很多人認爲褚時健的成功是靠政策和壟斷，尤其是在他重新出山種橙子之前，這種看法很流行。其實，他痛恨壟斷，因爲有壟斷就必然有管制，需要花太多的時間和精力來突破那些管制設置的障礙。他是一個市場的信徒，需要通過競爭來展現他的才幹，他是中國改革開放後第一代以管理取勝的企業家，甚至可能是這一代企業家中最爲卓越的一個。
制勝的“三駕馬車”
最新沒計制度：定員定額+計件工資
效益優先的兩個拳頭
拿回人事權
再“動”薪酬
管理的中樞：“牽住牛鼻子”
接班人插曲
制勝的“三駕馬車”
在引進設備、開闢“第一車間”的同時，褚時健在玉溪捲菸廠啓動了內部管理的革命。後來他總結，他在玉溪捲菸廠的制勝法寶就是這三件：引進設備加兩場革命——“第一車間”的原料革命和管理革命。三件武器只要握有一件，就能成就一個成功的企業家。但褚時健同時握有三件，它們把褚時健推向了卓越，使他步入偉大企業家的行列。
如果說引進設備和“第一車間”的原料革命體現了褚時健的戰略眼光，那麼，他對內部管理的革命則完全展現了他駕馭一個現代企業的才能。
很多人認爲褚時健的成功是靠政策和壟斷，尤其是在他重新出山種橙子之前，這種看法很流行。其實，他痛恨壟斷，因爲有壟斷就必然有管制，需要花太多的時間和精力來突破那些管制設置的障礙。他是一個市場的信徒，需要通過競爭來展現他的才幹，他是中國改革開放後第一代以管理取勝的企業家，甚至可能是這一代企業家中最爲卓越的一個。
重新設計制度：定員定額+計件工資
如何發揮人的積極性，是褚時健管理企業的核心，他所有的管理辦法，都是圍繞這一核心展開的。
他說：“當我們的原料問題解決了、設備問題解決了，要想把設備的潛力充分發揮出來，就要靠員工的積極性，而調動員工積極性的關鍵是利益分配。”
他的分配原則就是“利益平衡”，而他總能找到一種非常好的激勵機制，來對應每一個利益參與者的責任，這是他特有的才能。早在1982年，褚時健就在玉溪捲菸廠實行“單箱捲菸工資含量包乾”的改革，打破了計劃經濟時代的“大鍋飯”制度。這個改革運轉非常有效。1985年，一家管理雜誌評選了當年全中國工作效率最高的200家工業企業，玉溪捲菸廠位列這200家企業之首，它的實物勞動生產率是全中國最高的，比任何一傢俬人企業都要高。
到了1985、1986年，隨着全新設備的引進和“第一車間”的實施，菸廠沒有辦法再進行單機計件了。這時，褚時健認爲有必要在薪資計算上再進一步，重新設計管理制度。
很多人把褚時健的管理歸類爲“計件工資”，其實它遠比一般的“計件”複雜得多。在一個現代化的工廠進行“計件”是非常困難的，不過，它和“計件工資”的思想是一致的，就是用效率工資取代計時工資。在沒有更好的名字的情況下，也可以把它歸爲“計件工資”。
關於工資收入，褚時健抓住兩個關鍵點：和產量掛鉤、和質量掛鉤。在質量達到要求的情況下，按生產的數量計酬，如果質量達不到要求就扣錢。他要徹底打破“大鍋飯”，按多勞多得來計酬？
此外，他們通過召開職代會確定了一個總的原則：工資總量比計件之前要升高。這得到了職工們熱烈的支持。
但有個問題是，在生產流水線上如何進行計件呢？比如一個車間數百人，而機器也不是一人一臺，從技術角度看，計件有很多麻煩。褚時健採取的辦法是由勞動科來定員定額。一臺機器到底由幾個人來操作最合理？爲了找到答案，他要求勞動部門和廠裡的管理人員到每個崗位上去了解需要多少道工序、多少人才能把這臺機器運轉得好。有的崗位定員困難較大，勞動部門的人親自穿上工作服，一起參加三天勞動，然後再來定員定額。
褚時健認爲，要實現有效管理，必須制定公平的規則，他們在定員定額上花了很大的工夫。有的崗位拿不準，褚時健要求勞動科科長反覆重來，若干次以後，他說：“對了，這個公平了，反映現實了。”他總是說：“你要公平，他才積極。處罰他了，他也心服口服。你亂掛些數字在那裡，完不成就要處罰，他不會服氣的。工資多拿了，其他人又不服氣他，別的工種也不服氣。”他們一處一處地摸底，很多崗位都是重複了三四次才定下來的。
