這時候除了留下了近千人的部隊，守住了登州城的南城門和南城牆以外，吳世恭和劉澤清的部隊被全部趕出了登州城。這麼小的城池，擠進了這麼多的明軍，攻打水城的時候施展不開啊！
吳世恭和劉澤清是一身輕鬆。對於他們倆來說，這次圍剿登萊叛軍的作戰可以說已經是結束了。孔有德的叛軍也根本沒有翻盤的機會了。所以這倆人就象是現代足球場上，大比分領先的球隊換下來的球星一樣，滿臉輕鬆地坐在場邊指點欣賞着接下來的作戰。
而等到登州城內的明軍把一切都安頓好了以後，已經近黃昏了。我們也知道了，在明朝，挑燈夜戰的故事是幾乎不可能發生的，所以明軍就準備着明天的攻城。
但是明軍並沒有閒着，因爲叛軍的大意，登州城內靠近水城城牆的房屋都沒有拆除，可以給明軍的行動以掩護。所以遊擊劉良佐親自領兵，暗中率人潛入靠近水城城牆的永福寺（現在蓬萊閣景區的一個景點），從中挖地道至城下，準備明天在地道里裝填火藥，炸塌水城的城牆。
而登州城內的叛軍也沒有閒着，他們加緊地把人員和物資裝上船，並且把以前孫元化購買的，架設在水城裡防禦水面敵軍戰艦的二十門六磅和十二磅的西洋火炮和大量的小炮、鷹銃和火銃裝上船。
趁夜出海雖然危險，但是叛軍也顧不得了。他們裝滿一艘揚帆一艘。還好，艦隻的數量是足夠了。登州港內原有明朝水師的主力艦隊，加上被詐降矇蔽被斬的孫應龍帶來的戰船，足以使這支龐大的隊伍逃脫。
黑夜就是叛軍逃亡行動的最好掩護，當東方大海的海平面上升起了一輪朝陽的時候。登州港外已經開出去了六十幾艘叛軍的艦隻。
而這時候的吳世恭正在休息呢，當他聽到觀察水面的汝寧軍探子向他稟告以後，吳世恭毫不猶豫地命令：“山頭上的神舟炮架好了沒有？叫他們立刻開炮。”
在平時吳世恭是有着無利不起早的壞習慣，但是如果只是舉手之勞，吳世恭也不介意給友軍一些幫忙的。
而這一次經過葡萄牙軍官指點的燒紅炮彈的發射，引起了叛軍巨大的恐慌。汝寧軍現在也只有四門二磅的神舟炮，打中艦隻的炮彈那就更少。但只要炮彈一打到艦隻，炮彈附近的木板都會燃燒起來。而在甲板上取水又很不容易，有兩艘叛軍的船隻的火勢就失去了控制，熊熊地燃燒了起來。
燃燒船隻上的人急於換船。港內的船隻急於出港，整個叛軍都是大亂。
孔有德大聲命令道：“叫少公子快些過來。所有的船都起錨。等到少公子他們一上船，立刻開船。”
孔有德口中所稱的“少公子”，就是毛文龍的兒子毛承祿。他現在也是叛軍的一位武官。而因爲他的身份，孔有德和耿精忠總是把毛承祿安排得比較妥當。
可是昨天晚上確定駐守水城城牆和最後一批撤退的叛軍的時候。叛軍的武官們又進行了一次抽籤。而這次抽籤誰也不敢玩作弊了，毛承祿倒黴。抽到了這個斷後的苦差事。
可就在這時。一聲巨響，水城倒塌了一段近十丈的城牆。孔有德也顧不得了，他立刻下令道：“開船！開船！給少公子留下五艘空船。其他的船全部出港。”
一艘艘船隻從狹小的港口入口處擠出了登州港。船隻的碰撞也引起了一些船的損傷。好不容易孔有德的船出了登州港，遠遠地看着明軍從水城城牆的缺口源源不斷地涌入，孔有德彷彿有些自言自語地說道：“只有聽天由命了。”
孔有德的這句話不知道是說還沒有上船的毛承祿，還是說他自己。雖然其他叛軍的武官大多數想找個島。做個逍遙的島主，可是孔有德和耿精忠已經準備投靠後金了。但是他們這些東江鎮的人和後金軍撕殺了這麼久的時間，雙方都有着血海深仇，這時候的孔有德確實不知道自己投降後的命運將會如何。
攻入水城的明軍動作很快。毛承祿被活捉。其餘一千多守水城城牆的叛軍大多數被擒被殺。但仍有一部分叛軍退守登州城海邊的丹崖山，準備做困獸之鬥，（丹崖山上有宋代修建的蓬萊閣、蘇公祠等名勝古蹟）。
朱大典對最後這支叛軍隊伍並沒有斬盡殺絕，他派出了宋把總這些反正的叛軍武官對他們進行勸降，叛軍大部下山投降，一部分人投海自殺。登州城終於收復了。
