三桂在臨行前一晚，又將多爾袞約到酒樓，對今後的行動向多爾袞作了部署，並特別告誡他一切小心爲上，時機未成熟前千萬不可再與皇太極作對，只能百般討好於他，等待時機。多爾袞也不是笨人，知道此時自己手上實力不是皇太極對手，又有三桂制衡自己，只能忍辱負重。
三桂等人回到錦州距他們出發已有月餘時間，此時的錦州城在趙率教的建設下已初具規模。
關寧錦防線，分南北兩段，即關寧防線和寧綿防線。關寧防線由袁崇煥親自監工，先後修建榆關、前屯、中後、中右四城。寧錦防線，因在寧遠之戰前，或被後撤的明遼軍所自毀，或被敗退的後金軍所焚燬，只見頹垣剩棟，白骨累累。趙率教至錦州後馬上率軍民開始整修城池，要在這關外遼西走廊上，形成縱深400裡，以寧遠爲中堅，榆關爲後盾，錦州爲前鋒，其間中前、前屯、中後、中右、中左、右屯、大淩河、小淩河諸城串連的軍事防禦體系，遏制後金軍南進，保衛遼西，駐防寧遠，御守關門，以固京師。
袁崇煥又將年邁母親和妻子從南國接到危地寧遠，趙率教也把自己的妻兒遷來居住。他們誓言：“土地破，則家與之俱亡！”其他衆將責受命戰則一城援一城，守則一節頂一節，信守不渝，死生與共。
同時爲加強戰力，袁崇煥幾次上書言道：“南兵脆弱，西兵善逃，遠求難致之兵，當以遼人守遼土。”並奏請以新募遼兵取代部分調兵，養遼人守遼地。經朝廷批准，裁汰調募冗兵4000餘員，以遼民精壯者補充。原本各地調軍官疲兵猾，困擾遼軍多年，朝廷內外，未得良策。袁崇煥上述辦法，終破舊弊。
袁崇煥又將關上與關外、南兵與北兵、招募與家丁等混亂編制，覈實爲92231員名，分戰兵與守兵——戰兵爲機動作戰部隊，分爲步營、騎營、鋒營、勁營、水營，含步兵、騎兵、車兵、水兵等兵種；守兵爲戍城守堡部隊，按其所戍城堡大小，分爲屯守、馬援、臺烽等不同編制；另有鎮軍、驛騾、撥馬，以警衛、驛傳和哨探。同時奏請添置火炮，整修器械，查盔甲，點守具，使遼軍武器裝備，得到極大改善。
爲解決糧餉問題，袁崇煥籌措糧餉，安置流民，以遼土養遼人，以遼人守遼土，在遼東之地大力開展屯田。並將屯田、御守、爭戰相結合，使民安、兵強、鎮富相聯繫，從而促進了關寧錦防線的重建及其強固。
又加強與蒙古諸部聯繫，對察哈爾林丹汗與哈喇慎36家，賞酒食，頒額賞，進行籠絡，聯手蒙古，對受後金攻逼紛投明邊的漠南蒙古內喀爾喀部民，給以安置。他利用矛盾，後金滅葉赫，葉赫貝勒金臺石的孫女是林丹汗的蘇泰汗後，以此聯蒙抗金。
袁崇煥重建關寧錦防線，以精明之指揮，堅固之城池，勇勁之軍旅，有效之屯田，守爲正著、戰爲奇著、款爲旁著之戰略，憑城用炮、以炮護城之戰術——關寧錦防線在寧錦激戰中，成爲堅不可摧的長城。
寧遠鏖戰結束之日，便是寧錦激戰準備之始。袁崇煥在重建關寧錦防線、準備未來大戰之時，皇太極也在進行戰爭準備。因努爾哈赤突然病逝，後金內部矛盾已經達到一個頂峰，皇太極雖暫接汗位，可他卻命令不動大貝勒代善和二貝勒阿敏，至於莽古爾泰因連受三桂打擊，已不再過問政事，每日只知苦練馬上本領，只等將來與明軍再戰，贏回顏面。正白旗在武理堪的率領下已被皇太把持。
皇太極本想利用與明軍停戰階段徵撫右翼漠南蒙古和左翼朝鮮，免除後患，卻遭到三大貝勒及朝中衆臣以爲大汗報仇爲緊所反對，不過這卻只是檯面上的理由，實際上卻是代善和阿敏看蒙古和朝鮮實力較弱，怕皇太極在征伐過程中命自己分兵進攻，他卻坐享其成，自己折損了實力，卻只便宜了皇太極。
而與明軍作戰，雙方則勢均力敵，後金勢必起全國之力方能與之匹敵，他皇太極也必須親自披掛上陣，此戰若是勝了固然欣喜，皇太極與明軍也必將兩傷，自己在朝中說話的聲音也可以大上許多。就是敗了也無所謂，只要自己看形勢不妙保存實力，這後金大汗最後是誰還說不準，最好是皇太極也像努爾哈赤一般戰死殺場，纔是最爲理想。
所以，後金與明朝的戰爭，箭在弦上，一觸即發。
而在此時三桂也在積極備戰，雖然他知道這寧錦一戰將是明軍再次大勝後金，可他也不敢大意，雖說是勝了，可戰爭瞬息萬變，就是最後取得了勝利，若是自己或是父親、舅父在戰場上不幸陣亡對自己來說卻也是敗了。
三桂回到錦州，因已是遊擊將軍，祖大壽和吳襄商量之下將手下精銳士卒共抽調一千，歸三桂統領，這些士卒都是祖、吳兩家的子弟兵，不但武藝精堪，而且個個忠心，算是吳三桂最初班底。
三桂又對原來的旋風狼騎及少年猛虎作了調整，成立了猛虎一團和惡狼一團，其中猛虎一團人員暫爲一千人，將莊中所有年紀超過八歲但未滿十四歲的的孩童收入到這猛虎一團中，又從中選出最優秀的百人組成少年猛虎。至於這一團則是因爲以後勢力不斷擴大，收容的孩童必然增加，到時猛虎二團、三團也將隨之產生。
至於莊中十四歲以上，未滿十八歲的則加入惡狼一團，同樣好中選優，聚集百人重新組成旋風狼騎，做爲三桂的親兵，隨待左右。