一九四〇年，是白崇禧從中間立場走到方面的一年。
二月二十七日，蔣介石在柳州會議閉幕後，宣佈白崇禧在桂南會戰（即爭奪崑崙關）中督率不力，予以降級處分。四月二十日，蔣介石即下命令，撤銷桂林行營，白崇禧回渝任副總參謀長及軍訓部長本職。
張治中在他的回憶錄中，承認這兩事都是出自他的建議，目的是要“嚴明賞罰”、“提高統帥部威權”。（《張治中回憶錄》，第二九七頁。）就筆者看來，張文白的這個建議，是出自蔣介石本人的面承身命，張氏不過奉令辦事而已。白崇禧曾對我說：“蔣介石左右有些人善於逢君之惡。”是不點名地指責張治中。
白崇禧失掉了桂林行營的陣地，對國共關係和西南抗日軍事的影響太大了。
周恩來與白崇禧有一個君子協定，即不在廣西發展組織。桂林行營一撤銷，形勢立刻有變化，於是南方局於一九四〇年六月恢復廣西省工委。同時，國民黨兩大特務系統——中統、軍統也積極向廣西開展工作。兩年後桂林發生“七九”事變，實以此爲契機。
蔣介石爲什麼把白崇禧調回重慶？一句話：實際爲發動第二次做準備。
第一次，發生於一九三九年十二月，首先是閻錫山在山西對以員做骨幹的新軍突然進攻，接着於一九四〇年初，國民黨第九十七軍朱懷冰（1892—1968，中將銜。曾加入同盟會，參加辛亥革命。後曾任國民黨軍事委員會參謀廳第二局局長，第六戰區政治部主任等職。抗戰期間被稱爲與八路軍制造矛盾的“摩擦專家”。）進攻八路軍總司令部。在這一次中李宗仁、白崇禧站在中間立場，白崇禧甚至授意李任仁積極吸收進步人士入廣西建設研究會，藉此以表明他的開明進步作風。
以武漢失守爲起點，領導的八路軍和新四軍側重在敵後發動運動戰和游擊戰，由於日寇集中兵力來控制點線，因此點線以外的廣大地區就落在八路軍和新四軍手中。蔣介石看見的軍事勢力發展太快，憂心忡忡，引爲心腹大患，於是處心積慮地發動第二次。
白崇禧回重慶後，蔣介石即派他同何應欽與周恩來、葉劍英就八路軍新四軍的作戰區域進行協商，意欲把軍力限制在一定範圍之內，蔣介石的意思是要八路軍全部調到黃河以北，而新四軍則調到長江以西。這兩者均使不能答應。因此，久久不能達成協議。
到一九四〇年七月十九日，蔣介石驀地通過何應欽、白崇禧向周恩來、葉劍英提出《中央提示案》，硬性地規定十八集團軍（八路軍）和新四軍在一個月內全部調到冀察兩省和魯北、晉北地區，非奉命令不得越出境外活動。另外，決定第十八集團軍編爲三軍六師，新四軍編成兩師。這《中央提示案》準備強加於人，沒有商量餘地，方面當然不能接受。
十一月九日，八路軍朱德、彭德懷兩位總、副司令及新四軍葉挺、項英正副軍長以“健”電答覆何應欽、白崇禧，具體地指出：“國內一部分人士在策動所謂新，企圖爲投降掃清道路。欲以所謂中日聯合剿共，結束抗戰局面，以內戰代抗戰，以投降代獨立，以分裂代團結，以黑暗代光明，其事至險，其計至毒，道路相告，動魄驚心，時局危機未有如今日之甚者。”同時爲了顧全大局，挽救危亡，朱、彭、葉、項在電中允將新四軍江南部隊北移。
由於白崇禧參加蔣介石所發動的第二次，隨而影響了八路軍桂林辦事處的地位。八路軍桂林辦事處的成立，事前周恩來與白崇禧在從武漢撤退南下途中談過這個問題，取得白崇禧的充分諒解。一九三八年十一月中，八路軍桂林辦事處在桂林中山北路一三八號宣告成立。該處主任李克農去訪廣西省政府主席黃旭初，彼此談得很好，李克農坦率地表示在廣西旨在支持廣西團結抗戰，不干涉廣西內政，不挖廣西的牆腳。自此以後，八路軍桂林辦事處與廣西當局關係融洽，合作無間，到一九四〇年十一月十二日，軍事委員會軍政部通知八路軍辦事處必須於本月十九日前結束。十分明顯，軍政部發出這樣的通知，何應欽事前是徵得白崇禧的同意的。
一九四〇年十二月三十一日，由楊東蓴主持的廣西地方幹部學校宣告停辦。
這一年，是白崇禧在國共兩黨關係上從中間立場走到方面的轉折點。所以有此轉變，與桂林行營的撤銷有其不可分離之關係。