黃巢得知王重榮叛變，當然大怒，派出他手下頭牌朱溫率本部兵出同州（今陝西大荔），弟弟黃鄴率本部兵出華州（今陝西華縣）合力攻擊王重榮。王重榮也不是白給的，唐廣明元年（公元880年）十二月底，兩軍在河中大戰一場，黃巢軍大敗，朱溫和黃鄴被打腫了臉，丟下四十多船糧草逃回長安。王重榮大勝之後，也不敢大意，速和義武軍節度使王處存取得聯繫，請他過來幫忙。二王合兵一處，駐紮渭水北岸，準備對付黃巢大軍。
見王重榮不好對付，黃巢改變戰略方向，向東南擴張。唐廣明二年（公元881年）二月，黃巢以朱溫爲東南面行營招討使，出藍田關攻掠鄧州（今河南鄧縣）。朱溫雖然不久前敗給過王重榮，但對付鄧州刺史趙戎還是沒問題。三月，朱溫軍破鄧州，活捉趙戎。黃巢命朱溫駐守鄧州，控制荊襄路，以防唐軍來襲長安。
此時學習老祖宗李隆基“西征”的唐僖宗李儇正留在興元（今陝西漢中）觀望形勢，同時詔命天下各道兵速集長安，剿滅黃巢。代州北面行營都監陳景思率沙陀三部落和吐谷渾三萬餘人馳赴關中，陳景思先遣使去興元，請僖宗赦免李國昌父子，讓他們戴罪立功。李儇知道李家父子有點本事，危急時刻，多一路人馬就多一份勝利的希望，也就同意了。
李國昌、李克用父子在代北作亂，被唐代北招討使李琢、盧龍節度使李可舉、吐谷渾赫連鐸部三路合擊，李家父子連戰連敗，又被唐軍一路追殺，勢窮力孤，只好亡命韃靼部。這次唐天子下詔赦罪，當然願意痛改前非，李克用受封雁門節度使，帶韃靼兵南下勤王。
各道軍閥聽說皇帝還活着，知道發財的時候到了，俗話說：“計絕莫過絕糧，功高莫過救駕”，這可是一本萬利的買賣，爭相出兵關中。涇原節度使程宗楚、秦州經略使仇公遇、鄜延節度使李孝昌、夏綏節度使拓拔思恭（西夏元昊的老祖宗）遣使結盟，傳檄天下，共滅黃巢，尊獎王室。唐僖宗見形勢略有好轉，再拜鳳翔節度使鄭畋爲宰相，領京城四面諸軍行營都統，許以便宜從事。
李儇詔書一下，各路紛從而至，只有淮南節度使高駢安坐釣魚臺，李儇派了幾拔使者去催高駢起兵，高駢聽從狗頭軍師呂用之的建議，擁兵自重，“爲孫策三分之計”，陰求割據江南。高駢上表說鎮海軍節度使周寶和越州刺史劉漢宏陰謀不軌，因要防備二賊，所以無法勤王，請皇帝陛下自個想辦法去吧。李儇氣的抓作狂，但也沒辦法。
而黃巢得知鄭畋是唐朝的實際軍方領導人，便想先下手爲強。唐廣明二年（公元881年）三月，派尚讓和外甥林言帶着五萬精銳去攻鳳翔，只要拔掉鄭畋，扼住山南諸州，就能堵死李儇的北歸路。鄭畋是唐末名臣，能文能武，史稱鄭畋有“社稷之才”，是個一時風雲人物。得知黃巢軍要來做客，速命朔方節度使唐弘夫率兵埋伏在龍尾坡（今陝西岐山縣東），鄭畋自己帶着數千銳卒，來到山地高處，遍插旗幟，以爲虛張勢。
沒多久，尚讓軍就殺了過來，尚讓沒把鄭畋當回事。鄭畋在尚讓距離還十幾裡的時候，擊鼓鳴角，尚讓不知唐軍底細，準備列好陣勢迎戰。唐弘夫見尚讓已經處在包圍之中，呼喊着殺出來，劫了尚讓的後路。