而這時候駐守在皮島、旅順的明軍總兵黃龍率領的水師也趕到了。水師對叛軍的艦船進行了截殺，叛軍武官陳光福被俘。叛軍艦船又損失了七艘。
雖然損失還不算大，但是這次截殺徹底把叛軍設想的：在遼東沿海佔據一個島嶼或一塊三不管的地方，武裝割據一方的夢想給徹底打碎。走投無路之下，孔有德和耿精忠鐵了心，他們帶領剩下的艦船、人員，投降明朝的敵國——後金。
於是孔有德立刻派人與後金聯絡接洽，接着他們在後金指定的地點登陸。皇太極派出了漢八旗將領打退了明軍的追剿，接應孔有德叛軍進入後金的領土。
對於孔有德這些東江鎮的叛軍的投降，一開始皇太極也有些不敢相信，到底東江鎮和後金之間的仇恨太深了。皇太極開始還以爲是明朝做出的苦肉計呢。
不過當皇太極瞭解到這次孔有德是把他們家屬全部帶在身邊來投降的，也證實了這次是真實的投降行動後，皇太極是大喜過望，他親自在盛京（即現在的瀋陽）城外迎接孔有德、耿仲明。
孔有德這次投降的人數有一萬零三百多叛軍及其家屬（其中戰鬥部隊三千一百人），孔有德投降後，他的部隊被改編爲漢八旗，但番號卻不是“尼堪超哈”（漢兵）而是“烏珍超哈”（火器兵），這足以看出皇太極對這支部隊的另眼相看。
但最令後金高興的是，孔有德帶來了至少二十門葡萄牙澳門造炮局原裝的西洋大炮和大量明朝自造的小炮、鷹銃和火銃，還有大量的由葡萄牙軍事顧問所直接傳授，彈藥製造技術以及瞄準知識與儀器操作的軍事技術人才。
與一般現代人所瞭解的不同的是，在清朝建國之前，後金軍對於火器是相當重視的。作爲一個戰爭民族，他們怎麼會對火器這種軍國利器視而不見呢？之所以後金軍中沒有廣泛的使用火器，無非是他們在火器的人才和技術上太缺乏了。
不過在皇太極的督促和重視下，在大淩河城戰役中，爲了阻擊救援的明軍，由早期投降後金的漢人武官佟養性仿製的西洋大炮，第一次投入了戰場，後金軍隊的一個嶄新的戰術——炮騎合擊，開始初露端倪。
但是仿製的火炮到底威力太小，後金軍中會使用火炮的兵丁也太少。可這次得到了孔有德叛軍的加強，後金軍野戰，尤其是攻城戰的戰鬥力提高了不止一個等級。
不僅如此，海戰是後金最欠缺的地方，而孔有德帶來了大量的戰船，使後金也建立了自己的海軍，他們可以憑船運炮使他們可以繞過山海關，在明朝沿海任何一個地方登陸。
因此可以這麼說，孔有德叛軍的投降，使得後金軍補上了自己身上的最後一塊短板。
而在投降三個月後，孔有德就迫不及待的要求在後金軍進攻皮島、旅順的戰役中，充當馬前卒。在漢奸黨的領路之下，旅順失陷總兵黃龍自殺，孔有德算是報了被海上追殺的一箭之仇，也算是交上了自己的入夥投名狀。
同時在此役中，他還策反了山東三礦徒的第三個人尚可喜。這樣山東三礦徒——孔有德、耿仲明、尚可喜全部投降後金。至此，皇太極通過連續的招降納叛，他的的漢兵部隊已經有了相當大的規模，可以這麼說，此時與明朝對抗的已經不僅是滿族（女真），而是整個東北地區以滿族爲首的各民族的武人集團。
更由於皇太極對於孔有德他們優厚的待遇，起到了千金買馬的作用，以致於在今後與後金軍的作戰中，明軍多了一條投降後軍的新出路。由此可以看出，從人物的本身來說，皇太極的眼光和個人氣度，完全稱得上是雄才大略。
自此，歷時十八個月孔有德叛亂結束。雖然明朝平息了叛亂，並在太廟舉行了盛大的獻俘儀式，將李應元、毛承祿兩個匪酋凌遲處死，算是給連戰連敗的帝國打了一針強心劑。
但明朝的登萊兩州，這個遼東前線的後勤練兵基地，被叛軍搗了個稀巴爛，也給近在京畿的山東地區帶來殺人十餘萬、殘破三百里的惡果。尤其是登州城，只留下了五百多名做軍妓的年輕女子，完全就是變成了一座鬼城。而且數位朝廷封疆大吏和大批地方官員被殺。同時，叛亂的兩個首犯都沒有落網。
但是，還算是幸運，吳世恭這個蝴蝶翅膀終於微微地扇動了一下。在原來的歷史上，孔有德投靠後金可有一萬二千多叛軍及其家屬，其中戰鬥部隊三千六百人。雖然這些改變似乎有些微不足道，但起碼後金的實力有了一些耗損了。