在美國中部時間下午13：38，肯尼迪逝世的消息被官方公佈，美國哥倫比亞廣播公司著名新聞類節目主持人沃爾特#克朗凱特第一個將約翰#肯尼迪遇刺的消息通過電視報道給了人們：“來自德克薩斯州的報道，這顯然是官方的新聞快報。肯尼迪總統於中部時間下午一點整逝世，東部標準時間爲下午兩點，大約在三十八分鐘以前。副總統約翰遜已離開達拉斯的醫院，但我們不知道他去了哪裡。他可能在不久之後就要宣誓繼任第三十六任美國總統。”
在美國中部時間下午14：00過後幾分鐘，肯尼迪的遺體從帕克蘭醫院被送到了空軍一號總統專機。達拉斯驗屍官在此前沒有對遺體進行法醫鑑定，而在被驗屍官進行法醫鑑定之前轉移遺體，已經違反了德克薩斯州的法律。
副總統林登#約翰遜所坐的車在穿過達拉斯市市區時，位於總統車隊中位於肯尼迪坐車兩輛車的後面，在槍擊中他沒有受傷，隨後他在空軍一號上繼任了美國總統。
在空軍一號總統專機降落在離華盛頓特區不遠的安德魯空軍基地後，肯尼迪的遺體被送到貝蒂斯海軍醫院進行驗屍。驗屍工作於11月22日晚在貝蒂斯海軍醫院進行，在3項檢查中醫生髮現有一個小孔在離總統頭骨很近的地方，這個小孔同時在其右腦的脫出點造成了很大的傷口。
在貝蒂斯海軍醫院驗屍之後，肯尼迪的遺體爲了準備葬禮而運回了白宮的東大廳並放置了24小時。在刺殺事件後的星期日，被美國國旗掩蓋住的靈柩被送到國會大廈以供公衆悼念。
從早上一直到深夜，成千上萬的公衆前來悼念這被嚴密看守着的棺材。來自超過90個國家的代表（包括中國外交部長伍廷芳），參加了在11月25日舉行的葬禮，其中包括8位國家元首、10位總理（首相）以及大批各國政府要員。
11月25日當天，美國國會圓形大廳，前來向肯尼迪致以最後敬意的人超過25萬。上午11：00，覆蓋着星條旗的靈柩從大廳中移出，放置在由4匹馬拉的靈車上，首先前往白宮，然後前往聖馬修斯大教堂），最後被送到了阿靈頓國家公墓並被安葬在一個特製的地下墓穴裡。當天，全球有數億觀衆在電視機前收看了肯尼迪的葬禮現場直播。
在肯尼迪遇刺的一個小時之後，也就是他被宣佈死亡前這段時間裡，美國國內發生了極大的混亂。就像刺殺事件發生在二戰時期一樣，一些人首先想到如果這次的刺殺行動不是要大規模攻擊美國的話，那一定是關係到副總統約翰遜的安全的。於是人們紛紛擠在電視機和收音機前密切關注着媒體發佈的相關最新消息。
肯尼迪被刺殺身亡的消息立即轟動了世界。人們成羣地圍在大商場中的電視機前，默默地祈禱着。在某些地方，交通也隨着肯尼迪遇刺的消息的散佈而變的幾近癱瘓。在美國和加拿大的學校紛紛提前讓學生們放學。一個被誤導的憤怒的反德州的德克薩斯人被上報到相關機構。當地所有3家電視臺取消了3天內正常的節目時間表，替代它們的是72小時不間斷的關於刺殺案的覆蓋性報導。這次的全方位報道是美國曆史上最長時間的不間斷覆蓋報道。無線電臺也同樣取消了普通節目時間表；一些電臺在播放着不間斷的覆蓋性新聞；其他的則是在播放悲哀的葬禮音樂。但並不是一切的娛樂和體育活動在那一天都被中斷，同樣也包括之後的週末。美國國家足球聯盟委員彼德說明了原因，他決定讓比賽在那個週末繼續進行：“它已經成爲了一種傳統……在一個偉人悲劇的時刻去繼續。”
隨後，關於肯尼迪的紀念活動在全世界範圍內展開。美國政府宣佈，11月25日，星期一，爲國葬日，也是國家哀悼日。很多其他國家，包括中國在內，也做出了同樣的決定。
達拉斯警方很快逮捕了嫌疑犯奧斯瓦爾德，並收集了犯罪現場的物理證據，奧斯瓦爾德被達拉斯警方押送到警署總部接受審訊。但在接下里的調查中卻遇到了重重疑點。
稍後，在晚上10：30，達拉斯警察局的警長傑西#克里被一個按他的話說是“來自華盛頓的人”命令去發送所有收集到的物理證據到位於華盛頓的美國聯邦調查局總部。
