1654年（清順治十一年），固始汗病故，早想清除和碩特蒙古在西藏政治影響的五世喇嘛，趁此機會分化瓦解他們。因爲固始汗在世的時候雖然住在西藏，但青海的大本營是老老實實的，此時他亡故了，繼承者斷然沒有他的權威，住在西藏的話，青海本部就很難控制得住。五世喇嘛敏感地抓到了這個時機，圍繞着繼承的問題，將和碩特蒙古勢力分爲了“西藏派”和“青海派”。簡單地說，固始汗的大兒子達顏汗繼位，住在西藏，名義上統管青海，但實際上，以固始汗五兒子博碩克圖濟農爲代表的其他子嗣成立了事實上的“青海派”。
在這個過程中，“西藏派”的達顏汗得到了名義上的汗權，“青海派”得到了實際上的實惠，所以，兩方都覺得五世喇嘛對自己一方有功勞。尤其是達顏汗，跟他父親的能力相比差得太多了，所以並不怎麼插手政務。建立一個不管事、又沒有了青海大本營支援的“西藏派”，正是五世喇嘛清除和碩特蒙古勢力的第一步棋。
但和碩特蒙古畢竟還存在，所以，第二步棋是趁它內訌的機會，五世喇嘛開始與更強大的準噶爾蒙古聯絡，企圖藉助準噶爾勢力牽制和碩特蒙古勢力；恰好此時準噶爾部也在進行政權交替，五世喇嘛便支持了自己的弟子噶爾丹。噶爾丹殺回準噶爾部後開始了大規模的兼併戰爭，到了康熙年間，和碩特蒙古已經無力與準噶爾部對抗，而準噶爾部的首領噶爾丹至少在名義上，卻是和五世喇嘛一條心的。
這第二步棋，實際上培養、扶持、拉攏了一個強大的準噶爾，既威懾“青海派”，也威懾了“西藏派”。
第三步棋，繼續徹底孤立近在眼前的“西藏派”。雖然達顏汗此時不管事，但說不準以後插手，況且固始汗的餘部怎麼會甘心放棄？最主要的，是“西藏派”表面上與“青海派”分家，但並不意味着徹底分裂。那個時代，蒙古各部的內訌和結盟就是家常便飯，內部矛盾在面對共同利益的時候，根本就不算矛盾。那麼，與其讓他們結盟，不如自己先拉攏一方、孤立另一方。所以，五世喇嘛極力撮合噶爾丹的女兒嫁給了“青海派”博碩克圖濟農的兒子。
這樣，格魯派遠有清政府做總後臺，中有準噶爾部做戰略威懾，近有和碩特蒙古“青海派”做基地，而達顏汗又沒有他父親固始汗的政治能力，此前掌握西藏政權的和碩特蒙古“西藏派”，已經完全被架空。
架空的標誌就是五世喇嘛掌握了第巴的任命權，而最後一任第巴桑傑嘉措又是個厲害角色，在他的領導下，格魯派全面掌握了西藏的政教大權。然而桑傑嘉措對噶爾丹的倚重與支持，卻助長了噶爾丹的野心。他以哲布尊丹巴不尊重喇嘛爲名，於1688年起兵攻打漠北的喀爾喀蒙古，此後不聽從清政府的調停，一路打到烏蘭布通，威脅到北京。
可問題是，喀爾喀蒙古早在戰爭開始就歸順了清政府，此時，噶爾丹既不尊重中央政府的調停好意，又耀武揚威地武力威脅，這還了得？深知北部邊防戰略要義的康熙皇帝，於1690年到1697年三次征討噶爾丹。雖然最終噶爾丹兵敗自殺，但實際上，也只能說清政府北部邊防、也就是漠北蒙古的喀爾喀部比較平定，準噶爾在西北的勢力仍然存在。
聯想到平定噶爾丹的前兩次戰爭，噶爾丹第一次剩了幾千人，第二次剩了幾十人，就這樣還打不死，準噶爾勢力的頑強可見一斑，康熙皇帝不可能不防着準噶爾部東山再起。況且，他們的大本營遠在伊利，絕不是平定了喀爾喀蒙古就可以一勞永逸的。
這就是康熙皇帝時刻提防的噶爾丹的侄子策妄阿拉布坦的原因。
康熙皇帝非常清楚，西北戰爭打的不是軍事，而是錢糧，這一仗再打下去，被拖垮的只能是自己。所以，平衡西藏、青海和回部的各方面勢力的利益關係，纔是他處理倉央嘉措這步棋的根本原則。
然而，這利益關係卻不是那麼好平衡的。
第一，策妄阿拉布坦的父親叫僧格，本是準噶爾部的首領，但因爲部落內訌被殺，這才使得僧格的弟弟噶爾丹趁亂起兵殺回準噶爾。按照繼承製度，噶爾丹平息部落內亂後應該擁立侄子策妄阿拉布坦，但他卻取而代之，並曾暗中迫害他。在噶爾丹被康熙皇帝打得狼狽鼠竄時，策妄阿拉布坦“積極配合”，趁噶爾丹自殺之機順利謀取了準噶爾大權。但勢力做大了之後，他也走了噶爾丹的老路，開始和清政府陽奉陰違。比較典型的例子是，他利用清政府對桑傑嘉措的不滿，一再向朝廷參奏詆譭桑傑嘉措，企圖藉助清政府的威力扳倒西藏地方貴族勢力，進而謀求自己在西藏的權力。也就是說，此時準噶爾從西藏地方勢力的戰略基地變成了反對派，並且繼續反對西藏的和碩特蒙古勢力，同時伺機反對清政府。
