在拿破倫準備全力進攻查理大公的部隊的時候，也不忘命令遠在意大利的意大利總督歐仁?博阿爾內率領意大利方面軍翻越阿爾卑斯山，從南面進攻奧地利，即使不能攻入奧地利，也要拖住對方的一部分兵力。作爲拿破倫的繼子，歐仁?博阿爾內對拿破倫還是比較忠心的，原本他也有着繼承皇位的想法，但在拿破倫確定蕭傑作爲他的繼承人之後，歐仁?博阿爾內也就死心了，專心經營他的意大利。當然，他的經營和蕭傑經營伊比利亞是完全不同的，蕭傑是想把伊比利亞變得更強大，從而爲自己的爭霸事業提供幫助，而歐仁?博阿爾內在意大利的做法則不同，他是爲了最大限度的壓榨意大利的財富，爲自己的將來做打算。
在這種情況下，使得意大利各處動亂不斷，必須依靠強硬的武力鎮壓才能夠維持統治。因此，意大利方面軍常年都保持着龐大的兵力，總兵力達到了7萬餘人，是法國除了蕭傑的第88軍團以外兵力最大的一支部隊。但實際上，歐仁?博阿爾內對外則號稱擁有15萬的軍隊，其用意就不用說了，8萬人的空餉每年也是一筆非常龐大的數目。在和平時期他這種做法還比較可行，但一遇到戰爭就比較麻煩了。這不？拿破倫一命令他率軍從南面攻打奧地利，頓時就讓他非常的發愁。
原因是拿破倫讓他至少出兵10萬，剩下5萬也足以保持意大利的穩定了，但歐仁?博阿爾內一共也就只有7萬人，到哪兒去湊足10萬人呢？不得已，歐仁?博阿爾內最後只得留下兩萬人駐守意大利，率領剩餘的5萬餘人奔赴戰場。但奧地利也早有準備，他們早就在普勒肯山口駐紮了重兵防守，歐仁?博阿爾內一連攻打了數日，都無法突破奧軍的防禦。想要翻越阿爾卑斯山脈進入奧地利，對於大軍來說共有兩個地方，一個是布倫納內羅山口，一個就是普勒肯山口，如果從布倫納內羅山口進攻的話，他們要繞一個大圈子，所以歐仁?博阿爾內只得硬着頭皮繼續進攻普勒肯山口，攻不下來不說，反到是損兵折將不少，連日的進攻，幾乎損失了上萬人。
最終，沒有辦法，歐仁?博阿爾內還是選擇了繞道進攻，只不過他這次沒有選擇翻越阿爾卑斯山了，而是從更南面，屬於土耳其帝國的斯洛文尼亞“借道”進攻奧地利，雖然打了奧地利一個措手不及，但時間已經失去了，後來又被奧地利的一個軍團死死的拖在了南部，無法前進一步。更糟糕的是，在歐仁?博阿爾內的大軍調走之後，意大利發生了反對法國統治的起義，起義迅速的席捲了整個意大利北部，歐仁?博阿爾內留下的兩萬軍隊根本就應付不了局面，被起義軍圍困在米蘭、熱那亞、都靈等幾個大城市。
得知這一情況的拿破倫大發雷霆，要不是法軍現在已經取得了對奧地利戰爭的決定性的勝利，歐仁?博阿爾內又是約瑟芬唯一的兒子，拿破倫還真想把他送上軍事法庭。最終拿破倫還是將摩頓的第13軍團派去了意大利，這才穩定住了局勢，直到兩個月以後，起義也才被完全撲滅。但戰後，爲了避免出現類似的事，拿破倫加大了對意大利的控制，解除了歐仁?博阿爾內對意大利方面軍的領導，使得歐仁?博阿爾內對拿破倫懷恨在心，以致於在後來拿破倫需要幫助的時候拒絕派兵支援。
當然，這些都是歐仁?博阿爾內在此次大戰中的表現，回到4月的德意志戰場。4月22日，希利爾的兩個軍團兵臨慕尼黑城下，對蘇爾特的第7軍團展開了猛烈的進攻，雙方展開了一場激烈的戰鬥，但第7軍團佔着地利和武器的優勢，硬是擋住了希利爾的攻擊。見此情況，爲了早日拿下這裡，北上夾擊拿破倫的大軍，希利爾調動了一個軍團的預備隊加入到圍攻慕尼黑的隊列中。奧軍援軍的加入，頓時讓第7軍團壓力大增，險些頂不住了。其實以蘇爾特的才能，加上第7軍團又是法國衆多軍團中的主力，要想憑藉堅固的慕尼黑擋住奧軍三個軍團一個星期的圍攻也不是辦不到的。
