嘉熙四年,蒙軍又紛紛南下,汪世顯再次攻克成都,窩闊臺汗趁勢遣達魯花赤月裡麻思爲使與宋議和。但這一次宋廷卻出奇強硬,扣押了月裡麻思,拒絕議和。這位月裡麻思也堪稱豪傑,宋人許以富貴毫不心動,被囚於長沙飛虎寨36年而卒,堪稱蒙古蘇武。後元世祖賜其子忽都哈思爲答剌汗,東征日本時戰歿,是蒙古(元)爲數不多的滿門忠烈。淳佑元年(1241年),窩闊臺汗駕崩,享年55歲,在大汗位12年,元世祖追贈廟號元太宗。窩闊臺汗崩時,大蒙古國通過“長子西征”,擊敗了俄羅斯、匈牙利、波蘭和波斯等國,只有進攻南宋始終不利。窩闊臺汗遺囑由闊出之子失烈門繼位,但年齡太小,暫時由其妻脫列哥那攝政,史稱乃馬真哈敦(哈敦相當於皇后)。但五年後乃馬真哈敦立其子貴由爲大汗,在位三年而崩,元世祖追贈廟號元定宗。這一段時間蒙古戰線拉得過長,更重要的是,遊牧民族每一位領袖去世,都意味着新一輪的內鬥開始。
貴由汗甚至曾率兵西征金帳汗國,不過崩於途中,避免了蒙古的一次嚴重內耗。貴由汗崩後,其妻海迷失哈敦攝政。此時闊出之子失烈門、拖雷之子蒙哥、貴由之子腦忽、忽禿黑展開了激烈爭奪,三年沒有選出新的大汗。這一段時間蒙古非常混亂,而且沒有留下史料,《元史》只能以一句“行事之詳,簡策失書,無從考也。”來交代。南宋也獲得了寶貴的喘息之機,對自身進行了調整。四川是南宋的三大防區之一,也是最重要的上游屏障和經濟支柱,但曹友聞歿後戰績非常糟糕,川軍早已不復當年吳氏兄弟的威風。淳佑二年,宋廷以大理少卿餘玠爲兵部侍郎、四川安撫制置使兼知重慶府。當時四川大部分地區包括成都都已淪陷,餘玠此去既要重振川軍,更要先收復失地。赴任前餘玠慨然對理宗保證:“手挈全蜀還本朝,其功日月可冀。”孟珙也支援了6000軍、10萬石軍糧隨餘玠入川。蒙軍不能在成都平原上堅守,於是又焚平成都,退出四川,恢復此前穩固的川陝邊界。
在餘玠之前16年間,四川換了三名宣撫使、九名制置使、四名副使主持工作,有的昏庸無能,有的在任太短,四川軍政日益敗壞。餘玠到後,人心初定,開始大力整飭。餘玠最重要的工作是深入研究四川的地形,在險要處築城,以使蒙軍不敢輕入。尤其是合州(今重慶合川)釣魚山,最爲形勝,“賢於十萬師遠矣,巴蜀不足守也。”隨後餘玠又築青居、大獲、釣魚、雲頂、天生等十餘城,都是因山爲壘的險要,將郡守都遷徙至城砦中,囤積物資,這些城砦尤其是釣魚城後來都成爲抗蒙戰爭的中堅。在餘玠的治理下,四川恢復了元氣,在與蒙軍作戰中屢屢獲勝。蒙軍多次突入四川劫掠,在餘玠的打擊下往往得不償失。中路的孟珙更是隻手遮千里,不但在京湖戰區屢敗蒙軍,還經常馳援川東、淮西,威風八面。直面京湖戰區的蒙古河南行省人心惶惶,“降者不絕”,甚至領行省事範用吉(女真族,原名孛術魯久住)也秘密聯絡孟珙請降,但宋廷沒有同意接受。
當時孟珙已病重,嘆道:“三十年收拾中原人,今志不克伸矣。”以檢校少師、寧武軍節度使致仕。淳佑六年(1246年)九月,漢東郡公孟珙薨,享年51歲,累贈至太師,封吉國公,諡忠襄,立威愛廟。孟珙滅金抗蒙,無疑是南宋後期最耀眼的一顆將星,雖名氣遠遠不及岳飛,但如果僅論戰績,未必在岳飛之下。而餘玠的下場比孟珙要慘一些,他雖累官至資政殿學士、四川制置大使,但在任上因爲工作關係得罪了下屬的雲頂山統制姚世安。姚世安聯合宰相謝方叔等對抗餘玠,餘玠鬱鬱不樂。寶佑六年(1258年),餘玠聽說要召他入朝,非常不安,一天晚上突然就死了,有人說是服藥自盡。“蜀之人莫不悲慕,如失父母。”餘玠的生年、贈、諡均不詳。在窩闊臺汗崩後十年間,蒙古陷入內亂,南宋也獲得了寶貴的喘息之機。但隨着孟珙、餘玠這兩位旗幟性名將的去世,宋軍其實也並不樂觀。而蒙哥汗(元憲宗)繼位後,蒙古卻走出調整階段,進入新一輪強盛期。宋軍也將迎來更加殘酷的新挑戰。