尚讓軍大驚，前後失序，軍心大亂。唐軍四面合擊，刀矢齊下，尚讓軍死傷慘重，戰死兩萬餘人，伏屍數十里。尚讓和林言僥倖撿了條命，奔回長安。
尚讓逃回來後，窩着一肚子的火沒地方發泄，尚讓看到有人在尚書省門前題詩譏諷起義軍，大怒。但不知道是誰寫的，開始濫殺無辜，捕殺長安城中的書生，死了三千多人（讓人髮指！），而識得字的人也沒好下場，全都打發去服苦役。
唐軍乘勢進圍長安，王重榮屯沙苑（今陝西大荔南）、王處存屯渭橋（今陝西西安市郊），拓跋思恭屯武功（今陝西武功西北），鄭畋屯盩厔（今陝西周至），同時命唐弘夫進擊長安。
黃巢見唐軍來勢洶洶，決定先避其鋒芒所及，唐廣明二年（公元881年）四月，黃巢率軍撤出長安，屯居灞上（今陝西西安南郊）。唐軍程宗楚部、唐弘夫部、王處存部爭相入城。黃巢軍在長安呆了不到半年，長安百姓就已經對他們恨之入骨，見唐軍入城，高呼萬歲，“以瓦礫擊賊、拾箭以供官軍。”可見黃巢何等不得人心。
官軍入城後，老毛病又犯了，開始搶掠百姓，遊手好閒的市井潑皮們也跟着起鬨，打着官軍的旗號偷東西，搶女人，長安城中一片烏煙瘴氣。黃巢見官軍如此荒唐，知道機會來了，下令三軍反攻長安。義軍孟楷部帶着幾百個弟兄去攻唐弘夫，唐弘夫的官軍這幾天發了大財，但因爲搶的太多，渾身掛滿了寶貝，正在氣喘噓噓時，見黃巢軍又殺了回來，因“重負不能走”，幾被全殲。唐弘夫被殺，程宗楚也戰死亂陣中。其他官軍保命要緊，退至武功（今陝西武功西北）。
而準備入關中勤王的李克用率韃靼、沙陀各部兩萬多人來到太原時，河東節度使鄭從讜拒門不納。鄭從讜知道李克用不是個安份的人，哪敢放他進城，鄭從讜在城上俯身答道：“李君父子自先帝朝就屢立奇功，天下共聞，今借路勤王，從讜本當鼎力。但從讜奉詔守此，責任重大，不敢有閃失。請李將軍諒從儻苦衷。”
李克用知道這個老傢伙不好對付，就進而求其次，再道：“都是爲朝廷賣命，克用也知道相公難處，只是克用糧餉不足，望相公看克用薄面，多少給點吧。”鄭從讜實在駁不過去，那就給點吧。鄭從讜真是闊氣，給了李克用一千貫錢，一千斛米。
李克用大怒：“兩萬大軍，軍需浩大，這點小蝦米打發叫花子的吧！”下令攻城，太原人心驚恐。鄭從讜忙派人去向振武節度使契苾通求救，契苾通領突厥吐谷渾各部急馳來救，在晉王嶺大敗雁門軍，李克用大罵：“契苾通狗拿耗子，老子攻城，關你屁事！”只好撤回雁門再做打算。
黃巢雖然再次佔領長安，但唐軍對起義軍的優勢越來越明顯，原來歸附黃巢的唐朝軍閥，多數開始動搖。忠武監軍太監楊復光勸原唐忠武軍節度使周岌反正朝廷，周岌估算着在黃巢身上投資怕是收不回成本，便決定重新投向唐朝的懷抱。楊復光先命養子楊守亮把黃巢派來的使者全都殺掉，然後起兵。
唐廣明二年（公元881年）五月，楊復光帶着三千忠武軍來到蔡州（今河南汝南），勸蔡州刺史秦宗權起兵攻鄧州，爲朝廷建功，日後不怕謀取大富貴？秦宗權大喜，把一萬多軍隊拔給楊復光，楊復光將這支軍隊分爲八都，讓偷驢出身的王建、鹿晏弘、韓建等八人爲將。然後進攻鄧州，鄧州守將朱溫、何勤等人聽說太監要來找他們打仗，大笑來戰，結果朱溫敗的一蹋糊塗，狼狽奔還長安。
