此外，在爲船政造船廠選擇廠址時，自負的左季皋也犯了很大錯誤，他拍板所定下的船政船廠廠區所在位置，有先天不足之處，限制了船政的發展。
左季皋選擇的船政廠區位於馬尾港左側的江岸，馬尾港位於閩江下游的烏龍江、白龍江、琴江三江交匯處，距離閩江入海口30公里，水量充沛。且四周羣山環繞。閩江口外又有琅岐島、馬祖列島等島嶼爲天然屏障。是避風條件好、淡水供應充足、不凍不淤的天然良港。
船政廠區選址所在的馬尾港左側江岸雖然地勢險要、易守難攻且水量充沛、不淤不積，但是臨岸水深過淺，僅僅5米，既不能靠泊吃水深的船隻，也無法建造任何吃水接近5米的船隻（即便造出來了也無法下水）。
即便是建造吃水不超過5米的船隻，下水時還得看江水的情緒，只有趁漲潮時分才能夠下水成功；且中岐鄉地段土質疏鬆，不適合開挖傳統的石質幹船塢。因爲這裡土質過於疏鬆。極易引發滲水或是塌方等嚴重事故，所以後來船政選擇使用施工難度較低的“拉伯特”式拖船塢。雖然船政局擁有的拖船塢建成的時候是當時遠東第一、世界第二大的拖船塢，但是最大也只能允許2500噸左右的船隻上塢維護，在客觀上限制了船政局所造船隻的噸位。
對於船政廠址選擇不當和“兵商兩用”思想的弊端，林義哲自然十分清楚，他據理力爭，要將船政廠址改在馬限山西北簏，嬰脰山西交界處，該地土質堅實，適宜建廠。更有馬限山爲之屏障，可阻颱風襲擾。但林義哲的建議遭到了左季皋的部下船政提調周開錫的反對。時任船政大臣也是林義哲姑父的沈佑鄲雖然相信林義哲的建議是正確的，但他害怕因此得罪左季皋，一直猶豫不決。但不久之後，一場颱風來襲，導致船廠所在江岸發生大面積垮塌，不但辛苦建立起來的船臺被毀，還有不少工人死傷。這場天災使沈佑鄲意識到了必須更換船政廠址，於是他力排衆議，採納了林義哲的意見，將廠址遷到林義哲所建議的地方，也就是今天船政的廠址。
爲了不得罪左季皋，沈佑鄲在上奏朝廷說明臺風災害自己攬下責任和決定遷址的同時，寫信告知了左季皋，詳細解釋了遷址的原因，左季皋擔心朝廷追究其選址不當的責任，便贊同了沈佑鄲遷址的決定，但對首倡遷址並指責其選址不當的林義哲，則一直心懷不滿。
而林左二人的第二次激烈衝突，便是因爲“兵商兩用”的船型。
儘管林義哲指出了“第一號輪船”的“兵商兩用”設計思想之誤，但船政大臣沈佑鄲不想因此得罪左季皋，是以沒有接受林義哲的建議，而是仍按原來“兵商兩用”的設計建造“第一號輪船”，即後來的“萬年青”號（船名取“萬古長青”之意）。
“萬年青”號屬於船政五年造船計劃中的150馬力大輪船，船型上大致可以歸納入炮艦一類。“萬年青”號的設計母型是法國的“lamotte-picquet”級炮艦，但又並不是單純的按樣仿造，“萬年青”號在尺寸、噸位上都進行了擴大，之所以如此就是爲了滿足左宗棠提出的“兵商兩用”目的，在原本炮艦的設計上增加貨艙，以便同時具備炮艦和貨船的雙重身份。
“萬年青”號的排水量達到1450噸，幾乎是母型的一倍，很大程度上還保留着風帆軍艦的特點，船首裝有斜桅，主甲板上分佈着三根略微向後傾斜的主桅，必要時可以掛起風帆航行。“萬年青”號的露天甲板上建築非常簡單，中桅前方是機艙棚和煙囪、風筒，對應的鍋爐、蒸汽機就在其下方的艦體內，煙囪之前不遠是全艦的指揮中心——橫跨兩舷的飛橋，上面裝有標準羅經，兩翼安裝航行燈，飛橋之下是一間木製的操舵室，並沒有後來軍艦上必備的裝甲司令塔。作爲那個時代軍艦的通例，除了操舵室裡的主液壓舵輪外，“萬年青”號後桅之前還有一套備用的人力舵輪，因爲軍艦噸位較小，因而配備的是雙聯舵輪。在煙囪、飛橋建築的前後，甲板上可以看到分佈着兩組巨大的貨艙蓋，貨艙容量爲260噸。機艙、貨艙幾乎佔據了“萬年青”艦內三分之二的空間，在剩餘的艦首甲板下是錨鏈艙、廁所、水兵艙等艙室，艦尾剩餘的空間則全部是軍官生活區。
