通過設立登記，登記機關可以審覈個人獨資企業的設立條件，頒發營業執照，建立企業檔案，並進行綜合統計和分析。這不僅有利於鼓勵和促進符合條件的個人獨資企業進入市場，而且可以嚴格企業的資質審查和對其生產經營行爲進行監督管理，取締“三無”企業，嚴格、高效地把好市場準人關。
（二）設立登記時需提交的文件和材料
根據《個人獨資企業法》和《個人獨資企業登記管理辦法》的規定，申請設立個人獨資企業，必須依法向個人獨資企業所在地的登記機關提交有關文件和材料，以便登記機關審覈登記。個人獨資企業設立登記的主管機關是企業所在地的工商行政管理機關，一般是市、縣工商行政管理局以及大中城市工商行政管理分局，並且由工商行政管理機關內的個體私營經濟監管業務部門具體辦理。
1.一般需提交的文件
根據《個人獨資企業法》第9條第一款和《個人獨資企業登記管理辦法》第9條的規定，申請設立個人獨資企業應提交投資人簽署的個人獨資企業設立申請書、投資人身份證明、企業住所證明等文件。
（l）投資人簽署的個人獨資企業設立申請書。
一般由登記機關製成固定的格式。設立申請書應當載明下列事項：企業的名稱和住所；投資人的姓名和居所；投資人的出資額和出資方式；經營範圍及方式。個人獨資企業投資人以個人財產出資或者以其家庭共有財產作爲個人出資的，應當在設立申請書中予以明確。
個人獨資企業設立申請書應當由投資人簽署，才具有法律效力。
（2）投資人身份證明。
是指投資人的居民身份證或戶籍證明。
（3）企業住所證明。
是指個人獨資企業住所的權屬證明。投資人自有的住所，應當提交房管部門出具的產權證明；租用他人的場所，應當提交租賃協議。企業住所不是其生產經營場所的，投資人除了提交企業住所證明外，還應當提交生產經營場所的證明。投資人自有的經營場所，應當提交房管部門出具的產權證明；租用他人的場所，應當提交租賃協議。
（4）國家工商行政管理局規定提交的其他文件。
委託代理人申請設立登記的，由於存在着委託代理關係，還應當出具投資人的委託書和代理人的身份證明或資格證明，以產生有效代理的法律效果。
2.開辦個人獨資企業審批的特殊規定
國家爲了加強對國民經濟的宏觀管理，對在某些行業開辦個人獨資企業進行了一定的限制。因此，《個人獨資企業法》第9條第二款規定，從事法律、行政法規規定須報經有關部門審批的業務，應當在申請設立登記時提交有關的批准文件。根據1998年12月修訂的《私營企業暫行條例施行辦法》第9條第（四）項的規定，申請從事資源開採、建築設計、施工、交通運輸、食品生產、藥品生產、印刷、旅店、外貿、計量器具製造等行業生產經營的個人獨資企業，應當按照國家有關規定提交有關部門的審批證件。
（三）個人獨資企業的設立登記程序
是指申請設立個人獨資企業的具體步驟和過程。它是從申請人提出申請開始，到登記機關覈准登記註冊、發給營業執照的一個完整的法定程序，一般包括申請、受理、審查、覈准、發照等幾個步驟。
1.申請
這是登記程序的第一步。個人獨資企業的投資人，按照國家法律、法規的規定，準備好辦理登記所需的各種文件，到企業所在地的登記機關申請辦理登記，並填寫《個人獨資企業設立申請書》。
2.受理
指登記機關接受申請人的登記申請。登記機關接到申請人填寫的《個人獨資企業設立申請書》及其他必須提交的文件後，查驗有關文件、證明，對手續完備的，予以受理；對手續不完備的，不予受理。
3.審查
指登記機關對個人獨資企業申請人提交的文件、證明和填寫的申請登記表的有效性、合法性與真實性進行審覈檢查，並覈實個人獨資企業的實際條件和登記事項。這一步驟是登記審批程序的中心環節，它既是登記機關履行職責，執行法律、法規和政策的過程；又是申請者接受審查和對其進行法律、政策的指導，明確權利和義務的過程。
