旅長的職務。現在軍火到手，這個混成旅的架子纔算是真正架起來了。
跟隨張作霖起家的一批元老，孫烈臣已經接替他成爲主力二十七師的師長、楊宇霆是雷打不動的督軍署總參議兼兵工廠總督辦、湯玉麟已經邊緣化，只有張作相從二十七師參謀長升到督軍署參謀長，名義上小進步了一級。對比少帥系的韓麟春、郭鬆齡都是以新進先後執掌大權，就是軍事上不見長的王以哲，出在在第一師中也是有頭有臉的人物，而姜登選更是一步登天。相比之下，張作霖感覺對不起張作相。
不過張作相很豁達：第一師組建時，他有機會成爲師長，因爲考慮到對張作霖的影響放棄了，讓給了韓麟春；二十八師歸降時是個機會，但是考慮到軍心的穩定放棄了，讓給了汲金純。
雖然他屢次讓賢，甘居人後，老少帥卻都不會忘記。張作霖這次讓他擔任關係自己生死退路的後路軍總指揮，就是表達他對張作相的信任之情。而張漢卿則通過提議把參謀長地位拔高的辦法增強其影響力，作爲奉天督軍署參謀長，張作相的級別已經與各師長平齊，並可以代表張作霖指揮作戰。
此外，按照因人設職的原則，張漢卿讓張作相擔任人民黨軍事委員會的副主席，至少在名義上拔高他在黨內的地位，雖然這個時候人民黨的影響只在奉天和黑省，但畢竟聊勝於無，也是少帥的心意。
張作相感受到了這個心意，對此表示充分的感激之情，但還是婉言謝絕了。這種高風亮節，讓奉系上下倍顯崇高。張漢卿卻不放棄，他派副官兼宣傳部長朱光沐親自傳話：“八叔不願意做這個副主席，是嫌人民黨不夠大，覺得它成不了氣候嗎？唯其如此，才需要借重八叔的人脈和氣場，讓人民黨早日壯大呢！”
這句話半是激將半是心裡話。人民黨是以他爲首的一撥少壯派搞出來的，奉系元老們都未涉足，以致於遲遲在奉天打不開局面，連帶着黑省也不重視。如果張作相“加盟”，不管怎麼樣，都可以加重人民黨的砝碼，另外也是一段香火情不是？
張作相應該是瞭解張漢卿的想法，也有心捧他一捧，於是笑笑說：“你去轉告少帥，就說他的好意我心領了，這個副主席，我現在就上任如何？”在他心裡面，對這個人民黨的作用只是少帥搗鼓出來的玩意兒，自己表示支持罷了，反正是掛名。不過當張漢卿其後宣佈他爲人民黨的軍事委員會主席，而副主席只有張作相一人時，他就有點明白少帥的意思了：那是擡自己一把。要知道手握重兵的韓麟春、郭鬆齡、王以哲、米春霖等人也只是委員而已。
此時姜登選已經在張漢卿的親自“引見”下成爲了人民黨光榮的“預備黨員”，專等時間一到，即可馬上連升三級，一個軍委委員是跑不了的，而且至不濟也得是個中|央委員。不過張作相不是黨員，卻爲什麼可以做人民黨的軍委副主席？
其實很簡單，人民黨創立之初，張作相與孫烈臣都是人民黨的名譽副主席，等於是變相入了黨，黨章裡又沒規定這事！到時候只要稍微變通下，到修訂黨章時這樣寫：“黨的名譽主席或副主席是天然合格的人民黨黨員”不就完事了？張漢卿當初埋下的伏筆呢。創立之初，自然漏洞很多，關鍵是看誰可以善用此漏洞而已。
這時候瀋陽兵工廠傳來好消息：前段時間從宗社黨餘孽們手中獲得的山炮已經成功地“回爐”完畢----其實只是把炮身上日本人留下的字跡刮掉，再用鐵水重新灌注一番而已。這樣雖然還是有點痕跡，但畢竟不是很直接、很明目張膽地告訴世人這就是當初那批“贓物”，即使攤到明面上也能說得過去----在實力不濟的當下，張漢卿還是萬分提防着日本人呢。
三十門炮，衛隊師留下十八門，組建了一個全新的炮兵營。剩下的十二門，連同衛隊師淘汰下的幾門大炮，劃撥給第一師建炮兵營。第一師原先就是由黑省騎兵旅、步兵旅組建而成，完全意義上的重武器基本沒有，現在平空淘到這樣些寶貝，自然欣喜不已。加上指揮它的是教導團的骨幹帶出來的中下級軍官，一旦訓練就位，戰鬥力絕對不輸於勉強位列北洋軍的二十九師。
不是張漢卿偏心，實在是重武器不足，這才導致親疏有別。對自家兒子的這點小算盤，張作霖只能是豁達一笑，肉爛在鍋裡總比沒有的好。
兩次六萬支槍被奪到手，相當於全體奉軍更新了一次裝備。這次張漢卿沒有吃獨食，沒必要嘛。連衛隊師新劃歸的宋九齡混成旅都從上到下換裝了，不如豁達。一些老式步槍、土槍被淘汰下真正回了爐，奉天軍械修理廠也終於有了些備件物資可以使用了。
可是經此以後，段祺瑞對張作霖是恐懼異常，奉、皖翻臉勢在必行。此時奉天背後有吉林如刺在哽，馮國璋也已無力和段祺瑞明爭或暗鬥。表面上奉軍第一次入關風光無比，但一旦段祺瑞緩過手來，倉促之下，奉系卻不是如日中天的皖系的實力可比。若不能儘快解決奉系與皖系之間的這個心結，對奉軍可以說是後患無窮。