作爲一艘炮艦，“萬年青”號雖然也裝備了武力，從側舷看。“萬年青”號每舷開有5個炮門。理論上最多可以安裝10門火炮。但是由於炮門非常狹窄，因此火炮的射界調整餘地是很小的，由此導致其火力薄弱和戰鬥力低下。
“萬年青”號下水試航一切順利，但在開赴遠海試航時，卻剛好遇到了海盜劫掠商船，“萬年青”號當既上前營救商船，炮擊海盜，但因火力單薄（由於經費所限。當時只在兩側各裝了3門24磅前膛炮），不但沒有能夠擊退海盜，反而導致了海盜的瘋狂圍攻，“兵商兩用”的設計思路可謂徹底失敗。
海盜見有機可乘，在用火炮攻擊“萬年青”號的同時，發起了接舷戰，打算劫奪“萬年青”號，局面一度非常危險，所幸林義哲爲了加強“萬年青”號的火力，在“萬年青”號的桅盤內裝了三架他用比利時商人遺留下的一具“蒙提格尼”排槍改造而成的加特林轉管機槍作爲近戰武器。依靠這三架“林氏機槍”（等於是加特林機槍的改進版，因先於加特林在乾國註冊。故有此稱），“萬年青”號成功的摧毀了十餘條海盜船，打死海盜一百多名，成功的解救了商船。
經過此次風波之後，船政大臣沈佑鄲上奏朝廷，稱已派“萬年青”號啓航北上，請朝廷派大員檢驗，並恭請朝廷“寵賜嘉名”。但是讓沈佑鄲萬萬沒有想到的是，不久之後，他竟然接到了朝廷“左季皋奏船政所造蒸汽輪船並未盡善”的回覆和一份左季皋參劾船政的奏摺抄本。
左季皋參劾“閩省船政局製造蒸汽輪船任意玩延，船政大臣有意諱飾”，左季皋在奏摺中稱“竊查閩省船政局製造蒸汽輪船，一經風浪，百業病生”，又說“聞近年該局員匠愈趨愈下，製造員紳之驕肆，監工之不力，均不似初創之時”，他“逖聽之餘，曷勝憤懣！”，是以“請旨申飭，以儆將來”，可以說倒打了一耙。對此林義哲和沈佑鄲十分氣憤，上奏辯白，朝廷隨即命令兩江總督曾伯函前去查驗回奏，曾伯函向林義哲瞭解了詳情，回奏稱“船政創設之初，左氏即定船型爲兵商兩用之船，即有事則以爲兵船任戰，無事則以爲商船，運貨捕盜。須知近世造船之法，船型功用皆有側重，兵船以能堪任戰爲主，商船以裝載多貨爲主。左氏所定之船型，以之爲兵船，則火力太單；以之爲商船，而載貨量又小。左氏所欲兵商兩用，實是兵商兩誤”，朝廷接受了曾伯函的說法，駁回了左季皋的奏摺。
在曾伯函上奏指出是左季皋不懂裝懂定下船政建造兵商兩用船的方針致使“萬年青”號戰力低下後，氣急敗壞的左季皋找不到辯解之詞，竟然把責任推到了船政的兩位洋監督日意格和達士博身上，他上奏爲自己辯解稱自己是“受了洋人矇騙”，指責日意格有意不把最好的船型提供給他，達士博在設計中國輪船時“包藏禍心”，故意將“萬年青”號設計得戰力低下。日意格得知消息後百口莫辯，一度想要辭職，被沈佑鄲好言挽留。而作爲“萬年青”號的總設計師，學者氣甚濃的達士博卻堅決不肯被這個黑鍋，他亮出了直接證據——一套“萬年青”號的全戰艦方案的圖紙，稱這纔是他最初設計“萬年青”號，但卻被左季皋親自否決了，左季皋本人堅持要在戰艦上加上貨艙，至使“萬年青”號比母型大了一倍。日意格也向沈佑鄲證實確有此事，並稱現在西北左季皋軍中服務的船政原副監督德克碑也知道此事。沈佑鄲據此上奏朝廷，左季皋又鬧了個灰頭土臉，朝廷爲了防止口水戰升級，便壓下了此事，還特意指示左季皋“不必再行上奏”，那意思就是說你不要再鬧了。左季皋這口氣沒有地方出，一怒之下將德克碑解職一腳踢回了法國。
經過這次風波之後，左季皋從此切齒深恨沈佑鄲和林義哲，連帶對船政局也恨上了，曾藉口“西征餉急”，停了船政的經費，所幸林義哲和沈佑鄲多方設法籌集資金，加上國內商民的捐助，不但將船政局維持了下來，還建成了乾國第一支蒸汽艦隊——船政水師。
林逸青知道，左林結仇，乃是事出有因。而胡雨霖因何同林義哲結怨。他卻並不清楚。但他還了解一個情況，就是兼任船政採辦的胡雨霖在左林交惡之後不久便去職離開了船政，從此和船政一刀兩斷，這當中似乎也有着不爲人知的內情。
