時光飛逝，轉眼就到了2220年的下半年。
新式磁能導彈已經全面裝備部隊，如火如荼的戰艦改裝計劃也進入了最後的收尾階段。
做爲全軍的主力王牌，前進艦隊第一批完成換裝改裝，在種源號還在一號實驗室進行改裝測試的時候，葉飛就開始指揮艦隊磨合新裝備，並於2220年4月末形成戰鬥力，開始執行戰備值班任務。
借改裝換裝的機會，軍方對現有的艦隊進行了全面的整合，將每支艦隊的戰艦數量由三十艘削減到十五艘，五大艦隊外加克隆人艦隊改編成十四支新艦隊。
每支艦隊的戰艦數量雖然降低了一半兒，但是磁能導彈大幅度提高了戰艦的綜合戰鬥力，由十五艘戰艦編組而成的新艦隊，戰鬥力比以往三十艘戰艦的艦隊要高出一大截。
雖然戰艦的總數沒變，可是同一個級別的職務卻因爲改編而增加了一倍，許多因爲職務不足而得不到晉升的高級軍官，因此而獲得了嶄新的將星。
前進艦隊也一分爲二，由於以往的輝煌戰績，這兩支艦隊分別獲得瞭解放軍第一艦隊和第二艦隊的番號，前者代號驚雷，後者代號疾電。
驚雷疾電兩支艦隊外加代號霹靂的第三艦隊共同組成太陽系集團軍，三支艦隊的指揮官清一色的少將，第一艦隊的指揮官由洛偉擔任，第二艦隊的指揮官由姜宇飛擔任。第三艦隊指揮官由何舟擔任。
何舟也是葉飛的老熟人了。當年葉飛在呂劍手下擔任長江號艦長的時候，何舟在同一支艦隊裡指揮潛艇。
葉飛則出任太陽系集團軍的司令官，艦隊旗艦種源號。
據說以種源號爲原型的新式戰艦已經進入了建造階段。未來將首先做爲旗艦裝備各艦隊的司令員。
改編方案一公開，就惹來了許多的非議。
番號前三的三支艦隊同時駐守太陽系，背後的意義不言自明。
很多人認爲地球座標暴露後已經變成了燙手的山芋，既然共和國已經在基地星安家，無論軍政都該以基地星爲主，地球雖然是人類的搖籃，可是該放棄的時候就該果斷放棄。
但目前生活在基地星上的人基本上者是從地球遷移出來的。無論軍政兩界還是民間輿論，不願意放棄地球的大有人在。哪怕基地星建設得再好也改變不了保守派的觀點，恐怕只有等基地星出生的第二代移民成長起來，保守的風氣纔會慢慢地轉變。
藍光星集團軍、基地星集團軍與太陽系集團軍同步組建，除了這九支艦隊固定番號之外。其餘的五支艦隊共同組成了總部直屬戰略機動集團。
所謂的戰略機動集團，就是負責中東區的集團軍，只不過直接取名中東集團軍會惹來不必要的麻煩，所以才換了個不那麼敏感的叫法。
人類在難得的平靜期中厲兵秣馬積極備戰，亞特蘭蒂斯人和商族卻一直沒有新的動靜。
葉飛不知道，在這段時間裡，亞特蘭蒂斯星國已經亂成了一團。
俗話說得好，堡壘最容易從內部攻破，亞人目前的情況非常直觀地印證了這一點。
從葉飛偷襲亞特蘭蒂斯首都星到現在已經快一年的時間了。戰鬥剛剛結束的時候，亞人還不知道究竟出了什麼事。可是救援首都星的過程中，靠近藍巨星的幾條航線連續損失了十幾艘飛船。這個異常的情況引起了亞人的高度重視，擔心是人類捲土重來，亞人馬上派出艦隊調查飛船失蹤的原因。
然而調查艦隊也失蹤了，除了一艘戰艦在失蹤前發回了“友艦信號消失”的通訊之外，再也沒有其它的線索。
十幾艘戰艦就這麼失蹤了，與遭到人類的襲擊非常相似。控制首都星的奇倫一怒之下派出由近千艘戰艦組成的強大艦隊，希望一戰消滅小動作不斷的人類艦隊。
亞特蘭蒂斯艦隊與共和國交手數次。對共和國艦隊的三板斧十分熟悉，因此在行軍的過程中不僅拉開了戰艦的間距防止偷襲。
這個陰差陽錯的因素，使亞特蘭蒂斯艦隊在遭遇超新星風暴之後，只損失了三分之二的戰艦。
損失慘重的艦隊帶回了超新星爆炸的消息，立即引爆了滿目瘡痍的首都星。
聽到這個消息的奇倫整個人都傻了，他好不容易纔控制了首都星的局勢，只等新的大執掌來拉攏他這個實權派，卻怎麼也沒想到新的大執掌還沒就職，首都星就要面臨又一次滅頂之災。
如果六大防禦基地還在，頂過超新星風暴絕對沒有問題，可現在的情況是六大防禦基地已經徹底毀掉，完全沒有修復的可能性！
首都星的六大防禦基地是集中了整個亞特蘭蒂斯海量的資源和大量的時間佈置出來的，別說奇倫沒有調動全國資源的能力，就算他掌握着國家的絕對權力，能不能趕在超新星風暴抵達前調集到足夠的資源都不好說，壓根兒就沒留出建造基地的時間。
悲催的奇倫只能無奈地宣佈放棄首都星，向全國各個星域救援，希望能趕在超新星風暴抵達之前，將首都星上所有的人員撤走。
距離遠的星域來不及趕到首都星，只有距離近的行星才能派出救援艦隊，沒過幾天，附近幾個殖民星的艦隊就趕到首都星。
然而這只是一個開始。
亞特蘭蒂斯人雖然也沒有近距離接觸過超新星爆發，可他們同樣能計算出超新星風暴的大致範圍。
除了距離藍巨星只有一光年的首都星之外，五光年之內還有另外兩顆移民星，雖然超新星風暴還需要幾年的時間才能抵達，可是這兩顆行星上居安思危的亞特蘭蒂斯人在瞭解到情況之後，馬上出現了大規模的外逃風潮。
恐慌不斷地蔓延，有錢的亞人乘坐私人飛船，沒錢的亞人瘋狂涌向航空港，飛往外域的飛船一票難求，各個移民星當局不得不派出軍隊才勉強控制住局勢。()