人皇軒轅果然如妖師鯤鵬所言那樣，在廣成子等闡教諸仙的鼓動下對九黎部落展開了圍殺，不過九黎部落提前得到了精衛與悟道的通知，早已離開了原先的居住地，讓軒轅大軍撲了個空，軒轅無奈之下也只能下令人族其他部落不要與九黎部落斷絕一切往來，這使得九黎部落逐漸脫離了人族。
軒轅統一人族之後，除了迫害九黎部落之外，其它方面做得還算可以，他的元妃螺祖十分賢惠，創造出了種桑養蠶，抽絲編絹之術，在她的輔助下軒轅漸漸取得了人族的認同。不過到了晚期，軒轅因自身殺伐過重一直沒能功德圓滿，成就人皇大道。這時他心中不由地焦急萬分，廣成子身爲人皇之師也是萬分着急，人皇一日不證道他就不能分得人皇之功德，可惜他並不知道由於自己的過錯，即使軒轅成就人皇之道他也得不到多少功德。
廣成子幾經思索之後終於想出了一個讓軒轅快速證得人皇大道之法，也就是採陰補陽雙修大法，軒轅也正苦惱自己不知何時能證得大道，在得到廣成子的雙修大法之後，廣聚天下美女，最終採百女元陰而成仙，證得人皇之道，於是後世就有了軒轅御百女而成仙之說。
軒轅功德圓滿證得人皇大道，可惜他自身殺孽過重，又採百女元陰損及自身功德，雖然有天道庇護證得大道，但他損傷功德太多，在人間的威望遠不能與天皇伏羲、地皇神農相比，在他證道之時諸聖之中也只有人教教主太上老君與闡教教主元始天尊前來觀禮，其他諸聖都覺得軒轅對自己傳道沒有太大作用，而且看他在人族的處事方式，並沒有什麼太大的作爲，所以沒有前去觀禮，鯤鵬爲人族聖師本應前往，但他幾次勸告軒轅無果，心中也是氣憤並沒有前往。伏羲與神農爲人皇自當前往觀禮，看着軒轅，神農心中十分自責，是自己沒有選好繼承人才導致了人族遭受如此巨大的損失。
如此以來軒轅證道也是三皇之中觀禮最爲簡陋的，太上老君爲人教教主，名義上人皇歸他所管轄，所以他不得不來觀禮，元始天尊則是軒轅的師祖也不得不前來觀禮。
軒轅功德圓滿天降功德，讓元始天尊與太上老君感到震驚的是，他所得之功德與天皇伏羲、地皇神農相比相差太大，也僅僅將自身修爲提升到了大羅金仙后期，而人皇之師廣成子則只得了一小縷的功德，這還是因爲他是人皇的結果，否則恐怕這些功德只能讓他有金仙后期的修爲，這樣的結果讓元始天尊與太上老君感到不可思意。
元始天尊疑惑向太上老君問道：“大師兄，爲何軒轅身爲人皇所得功德會如此之小，與伏羲、神農相比這差距也太大了些？”
太上老君沉思片刻，說道：“天意如刀，天道至公，軒轅雖爲天道所眷顧，但他在繼位之後，對人族並沒有太大的貢獻，唯一的功德也只是統一了人族，可在這個過程中他所遭成的殺孽過重，之後爲了證道又採百女元陰大傷天和，如果不是他的元妃螺祖有大功德爲他洗去了不少的殺孽，那麼以他的所作所爲恐怕也只能有金仙的修爲，你再想想天皇伏羲、地皇神農，他們二人中那一位不是爲人族發展做出了重大的貢獻，軒轅的行爲與他們相比有着天地之差。”
三皇之中以軒轅的私心最重，在功德圓滿之時將人皇之位傳給了自己的孫子顓頊，由此三皇時代結束，洪荒進入五帝的時代。
軒轅雖然功德圓滿成就人皇大道，但闡教輔助軒轅的結果卻是十分失敗，這讓洪荒所有大神通者看了笑話，闡教的臉面丟盡。
在顓頊繼位之後，元始天尊以懲罰爲名，再次讓廣成子輔助顓頊，元始天尊的此舉，再次讓闡教暗中波濤洶涌，不但是燃燈對元始天尊不滿，就連慈航道人、普賢真人、文殊廣法天尊、懼留孫他們四人也對元始天尊如此偏愛廣成子有所不滿，也正是因此在後來的封神大劫中他們四人跟隨燃燈一起叛教加入佛教。
顓頊繼位聽從廣成子的鼓惑進行了一次宗教改革，傳令人族所有部落禁制信奉巫教，所有巫師不得參拜鬼神。顓頊想通過此舉徹底禁絕巫教，強令人族聽從他的安排，可以說顓頊的性格完全與軒轅相同，都是急功盡力，不顧百姓的感受，所以在顓頊繼位後，人族好不容易穩定下來的生活又開始動盪起伏。
