取得靈能發射器後，UED聯軍開始向泰倫帝國動手，由於時間緊急，UED必須在物理實驗室和核彈井中選擇一個摧毀，最終在UED的抉擇下，聯軍摧毀了泰倫帝國的必要設施，緊接着攻陷了泰倫帝國。就在UED聯軍要抓住蒙斯克的時候，蒙斯克的旗艦突然消失了，原來是星靈將其傳送走了。凱瑞甘爲了得到蒙斯克的靈能發射器，跟雷諾、芬尼克斯和澤拉圖組成了聯盟。蒙斯克的消失令UED聯軍十分憤怒，派出了最強大的女武神轟炸機，擊毀了異蟲的前哨戰，然後又派大部隊擊退了星靈。就在擊破雷諾指揮中心的那一刻，大批異蟲出現，而杜蘭又失去了聯繫。在杜蘭僅存的信號中，艦隊指揮官阿列克謝·斯托科夫說要去解決點私事，卻被指揮官杜加爾上將認爲是叛國行爲，於是派出杜蘭去刺殺斯托科夫。杜蘭殺死斯托科夫的前一瞬間斯托科夫說出了杜蘭是蟲族的，於是杜加爾悔不當初，帶領部隊衝出了異蟲的包圍圈，抵達了撤離點。最後，UED發現了新生的蟲族主宰，在擊潰了蟲族的主巢之後，杜加爾派出醫療兵給主宰注入了強力鎮定劑，得以困住主宰爲己所用。
主宰的死亡導致蟲羣一片混亂，凱瑞甘不得不派出部隊率先拯救一批主巢。在獲得一些兵力之後，凱瑞甘從蒙斯克那裡借來了靈能發射器，集結了塔桑尼斯星球上的異虫部隊，緊接着摧毀了射電中心，進一步得到了異蟲的控制權。在凱瑞莫安星球，凱瑞甘和芬尼克斯爲了積蓄反攻的力量，採集了大批的晶體礦，並且同化了不少人類的指揮中心。在同化大量人類指揮中心後，克哈的防線出現了裂隙，凱瑞甘撕碎了UED聯軍和UED異蟲的防線，解放了克哈，完成了與蒙斯克的交易。完成交易後的凱瑞甘立刻翻臉不認人，以迅雷不及掩耳之勢幹掉了自己曾經的盟友杜克和芬尼克斯，然後平息了UED蟲族的叛亂，幹掉了UED的科學家。爲了感染黑暗聖堂武士族長拉莎加爾，凱瑞甘帶着杜蘭來到薩古拉斯，在杜蘭的幫助下，凱瑞甘讓五個薩古拉斯的能量中樞超載，並且製造了大停電，趁機感染了拉莎加爾。以拉莎加爾爲要挾，讓澤拉圖去摧毀新生的主宰。在澤拉圖率領的黑暗聖堂武士擊殺掉主宰以後，凱瑞甘再次翻臉，摧毀了星靈的基地，抓住了拉莎加爾。澤拉圖得知拉莎加爾被感染，殺死了拉莎加爾，從此流浪於星際之間。由於凱瑞甘多次翻臉，UED聯軍、泰倫帝國、阿塔尼斯率領的部隊組成了一支由三支艦隊組成的聯軍，可惜，凱瑞甘的力量太強，消滅了三支艦隊，阿塔尼斯和蒙斯克逃跑，杜加爾飲彈自盡，UED全滅。至此，星際間的戰火告一段落。
四年後，蒙斯克釋放了重犯泰凱斯·芬利，給他裝上一個可以威脅到生命的發射器，讓他到雷諾身邊當臥底。雷諾在根據地瑪·薩拉摧毀了蒙斯克的後勤運轉中心，又趁機奪取了一個帝國挖掘站，得到了一個薩爾那加神器碎片。泰凱斯表示他有一個神秘的買家叫莫比亞斯基金會，同時提供了多個神器碎片的位置。雷諾在蒙萊斯星球取得了另一塊神器碎片，又認識了一名幽魂特工加布裡埃爾·拖什，幫拖什在紅石星收集幽金，又幫拖什在拜舍爾收集地嗪，用於培養幽魂特工。緊接着，雷諾的指揮艦收到了來自阿格瑞亞的求救信號，艾瑞爾·漢森博士和她的平民們受到異蟲的襲擊，雷諾不顧危險掩護難民撤離，到了第一個難民安置點梅因霍夫，大部分難民都被蟲羣病毒感染了，變成了異化作戰體，這種變異人懼怕梅因霍夫釋放的高強度紫外線，因此雷諾白天消滅被感染的建築，夜裡固守基地，終於拯救了難民們，將他們安置到海文。正當雷諾四處尋找薩爾那加神器碎片時，他們意外在塔桑尼斯攔截帝國火車得到了一箇舊聯邦副官。在和僱傭兵米拉·漢進行一番交易後，雷諾和米拉成功攻破了背棄僱主的僱傭兵奧爾蘭的基地，並且俘獲了奧爾蘭。奧爾蘭破解了副官，裡面儲存着蒙斯克的野心，爲了將蒙斯克的野心公佈天下，雷諾和泰凱斯搶走了帝國試驗機甲奧丁，毀掉了試驗基地，並利用奧丁機甲攻破了克哈UNN廣播室，把蒙斯克的野心傳播了出去，取得了反抗軍里程碑式的意義。正當雷諾沾沾自喜時，海文傳來了噩耗：星靈的探測器在海文偵測到了蟲羣病毒，執行官塞蘭迪斯率領星靈艦隊正在進攻海文。雷諾爲了保護海文的人類，奮然與昔日的盟友星靈開戰，擊退星靈之後，漢森博士留在了海文。擊退星靈後，澤拉圖突然出現在雷諾的船上，並給了他一塊易安記憶水晶，裡面記載了關於混合體和主宰的一些消息，得知凱瑞甘是主宰用於對抗墮落薩爾那加的武器，也目睹了世界的滅亡。此時，休伯利安號收到了納魯德博士的求救信號，刀鋒女王正在搜查他的信息中心。雷諾帶兵前去支援，燒燬了儲存薩爾那加神器位置的信息中心。刀鋒女王看破了納魯德博士的僞裝，得知他就是墮落的薩爾那加變形者杜蘭（納魯德是杜蘭英文的倒寫），所以刀鋒女王出面阻攔交易。處理掉納魯德博士的事情後，帝國殺手諾娃發來信息，稱拖什訓練的幽魂有危險。雷諾爲了防止自己後門不被捅，配合諾娃摧毀了拖什的幽魂訓練設施，然後諾娃殺死了拖什。聯繫莫比亞斯基金會以後，雷諾發現莫比亞斯基金會的老闆正是蒙斯克的兒子——瓦倫裡安·蒙斯克，經過一番交火和交流，瓦倫裡安表示薩爾那加神器可以淨化被感染的凱瑞甘，於是雷諾與瓦倫裡安聯手，得到了位於薩爾那加戰艦上的最後一塊神器碎片，緊接着前往查爾。前往查爾的路途很不順利，人類面對無窮無盡的蟲海寡不敵衆，多虧雷諾集結了一批散落的部隊，救下了墜落於蟲羣中的沃菲爾德將軍。緊接着，雷諾在與沃菲爾德將軍商議後，帶着一個小隊摧毀了位於地下的蟲道網絡，使異蟲的坑道蟲無法繼續穿行於地下。最終，雷諾在查爾上組裝好了薩爾那加神器，經過一段時間的充能後，薩爾那加神器釋放了能量新星，淨化了刀鋒女王，使其變回人類。