山本墜機第三天（4月20日），海軍省接獲地面調查組發回的電報，電報中稱19日找到了一號機，裡面沒有生還者，正在收容遺體。
隨同山本的死亡信息而來的是東南艦隊司令部的另一封電報，內容是：此事件對聯合艦隊內部和陸軍嚴格保密，並聯絡了聯合艦隊先任（首席）參謀黑島龜人和第二艦隊司令長官進藤信竹，後續安排等候中央指示。日本海軍不得不面對建軍以來第一次外戰部隊最高指揮官陣亡的現實，作爲一個專門從事戰爭活動的組織，戰爭就會死人，日本海軍原本有一套軍令承行令，戰時誰死了誰替補安排得明明白白。
如果根據條例，該誰替補誰替補，簽字蓋章名字曝光，還怎麼保密？明白事兒的當地最高指揮官－東南方面艦隊司令長官草鹿任一在艦隊指揮和保密兩邊採取了折中的方式，先聯繫好聯合艦隊司令部殘餘人員和第二艦隊司令長官，跟他們說出事兒了，至於怎麼處理，還得聽中央命令，上級的命令永遠是對的。
視角轉向同一日的東京，“山本墜機善後工作領導小組”兵分兩路，海軍中負責作戰指揮的軍令總長永野修身進宮向日本天皇報告山本的死訊，海軍大臣島田繁太郎雖然被稱作“東條的褲腰帶”，這時候第一個找的不是他的頂頭上司首相東條英機，而是去了伏見宮公館的主人伏見宮博恭王。
伏見宮就是日本海軍的幕後大佬（其代理人島田繁太郎），曾和東鄉平八郎並列爲艦隊派的總後臺，有些事情，他說話比天皇都好使，所以新任聯合艦隊司令長官的任命書就到了。島田從伏見宮家裡出來纔去找首相，首相東條英機是核心領導層裡最後知道山本死訊的人···
幾乎在同一時間，“領導小組”迅速制定了一系列方案。第一是劃定山本墜機與古賀接任這倆事情的公開範圍（聯合艦隊，中國方面艦隊，鎮守府，警備府司令長官），第二是內定最早公佈山本墜機事件的時間不早於5月27日。
山本墜機第四天（4月21日）。第二艦隊司令長官近藤信竹左等右等沒等來中央的回覆，要在吉爾伯特羣島附近搞事情的計劃沒人簽字，所羅門羣島空戰一天也沒停過，據情報分析美軍在北太平洋也要有動作，俗話說軍不可一日無帥，聯合艦隊已經三天沒有司令長官。
在與山本的司令部殘餘參謀成員溝通後，近藤以第二艦隊司令長官的名義向海軍大臣，軍令總長和各個艦隊司令長官發報：“山本聯合艦隊司令長官發生事故，由本職代理其職務。”這裡出現了一個關於將旗的扯皮，東南艦隊司令部上從4月3日山本上前線以來懸掛大將旗，近藤的旗艦愛宕上懸掛的是中將旗。從風帆戰艦時代開始，誰桅杆上飄的旗子厲害聽誰指揮的規矩一直是海軍的傳統，現在山本長官人都沒了，是把旗子降下來還是暫時不降得扯皮一直扯到4月23日。
言歸正傳，日本海軍中央和地方的反應時間僅僅相差了半天，同日下午，橫須賀鎮守府司令長官古賀峰一在海軍大臣辦公室接受了委任狀，就任聯合艦隊司令長官。一般來說，1922後的日本聯合艦隊司令長官是從海軍次官、軍令次長、第二艦隊司令長官、橫須賀鎮守府司令長官和吳鎮守府司令長官中選擇最資深的一位。
當時的海軍次官澤本賴雄中將（海兵36期）、軍令次長伊藤整一中將（海兵39期）、第二艦隊司令長官近藤信竹中將（海兵35期）、橫須賀鎮守府司令長官古賀峰一大將（海兵34期）、吳鎮守府司令長官高橋伊望中將（海兵36期）中無論軍銜還是資歷，古賀峰一都是最佳人選。還有資料說時任軍事參議官的豐田副武大將（海兵33期）也在備選名單裡，可能是因爲沒有擔任實際指揮職務而落選了。
山本墜機第五天（4月22日）。新任聯合艦隊司令長官古賀峰一依例進宮找天皇拜碼頭，爲了對外保密，古賀進宮以鎮守府長官彙報工作的名義進行，不舉行發佈儀式和歡送會，進行參拜神社神宮等封建迷信活動時身着便服，乘坐的汽車上不懸掛海軍的徽記。古賀就任的密電很快傳遞給焦急等待中的近藤，近藤立刻以第二艦隊司令長官的名義發電回覆：在古賀長官到任前代理其職務。既名正言順地接過指揮權，也向中央表明自己堅決服從命令的態度。
山本墜機第六天（4月23日），作爲死亡形態回到了他在特魯克的旗艦武藏號上。
山本墜機第七天（4月24日）下午，古賀峰一和副官從橫濱乘飛機起航前往特魯克，對外以去南方出差的形式安排並且儘量縮小了前來送行人的範圍，一來二去搞得古賀長官很不體面。
山本墜機第八天（4月25日）。海軍大臣，軍令總長，聯合艦隊各艦隊司令長官接到古賀到差，開始行使指揮權的電報，下午三點，武藏號的桅杆上升起代表古賀的大將旗，這面大將旗升的貨真價實，此時此刻武藏號上有一死一活兩個海軍大將。
至此，聯合艦隊基本上完成了指揮權的交接。情還沒完，前面說了一件特別重要的事情－調查事故原因。早在4月18－19日日本海軍中央接獲電報後，便認爲這是盟軍有計劃的行動，立刻指示第一聯合通信隊調查密碼是否泄漏。通信隊對之前收發電報和密碼進行覈查後表示，之前使用的密碼都是戰略密碼，密級極高，只有大臣總長和各個司令長官使用，絕對沒有被破譯的可能性，但是地方上是否泄密不得而知。
東南方面艦隊的調查複雜的多，首先從山本行程安排入手。山本一行乘坐飛機的主要路徑規劃者是室井舍治參謀，室井本人也死在這次事故里，死無對證。之前是根據布因和肖特蘭方面的情報分析制空權大致在日本方面的掌控之中，才確定了路線和六架戰鬥機護航。至於室井本人是內鬼，設下苦肉計害死山本長官的可能性被趙繼統給否定了，完全是無稽之談。