聯盟軍的建設其實是70名科研團隊組成的，研發的小型機器人由火箭送往外太空，這些機器人通過自我編輯的程序在附近行星自動開啓了開採項目，這些小型機器人發展的非常快速，他們從太空艙出來之後開始自我組裝新的小型機器人，這些小型機器人就是新星系軍團建設的主力，通過2年的孕育，一座超大型的城市羣建設在附近行星完成，這是科研團隊意料之外的，如今小型機器人的規模已經有4億個單位的小組。它們在短暫用了2年時間，便形成規模，並組建完成了一支強大的太陽系艦隊。這些AI的智慧已經完全超越了普通人，他們繁殖的非常快，製造一臺小型的機器僅需10分鐘，而培養它的學習能力，僅僅需要數秒時間，因爲這些知識僅僅需要2秒時間就可以完成知識的傳輸，並存儲利用。
艦隊回到太陽系後才發現，日益嚴峻的地球環境迫使人類不得不向外太空發展。他們聽老人講，爲了生存，末日後的人類開始建造最大的星際飛船，這些星際戰艦可以容納12億人口，按規格設計可以容納15億人口在這艘巨大的艦隊上生存，地球唯一的生存地中國也因海平面上升不再適合人類居住，沿海地區完全被海水覆蓋，在有限的時間裡，人類不得不開始太空城市計劃，迫使人類傾盡一生的力量建造價值高昂的太空戰艦，這三百多艘巨型太空艦隊足足裝滿了整個人類，他們的編隊，分別是亞歐艦隊，北美艦隊，南美艦隊，太平洋艦隊，印度洋艦隊這一艘艘太空戰艦幾乎用盡整個國家的力量用高昂的價錢打造的，他們在此形成成了太空國家，又將其中最大的三艘巨型戰艦命名末日方舟，太陽完全成爲戴森球提供能源的聚變裝置，人類在太陽系建造了許多大小不一的太空站，以備日益依賴的生活環境。
太陽系星艦聯邦遍佈銀河系及麥哲倫星系團，其中最大的一所大型空間站第二伊甸園成爲太空最繁忙的太空城市中心，這裡的居民人數高大45億人口，但還好每個區域都能夠應對高密度的人羣，每個環都有着良好的生態循環系統，中間是巨大的戴森球，包裹着的是一顆年輕的恆星，周圍的圓環建設着大量居民區，每座城市都是一個巨大的生態系統，這些環狀的空間站可以相互組合，相互聯繫。第二伊甸園外圍不遠處是星際護衛隊的軍事港口，那裡停靠着3200艘護衛艦及12000艘遠航艦，距離不遠處是太空船塢，是太空戰艦的研發基地，專門研發新型主力艦炮及激光制導武器，離木星不遠處是大型醫療中心，這些巨大的太空艙就是專門爲護衛隊提供的，醫療艙克隆了大量克隆人，遠航艦隊一旦受到海盜襲擊，被毀的艦船及艦隊人員就可以通過意識上傳至克隆體裡，意識體都會上傳到新的身體上覆活，與整個燈塔附近就是大型糧食生產基地了，他們是中國農業大學主要研究基地，如今他們可以從空氣中合成糧食，也就是一氧化碳合成蛋白質，二氧化碳合成澱粉等，這些合成的糧食可以做成麪包和美味的三明治，距離火星2萬8千米地方的空間站是科學研究院，科學院配備56臺量子計算機，這是一座巨大的太空聯邦合衆國。
迴歸後的艦隊成員在遨遊整個太空城市，爲了熟悉環境，講解員一一給隊員們做着詳細的介紹，一邊引導着隊伍往新的區域遊行，這裡已經有二十多年的和平時期了，人們在平和的安逸中體驗生活的美好，突然，一聲巨響打破了往日的寧靜，人們紛紛往外看見，一團高能粒子射向城市中心造成13億人口死亡，聚變的燃料艙發生大爆炸，許多救援官兵來不及救援就已經葬身於火海，不懷好意的蟲族又向聯邦合衆國發射了等離子電磁炮，這次襲擊使大量船塢被破壞，人類突然遭受蟲族攻擊……
一個月之後，死亡的人數還在不斷上升，光清理屍體都花了聯盟軍整整一個多星期的時間，太空聯邦合衆國宣誓一定要蟲族付出代價，於是超體計劃誕生，這是人造神的項目，這是通過古老文明亞特蘭蒂斯傳說開始的，於是尋找超界文明遺蹟便開始了，包括高斯及那十九位超體人都提供有價值的信息，科研人員掃描他們的大腦希望找到遠古文明的痕跡，因爲要找到強大的亞特蘭蒂斯是多麼不容易的存在，亞特蘭蒂斯正是孕育超體文明的超世界，通過掃描高斯的模糊記憶區，發現地球海底存在亞特蘭蒂斯文明的遺蹟，於是科考隊向地球海底考察，通過海底巨大的圓盤中心，發現了亞特蘭蒂斯文明的遺蹟，古老的遺蹟圖，像是創造創世神的力量，許許多多的人信仰中的毀滅之神魔特擁有着毀天滅地的力量，這些一張張圖被專家們用相機記錄了下來，通過科考團的精心研究，如果將這20位超體人的血液集中起來，並激活潛在覺醒之力，就可以擁有毀滅世界的力量，就可以擁有創世神明一般的偉大意志存在，於是大量科研小組開始了他們的人體實驗。