讓明軍被倭軍反擊，遭受了極慘重的損失，倭軍方面守城所用兵力一萬三千人，戰後所餘一萬人，減員在三千人，推算死者應當超過千人。
只有駐守在忠清左道忠州牧的明海防副總兵：吳惟忠，與駐守在尚慶右道星州牧的明宣武衛遊擊將軍：茅國器，兩人負責斷後，倭軍在解圍後暫退以保住勝果。
此事明朝鮮經略：楊鎬，與明薊遼總督：邢玠，卻向大明朝廷謊報前線大捷。
但當時明軍各營將領卻欲向朝廷上報，士卒死傷二千的事，這使得明朝鮮經略大怒，按而不報，只稱死傷百餘人。
這事卻被明兵部主事：丁應泰，得知戰敗後，親至明朝鮮經略軍帳處商議應對計策，但一向得意的明朝鮮經略竟然出示明吏部尚書兼武英殿大學士：張位、明東閣大學士：沈一貫，的手書揚揚自得。
也讓明兵部主事憤而向朝廷上報戰敗事實。
隨後明內閣首輔：趙志皋，得知消息後，欲保楊經略，決定暫時不逮捕他，但亦遣官查察。
2月初6日，明薊遼總督招募了江西都指揮使司水師，並以海路運兵以作持久之計。
3月15日，大明帝國西部戰線上，明西寧衛總兵：劉敏寬、明兵部右給事中：樑雲龍、明延綏總鎮總兵：達雲、明西寧衛指揮同知：龍應堅，等將領集合兵力一萬多人，攻克了祁連一線的咽喉。
而青海蒙古土默特部落（西海蒙古）則在西北的聚集地大小松山堡築城，由青海蒙古韃靼阿赤兔部駐紮在此，時常入侵涼州衛與莊浪衛。
3月20日，漠南蒙古永謝布部臺吉：孛兒只斤·永邵卜，也集結兵力再次侵擾西寧衛，導致明西寧衛右參將：趙希雲，等將領陣亡！
於是朝廷下令攻克大小松山堡，由明陝西三邊總督：李汶、明延綏總鎮總兵：達雲、明甘肅總鎮巡撫：田樂，等將領率軍出擊。
先克鎮番衛昌寧堡的漠南蒙古永謝布部萬戶：孛兒只斤·青把都兒，後破漠南蒙古永謝布部臺吉：孛兒只斤·永邵卜，在出奇兵分三路進剿，明軍一路從古浪守禦千戶所泗水屯堡出兵直搗莊浪衛扒沙屯。
另一路從黃羊川屯出兵猛擊魚溝屯，又攻其腹背的漠南蒙古河套部，又一路直攻黑馬圈河，共斬殺漠南蒙古永謝布部七百一十四人，還俘獲黃金榜什等頭目以及五百多人。
致使青海蒙古韃靼阿赤兔部潰逃。
4月初4日，漠南蒙古內喀爾喀烏濟葉特部首領：孛兒只斤·舒哈克卓裡克圖（炒花），又聯合漠南蒙古察哈爾土蠻部，攻入遼東都指揮使司瀋陽中衛搶掠八日。
爲此在4月15日，明遼東總鎮總兵：李如鬆，點齊兵馬親自率領三千遼東騎兵衝鋒殺敵，並且命明遼東總鎮右參將：李平胡，負責策應自己。
怎奈雙方大戰明軍勝利，又成功追擊漠南蒙古騎兵到渾河女真部時，還沒見援軍出現！最終遼東鐵騎火器彈藥和箭鏃用盡，只能近戰拼殺，卻遇伏擊戰死！
此處疑似建州女真八部聯軍？畢竟在建州女真八部地盤上遇伏。
正當這兩支漠南蒙古軍隊圍上來時，才被後續趕到的明遼東總鎮右參將給打退，消息傳入京城之後，朝廷追封戰死沙場的明遼東總鎮總兵：李如鬆，爲（寧遠伯兼太子太保）。
4月18日，被明緬甸軍民宣慰使司兼東籲王朝國主：南達勃因（漢名：莽應裡）派去平叛的弟弟良淵王：明耶仰達梅（漢名：莽雍罕）也東籲與阿拉幹聯軍一起包圍了都城漢達瓦底城（勃固城）
因城內糧食缺乏，貴族顯要們紛紛投降東籲侯：莽雍罕，甚至連新任明緬甸軍民宣慰使司兼東籲王朝王儲：明耶覺蘇瓦，也揹着父王莽應裡，去轉而投奔東籲大軍。
與此同時瀾滄王國兼老撾軍民宣慰使司，也脫離了緬甸軍民宣慰使司兼東籲王朝的統治，又重新迴歸到了大明帝國的懷抱中。
南方又有大城王朝兼暹羅阿瑜陀耶王朝國王：宋德·帕·納黎萱·馬哈拉吉，聚集邊民在毛淡棉屯田，以準備充裕的軍糧，
就這樣心灰意冷的明緬甸軍民宣慰使司兼東籲王朝國主決定放棄抵抗，讓位於弟弟東籲侯良淵王。
由於需要平定叛亂沒有及時趕到的，大城王朝兼暹羅阿瑜陀耶王朝國王則趁機發難，以扶助先王莽應裡的名義，興兵12萬進軍漢達瓦底城。
見此情況，新任的東籲王：明耶仰達梅（漢名：莽雍罕）立即棄城並攜哥哥：莽應裡，返回東籲城（底兀剌宣慰使司）。
而阿拉幹王朝國王：明耶娑基，將漢達瓦底城付之一炬後，也由水路撤回，其後莽應裡在東籲城被殺。