在定員定額後，每個機臺都有了一個號碼，從後面就可以識別是哪個機臺的產出，單獨給操作員記下準確的數字。這麼做的效果非常明顯，過去四個人操作一臺卷接機，定員定額後，發現只要兩個人就足夠了。而制絲生產線的效率更是達到了最高，按德國豪尼公司原來的設計，正常情況能達到85%的效率，現在卻達到了97%、98%，提高的效率的部分，自然就要對員工進行獎勵。
在這樣的制度激勵下，員工自然會爭分奪秒地爭奪時間，遲到和早退的現象基本上都絕跡了。大多數人選擇提前去上班，有的在上班時問前15分鐘就等在那兒了，時間一到就開始計產量，如果遲到了產量就是別人的了。
褚時健回憶，從生活區到生產車間有一條八九米寬的馬路，總是突然就冒出很多人來，提前趕來上班的人常常把它都擠滿了。
有一夥同本人當時正在這兒調試機器，他們都說，在中國看了很多工廠，上班從來都是稀稀拉拉的，還從來沒有在中國見過這樣的上班陣勢：都是搶着上班。
褚時健說：“職工的積極性調動起來後，設備的潛力就能充分發揮出來了，所以我們的產量每年以10萬箱、20萬箱的速度增長，嘩嘩嘩地上去了。”即使那些陳舊的“新中國”牌捲菸機，效率也提高了40%-50%，1987年，玉溪捲菸廠在捲菸產量、優質品產量、工業總產值、人均稅利、單箱利潤、全員產值勞動生產率、捲菸工人實物勞動生產率、最低平均單箱耗葉等八項指標上均創下了全國同行業第一，玉溪捲菸廠一直保持着高於同行業30%-50%的勞動生產率。在褚時健剛來玉溪捲菸廠的時候，2000多名工人每年不過生產30萬箱煙，而隨着改進設備和管理帶來的勞動生產率的提高，到1996年的時候，不到4000人就完成了220多萬箱，尤其是產量從1987年的90多萬箱增加到1996年的228萬箱，人數只有少量的增長。而幾個同等設備的兄弟單位，7000多人才完成100萬箱香菸的生產。
效益優先的兩個拳頭
計件工資制度使得玉溪捲菸廠的勞動生產率直線上升，但也帶來了一個新的問題：由於每個人都在爭產量，消耗變得無法控制了，消耗高，成本高。車間的菸絲、菸葉、煙枝丟得四處都是。
褚時健發現生產率的提高並不等於效益的提高，而他追求的應該是效益，是投入產出比。因此，他又設計了一種新的制度補充進來：還是以經濟槓桿爲手段，設立了一個獎勵分配機制——節約獎。
他們定下了一個標準，也差不多是當時全國的行業標準，每一箱煙的消耗定爲60公斤，以節約總價值的15%拿出來分給大家，消耗越少分得越多。
這是一項難度極大的管理實踐，勞動科的職工一共設計了十幾道工序，他們得把總的節約要求分到每個具體的崗位上。剛開始的時候，由於不能完全分到崗位，難免會發生扯皮事件。有的職工反映說：“我白乾了，因爲前面那個消耗多，我即使消耗少，算賬也算不到我頭上。”於是，他們採取了更爲具體的手段，每個崗位都定一個指標，用電子秤把每個崗位的消耗記錄下來：進來多少，出去多少。數字一旦確定，每個崗位的消耗量也就一目瞭然了。於是地上掉的一縷菸絲都被工人們撿了起來。他們甚至給每一包煙都定下了指標，20支菸的標準是42克，在42克以下，煙支飽滿、挺拔，那節省部分就記節約獎了。在每個車間，有七八個崗位涉及節約，節約下來的數額在月底迅速結算，每個人都有具體的記錄，並形成獎金。
由於節約獎涉及太多複雜的細節，褚時健帶領團隊花了將近一年時間才定下一個準確的規則。它的效果很快就體現出來了：他們從一箱消耗60公斤菸葉，一路直線下降，最後降至38公斤。當然，這其中的一部分原因應歸功於設備的更新。
褚時健在玉溪捲菸廠17年，平均每公斤菸葉爲國家貢獻225元的稅收和利潤，而同行業最多能做到40元；人均稅利更是創造了驚人紀錄，到1993年，玉溪捲菸廠的人均稅利達到了224萬元，而這還不是他們的巔峰，到1995年和1996年，他們的人均稅利甚至突破了300萬元，是國內同行業的5-10倍。
褚時健擅長的另一項是產品質量管理。
