2月14日，跟隨入李氏朝鮮王國作戰的明南鎮撫司錦衣衛指揮使：史世用，派出的南鎮撫司錦衣衛隊偵查之後，得到情報稱；李氏朝鮮京畿右道漢城府王京內，有倭軍二十萬人，且聲言幕府關白：豐臣秀吉，欲要親自出徵李氏朝鮮王國？
爲此明東征提督：李如鬆，當即就下令諸將們，分佈在各處要害之地，扼守大同江等處，又得知幕府兵庫小允：平秀嘉，佔據了京畿右道竹山都護府龍山縣，囤積倉米數十萬石。
而這龍山縣大倉本爲李氏朝鮮王國的大倉，裡面囤積了李氏朝鮮王國數十年來的糧食。
在京畿右道漢城府被倭軍佔領後，龍山縣大倉就成爲了漢城府倭軍們的軍糧庫，後來倭軍運來的糧食都存放於此地。
明東征提督：李如鬆，得到了這一情報後，他即刻密令明遼東總鎮右副總兵：查大受，明御倭副總兵：李如梅，率領敢死隊7百名勇士，深夜奇襲龍山縣大倉。
就這樣十三座大倉，數十萬石糧食，一夜之間盡被焚燒得乾乾淨淨。
如此軍糧一失，瞬間就讓在李氏朝鮮王國半島的上倭軍們，全線進入了被動狀態，陷入到了前所未有的困境之中
倭軍不得已，於4月18日，堅持了兩個月徹底搜刮不到糧食之後，商議決定撤離京畿右道漢城府王京，退守到尚慶左道慶州府釜山浦地區。
在侵朝倭軍退出王京之後，明東征提督就遣將分扼要害，以明東寧衛右參將：李寧、明遼東總鎮左副總兵：祖承訓，據守在京畿右道開府城，明東征左副總兵：楊元，據守在平安西道平壤府，明東征右副總兵：李如柏，據守在咸鏡北道寶山縣、明遼東總鎮右副總兵：查大受，據守在黃海左道臨津江一帶，明四川副總兵：劉綎，則據守在尚慶左道慶州府釜山浦海口，至此李氏朝鮮王國的戰局略定。
不過明東征提督卻臨時做出了一個決定？
那就是宣佈停止進攻，全軍往北撤回京畿右道開城府，此消息讓李氏朝鮮各官員和將領們都大爲失望！
其中李氏朝鮮兵馬僉節制使：李薲，跪地苦勸，怎奈明東征提督卻大怒，一腳將他踢翻在地。
之後在明東征提督到了開城府時，又傳來了幕府第二軍右副將：加藤清正，欲偷襲平安西道平壤府的消息？
雖然此消息是謠傳，因爲目前幕府第二軍右副將此時已經放棄了咸鏡南、北道，正在趕往京畿右道漢城府王京的路上，哪裡有功夫偷襲平壤府啊？
但明東征提督則是擔心失去了這根本之地，便留下明海寧衛遊擊將軍：王必迪，駐守開城府，自己打算親率大軍返回平壤府，待到來年開春時再進軍。
這一下李氏朝鮮羣臣們可就是真的急了。
李氏朝鮮領議政：柳成龍，苦苦哀求並跪下來說道“朝鮮語：先王墳墓，都在王京，京畿以南遺民日望王師，吾軍將士力弱，正欲倚仗天軍，然突然撤退，豈不是前功盡棄也？”
其中李氏朝鮮左議政：尹鬥壽，則是跟在明東征提督身前身後，拉扯袖子流淚苦勸，以致有〈泣閣老〉之稱。
但明東征提督依舊一概沒有理會，還是全軍拔營開赴平壤府。
這讓李氏朝鮮軍民們失望之餘，更有人作詩暗諷明軍怯敵，寫道“朝鮮語：一自碧蹄衄，壯志乃暗消。還將羈縻計，徒使奴勢驕。漢家十萬師，不如說舌饒。回首望神都，殺氣幹雲霄。”
雖然站在李氏朝鮮人的立場，希望大明天軍能夠一鼓作氣光復王京，把幕府倭軍全部趕到海上去，但是明東征提督不肯進軍，也有他說不出的苦衷啊！
其一；是兵力不足，大明帝國入李氏朝鮮王國的大軍一共才四萬多，而倭軍僅僅在王京附近就集結了五萬人馬，在加上沿海的守軍一共有十幾萬，以倭軍的作戰能力，沒有數倍於倭軍的兵力，是根本無法取得戰場優勢的。
其二；是軍糧不足，由於此時的戰線已經從平壤府拉到了開城府，糧草籌集和運輸的負擔一下子加重，而開城府的糧草又是從忠清左右道和全羅左右道的水路運來，隨到隨盡，根本不夠用！
再則自碧蹄館戰後，明東征提督也意識到了戰爭絕不可能在短時間內結束，並多次對負責籌糧的李氏朝鮮官員大發雷霆，欲加以軍法。
然而李氏朝鮮官員們卻也只能跪在帳下，流涕而已，畢竟是真沒糧食。
其三；是內部不和，大明南軍和北軍的矛盾，從平壤府之戰中，明薊州總鎮左參將：吳惟忠，率領的薊州鎮步兵（北軍）首先攻克了北門牡丹峰。
而明京軍神機營左參將：駱尚志，則率浙江都指揮使司步兵（南軍）首先破城，就連李氏朝鮮王國的文獻上也認爲大明南軍輕勇敢戰，是破平壤府大捷的關鍵。
