1946年4月23日，前蘇聯空軍總司令諾維科夫被捕，罪名是驗收了一批質量低劣的飛機，導致機毀人亡的重大事故。
同時被捕的，還有蘇聯航空工業部長沙胡林、空軍軍事委員施馬諾夫空軍上將、空軍副司令列平上將、空軍裝備採購總局局長謝列茲涅夫中將、中央委員會幹部局處長佈德尼科夫和格里高利揚等人。
諾維科夫被捕後，時任反間諜特別行動機構領導的阿巴庫莫夫上將採用刑訊逼供、誘供，使用藥物和麻醉品等手段，迫使諾維科夫等人承認所有的指控。
在嚴刑拷打之下，陷於絕望和精神崩潰的諾維科夫最終沒有經受得了這種殘酷的折磨，只好承認了所有的指控，並按照阿巴庫莫夫的提示寫了一些有損於馬林科夫和朱可夫的書面材料。
諾維科夫最終以“玩忽職守，濫用職權”的罪名被判5年監禁，被送往一處位於阿克莫林斯克（今哈薩克斯坦首都阿斯塔納）的古拉格服刑。
他的所有軍銜、榮譽、勳章等各種獎勵均被剝奪，其家人享有的所有福利（包括住房福利）都被取消，並被強制遷往阿克莫林斯克居住，所有活動都被限制，時時刻刻都受到內務部人員的監視。
本來，作爲勞改犯的諾維科夫是要在古拉格里服苦役的，但在他到達阿克莫林斯克後，時任哈薩克斯坦黨委第一書記的契爾年科在曼圖洛夫的指示下，命令古拉格指揮官給諾維科夫一家留了較爲舒適的單間，還給諾維科夫的家人安排了較好的工作。
至於諾維科夫本人，作爲古拉格囚犯的他自然也需要像其他囚犯那樣幹一些不太體面的工作，但在曼圖洛夫和契爾年科的關照下，他每天工作的時間會比別人少，從事的工作性質也比較輕鬆，每天工作完成後甚至還有時間和精力去寫回憶錄。
諾維科夫的被捕僅僅是一系列重頭戲的開始，在他寫下不利於馬林科夫和朱可夫的書面材料後，一場針對朱可夫和馬林科夫的“陰謀”從此開始。
1945年5月6日，時任蘇共中央書記處書記的馬林科夫因爲“在擔任國防委員會委員期間疏忽職守，縱容飛機粗製濫造的情況發生”而被解除了所有職務，被“發配”到烏茲別克斯坦主持一個大壩的修建工作。
他在中央書記處的所有職權都由曼圖洛夫接管，他所領導的蘇共中央人事廳也被拆分爲7個不同的部門，分別負責行政機構、輕工業、重工業、機械製造業、貿易金融、農業和交通部門的幹部編制，並統一受到蘇共中央第三書記曼圖洛夫的領導。
馬林科夫被解職後，他的政治盟友貝利亞也被調任爲蘇共中央政治局對外事務委員會委員，並會在下次蘇共中央委員會全體會議上補選爲政治局正式委員，而他作爲內務部部長的職位則由反間諜特別機構領導阿巴庫莫夫接任，從此貝利亞失去了對國家安全部門的控制權，成爲一名有名無實的政治局委員。
在這次“清算”中，以貝利亞爲首的“格魯吉亞黑幫”無疑是蘇共高層中受到最大打擊的派系，作爲“黑幫老大”的貝利亞失去了對國家安全部門和肅反部門的控制權（雖然部門裡還有不少忠於貝利亞的人），而“黑幫老二”馬林科夫更是被貶到烏茲別克修大壩。
在老大和老二都受到嚴重打擊的情況下，這個“幫派”的一些成員們已經開始尋找新的“靠山”，而以蘇共中央第二書記日丹諾夫爲首的“列寧格勒派”、以蘇共中央第三書記曼圖洛夫爲首的“西伯利亞派”，還有由莫洛托夫、伏羅希洛夫、卡岡諾維奇等人所組成的“老近衛軍”變成了這些人的投靠選擇。
毫無疑問的是，在這次“清算”中獲益最多的派系無疑就是以曼圖洛夫爲首的“西伯利亞派”，因此也是最受“叛逃者”們爭先籠絡的對象。但這些人大多數都是一些左右逢源，見風使舵的投機者，甚至還有野心家的存在。
對於曼圖洛夫來說，這些人根本就不值得信任，萬一那天曼圖洛夫也失勢了，這些投靠自己的投機者、野心家也會毫不猶疑地轉投其他陣營，甚至會把自己的弱點和污點暴露給別人，在自己的胸口上踩上一腳。
除了“格魯吉亞黑幫”以外，蘇聯元帥朱可夫也是這次清算的重點打擊對象。
蘇德戰爭期間，朱可夫作爲蘇軍總參謀長和方面軍指揮官，曾指揮了多場戰役，並且立下了赫赫戰功，成爲了萬衆矚目，舉國皆知的蘇聯英雄。
在蘇聯，反對斯大林的人大有人在，但反對朱可夫的人卻根本沒多少個。因爲朱可夫是蘇聯全國人民的民族英雄，他唯一廣爲人知的功績就是擊敗了來自東亞島國和中歐德國的侵略者，而他這人的缺點和過錯卻根本沒多少人知道，所以絕大部分人對他的印象都是正面的，對他抱有負面想法的人恐怕就只有斯大林以及他身邊一些跟他有點過節的軍人。
正因爲朱可夫名氣大，被蘇聯全國人民所尊崇，令斯大林這個最高領導感到了一絲威脅。他不能容忍蘇聯出現一個光芒比他高的人，更不允許這樣一個人擁有軍權，甚至是黨權政權。
所以，他藉着這次機會，命令阿巴庫莫夫在審訊諾維科夫的時候，順便迫使諾維科夫書寫一些對朱可夫不利的書面材料。
根據這些書面材料，“朱可夫元帥打算把所有重大戰役勝利的決定作用歸功於自己，以爲自己換取更好的名聲和更大的影響力。懷有極大野心的他，甚至還準備網羅一些失意者、被撤職的司令員，從事反對政府和最高統帥部的活動”。
斯大林從阿巴庫莫夫手中接到這些材料時，裝出一副“勃然大怒”的樣子，但實際上，他的心情一點也不差。
過了不到一個月，斯大林親自草擬了一份調查令，讓剛當上內務部長的阿巴庫莫夫帶人去朱可夫家裡和辦公室裡展開突擊調查，發現他家裡存放着不少從德國弄來的財物，當中包括一些名貴鐘錶，還有皮大衣、皮鞋等等，使斯大林找到了一個新的，能對付朱可夫的理由。
對於家裡存在德國財物的問題，朱可夫親自寫了檢討書，承認了自己當初“財迷心竅，被豐富的物質所誘惑”的錯誤，但他堅持否認自己有拉幫結派，網羅失意者，以及誇大個人功勞的表現。
斯大林當然不會“相信”朱可夫的說辭，但由於科涅夫元帥、羅科索夫斯基元帥和華西列夫斯基元帥主持正義，堅決駁斥了關於朱可夫元帥有陰謀企圖的說法，斯大林纔沒有決定逮捕朱可夫，而是把他從黨中央委員會中被開除，貶到敖德薩軍區任司令員，對朱可夫的地位造成了不小的打擊。