褚時健對產品有一種奇特的着迷，他對產品質量的重視則到了苛刻的地步，這也許是所有偉大企業家的共同特徵。他承認，產品的質量問題會讓他焦慮和失眠。
他如此重視設備和原料，根本上還是重視產品本身，在這兩者得到最好的保障後，他又把心思投入到了產品質量的流程控制上。一種本能的對產品完美品質的追求，是成爲一個一流企業家的基本條件。
爲了迅速對生產過程中的產品質量問題做出反饋，以免讓問題產品流入下一個環節，他在生產區實行作業長制，儘量現場解決問題，而不是拖到第二天或下一個環節。後來，他又把“作業長制”的管理方法帶到了果園。他改變了過去的質量檢測方法，用成品檢測和工序檢測相互監督的方法取代單一的成品檢測。他還強化了質檢員的權威性，由質檢員對產品進行一票否決，而被否決的產品就面臨着罰款。當然，這不可避免地會和這家國有企業固有的文化發生衝突，有時候苛刻的質檢員對煙盒上出現的印刷污痕都進行否決，這在很多人看來是一種過火的吹毛求疵的行爲，但褚時健鼓勵他們這麼千。在一次質檢員和車間主任的衝突中，他選擇站在了苛刻的質檢員這邊，他知道，任何一點兒妥協都可能會形成一種不良文化的蔓延。
樣品的檢測頻率，原來每天只有16個，在進行了幾次測算後，他們把檢測頻率增加到了85-90個。但是，他仍然擔心人爲因素會影響質量檢測，在設備的不斷更新中，他希望機器能夠實現對產品質量的自動檢測，這樣就能有效排除人爲因素的影響，這個目標在多數環節都實現了。
效益管理和產品管理是褚時健管理思想的兩個拳頭，它們像DNA雙螺旋結構的鹼基配對一樣密不可分，褚時健也很難分清它們孰輕孰重，或者哪一個是他最主要的追求。從興趣上來說，也許產品管理是他更有興趣追求的，但它似乎又不如效益管理那樣動態十足、那樣充滿魔力。
拿回人事權
企業內部經營管理要順利進行，必然要求褚時健握有人事權，這樣方能任命適合的人來貫徹他的思想。但他實際上並不握有這些幹部的任免權，這些權力在省委組織部那裡。他感覺這是一個麻煩，如果沒有人事權，變革的執行必然是困難重重的。
他要求省委組織部把中層幹部的任免權交給他：“我們知道什麼樣的人能做事，要用哪個最好由我來定。你們當然也可以定，但你們怎麼知道誰行誰不行呢？”這是他的理由，他說，“有些情況你們並不熟悉，任命往往會出現偏差；而由我們來提拔的話，即使提拔錯了也容易糾正。”
在經過反覆的溝通後，省委組織部最終決定把中層幹部的人事權下移給玉溪捲菸廠，褚時健需要提拔或免除幹部，由他報給組織部，組織部只管批准。於是，以邱建康、姚慶豔、李穗明、魏劍爲代表的這批年輕幹部就被提拔上來了。
褚時健終於有了一批能夠強有力地執行他的管理思想的中層幹部。
再“動”薪酬
在內部進行變革的同時，褚時健也在尋求外部支持，以便和他的內部管理革命形成配合。他希望把之前“單箱捲菸工資含量包乾”的工資制度，變爲總稅利與總工資掛鉤的計酬方法，這更能反映真實的情況，並能產生一種新的激勵。因爲如果只是按“單箱捲菸工資含量包乾”計算，那麼，同是一箱煙，甲級煙和一級煙，它們產生的稅利差距很大，“單箱捲菸工資含量包乾”並不能鼓勵他們生產更多的甲級煙，而和總稅利掛鉤會激勵他們生產更多的好產品。
1989年初，他向主管部門提出了申請，很快就得到了批准。在原料、設備和激勵機制的共同推動下，玉溪捲菸廠的甲級煙佔據了市場份額的70%-75%，而每一箱甲級煙的稅利是中等煙的好幾倍，由此帶來的工資自然也幾倍地增長。隨着稅利增長越來越多，職工分到的工資也越來越多。
褚時健說：“效益掛鉤增長一塊，結構改變增長一塊，價值增大一塊，每個車間每年都有數以百萬計的獎金等着發給大家，而且還在不斷增長着。”
這使得上級主管部門不得不叫停玉溪捲菸廠職工的工資增長方式，讓他們照顧一下“左鄰右舍”的感受。因爲玉溪捲菸廠職工的總收入雖然還不到它上繳稅利總額的1%，卻是兄弟單位的幾倍，甚至十幾倍。這些被叫停的工資總額後來累計到了十幾、二十億元，褚時健只好從其他方面（比如建房）改善員工福利。