但是明東征提督：李如鬆，卻在給朝廷上報的文書中，把破城的首功記在了自己的嫡系明東征左副總兵：楊元、明東征右副總兵：李如柏，這兩位北軍將領的頭上，才招致了南軍將領們的不滿。
4月20日，明遼東總鎮經略：宋應昌，明東征提督：李如鬆，兩人商議之後決定再派明御倭遊擊將軍兼通事：沈惟敬，前往倭軍大本營中議和。
臨行前明遼東總鎮經略還特意交待道“此間和議，汝既專主，吾不當欺李氏朝鮮王國，也亦不敢誣朝廷，爾須率策士五人，領倭衆歸幕府，受關白降書以來，本部院得此，定會轉奏，請旨冊封關白爲郡王，使之進貢，勿令誤事。”
由此可見，明遼東總鎮經略賦予了明御倭遊擊將軍與幕府交涉的權利，一是要求倭軍從李氏朝鮮王國撤兵，二是要求幕府關白向大明帝國送來投降書。
而作爲大明帝國回報的條件，則是冊封幕府關白：豐臣秀吉，爲幕府國王，既〈大明郡王〉，同時准許幕府向大明帝國進行朝貢貿易。
恰好幕府關白也是這麼想的，他覺得既然拿不下李氏朝鮮王國，又有地方戰亂屍體沒有處理，而爆發了疫情，還與明軍們死磕也不是辦法！
只能採取休養生息之策，便也同意了雙方再次議和。
這次和談，在5月16日，有了初步的結果，由於明遼東總鎮經略與明東征提督繼續率軍南下壓境，驅除倭軍出全羅左道南原都護府、尚慶右道晉州牧，迫使倭軍主力從慶州府釜山浦移駐到了熊川縣西生浦。
爲了不被明軍追擊，倭軍方面同意釋放被俘虜的李氏朝鮮庶長子臨海大君：李珒，李氏朝鮮庶六子順和大君：李𤣰，這兩位王子和李氏朝鮮兵曹判書：黃廷彧，等人。
同時幕府關白還派遣了幕府飛驒守：小西飛（內藤如安）跟隨明御倭遊擊將軍：沈惟敬，前來大明帝國落實議和事宜。
但幕府關白開出的議和條件，卻是要大明帝國天皇帝陛下陪嫁公主殿下，入幕府成爲幕府後陽成天皇：周仁，的皇妃？
以便於恢復大明、幕府，之間的朝貢貿易關係，兩國大臣爲通好共立盟誓，在歸還佔據的李氏朝鮮王國北部四道，同時割讓李氏朝鮮王國京畿左右道南半部和全羅左右道、忠清左右道、尚慶左右道，給幕府管理。
並且還要求李氏朝鮮宣祖昭敬郡王河城大君：李昖，派遣王子以及一兩位大臣到幕府爲人質，另外李氏朝鮮重臣還要向幕府書寫不違背和約的誓詞。
沒想到此舉竟然被當朝的明兵部尚書：石星，給全盤默認答應了。
另一邊在大明帝國的西南方，一股勢力正在慢慢崛起，由於統治四川承宣布政使司播州宣慰使司7百多年的楊氏，早已是雄踞一方的霸主，而且新任的明播州宣慰使：楊應龍，此人好鬥嗜血，還動輒殺戮村民，並巧取豪奪周邊中小土司們的財物。
甚至因寵妾的誣告，又將自己的正妻：張春花，給斬殺了！讓張氏的孃家〈五司七姓〉的家族者們憤恨不已。
都以此爲由，使得五司七姓的家族們紛紛寫奏摺上報朝廷，向大明皇帝彈劾明播州宣慰使之過錯。
但都一一被朝廷給鎮壓下來了，畢竟抗倭需要軍隊，恰好明播州宣慰使又自告奮勇願親率五千播州軍赴朝討倭，以便將功贖罪，朝廷考慮到正是用人之際，播州軍又有強大的戰力，所以明神宗萬曆顯帝：朱翊鈞，才答應了他的請求。
可在得知倭軍已被先期入朝的明軍所擊潰，才讓明播州宣慰使將功贖罪的希望泡湯，而他又認爲整個四川都指揮使司的明軍弱不經戰，對此非常輕視，久欲佔據整個四川承宣布政使司準備獨霸一方。
他的居所全是雕龍飾鳳，又擅用閹宦，儼然是一個土皇帝的行爲了。
再加上朝廷又一而再，再而三的勘查，讓他終於失去了耐心，他將前來勘問的朝廷官員一律都給轟了出去，並且還抗命不出，堅決不配合調查。
於是明四川總鎮巡撫兼都察院左都御史：王繼光、明固原衛總鎮總兵：劉承嗣，分路出兵四川承宣布政使司準備強行拘捕明播州宣慰使。
但是其兵鋒剛抵達樓山關，就遭遇到了明播州宣慰使的投降？
這使得明將們猶豫不決，播州軍趁着明軍不備，暗地裡遣兵奪關衝殺明軍，導致明軍大敗死傷過半！
隨後明四川總鎮巡撫被革職查辦，朝中官員紛紛表示要嚴懲楊氏，不過眼下倭情未定，明神宗決定不再生事端。
7月初1日，明神宗下詔撤回明東征提督大軍，準備離開李氏朝鮮王國迴歸到大明帝國境內，只留下明四川總鎮副總兵：劉綎，以及明薊州總鎮左參將：吳惟忠，所統之兵合計共有；七千六百人，分守在各處要塞之地。
但由於明兵部尚書一意主議和，欲封貢幕府，故此明神宗便下令讓明御倭遊擊將軍再次赴倭軍大營內議和。