如今順利即位的東籲王：莽雍罕，正夢想着恢復緬甸軍民宣慰使司兼東籲王朝昔日的疆域，開始着手對撣族土司們進行征伐，因爲他認爲，待征服了整個東撣及北撣地區後，東籲王朝才能成爲力量最強大的國家。
至於下緬甸地區就會，猶如籠中之鳥，有翼也難飛了！
5月初9日，朝廷調回攻略李氏朝鮮王國尚慶左道蔚山都護府失敗的明朝鮮經略：楊鎬，新增兵力給予明御倭副總兵：劉𬘩、明薊遼總督：邢玠，並調派水陸明軍約5萬兵力進入李氏朝鮮王國協助作戰。
於是明廣東都指揮僉事：陳璘，以兩廣之兵、明御倭副總兵：劉𬘩，以四川都指揮使司之兵、明靖武營左參將：鄧子龍，以浙江都指揮使司、南直隸中軍都督府之兵趕至增援，就連明觀海衛指揮僉事：張榜、明鐵嶺衛副總兵：佟養真、明遼陽衛副總兵：李平胡、明定遼右衛副總兵：王守官、明海州衛副總兵：王有翼、明蓋州衛副總兵：任自強、明大寧總兵：陳愚衷、明備倭副總兵：謝生、明險山堡副總兵：擺賽、明湯站堡總兵：頗貴、明登州衛副總兵：戚金。
明寧山衛指揮使：吳宗道、明金州衛指揮使：譚宗仁、明孤山堡守備：熊正東、明寧波衛千總：李大諫、明臨山衛左參將：胡澤、明定遼前衛右參將：馬世隆、明鬆門衛左參將：黃應、明處州衛左參將：謝應梓、明永寧衛右參將：楊五典、明利州衛左參將：張奇功、明會川衛右參將：高澈、明重慶衛右參將：方時春、明瀋陽中衛右參將：李如梧、明東寧衛右參將：李寧、明神樞營右副將：駱尚志、明溫州衛左參將：趙牧之、明薊鎮衛右參將：張應仲、明五軍營副將：施朝卿、明覆州衛右參將：李芳春。
明鬆門衛遊擊將軍：季金、明碣石衛遊擊將軍：趙文命、明自在州遊擊將軍：高升、明杭州右衛遊擊將軍：錢世楨、明昌國衛遊擊將軍：周宏漠、明威海衛遊擊將軍：高策、明廣州左衛遊擊將軍：王問、明紹興衛遊擊將軍：王必迪、明金山衛遊擊將軍：樑心、明神武中衛遊擊將軍：楊登山、明南海衛遊擊將軍：藍芳威，等將領也於此時參戰。
5月16日，明刑部右侍郎：呂坤，上貢《天下安危疏》請求明神宗：朱翊鈞，節省費用，停止橫徵暴斂，以安定天下人心。
於是明吏科給事中：戴士衡，就上疏，彈劾明刑部右侍郎所撰的《閨範圖說》、又上奏稱《安危疏》是「包藏禍心、結納宮廷」逢迎明鄭皇貴妃：鄭妙瑾，之舉。
然而明刑部右侍郎疏辨，明神宗卻不問。
不久又有人爲明刑部右侍郎的《閨範圖說》寫一跋文，名爲《憂危竑議》在京師境內廣爲流傳，大意上說；呂侍郎撰寫的《閨範圖說》獨取東漢明帝顯宗明德皇后：馬楚，爲由因東漢明德馬皇后是從貴人身份進中宮，意指明鄭皇貴妃。
此等獻媚之事，讓明國丈：鄭承恩，決定重刊此書，目的是爲了立己之子明皇三子：朱常洵，爲皇太子。
又說；呂侍郎疏言天下憂危，無事不言，惟獨不談及立皇太子之事，用意不言自明，又誣；呂侍郎與明國丈等相勾結，同盟結納，羽翼明鄭皇貴妃之子。
在明吏科給事中上疏之前，明全椒縣知縣：樊玉衡，也曾上疏請立明皇長子爲皇太子，並指斥明鄭皇貴妃。
這使得明國丈爲此大懼，並懷疑《憂危竑議》出於樊、戴二人之手，遂奏報明神宗。
當即就讓明神宗大怒，明鄭皇貴妃也爲此泣訴不已！明神宗爲了掩蓋朝廷內部鬥爭，下令逮捕樊、戴，經過嚴刑拷掠，分別摘戍廣東承宣布政使司雷州府和廉州府，而呂坤時已因病致仕回家，才置之不問。
6月初7日，明都察院右僉都御史兼朝鮮經略：楊鎬，被罷職候查，以明天津三衛巡撫：汪應蛟，代理經略李氏朝鮮王國軍務。
然而明兵科右給事中：張輔，卻上書陛下，請求明保定府巡撫：萬世德，與明天津三衛巡撫：汪應蛟，互換職務，恰好明保定府巡撫也願意受命，便駕駛舟船揖渡江，北上入遼東都指揮使司地界。
另一邊在楊經略被調還回大明帝國之時，從李氏朝鮮宣祖昭敬郡王河城大君：李昖，至平民百姓們皆戀戀不捨，李氏朝鮮郡王還親率百官們泣淚迎送於漢城府弘濟院，城內軍民男女重髫戴白，皆出送至郊外。
諸臣以詩爲別，表達了李氏朝鮮軍民們深覺惋惜之情，併爲楊經略受誣而紛紛不平！
隨後明保定府巡撫兼朝鮮經略：萬世德，來到李氏朝鮮王國與明薊遼總督：邢玠，一起商議征討倭寇之策。