審查可分爲程序審查和實質性審查兩個方面。程序審查主要是審查個人獨資企業申請人提出的申請是否符合規定的程序要求，提交的各種文件、證明是否完善和齊備。實質性審查主要是審查申請登記的個人獨資企業是否具備登記條件，申請登記的事項是否屬實，是否符合國家法律、法規和政策的規定。在實質性審查時，如果有必要，登記機關在做出審批登記之前，應派專人到現場進行實地調查，覈實廠房、設備、技術條件、資金和人員等是否符合事實和審批條件。如果發現手續不完備的，應說明情況，令其補正；情況不實的令其更正；不具備個人獨資企業登記條件的，應予以駁回；對在申請登記中弄虛作假、隱瞞真實情況或者其他嚴重違反國家有關規定的，要按規定給予處罰。
4.覈准
指登記機關審查，覈實後，對符合規定條件的，做出覈准登記的決定；對不符合規定條件的，不予登記，並應當給予書面答覆，說明理由。實踐中，一般由承辦人簽署意見後，經職能部門負責人審查，再報主管局長批准。
根據《個人獨資企業法》第12條的規定，覈准登記的時間爲從登記機關收到設立申請文件之日起的15日內。登記機關應遵守這一登記期限的規定，努力提高登記效率。
5.發照
對覈准登記的個人獨資企業，應及時頒發營業執照，並通知投資人按時領取，辦理有關簽字備案手續。
個人獨資企業經登記機關核發營業執照後，申請設立登記程序即告完成。按照《個人獨資企業法》第13條的規定，個人獨資企業自營業執照的簽發日期起宣告成立，這時個人獨資企業就取得了合法的經營資格，投資人也可以個人獨資企業的名義從事經營活動，並享有法定的各項權利，同時也便於有關部門對它的監督管理。
按照有關規定，個人獨資企業憑營業執照可刻制行政用章、財務用章、合同用章，可到銀行開立帳戶，但須報原登記的工商行政管理機關備案。
六、個人獨資企業的變更登記
（一）變更登記的概念和種類
變更登記，是指在個人獨資企業存續期間登記事項發生變更時，應向登記機關辦理有關登記手續的一種登記行爲。個人獨資企業一經覈准登記，其登記事項就具有法律效力，不得隨着更改。
如確實因生產經營的實際需要需改變登記事項，必須向原登記機關申請變更登記。未經登記機關覈准，擅自改變登記事項的，屬違法行爲，登記機關一經發現，要依法給予處罰（《個人獨資企業法》第37條）。
根據《個人獨資企業登記管理辦法》第13條、第16條、第17條的規定，個人獨資企業變更登記的種類有：
（1）個人獨資企業變更企業名稱、企業住所、經營範圍及方式，應當在作出變更決定之日起15日內向原登記機關申請變更登記。個人獨資企業變更投資人姓名和居所、出資額和出資方式，應當在變更事由發生之日起15日內向原登記機關申請變更登記。
（2）個人獨資企業變更住所跨登記機關轄區的，應當向遷入地登記機關申請變更登記。遷入地登記機關受理的，由原登記機關將企業檔案移送遷入地登記機關。
（3）個人獨資企業因轉讓或者繼承致使投資人變化的，個人獨資企業可向原登記機關提交轉讓協議書或者法定繼承文件，申清變更登記。
（4）個人獨資企業改變出資方式致使個人財產與家庭共有財產變換的，個人獨資企業可向原登記機關提交改變出資方式文件，申請變更登記。
（二）變更登記的程序
（1）個人獨資企業辦理變更登記時，應當提交變更登記申請書及有關證件。
（2）登記機關按到申請人填寫的變更登記申請書後，查驗有關文件、證明，對手續完備的，予以受理；對手續不完備的，不予受理。
（3）登記機關受理個人獨資企業變更登記申請後，進行審覈。予以覈准的，換髮營業執照或者發給變更登記通知書；不予覈准的，發給企業登記駁回通知書，並退回申請人提交的文件、證明。
