崇禎十四年八月底，劉鈞進宮面聖，向天子稟報了京畿兵馬的嚴重問題。朱慈烺聽說禁衛大營三鎮九萬兵額，結果僅有不到三萬人馬時，大爲吃驚。他雖年輕，可也知道這個問題的嚴重性。
隨即，朱慈烺派人召周延儒、吳甡、劉宗周三顧命大臣，又召兵部尚陳新甲以及幾位侍郎入宮。
幾人匆匆奉召入宮，見到劉鈞坐在上書房裡陪着皇帝下棋，都暗爲驚訝。等皇帝把王德化的那份名冊帳本擺在幾人面前時，他們更驚訝了。
不過這些都沒有裡面的內容讓他們更驚訝。
“陛下，切不可聽信片面之辭啊。”陳新甲現在已經沒有回頭路可走了，只能硬撐着。
朱慈烺見陳新甲到了此時還嘴硬，心裡十分惱怒。“召王德化前來。”
此言一出，連周延儒等人都大爲震驚，誰都沒想到禁衛大營內臣提督王德化居然出首了。
周延儒腦子迅速的轉動着，陳新甲看來完了，現在要考慮的是如何棄卒保車，禁衛營拿下幾個都無所謂，最關鍵的還是不能讓劉鈞藉機深入查下去。周延儒很擔心劉鈞會藉此，進一步插手到京營裡去。
“陛下，此事是臣等失查，請陛下將此事交於總理處徹查。”
本來崇禎立了顧命大臣，那麼皇帝年幼，未親政前，軍國大事都歸總理處的。可說是那樣說，但朱慈烺畢竟是皇帝，這大明朝都是他的家天下。他要插手，周延儒這個大管家還能說什麼？
王德化入內，拜見皇帝。
“王德化，你跟諸位大人們說說，京營的真實情況，還有徐永禎他們那些人的打算。”
王德化應聲稱是，然後就把京營裡吃空餉剋扣軍餉，佔役買閒等等種種弊處。都一一道明。又特別指出，禁衛大營三鎮額兵九萬，但實際卻不足三萬，還有不少老弱佔名者。更嚴重的是。他們爲了應對此次的點驗，還準備串通其它兩大營六鎮，借兵來假冒頂替點驗，矇混過關。
“陛下，這是欺君之罪！”劉鈞先扔出一頂大帽子。
劉宗周也適時的站了出來。“陛下，臣請求徹查！”
周延儒眉頭緊皺，他現在對劉宗周是越來越不滿了，掌控着都察院，有監督彈劾大權，可卻態度觀測。劉鈞入總理處後，劉宗周對他是相當支持。
“陛下，我們一定立即徹查。”
劉鈞冷笑一聲，“周閣老，你打算如何徹查？三大營九鎮從上到下都還是原來京營的那套。爛到根了。就這樣的兵，還指望他們守衛京畿，護衛陛下？”說着他轉頭面向皇帝，“陛下，臣以爲，那些京軍連他們自己都護衛不了。爲了陛下的安全，當立即整頓京軍。”
“郡王，事涉京營，莫操之過急，萬一引起變亂就不好了。”周延儒說這話的時候。已經帶着幾分暗暗的威脅之意了。
“閣老說的也有道理，這些驕兵，真要逼急了，他們很可能就要亂來了。”說着。劉鈞話鋒突然一轉。
“陛下，臣以爲，當立即重建侍衛親軍，以守護紫禁城和皇城。從今天起，禁衛大營只負責京師內外城的守衛。”
小皇帝看了劉鈞一眼，“那些京軍還可信嗎？”
“陛下。城外盧溝橋和西山還駐着三萬北洋精銳。陛下何不從中選拔忠勇精銳，再以勳臣勇武子弟，組建新的侍衛親軍呢？”說話的是王德化，他好不容易見了聖，當然要儘量表現，以期能重返宮中。
在明開國之初，曾經建立了親軍上十二衛，負責護駕左右，護衛宮禁，是直屬皇帝的侍衛禁軍，這些親衛直屬皇帝，不歸屬兵部、五府。
在永樂朝時，又增設了十衛，宣德朝又增設四衛，最後合稱二十六衛。
這軍親軍設立的目的，就是建立一直由皇帝本人親自掌握的禁衛軍，可隨着皇帝的權力逐漸被文官，尤其是被內閣所侵奪後，親軍二十六衛，除了一個錦衣衛之外，都逐漸被兵部所控制。
當初整合京營，設立九鎮的時候，就是把京軍三大營和侍衛親軍都給整合到了一起，現在的第一鎮，就包含着原來的侍衛親軍。
不過京軍都早腐化了，侍衛親軍也好不到哪去。
而現在，王德化提議從城外的北洋鎮兵中抽調精銳，重新組建一支直屬皇帝的侍衛親軍，這個提議，還真讓朱慈烺很動心。
他從小懂事起，就經常聽到父親崇禎爲軍事所困。因此現在他對於軍事很感興趣，對於有一支直屬自己的親軍的提議更爲心動。
他望向劉鈞，“皇兄，你以爲如何。”
“北洋鎮兵能被選入侍衛親軍，那是他們的榮耀。而且從陛下的安全來看，建立一支侍衛親軍，獨立於京營，確實很有必要。如此，宮城皇城有侍衛親軍，內外城另有京營守衛，相互制約監督，方是正道。”劉鈞對於這個提議自然是同意的，王德化這個提議，其實就是他所授意。
