在討論協定草案時，南京代表團對草案提出了四十餘條意見，中共方接受了二十餘條。例如戰犯問題，南京方面是很關心的。毛**在4月8日致李宗仁電中就談到:“貴方既然同意以八項條件爲談判基礎，則根據此八項原則以求具體實現， 自不難獲得正確之解決。戰犯問題。亦是如此，總以是否有利於中國人民解放事業之推進，是否有利於用和平方法解決問題爲標準。”
討論協定草案時，南京代表團對戰犯問題爭得很厲害，主張不要將戰犯問題寫入協定。我方照顧他們的意見，將戰犯分爲兩類，對其中怙惡不悛者，應於從嚴懲辦;而“一切戰犯，不問伺人，如能認清是非，翻然悔悟，出於真心實意，確有事實表現，因而有利於中國人民解放事業之推進，有利於用和平方法解決國內問題者，准予取消戰犯罪名，給以寬大待遇。”
除戰犯外，對於國民黨軍隊官兵及國民黨**工作人員，決議修正案也表示了予以寬大處理的精神，其它各項問題也在認真聽取南京代表團的意見後，作了適當的解決。
談判中，中共方代表團還主動向他們保證，若李宗仁**接受和平協定，中國共產黨將負責同各****協商，接受他們以及南京**方面若干人參加新的****會議，也參加聯合**。
4月14日，周恩來向在北平的部分民主人士報告第一次談判的經過以及南京代表團對《國內和平協定》草案的意見，並廣泛徵求民主人士的意見。
沈鈞儒、馬敘倫、黃炎培、譚平山、彭澤民、蔡廷鍇等人先後發了言。他們的意見很集中，認爲中共方已作出了不小的讓步，《國內和平協定》草案之寬大已出乎意料，在渡江接收國民黨反動政權、改編其軍隊及戰犯這些根本問題上，不應該再讓步。
****和無黨派人士也積極配合做南京代表的工作。和談開始前，毛**接見李濟深、沈鈞儒等多人，並將我方的具體方案、文件先與民主人士商量。會議開始後，也將情況向他們通報。
李濟深、譚平山、王崑崙、陳此生、陳邵先、朱學範、許寶駒等也多次與南京代表談話。如4月2日，張治中等六人去見李濟深，李向他們說:“孫總理的三民主義與三大政策始終未能實現，而中國共產黨的反帝、反封建、反官僚資本主義都做到了。他們與孫總理的主張是一致的。我們做錯了，我們要承認。”
張治中等就“中共是否允許其他黨派存在”等問題提出詢問，李一一作了解釋。這些談話，對南京代表團接受《國內和平協定》修正案，起了積極的促進作用。
李濟深還派私人代表朱蘊山、李民欣同劉仲容一起去南京，做李宗仁、白崇禧的工作。最後，中共方接受了南京**代表團二十餘條意見後修改過的《國內和平協定》八條二十四款修正案稿向大家宣讀，大家均表同意，並認爲不需要逐條討論了。
4月15日，召開第二次正式會議。會上宣佈了協定的修正案。周恩來說:“這是定稿了。我們總是儘量求取原則上的同意和實施技術上的合理，以便南京代表團說服南京**，使協定很快簽字，從而推動和平事業的進行。”
最後他鄭重宣佈:“談判以4月20日爲限期，南京**是否願意簽字，須在20日以前表態。”
南京代表團派黃紹豌、屈武於4月16日攜《國內和平協定》修正案飛南京請示，希望南京**能接受這一協定。蔣介石閱罷《國內和平協定》拍桌大罵:“文白（張治中將軍字文白）無能，喪權辱國!”
憋了幾個月的蔣介石，終於強硬地行動起來。他把南京的李宗仁撇在一邊，命令蔣經國傳達他一系列手諭，給前方將領打電話，部署最後一拼:“告訴湯恩伯，讓他給我好好打，一定守住長江天險!”
“告訴白崇禧，和談已經破裂，華中地區全靠他了!”···20日深夜，李宗仁、何應欽覆電張治中並各代表，拒絕接受《國內和平協定》，並反對渡江。
21日，毛**、朱德發佈渡江命令，謂:“拒絕這個協定，就是表示國民黨決心將他們發動的反革命戰爭打到底。拒絕這個協定，就是表示國民黨在今年1月1日所提議的和平談判，不過是企圖阻止人民解放軍向前推進，以便反動派獲得喘息時間，然後捲土重來撲滅革命勢力。拒絕這個協定，就是表示南京李宗仁**所謂承認中共八個和平條件以爲談判基礎是完全虛僞的。”
命令一下，中國人民解放軍便全面渡江。談判破裂後，周恩來在北京飯店召集各黨派、團體和民主人士代表會議，周恩來作了《關於南京**拒絕和談及時局的發展》的報告。
與會的馮友蘭等一批教授會後向我們表示:“中共所提和平方案，條件非常寬大，南方人民將更清楚地看到誰是誰非。”
並希望人民解放軍早日解放全中國，相信中國共產黨今後能與各****真誠合作。人民解放軍渡江後，南京方面曾派飛機來接代表團返寧。中共考慮他們回去後的安全問題，挽留他們。
周恩來曾於20日夜打電話給張治中、邵力子，派他代表中共中央、代表毛主席和他本人請南京和談代表團同入全部留下;對已協議的《國內和平協定》，日後還會起作用;代表團各位，今後還會有貢獻，請他們考慮。
最後談談李宗仁。他由於當時的立場所限，未能在和平協定上簽字，走錯了一步棋，後來不得不遠去異國，這確實是個遺憾。
值得欣慰的是，出於愛國熱忱，並在黨的統一戰線政策的感召下，1965年7月，他毅然排除險阻，遠渡重洋，回到祖國的懷抱。
周恩來、葉劍英及黨和國家其他領導人、各****負責人、無黨派人士、國民黨起義人士以及當年南京**和談代表等多人去機場迎接。毛**在中南海接見了李宗仁，與他親切握手，笑談契闊。
他參觀、訪問了祖國各地，所到之處，受到盛情接待。在回國聲明中，他說:“1949年我未能接受和平協議，至今猶感愧疚。”
李宗仁先生最後選擇了葉落歸根、迴歸祖國的光明道路，是令人敬佩的。愛國一家，愛國不分先後，只要對國家和民族的事業作了貢獻， 人民都是歡迎的，人民優待他們，也不會忘記他們。