“將軍有所不知，令兄之所以同胡氏結怨，非爲左公之故，乃是因令兄嫂而起。”陸慶雲微微一笑，說道。
“噢？”聽到陸慶雲給出了這樣一個答案。林逸青不由得有些吃驚。
“將軍不知，令兄嫂陳婉乃現下苔灣巡撫陳軾陳大人之愛女，胡氏垂涎其美色，欲要納爲妾室，時陳大人爲陝西按察使，焉有按察使之女爲商賈之妾一說？是以堅拒所請，胡氏心恨不已，在左公前極言陳大人之不是，故左公以陳大人剿綹匪不利，上疏劾免。併發配新疆，陳婉與母往依福州沈佑鄲沈大人處。嫁於令兄，而胡氏並不死心，婚宴之上欲以混合之烈酒醉死令兄，令兄不察，着了道兒，昏睡三日方纔甦醒。”陸慶雲娓娓娓而談，“須知令兄如就此醉死，則陳婉便是‘望門寡’，終身便就此毀了，所幸令兄身子強健，經大夫救治，三日後醒轉，但也是有如大病了一場。”
聽到陸慶雲說到這裡，林逸青猛然記起了自己剛來到這個時空時所做的關於婚宴上醉酒的夢，立刻便明白了，陸慶雲所言，應該都是實情。
想到胡雨霖竟然如此的陰險狠毒，林逸青不由得變了臉色。
要知道，在這個時代，各種封建陳規陋習一直束縛着傳統的女子。這時的乾國，和原來時空的歷代封建王朝一樣，仍然是一個男權至上的社會，“從一而終”被認爲是良家婦女應有的節操，男女雙方一經訂立婚約，女人便生是夫家人，死是夫家鬼。而依照這個時代的習俗，在訂婚後，如果未婚夫先亡，未婚女子雖居家，也須自持守節，被稱爲“望門寡”。望門而寡的女人通常被認爲“命硬”、“剋夫”，以致難以再蘸重嫁。在這種理論支配下，未婚夫先亡，往往使不幸的女子留下深重的心理陰影，認爲自己“不吉”，而她們的結局，只有孤獨終身一途。
爲了得到不肯屈從自己淫慾的女子，竟然使出這樣陰狠毒辣的招數，要毀了她的一生幸福！
胡雨霖的手段，原來歷史時空中那些“我得不到，誰也別想得到”偏執狂們比起來，可是要差得太遠了！
一想起陳婉現在的處境，林逸青的心中一陣絞痛。
“令兄後來雖然康復，但應該是在那一次落下了病根兒，”陸慶雲接着說道，“後來因長年勞累，加之於苔灣受了瘴癘，在京又染上了風寒，久治不愈，是以英年早逝……”
“今日多虧了陸先生所言，我才知道，家兄之死，原來另有隱情。”林逸青緊盯着陸慶雲，沉聲道，“胡氏欲害家兄久矣，我一直覺得，家兄在京病逝，疑點頗多，現在想明白了，只怕家兄之逝，亦是胡氏做了什麼不爲人知的手腳吧？陸先生以爲呢？”
聽到林逸青的話，陸慶雲心裡一顫，這才發覺林逸青果然不好糊弄，和林義哲一樣是個厲害角色！
對於林義哲之死，胡雨霖到底做了什麼，他其實是非常清楚的，只是他不敢當着林逸青的面說出來，怕連累到自己，是以只是用言語含糊暗示，但卻沒想到林逸青一下子便猜了出來！
“陸某以爲，有可能確如將軍所言，林文襄乃是爲胡氏所暗害。”陸慶雲強自壓抑住內心的驚慌，儘量用從容的語氣說道，“胡氏害人手段向來隱秘陰狠，其欲害令兄久矣，又有開設胡慶餘堂之便利，弄出什麼殺人於無形的毒藥暗害令兄，是完全可能的。”
“此事我必當要查個明白！爲家兄報仇！”林逸青咬牙切齒的說道，“若果真是胡賊所爲，我定當要將他千刀萬剮！”
“現下胡氏樹大根深，又有左公爲其後臺，將軍切不可衝動行事。”陸慶雲勸道。
現在他知道自己已經把胡雨霖賣得差不多了，接下來該是爲自己打算了。
“先生所言甚是，我適才心中憤怒，失禮了，還請先生見諒。”林逸青點了點頭，深吸了一口氣，做出了一個讓自己努力平靜下來的樣子。
“陸某今日來和將軍說這些話，非是要出賣東家，實是激於義憤之言。”陸慶雲感嘆道，“陸某深知胡氏爲人，若久從胡氏，日後難保不殃及自身，是以早萌退志，只是因家計困窘，未有退路，一直未得成行，此次銀船之事，也許是天意要陸某離胡氏而去吧！”