至於吏部，就改動不大了。本來吏部就是朝廷中權利最大的一個部門，但其職責也比較單一，所以吳世恭也就不做太多改動了。
改動比較大的是兵部。吳世恭幾乎把兵部一拆爲二，很多兵部的職能都劃歸了五軍都督府。而吳世恭就是要確定一個用兵的原則：宣戰等事務將由皇帝和內閣決定。可是該如何打？就要各大提督具體指揮了。軍事上的事還是將由武將來做。
不過更悲催的是刑部和工部。這兩個部將完全撤銷，將拆分和新增許多新的部。
吳世恭將把大平朝的司法權完全獨立出來，所有的刑事和民事案件都有獨立的法庭來判決。而最高的大理寺將由十位大司寇來掌管。不過吳世恭也不會在這個年代搞什麼不倫不類的陪審團制，就是採用法官判決制。也暫時不會取消什麼刑訊逼供。
當然，新的司法體系也將引入了公訴人和辯護人的制度。因此也就有了檢察官和律師的雛形。至於將來司法將如何完善，就依靠後人的智慧吧！
除此之外，大平朝也將有農林部、交通部、工商部等近十個部。而這些衙門的設置，使得大平朝的政策變得相當明顯，就是要一心追求經濟發展。
值得一提的是，吳世恭將成立單獨的驛郵局。以此來方便百姓的通信和出行，併爲朝廷增加一些收入。
此外，還有執行警察功能的內務部，秘密工作的山川部等。但是秘密工作只是對外不對內，防止大平朝出現特務政治。
有兩個機構要重點介紹：
一是五軍都督府：
大平朝的國策當然由皇帝和內閣諸相商議制定，包括軍事方面的國策。但是關於軍事上的事務，將由皇帝、首輔和五軍都督府的十五位提督來決定。
而且大平朝的軍隊將嚴格按照《操典》訓練軍隊，把任何戰術動作都標準化。爲了防止武將的軍閥化，各地提督和軍官也會定期調動。但是有了接受標準訓練的部隊，也能防止“兵不知將”的缺陷。能夠讓新任的軍官很快上手指揮部隊。
還有一點，如果是和平時期，大平朝的軍隊將不能在城池中駐紮，而軍屬就要在城池中生活。如果軍隊發生叛亂。那內務部的部隊將把軍屬扣爲人質；如內務部發生叛亂，沒有重型火器的內務部部隊也阻擋不住正規軍。這也是雙向監視，防止有任何兵變的情況發生。
二是御史臺：
大平朝將把御史臺獨立出來，以各地方的選舉產生御史。而御史將有豁免權，而且也能制定大平朝的法令。而資深御史，能擔任地方巡撫或者各部侍郎以上的官員，如果能獲得重臣的聯合提名，於是甚至能直接入閣。
其實御史臺和重臣議政團已經演變成爲事實上的上、下兩個議會。這兩個機構將和大司寇組成的大理寺一起，形成三權分立。
雖然大平朝的君權受到很大的削弱，但是吳世恭也要在文官中形成三股平衡的團體。防止將來有獨裁政治的發生。
而在這些天的會議中，很多重要的內容都將在以後，被編入《穹源大典章》中。而大平朝也將在以後把《穹源大典章》中的內容定爲國策，一旦要修改或者增刪，必先召開大議政會議進行討論、投票。
這既能不死抱着“祖制”。防止以後這些“祖制”阻礙了社會的發展；也能定下原則，讓國政有法可依。實際上，《穹源大典章》就是大平朝的憲法，而大平朝也將向君主立憲制的方向轉變了。
而在最後，吳世恭又宣佈了《三年治國綱要》。而在這《綱要》中，吳世恭就以首輔的身份，向天下百姓承諾了十二項在三年內要完成的事務；二十一項想要長期完成。但在三年內要有明顯進展的事務。
從此以後，大平朝的每屆政府都遵循了此慣例，在就任伊始，首輔必代表整個內閣，向天下百姓宣佈《治國綱要》。這也是讓天下百姓監督政府，讓諸相努力執政的一個好辦法。
其實吳世恭的心中很明白。隨着大平朝的延續，君權將越來越旁落。最終，大平朝的皇帝就會像現代社會的國王一樣，完完全全成爲一個“虛君”。
可是吳世恭更明白：皇權和富貴性命不可皆得。畢竟自己未來的子孫，不會一直有着很強的能力和很高的威信。所以他就在這兩者之間選擇了富貴性命。讓自己的子孫起碼能夠安安穩穩地平安下去。
事後。關於這個話題，太子薛呈麟曾經與吳世恭有過這樣的對話。
吳世恭問薛呈麟道：“皇兒即位後，該如何治天下？”
薛呈麟回答了一個很標準的儒家答案：“仁愛！”
吳世恭笑着說道：“其實不盡然，皇兒未說到點子上。”
於是薛呈麟就討教道：“請父皇示下！”
吳世恭答曰：“爲君者統而不治！”
大平朝的新政是描繪了一副美好的前景，不過現在的朝廷也將面臨着一個困境。簡單來說，就是：缺糧、缺錢。
由於南方的產糧地都控制在南明手中，大運河又受到南明軍隊的侵擾，並不暢通。而北方又因爲連年天災和兵禍，土地大多都荒蕪，就是組織民衆耕種，也要到今年夏收以後才能收糧。所以糧食就比較緊缺。
而缺錢的問題就更加嚴重。按照吳世恭的《三年治國綱要》，大平朝在這三年內要花費相當於五千七百多萬兩的銀子。而在其中，軍費開支將達到驚人的三千八百多萬兩。
可是大平朝的財政收入卻很少，就算是努力發展工商業，收上稅收還是需要一個過程。雖然通過繳獲、土地抵押、鹽業專賣權的拍賣、發賣國債等辦法，現在的財政還可以支撐。但絕不會支撐起很長時間。
所以就在吳世恭宣佈新朝新政的時候，兩支大平軍的部隊，就在這個新年裡，開始了各自的軍事行動。