（4）登記機關應自受理個人獨資企業變更登記申請之日起15日內做出審覈決定。
七、個人獨資企業的分支機構登記
（一）個人獨資企業分支機構的概念和性質
個人獨資企業分支機構，是指個人獨資企業爲了在空間上拓寬其業務活動範圍，單獨出資在一定區域設置的、完成個人獨資企業部分職能的業務活動機構。根據《個人獨資企業法》第14條的規定，個人獨資企業可以設立分廠、分店等分支機構。
個人獨資企業的分支機構屬於個人獨資企業的組成部分，但它又不同於個人獨資企業的普通組成部分。作爲個人獨資企業內設機構的車間、科室等，它們也是個人獨資企業的組成部分，但卻不是個人獨資企業的分支機構。實際上，並非個人獨資企業的各個組成部分都是個人獨資企業的分支機構，只有那些能夠執行個人獨資企業的一定業務職能，即從事一定民事活動的個人獨資企業的組成部分，才能稱爲個人獨資企業的分支機構，如個人獨資企業的分廠、分店等。
個人獨資企業的分支機構可以進行民事活動，但因此而產生的民事責任則應由設立該分支機構的個人獨資企業承擔（《個人獨資企業法》第14條第三款）。
（二）個人獨資企業分支機構的登記機關
根據《個人獨資企業法》第14條的規定，個人獨資企業分支機構的登記機關是分支機構所在地的登記機關。
（三）個人獨資企業分支機構的登記事項
（1）分支機構的名稱。個人獨資企業分支機構的名稱，應當冠以其所從屬的個人獨資企業的名稱。
（2）經營場所。經營場所爲分支機構的固定經營場所。
（3）負責人姓名和居所。分支機構的負責人爲代表分支機構行使職權的人，由其所從屬的個人獨資企業投資人任命。
（4）經營範圍及方式。一般來說，分支機構的經營範圍及方式以其所從屬的個人獨資企業的經營範圍及方式爲限，但值得注意的是，《個人獨資企業登記管理辦法》並沒有對此加以限制。對於法律、行政法規規定必須報經審批的項目，個人獨資企業取得了經營資格的，不能視爲其分支機構也取得了經營資格。分支機構從事該項業務的，仍須報經國家有關部門批准。
（四）個人獨資企業分支機構登記時應提交的文件
根據《個人獨資企業登記管理辦法》第24條的規定，個人獨資企業申請設立分支機構，應當向登記機關提交下列文件：
（1）分支機構設立登記申請書。
（2）登記機關加蓋印章的個人獨資企業營業執照複印件。
（3）經營場所證明。投資人自有的經營場所，應當提交房管部門出具的產權證明；租用他人場所的，應當提交租賃協議。
（4）分支機構從事法律、行政法規規定須報經有關部門審批的業務的，應提交有關部門的批准文件。
（5）個人獨資企業投資人委派分支機構負責人的，應當提交投資人委派分支機構負責人的委託書及其身份證明。
（6）委託代理人申請分支機構設立登記的，應當提交投資人的委託書和代理人的身份證明或資格證明。
（7）國家工商行政管理局規定提交的其他文件。
（五）個人獨資企業分支機構登記程序
個人獨資企業設立分支機構，由投資人或其委託的代理人向分支機構所在地的登記機關申請設立登記。登記機關應當在收到規定的全部文件之日起15日內，作出覈准登記或者不予登記的決定。覈准登記的，發給營業執照；不予登記的，發給登記駁回通知書。
個人獨資企業應當在其分支機構經覈准設立、變更或者註銷登記後15日內，將登記情況報該分支機構隸屬的個人獨資企業的登記機關備案（這一制度稱爲分支機構的登記備案制度）。個人獨資企業異地設立分支機構的，分支機構所在地的登記機關在覈準分支機構設立（變更、註銷）登記後，應當開具《個人獨資企業分支機構登記備案書》，通知個人獨資企業的登記機關。這樣規定，是爲了便於登記機關之間相互聯繫和協調，加強對個人獨資企業的監管。