張治中又說：“我還有一個動機：認爲在這個時候（當時白崇禧任桂林行營主任，程潛任西安行營主任），爲充實統帥部陣容，提高統帥部威權，必須負有聲望的高級將才集中於中央，以便順利地統率全隊。我這一個大膽的建議，當初蔣表示猶豫，經過多少次的考慮，終於決定先後撤桂林行營和西安行營。”（《張治中回憶錄》，第二九七頁（文史資料出版社）。）
白崇禧調回重慶以後，爲形勢所逼，他不能再如在桂林當行營主任時那樣，倚靠地方實力爲後盾，保持其中間的政治立場了。
一九四〇年十月，國共兩黨關係嚴重惡化，核心問題是軍事問題，例如：十月十四日，江蘇省主席韓德勤調遣數萬大軍，向蘇北新四軍陳毅部作武裝進攻，陳部一再忍讓，自動退出姜堰戰略重鎮，以求息爭，一致對外。但韓部仍繼續前進，陳毅遂被迫自衛，發生黃橋戰鬥。
蔣介石利用此一事件爲突破口，派總參謀長何應欽、副總參謀長白崇禧和中央派在重慶的代表周恩來、葉劍英進行協商，要求江南新四軍和華北八路軍限期集中黃河以北，幾經會談，未取得任何協議。
七月十九日，何應欽、白崇禧以正副參謀總長名義發表了“皓”電，指責八路軍新四軍：“一、不守戰區範圍，自由行動；二、不遵編制數量，自由擴充；三、不服從中央命令，破壞行政系統；四、不打敵人，專事吞併友軍。”這些指責並不公允，八月下旬起，華北五省八路軍發動了有名的“百團大戰”，它打破了敵人的“囚籠政策”，怎麼能說他們“不打敵人”呢？！
何、白“皓”電根據《中央提示案》作硬性片面的規定，限電到一個月內把（八路軍、新四軍）部隊撤到劃定的作戰地區內（即黃河以北）。到了這個時候，白崇禧已身不由己作爲蔣的政策工具了。
到一九四一年一月十三、十四兩日，就發生歷史上有名的“皖南事變”。新四軍一萬餘人在江南涇縣、太平一帶被顧祝同指揮上官雲相所部突然圍攻，幾乎全部被消滅，項英戰死，葉挺被俘。重慶軍事委員會發表新四軍“叛變”經過，明令撤銷新四軍番號，將葉挺交軍法審判。
一月十八日，中央對“皖南事變”發表談話，指出“皖南事變”僅爲國民黨反動派投降大陰謀中之一個步驟而已，全國人民應亟起制止。同時向國民黨政府提出懲辦皖南事變禍首何應欽、顧祝同、上官雲相。名單中沒有提到白崇禧，這表明中央對白氏還留有餘地。
在桂林行營時期，白崇禧是一方重鎮，講話很有分量。例如：白崇禧警告過在行營擔任第二處長的楊繼榮（軍統分子），軍統組織不能進入廣西，楊氏諾諾連聲，不敢違抗。中統見軍統如此，也不敢逾越雷池一步。桂林行營撤銷以後，中統收買了國民黨廣西省黨部調查科長樑學基（原來是黃旭初的秘書，黃兼廣西省黨部主委），利用第二次的到來，在廣西猛抓員和進步人士，如一九四二年制造“七九”事件，使廣西工委負責人蘇曼等三人受迫害致死；知名人士薩空了（1907—1988，蒙古族。1949年在北平協助胡愈之創辦中國民主同盟機關報《光明日報》，任秘書長，是第一屆全國政協代表。建國後歷任中國民主同盟副主席、全國政協副秘書長。）也於一九四三年三四月間被逮捕，黃旭初派樑學基告訴薩氏，他是奉命辦理的，但安全沒有問題。暗示若交給中統直接處置，那就不能保險了。
隨着桂林行營的取消，廣西綏靖公署政治部也奉到軍委會政治部命令，着於一九四一年年底辦理結束，程思遠調到重慶工作。