等到小龍女將食物拿過來的時候，楊過已經將療傷篇經文悉數背熟了，細細思索，覺得已經將大部分的弄清楚了。見小龍女進來，連忙起身拿過食物，不顧形象的狼吞虎嚥起來，惹得小龍女癡癡笑着。楊過見她沒有要吃飯的意思，問道：“你怎麼不吃？你要減肥？”小龍女不知道什麼是減肥，但也沒問，只說：“我喝這個便好。”說罷拿起一小瓶玉蜂漿，一口喝完，就算吃過煩了。楊過心道：“要是讀書的時候吃飯能這麼快就好了，那樣的話該能省多少時間啊。”
楊過見識到驚人的吃飯速度，可自己還沒吃飽呢，遂對小龍女說道：“你先將療傷篇背熟，等下我們一起研讀。”小龍女微微頷首，便擡頭背那九陰真經去了。
等楊過吃完，小龍女也看完了，兩人便先坐在一起討論。突然小龍女支支唔唔說道：“這麼久了，我還不知道你名字呢。”楊過呵呵一笑，說道：“我名叫楊過，字改之，住在桃花島。”小龍女“哦”了一聲表示知道後便不再答話，只低頭思索經書中的內容。
楊過有了九陽真經的基礎，此刻研讀起來事半功倍，稍有不解之處與小龍女商討一會便得有了眉目，因此只消一日便將療傷篇研讀通透。這療傷篇對內功沒有要求，只要根據它所記載的真氣運行路線周而復始地運行，這樣就能起到打通經脈、治癒內傷的作用。九陽真氣本就有護體之功，加之楊過內功深厚，如此只消了三日，兩人便將身上內傷治癒。
等運氣結束，小龍女歡喜道：“好了！我覺得內功還精進不少呢！謝謝啦。”楊過摸摸腦袋笑道：“沒什麼，大家互相幫助嘛，只是你今天彷彿不太一樣啊。”小龍女疑道：“有什麼不一樣？”楊過想了片刻，說道：“以前你冷冰冰的，今日彷彿有些不同。”人最難認清的便是自己了，小龍女也不知道以前的自己性情如何，說道：“以前我冷冰冰麼？我不覺得。”楊過思索半天也沒有頭緒，索性放下不想，小龍女平易近人一些豈不更好？
其實這其中的原因是多方面的，首先小龍女的師傅爲了讓她不出古墓，便騙她說本門內功需七情六慾全戒才行，否則對身體有損。其次小龍女破了以前發的毒誓，加上內傷痊癒、內功精進，心情當然愉悅。最後就是由於九陽真氣至剛至陽，使人有一種美好的感覺，讓人忘記煩惱。當日覺遠大師見楊過初生便眉頭緊鎖，正是擔心他以後鬱氣糾結，對心脈有損，便將《楞伽經》贈於他，讓他好好修煉，莫走入極端。正是這三個原因讓小龍女恢復了一些正常人的天性而已。
小龍女見楊過不說話，遂問道：“我們是不是就要出去了？”楊過笑道：“你願意放棄這石室中的武功麼？何況外面人很多武藝高強，若不小心與他們爲敵，武功高一些，便多一些活命機會。”小龍女聽他這樣說，便說道：“那好吧，我們便住下來罷。”
於是兩人在密室中修煉九陰真經，其實也只是小龍女修煉多一些，楊過因爲身上九陽神功已經大成，而兩者的內功暫時不能很好地結合在一起，便只鑽研其中的一些具體功法，比如解穴大發、移魂等。雖然沒研習九陰真經內功，但其中所提到的一些武學道理對他的九陽神功多有補助，起碼在內功的控制上又精進了一層。
楊過心想：“九陰真經中有一功法可以使人憑空橫掠，若當初我就會這種輕功，那孫婆婆也就不會爲我而死了。”存了這樣的心思，當即將那部分的口訣拿來研讀。讀過之後才明白，這對於一個工科生來說也不難。其實那就像足球中的香蕉球一樣，在空中身體旋轉，然後真氣外放，且使前後的真氣的力道不同，則身體兩側的空氣壓強不一樣，這樣藉助空氣之力就能使方向發生偏轉了，整個一伯努利方程嘛。
明白了這個道理後，楊過滿房間亂轉。小龍女見他這功夫實在奇特，問道：“你這是什麼功夫？”楊過道：“這是九陰真經的功夫啊，來，我教你。”說罷給她解釋一番，小龍女也樂得學習。
這樣兩個月後，有了楊過的指導，小龍女已將石室中所提到的九陰真經中的功夫悉數學會，只是靈活運用方面卻要等與人交手方能體會。楊過見她學會了，遂開口問道：“龍姑娘，那個，能教我你古墓輕功麼？我，我輕功一直太差了。”怕她不答應，忙接着道：“我可以教你古墓玉女素心劍法的正確用法。”小龍女平素也與孫婆婆兩人合練這劍法，只是老是覺得不對，劍中的威力發揮不出來，而且小龍女得楊過這麼多幫助，教他本門輕功也並非不可，因此點頭答應了。
見她答應，楊過高興道：“玉女素心劍法雙劍合併，但要一人使全真，一人使古墓劍法纔可。”小龍女爲難道：“全真劍法我也知道招式，只是那心法卻不知，師傅也不讓我們去偷，所以知道這個也沒法練。”楊過道：“這有何難？我知道心法的。”遂將他所知道的心法寫出，交給小龍女。
這樣，楊過在古墓中苦練輕功，而小龍女則根據楊過給的心法練玉女素心劍法。楊過本就是武學奇才，不久就將輕功練習得爐火純青，就算是小龍女也略有不及，這卻是內功比不上楊過的緣故了。楊過沒事的時候也配合小龍女練玉女素心劍法，這樣月餘，終於將此劍法練成。小龍女興奮之情溢於言表，畢竟連師傅都沒練成的劍法而在自己手中卻練成了。
在古墓三個多月的時間中，楊過憑藉現代人的優勢，燒菜啊、講笑話啊等等逗着小龍女，加上小龍女心結已除，因此兩人相處得還算融洽，而小龍女對楊過也沒那麼冷冰冰了。（各位看官，一個現代人憑三月之功應該可以博得一個什麼都不懂、潔白得如同白紙一般的女子的好感吧？這小客應該沒有瞎扯，呵呵。）
見武功初成，楊過提議出古墓見識一下，小龍女欣然同意，於是二人泅過水潭，三個月的暗無天日的日子終於過去了。