管理的中樞：“牽住牛鼻子”
成本是褚時健管理企業的中樞，他把降低成本稱爲“牽住牛鼻子”。他認爲企業的生產組織必須圍繞成本展開，成本下來了，利潤自然就上去了。降低成本，提高質量，這是企業管理中看得見、摸得着的東西：計量、檢測、定額、班組建設、標準化操作。因此，他總是通過精密計算確定目標成本，然後層層分解到車間、班組、崗位甚至個人，使每個環節都承擔起降低成本的責任。
在這種管理思想的指導下，玉溪捲菸廠先後對“紅塔山”的葉組配方進行了15次調整，由三個等級擴大到七個等級。到1990年年初，“紅塔山”單箱配方成本降低了23元，“阿詩瑪”降低了21.26元，“紅梅”降低了7.37元，全年節約成本1200萬元。玉溪捲菸廠的13個捲菸品牌，全部實現了單箱成本遠低於計劃成本，全年爲此節約成本（增加利潤）9000多萬元。
在各個管理環節上，玉溪捲菸廠制定了企業技術標準230個、工作標準707個、管理標準44個，全廠管理的覆蓋率到90年代中期達到了97%，之後幾年幾乎達到了100%。隨着管理細節的增加，他們甚至把維修設備的內控費用落實到了管理設備的人員頭上，實現了設備效率和價格費用的雙向優化。
在褚時健的管理革命漸入佳境的那幾年，他們主要的生產設備完好率爲97.5%，制絲設備的有效作業率甚至達到了99.3%，卷接機超過80%，遠遠超過國內52%的平均水平。有一個有趣的事例，有一家公司參觀完玉溪捲菸廠後自豪地說，他們也有比玉溪捲菸廠更具優勢的地方，玉溪捲菸廠只有100多條管理規定，而他們有500多條。這讓褚時健哭笑不得。
接班人插曲
1928年出生的褚時健到1988年就滿60歲了，到了國家規定的退休年齡。事實上，80年代中期的時候，褚時健就開始考慮接班人問題了。
80年代中期，國家提倡“幹部四化”，年輕化是其中之一。雖然大規模的設備引進已告結束，“第一車間”革命和管理革命佈局已經展開，玉溪捲菸廠步入了高速發展的軌道，但爲了順應潮流和號召，他有意讓賢於年輕人，並開始着力培養。
按“四化”——革命化、年輕化、知識化、專業化的標準，當時玉溪捲菸廠年輕人雖然不少，但大學生很少。他看上了30多歲的四川大學畢業生李某，並把他提拔爲副廠長。1985年秋末，褚時健退居到黨委書記的位置，把玉溪捲菸廠廠長這一職位讓給了這個年輕人。事後證明，這是一次失敗的交接。李某是一個只會考試的書生，和褚時健相比，他不僅缺少領導和管理一個企業的才能，更缺乏“野心”，而這無疑是很重要的。
此時正是玉溪捲菸廠最重要的兩場革命——“第一車間”革命和管理革命的關鍵時刻，臨危換將本來不是什麼好事，但爲了響應中央的號召，褚時健也只能如此。
他們的矛盾在1986年秋天要確定1987年的生產計劃時爆發了。那時玉溪捲菸廠正處在高速發展的軌道上，褚時健主導下的黨委會討論認爲，1987年應該比1986年產量至少增加20萬箱，但李某第一個表態說：“這個我們倒不敢，增加這麼多！”
褚時健反過來做李某的工作，據他回憶：
“我說：‘如果這個事情幹好了，你再來當廠長，幹好了我到處幫你講。這個新廠長上來的‘三把火’，這個算‘第一把’，全國的捲菸廠還沒有哪個一年能增產20萬箱煙。你作爲一個新廠長來推動這項工作，第一步就走得好了。如果幹不好，你就說，是書記非鼓搗着乾的，你也沒辦法。把事情推給我就可以。’我這麼說了，他還是不敢千。”
讓褚時健大爲光火的是，李某這個新廠長爲了證明他完不成這麼多增產的觀點是正確的，竟然悄悄地要求發酵車間主任，讓他把發酵的速度放慢，這樣中間這個環節就斷了，就供不上後面的捲菸生產了。
這讓褚時健萌生了撤換他的想法。1986年10月，褚時健告訴前來協調關係的領導，經過觀察，他認爲李某並非一個稱職的廠長。之後省菸草公司一紙調令把李某調走了。他後來在一個處長的位置上退休。
1987年，玉溪捲菸廠的產量增加了22萬箱，而不是20萬箱。