朱溫雖然打了敗仗，但黃巢此時已經被周邊的唐軍弄的焦頭爛額，手下缺兵少將，便極力拉攏朱溫。朱溫到長安時，黃巢親自出城洗塵，大加撫慰。然後黃巢調朱溫扼守興平（今陝西興平），防備退至武功一帶的唐軍各部。
遠在興元（今陝西漢中）觀望形勢的李儇對能否戰勝黃巢心存疑慮，興平距長安太近，總覺得不太安全，於六月間南下入成都。唐廣明二年（公元881年）七月，僖宗下詔，改廣明二年爲中和元年，大赦天下。任兵部侍郎韋昭度爲宰相，侍中王鐸爲義成軍節度使，兼京城四面行營都統，太子太保崔安潛爲副。
李儇自繼位以來，大權就被田令孜抓着不放，他不過是個“精神領袖”，來到成都之後，形勢沒有絲毫改變。田令孜仗着兄弟陳敬瑄主政西川，更加跋扈。李儇雖然逃到成都，但四方的進貢還是少不了的，田令孜從中吃大頭，中飽私囊，而且只賞禁軍，不及川軍。川軍將士對此極爲不滿，西川黃頭軍使郭琪指責田令孜：“川軍也是朝廷兵馬，大人奈何只賞禁軍，不及川軍？萬一將士不服，肘腋變起，天子將何往？請大人一視同仁，這樣才能拉攏軍心。”
田令孜見這個小小的黃頭軍使居然敢對自己這樣說話，大不滿，冷眼問道：“你有什麼功勞？說來我聽聽，說的好，賞你！”郭琪不服氣，站起身撕開衣裳，自報軍功：“郭某本是山東人，受命守邊，與黨項、契丹三十餘戰，出生入死，身上沒塊好肉。後來出戰吐谷渾，敵刃傷我腹，腸出將死，我用針線縫腹再戰，請問大人，這功大不大！”
連皇帝都要讓田令孜三分，郭琪如此不給他面子，惱羞成怒，便在酒中下毒，逼郭琪喝下。郭琪知道這是毒酒，懾於身邊都是田令孜的人，不敢不從。回到家後，郭琪立刻殺掉一個婢女，吸血觸毒（殘忍！），吐出毒物。郭琪當下就帶着本部兵在成都作亂。田令孜忙帶着李儇入東城避免，陳敬瑄調兵來滅郭琪。郭琪雖然勇武，但人馬太少，不久就被殺敗，逃之夭夭。
這場亂事其實是田令孜逼出來的，田令孜上挾天子，下令羣臣，自以爲是，飛揚專斷，與其說李儇做皇帝，不如說李儇做木偶，大權都在田令孜手中。看到朝廷這個混賬局面，正直之士莫不痛心，左拾遺孟昭圖上書切諫：“天下事，本當與天下人議之。但陛下獨謀於北司（田令孜），不及南司（羣臣），久長以往，天下平復無期。”
可惜李儇根本沒看到這封奏疏，就算看到了，他也得唯田令孜馬首是從。田令孜在第一時間看到此疏，大怒，假傳詔令，貶孟昭圖於嘉州（今四川樂山）司戶，半路上派人將孟昭圖沉水溺死。文武官員看到田令孜手段如此毒辣，都噎聲不言，誰還敢找田令孜的麻煩？孟昭圖就是他們的前車之鑑。
長安方面局勢比成都更加混亂，唐軍各部正在進行試探性的進攻，拓跋思恭和李孝昌進屯東渭橋（今陝西高平南），尋找戰機。因爲東渭橋是長安北方門戶，黃巢感受了很大的威脅，調朱溫來對付拓跋思恭等人。