當襄陽、武昌等地接連失陷和左良玉部作亂的消息相繼傳來以後，崇禎皇帝決定由吳甡以輔臣的身分前往湖廣督師。他在召對廷臣的時候流着淚對吳甡說：“卿多年在匪患猖獗之地任職，有戰守韜略，可去湖廣爲朕督師。”
此前，除了崇禎初年的孫承宗和後來的楊嗣昌以外，督師大臣一般頂多掛兵部尚書銜，很少由內閣大學士直接擔任。所以這次任命閣臣督師，可以看出崇禎皇帝是相當鄭重的。
但吳甡對於這個任命卻十分不情願。他知道如今天下大勢已去，官軍很難節制，而“流寇”則根本沒有可能剿滅。既然註定了不可能成功，出去督師就等於出去送死，不是死在農民軍的手裡，就是失敗後被皇帝處死，或是像楊嗣昌那樣死得不明不白，死後還要留下一世的罵名。
但身爲大臣，吳甡又不能不爲君王效命，強不可爲而爲之。他在接受任命後提出：一要有精兵三萬由自己親自統轄；二應先沿運河南下到南京，再相機溯江而上，進可討賊，退可保衛南都及江南富饒之區。
應該說，吳甡提出這兩點要求並不過分。畢竟當時清軍還在徐州、大運河地區作戰呢，吳甡南下時很可能遇上北返的清軍大軍。
可是在崇禎皇帝看來，這卻是吳甡有意避重就輕，推諉遷延的藉口。他在同閣臣們面議此事的時候很不高興地說：“京畿正在對韃虜用兵，三萬精兵哪能倉促間集中起來？何況南京遠在下游，何至於現在就去退守？”
可吳甡卻回答說：“左良玉驕橫跋扈，當年楊嗣昌督師，連下十道號令，他一兵不發。更有吳世恭臥虎在側。臣才能不如楊嗣昌。而左良玉目前勢力又大於當年。臣手中無兵，不能節制，只會損害朝廷威嚴。由襄陽順流而下，極易攻至南京，因而應該兼顧，並非退守。”
而崇禎皇帝對吳甡所說也無法駁斥，只得先讓兵部速議發兵，但心中卻對這個吳甡極爲不滿。國事危急，竟然連大臣也不用命了，這讓他心裡一陣陣地怒火中燒。
不過說到這裡。就可以看出一點奧妙，崇禎皇帝和朝廷其實已經把侯恂完全給拋棄了。至於爲什麼不撤了侯恂的官職，只是朝廷妄想以他來節制住吳世恭和左良玉罷了。
還好在此時，另一位輔臣表現出了“良好的素質”，這讓崇禎皇帝的心情纔好轉了一點。
那就是首席大學士周延儒。按照清軍入關的習慣。只要等到四月初，清軍在飽掠結束以後。就會回師關外。而在回師途中。清軍將會再一次路經京師附近。儘管崇禎皇帝和朝臣都知道清兵這次抵近京城大概只是過路，卻還是不免緊張起來。
而一向精明的周延儒深知清兵將會帶着大批俘獲的人口輜重，肯定無心再戰，主持這次京師防衛的軍務決不會吃什麼大虧，而且只要把清兵安安穩穩地送出長城以外，就可收到驅除敵寇。捍衛朝廷的大功。
周延儒同樣深知，皇帝正爲吳甡受命後拖拖拉拉不肯離京而惱怒，很需要在輔臣中有一個勇於任事的榜樣。爲此，他在四月初四日自請出京督師禦敵。而在明代歷史上。還從來沒有過首輔親自統兵作戰的先例。
於是崇禎皇帝對於周延儒這一別出心裁的申請果然非常滿意，非常高興，覺得畢竟是自己最信任的股肱大臣，在危機時刻能爲自己分憂解難，所以立即就批准了周延儒的請求。
而周延儒這一次出兵真是雷厲風行，在皇帝批准的第二天，他根本不再進行任何準備，就帶着少量京營官兵出了城。
這時候京畿地區仍然有三四個總督、五六個巡撫、七八個總兵，大帥如雲，兵力也有十多萬人。但各路統帥都抱定了不與敵人接觸的方針，只是從旁觀望或徐徐尾隨，因而根本無仗可打。
周延儒明知這些情況，卻也打定了多一事不如少一事的主意，以爲清軍反正早晚要出邊回國，因而每天只是同幕僚們飲酒歡會，並不把軍事形勢放在心上。他的如意算盤果然打得“砰砰”響，就等着清軍急於回家，不想再打硬仗，會直奔京師以東的長城而去，然後再悠然揚長而去。
周延儒對於官場上和戰場上的訣竅倒都非常熟悉，他就把各路官軍抓獲的散兵遊勇和一些無辜的流民斬首充數，向皇帝報捷說與敵人交戰斬獲百餘人，現已將敵軍驅逐出邊外。於是大獲全勝云云。把崇禎皇帝完全當成了傻子一般在耍。
而崇禎皇帝對於首輔督師旗開得勝真的很高興，因爲這些年來勝利的捷報畢竟是太少了。他一次又一次地對周延儒予以嘉獎，特賜金幣，並且還想等他班師回朝之後，再晉升他爲中極殿大學士、太師。而在這樣的對比之下，崇禎皇帝就對吳甡更加深了痛恨，不久就降旨切責吳甡遷延逗留，令他停止入直內閣。吳甡只得上疏謝罪，並且請求辭去職務。這個請求立即得到批准。
可是紙根本包不住火，周延儒也根本掩蓋不了真想。因爲最關鍵的一點就是：現在的清軍根本沒有北返，他們還在徐州——菏澤地區，與汝寧軍激戰不休呢。
於是就有言官彈劾周延儒“狡詐欺君，喪師辱國”。而崇禎皇帝一開始還不大相信，但後來錦衣衛的密探又把在周延儒軍中打探到的情況密報上來，無非說他怎樣悠遊京郊，不理軍務；怎樣殺良冒功，怯懦不戰。
崇禎皇帝這才大怒，甚至悲從中來，感到自首輔以下的文武大臣全都這樣矇混欺騙，全都對天下大壞的形勢如此不負責任，要挽狂瀾於既倒真是毫無希望可言。
多年以來，崇禎皇帝一直認爲是朝臣們的結黨營私和敷衍塞責壞了國家的大事，此時的這兩位輔臣督師的種種表現，更證明了朝臣們的狡黠無能與可恥可恨。
而在此時，清軍還未出關，順軍又在西北狂飆，崇禎皇帝準備等到戰事告一段落以後再秋後算賬。可是他根本沒想到，他再也沒等到秋後算賬的這一天了。