但問題是此時的蘇爾特根本就不在狀態，他一直惦記着法軍總參謀長的職務，在費盡心思把貝爾蒂埃趕下臺之後，原本他以爲他的願望能夠達成，但沒想到卻被克拉克撿了個便宜。這讓蘇爾特非常的生氣，常常抱怨拿破倫偏心，對軍隊的指揮也不那麼上心了。因此在這種情況下，在4月25日，慕尼黑在奧軍付出了巨大的代價之後，終於被攻破了，第7軍團傷亡過半，不得不向北方撤退。而奧軍也因爲損失了近3萬人，部隊又非常的疲憊，暫時無立追擊，不得不停下了進行簡短的休整。
在第7軍團正和奧軍在慕尼黑激戰的時候，拿破倫的攻擊也開始了。3個軍團向查理大公的奧軍主力發動了猛烈的進攻。其中，近衛軍團進攻因戈爾施密特，第6軍團進攻雷根斯陶夫，第8軍團進攻施多萬夫。查裡大公的三個軍團都佈置在着附近，但查理大公低估了法軍的戰鬥力，或者說他是把奧軍的實力看得太高了，法軍的3個軍團中，除了第8軍團要稍弱一點以外，其他兩個軍隊無一不是身經百戰的部隊，其中近衛軍團尤其厲害，雖然在上次戰爭中他們損失慘重，但經過補充之後，戰鬥力也沒下降多少，和奧軍進行一對一的大戰，奧軍顯然不是法軍的對手。
在4月22日，達武的近衛軍團擊敗了他的對手，沿着多瑙河向查裡大公的指揮部所在——雷根斯堡進攻，但駐紮在雷根斯堡的也是奧地利最精銳的軍隊，他們居然擋住了近衛軍團的進攻，但此時法軍第6軍團已經戰勝了他們的敵人，也開始向雷根斯堡進發，戰場的形勢變得對奧軍不利起來。查理大公急忙調派後方的作爲預備隊的3個軍團加入戰鬥，他完全沒有想到形勢會逆轉的這麼快，在他的估計中，他的3個軍團就是再不濟，也應該可以撐到希利爾擊敗在慕尼黑的法軍第7軍團，但現實確實非常殘酷的，之前的設想也完全是他的一相情願而已。
在得知奧軍援軍即將到來之後，拿破倫果斷的命令達武的第3軍團沿多瑙河向東南方向挺進，務必把奧軍的援軍堵在半路上。而進攻雷根斯堡的任務則由第6軍團和第8軍團接手。達武出色的完成了拿破倫交給他的任務，在代根多夫，他利用有利的地形，以一敵三，硬是將奧軍的3個軍團的援軍死死的擋在了那裡，不能前進一步。但近衛軍團爲此付出的代價也非常的大，整整一萬五千人戰死在了這裡，多瑙河的河水都被死去的士兵們的鮮血染紅了。最終，奧軍援軍不得不進行分兵，留下兩個軍團牽制法軍的近衛軍團，另一個軍團繞路趕往雷根斯保，但此時時間已經不在了。
在近衛軍團將奧軍援軍堵住的時候，拿破倫也集中兵力對雷根斯堡進行了猛烈的進攻。爲了早日拿下雷根斯堡，拿破倫集中了手中的全部兩百多門大炮，對雷根斯堡實行不計彈藥的猛烈轟擊，在4月25日下午，生生將雷根斯堡的城牆轟斷很長一解。查理大公在得知援軍被堵在了半路上，如今雷根斯堡又被攻破，最終只得嘆息一聲，下令放棄雷根斯堡，帶着不足5萬殘軍逃往波西米亞山地。查理大公撤退了，但那個繞路而來援助他的那個軍團則撞到了槍口上，被法軍兩個軍團狠狠的蹂躪一翻，丟下上萬具屍體過後，落荒而逃。
此役，法軍共損失了3萬餘人，而奧軍卻損失了8萬人，可以說是大獲全勝。初戰告捷，拿破倫非常的高興，在他看來，獲得最終的勝利已經不遠了。4月26日晚上，拿破倫那股高興勁還沒緩過來，第7軍團失敗的消息就已經傳來了。此時的第7軍團的兩萬餘人正在逃往因戈爾施密特的路上，而他們身後，是有9萬餘人的希利爾大軍。此時的希利爾還不知道查理大公已經被擊敗了，還幻想着迅速北上，配合查理大公一起給法軍以致命的一擊。得到這一消息的，拿破倫大怒，但還是派馬塞納的第8軍團去接應蘇爾特的殘軍，但馬塞納卻因爲和蘇爾特有着矛盾，一路上故意拖延時間，致使蘇爾特殘軍在4月28日中午被希利爾大軍在因戈爾施密特追上，陷入重圍中。