接下來，奧斯瓦爾德接受的審問，按傑西#克里的話說，“簡直就是違背所有審訊規則的”。傑西#克里說：“一般來講，一個訊問者在審問一個嫌疑犯時會和他單獨地呆在一個屋子裡或者有一個人陪同，但是事實正好相反，這個審問奧斯瓦爾德的屋子早就擠滿了FBI的探員，秘密小組探員和一些聯邦探員和謀殺偵探。”
達拉斯謀殺案偵探長弗雷茲，當時主管對奧斯瓦爾德的審訊工作，他同樣向沃倫委員會證實了沒有任何對於審訊過程的記錄，但是替代它的則是他在幾天後準備好的記錄。探長弗雷茲的證詞與他真實手寫的記錄互相矛盾。
聯邦調查局是第一個完成官方調查的權威機構。刺殺案僅僅過去17天的時候，聯邦調查局的報告就出版了，並被提交至沃倫委員會，當時聯邦調查局仍然是對於委員會來說主要的調查機構。聯邦調查局陳述只有3顆子彈在刺殺案中被髮射；第一枚射中了肯尼迪總統，第二枚射中了康納利州長，第三枚射中肯尼迪的頭部，並且致死。聯邦調查局陳述道：李#哈維#奧斯瓦爾德射出了全部3發子彈。這份陳述與官方調查委員會的結論有一些出入，在官方調查委員會的報告中說，一共有4發子彈在這次刺殺案中被射出。
可是，調查剛剛開始不久，犯罪嫌疑人就被人莫名其妙的槍殺了。
犯罪嫌疑人奧斯瓦爾德被人槍殺後，林登#約翰遜總統親自任命了一個特別委員會負責徹底調查這一謀殺案件。美國首席*官厄爾#沃倫是這個委員會的主席，因此，該委員會也被稱爲沃倫委員會。他們的調查結果全部收入到《總統特別委員會關於肯尼迪總統被暗殺的調查報告》（即《沃倫報告》）當中。
在長達一個月的調查後，沃倫委員會彙總出上百萬字的材料，近二十萬字的報告。12月27日，該委員會宣佈“在爭議和理智的名義下”宣佈暗殺總統的“客觀真相”：“奧斯瓦爾德純屬個人行爲”。
這分報告的結論要點如下：1、奧斯瓦爾德是使總統死亡和州長受傷的兇手。
2、子彈從教科書大樓的6層窗口射出。發射的3顆子彈中，一顆也使康納利州長受傷。
3、沒有發現其他人或集團參與了謀殺總統的陰謀。
4、沒有發現奧斯瓦爾德爲外國政府服務、受資助、做間諜的證據。
5、沒有發現奧斯瓦爾德與美國共產黨、古巴正義政策實施委員會、外國工人黨合謀謀殺總統的證據。
6、奧斯瓦爾德並非聯邦調查局、中央情報局或其他任何政府部門的探員或職員。
7、沒有奧斯瓦爾德與傑克#盧比相識的證據。
8、任何官員都沒有參與對美國政府的密謀或顛覆活動。
奧斯瓦爾德的犯罪動機被歸結爲：“對一切權威根深蒂固的憎恨以及對馬克思主義和共產主義的信仰”。結論排除了蘇聯、古巴插手的可能，也排除了美國政府及其機構參與的說法。暗殺只是偶然的“意外”，引用聯邦調查局的話說：“這從頭到尾是美國的一個悲劇——一億九千萬美國人中的一個精神狀態不穩定的人的個人行爲”。
然而，誰又能想到，在接下來的調查中，種種跡象卻直指時任美國總統的林登#約翰遜！
美國中央情報局老牌特工亨特在1919年年初，預感自己將不久於人世——淋巴癌、下巴癌、前列腺癌一齊發作，左腿被迫截肢，記憶力急劇下降，夢也越做越多。他突然意識到，不能就這麼把自己知道的一切帶進墳墓！爲此，他特意打電話給關係一直很僵的大兒子聖約翰，希望他馬上回邁阿密看看行將就木的老爹。
當聖約翰風塵僕僕地趕到邁阿密時，老態龍鍾的亨特正在起居室裡輪椅上看福克斯新聞。他馬上讓兒子把輪椅推到臥室，扶他上牀，然後示意聖約翰去給他倒一杯酒，拿幾張紙和一支鋼筆來。
聖約翰對老爹亨特談不上什麼感情，亨特當年管教他過於嚴厲，老媽也死得不明不白，導致聖約翰一度吸毒並兩次獲罪。此後近20年，父子兩人一直沒說過什麼話。不過，既然老爹開口了，聖約翰還是馬上趕回來了，他不知道亨特葫蘆裡到底賣的什麼藥。
幾個小時後，亨特遞給兒子兩大頁密密麻麻寫滿字的紙，上面有許多人的名字和對相關事宜的解釋。亨特一字一句地說：“這就是副總統林登#約翰遜刺殺肯尼迪的真相！”