第二，康熙得知了五世喇嘛早已經去世的消息後，因爲欺瞞朝廷和此前爲噶爾丹開脫罪責，桑傑嘉措在西藏的地位也不穩了，雖然康熙皇帝並未處罰他，但這使和碩特蒙古“西藏派”看到了東山再起的希望。
1701年，達顏汗的繼任者、固始汗的孫子汗去世，1703年，他的兒子毒死繼任的哥哥後奪取了汗位，這就是野蠻而且傲慢的拉藏汗。拉藏汗的野心是恢復固始汗當年的特權，因此處處與桑傑嘉措爲難，並想以此繼續打擊支持桑傑嘉措的準噶爾部勢力，免得他們染指西藏事務。但桑傑嘉措寧願依附失勢的準噶爾，也不會甘心把權力交給和碩特蒙古“西藏派”的，因此他在此前一直爲噶爾丹開脫罪名。
第三，至於和碩特部蒙古“青海派”，角色極爲尷尬：博碩克圖濟農的兒子娶了噶爾丹的女兒，受了牽連，所以不受清政府的信任和支持；噶爾丹在世時準噶爾部與“青海派”關係比較好，但此時的策妄阿拉布坦與噶爾丹早年有恩怨，所以對與噶爾丹聯姻的青海派也不支持；“青海派”本來就與“西藏派”鬧矛盾，與強硬的拉藏汗依然敵視；本來“青海派”的大後臺是桑傑嘉措爲代表的格魯派集團，也就是西藏地方貴族勢力，但這個大後臺又倒臺了。
總的來說，準噶爾與清政府、“青海派”、“西藏派”、西藏地方貴族勢力四面樹敵；“西藏派”與準噶爾、西藏地方貴族勢力、“青海派”三面爲敵；“青海派”在清政府、“西藏派”、準噶爾、西藏地方貴族勢力四個方面都撈不着便宜；而西藏地方勢力在準噶爾、“青海派”和清政府的後臺都不穩，卻要對付“西藏派”。
這就是當時西藏地方勢力、西藏蒙古勢力、青海蒙古勢力、回部蒙古勢力和清政府之間錯綜複雜的關係，可以說，它們之間純粹是貌合神離、鉤心鬥角，今天互相拆臺，明天就有可能合作。
那麼，清政府的利益關係平衡點在哪裡呢？
康熙十分清楚，噶爾丹雖然死了，但準噶爾還是靠不住的，爲了不讓準噶爾的勢力做大，就必須限制他們的發展，無論如何不能讓他們再與西藏方面結盟。西藏是兩股勢力：桑傑嘉措的西藏地方貴族勢力，和拉藏汗的“西藏派”蒙古勢力。顯然，要打擊的是依靠和支持準噶爾的桑傑嘉措，但不能徹底打倒，那反倒讓策妄阿拉布坦有機可乘，因此至少在一定時期內，康熙皇帝寬恕了桑傑嘉措此前的罪過。
但桑傑嘉措肯定還是要依附準噶爾的，別看現在策妄阿拉布坦在彈劾他，可一旦兩人有了共同利益，很快就會結盟，所以，限制準噶爾還要依靠拉藏汗勢力，於是康熙皇帝表面上採取了扶持拉藏汗的政策，還封給他一個“翊法恭順汗”。但康熙何嘗不知道拉藏汗是個貪心不足的野心家，過於支持他只會養虎爲患，在西藏弄出個“噶爾丹第二”來，而如果拉藏汗與準噶爾策妄阿拉布坦聯手，那就更無法收拾了。
這樣一來，“青海派”的存在就顯得極爲必要了，因爲它恰好在拉藏汗的“西藏派”和策妄阿拉布坦的準噶爾勢力中間，更重要的是它也恰好離清政府的西寧大軍最近，而它此時連個靠山都沒有，對清政府誠惶誠恐，是個比較容易利用的勢力。更主要的，是絕對不能讓它和準噶爾聯手，否則西寧大軍都可能保不住。
這樣，“青海派”的利益砝碼就形成了：它既能牽扯住拉藏汗，不讓他在西藏做大做強，又能阻止準噶爾覬覦西藏，日後如果再對西北用兵，清政府也不怕準噶爾往西藏逃竄；同時，“青海派”失去了桑傑嘉措和準噶爾的支持，只好依附於清政府，清政府一方面打壓桑傑嘉措，給“青海派”演場殺雞儆猴的戲，另一方面也得適當地支持一下他們，免得拉藏汗輕易吞併他們或者兩派聯手。
這樣的政治戰略論斷實際上並不是康熙皇帝第一個做出的，早在1654年固始汗去世後，五世喇嘛便籌劃擺脫和碩特蒙古對西藏的統治，當時他就說，“彼處（青海）是漢、藏、蒙三者會集的要衝之地……戴黃帽的教派（指格魯派）之所以能同北方的施主們接近，關鍵在於青海地方的安寧。”正是在這一戰略思想下，五世喇嘛才趁和碩特蒙古內訌之機，積極插手青海事務，直接培養出了“青海派”來。