在軒轅在位之時被迫遷移的九黎部落，在得知顓頊這一舉動後，又開始行動起來，到處拉攏反對顓頊的部落及人員，隨着九黎部落的再次出現，人族許多部落也開始對顓頊的命令是陰奉陽違，完全不將其當回事。
顓頊的皇位不比當年軒轅，軒轅受天道所眷顧，得諸聖認可，而顓頊的繼位也只有人、闡兩教聖人認可，廣成子在得知人族的動亂之後沒有吸取上次的教訓，反而再次拿出當年的方法，以武力鎮壓人族那些不聽命令的部落，這使九黎部落迅速地壯大起來。
此時九黎部落以大巫九鳳爲首，壯大後的九黎部落兵鋒直指顓頊，此時人族之中只有廣成子一人輔助顓頊，而人族在軍自軒轅戰勝蚩尤之後便有些散漫，而九黎部落自蚩尤被封印後，一直是臥薪嚐膽苦練兵馬，可謂是兵強馬壯，雙方一交兵顓頊大軍便是一敗塗地。
五帝不比三皇，所以元始天尊並不太在意顓頊與九鳳之間的爭鬥，沒有強令門下弟子前去相助廣成子，只是讓他們隨意而爲。元始天尊之所以這麼做是想讓廣成子多鍛鍊一番，免得日後再鬧出上次那樣丟盡闡教顏面的事。
燃燈、慈航道人、文殊廣法天尊、普賢真人、懼留孫他們五人對元始天尊心存不滿自然不會前去相助廣成子，而是以閉關修煉的名義在暗中看廣成子如何出醜。十二金仙中也只有黃龍真人、太乙真人、赤精子與廣成子交好前去相助，其他人都不願意沾染因果。
僅憑他們四人卻難以奈何，有九鳳所率領的九黎大軍，於是廣成子想出了一個十分惡毒的計策，讓顓頊假意與九鳳結合，合併雙方的部落花流水，以大婚的名義來降低大巫九鳳的警惕性，好趁機殺死九鳳，九鳳一死九黎部落自然會人心大亂，顓頊再趁機率領大軍一舉殲滅九黎部落。
九鳳經上次之戰明白人族大興乃是天道大勢逆不得，在聽取顓頊的信使之後，便於九黎部落的衆巫商量，也許是大家脫離人族太久，民心思歸，所以大多數人都覺得兩下合併是一個不錯的決定，於是九鳳便同意了顓頊的提意。
得到了九鳳的回付後，廣成子等人是大爲高興，終於有機會可一舉消滅九黎部落，這可是廣成子的一塊心病，而顓頊在繼位之後也一直想完成軒轅所沒完成的任務，於是廣成子、赤精子、黃龍真人、太乙真人四人便開始佈置一切，靜等九鳳自投落網。
在三皇歸位之後，諸聖也失去了對人族觀注的興趣，也只有鯤鵬還在繼續觀注着人族的一舉一動，九鳳的反應讓鯤鵬感到十分可笑，現在他們雙方可謂是仇深似海，軒轅斬殺了大巫蚩尤從而取得人皇之位，而顓頊則是軒轅之孫，又怎麼會娶九鳳這樣一位大巫呢，何況他身邊還有廣成子這一位人皇之師，這一切明顯是一個陷井，可偏偏九鳳及九黎部落相信了顓頊的提意。
在鯤鵬的五位弟子當中要屬后羿最爲關心九黎部落，他在得知此事後，便向前往九黎部落提醒九鳳，不要被廣成子所騙。
鯤鵬見狀阻止了后羿的行動，然後說道：“后羿，此爲人族內部紛爭，無論結果如何，你都不能出手干涉，你雖然轉世爲人，但卻與妖族的因果卻沒有了結，你一旦暴露了自己的身份，那麼你將面臨當年妖族太子陸壓的追殺。無論怎麼說爲師都是妖族中人，是不能出手阻擋陸壓找你尋仇，而以你現在的修爲遇到陸壓那是有死無生，所以爲師勸你還是在這蓬萊島上靜心修煉爲好。”
后羿說道：“老師，現在人族大興，妖族都紛紛避世不出，我只能前去通知九鳳，應該不會被妖族發現吧？”
鯤鵬嘆道：“后羿，你是關心則亂，爲師曾對你說過此劫人、妖、巫三族皆在劫中，現在表面上看是妖族閉門不出，實際上妖族的內部也是浪潮洶涌，用不了多久妖族就會出世，那時洪荒將會大亂，也是你們出世賺取功德的最佳時機，現在你還是安穩地待在蓬萊島上爲妙。現在人族之中也只有廣成子、赤精子、黃龍真人與太乙真人四位金仙，以九鳳的修爲就算是被他們伏擊，也不會有生命危險。”
聽了鯤鵬這番話後，后羿也總算放在心中的不安，放棄前去九黎部落的念想，安心地在蓬萊仙島上修煉。