表面上看來，建立一支新的侍衛親軍，不歸屬京畿三大營，也不歸屬兵部五府，看起來劉鈞這個直隸總督削了權，實際上如果從北洋鎮中選侍衛親軍，他的實際控制力還增強了。
況且，宮城和皇城的守衛權，劉鈞也不怎麼在乎。當他連京軍都還沒控制的時候，沒必要急着去爭宮城和皇城的控制權。現在適當的放下權，正好避免大家都盯着他。
王德化提議，皇帝首肯，然後劉鈞支持，事情差不多就定了。
周延儒也表態支持，他覺得此時同意另建侍衛親軍，那麼一來可以削弱劉鈞一些權力，畢竟劉鈞這個直隸總督原本是統領所有京畿兵馬，現在分出一支來，當然更好。而且，這個時候同意建立侍衛親軍，也能讓皇帝的注意力從京營腐化中轉移出來，他也能免些責任。
吳甡和劉宗周也同意。
陳新甲倒是不想同意，兵部這些年權利越來越大。不但把五軍都督府的權利都侵奪了，連侍衛親軍也都納入了麾下，除了一個錦衣衛他們管不着，其它二十五衛親軍。實際上早已經跟普通京軍沒區別了。
甚至在整理京營，建立九營後，整個京畿內外兵馬，也都歸入兵部之下。
現在要建一支獨立於兵部和五軍府之外，直屬皇帝管轄的侍衛親軍他當然不願意。可這個時候他哪敢反對。自己頭上還頂着一盆子屎呢。
原來侍衛親軍分爲兩大部份，一部份是護駕侍衛親軍，一部份是守衛侍衛親軍。劉鈞提議，侍衛親軍分爲三部份，皇城守衛侍衛親軍，宮城守衛侍衛親軍，以及護駕侍衛親軍，並另建一支負責執掌御駕所用儀仗金鼓旗幟的侍衛親軍儀仗隊。
皇城守衛親軍、宮城守衛親軍、護駕侍衛親軍，再加上一個皇家儀仗隊。不設親軍都指揮使，而是三部侍衛親軍各設一個統領。都直接隸屬皇帝直接指揮。
皇城守衛親軍負責守備皇城，同時兼負防盜防火防止賊寇入侵。宮城侍衛親軍則守衛紫禁宮城，負責巡查宮城、守禦宮門、雜役等職守，守衛宮禁的絕對安寧。
護駕親軍則負責隨駕左右護衛，保護皇帝安全。
至於數量，則每部親軍三千人，儀仗隊一千，總計一萬人馬。
“皇兄，這一萬侍衛親軍朕可以親自挑選嗎？”朱慈烺問。
“當然可以，陛下。能被陛下親自挑選加入侍衛親軍，那是他們的榮耀。”
“我要從京郊外的北洋兵馬中挑選。”朱慈烺興奮的道。
這時周延儒突然上奏，請求把守衛內城外的京軍，也從直隸總督下分離出來。獨成一軍。他的理由是直隸總督統領的兵馬過多，不利於相互監督。
說完，周延儒有些得意的望向劉鈞。
“陛下，臣同意周閣老提議。可以將禁衛大營三鎮兵馬整合，裁去老弱，清理空額佔名。然後增添部份精銳，補充器械，獨成一軍。臣以爲，此部可定名爲禁衛軍，其統領長官可稱爲提督，全稱提督京師內城九門兼巡防外城七門禁衛兵馬。”
“其職責爲掌京師內內外守衛、稽查、門禁、巡夜、禁令、保甲、緝捕等。”
聽到劉鈞居然如此痛快的把京城守衛交給了這個禁衛軍，周延儒有些意外。
不過如此一來，京畿九鎮，以後可就剩下六鎮了。
侍衛親軍把守宮城皇城和護駕左右，禁衛軍負責防守京師內外城，都不再隸屬直隸總督統領，侍衛親軍直屬皇帝指揮，而禁衛軍歸屬兵部。
不過讓周延儒沒想到的是，劉鈞今天似乎有些發瘋。
把京師的防禦兵馬都劃了出去後，劉鈞再次向皇帝奏請，見於京軍空額嚴重，因此重新整編清理警備和衛戍兩大營，警備大營昌平、通州、密雲三鎮，由鎮改爲師，每師壓縮整編爲三協一萬五千人，衛戍大營山海、天津、保定三鎮，同樣由鎮改師，各轄一萬五千人。”
就連禁衛軍，也只剩下一鎮規模，三萬編額。
如此一來，整個京畿，侍衛三軍一萬人，禁衛軍三萬人，警備營改稱警備軍，四萬五千人，衛戍營改稱衛戍軍，一樣只保留三師編制四萬五千人。
整個京畿地區的兵馬，加起來只剩下十三萬人，還分成三大塊。
直屬皇帝的侍衛親軍一萬人，直屬兵部的禁衛軍三萬人，隸屬直隸總督的警備軍和衛戍軍加起來六萬人。
原來是二十七萬京畿兵馬，整編過後，將只剩下十三萬人，而且這還是要包括劉鈞的三萬北洋兵。這相當於，原來的二十七萬京畿九鎮兵馬，最後只能保留十萬人。
而且還得是擇優錄用，如果條件不合適的則一律裁撤淘汰，招募新軍。
連陳新甲都爲劉鈞的這個計劃而震驚了，別的將領都怕自己的兵少，從不會嫌兵多。唯有劉鈞，手下原本有九鎮二十七萬兵，加上三萬北洋兵，他都有三十萬人馬。可他偏偏要來這麼一錘子，結果三十萬只剩下十三萬。
在衆人驚歎之時，劉宗周第一個站了出來，再一次第一個支持劉鈞。
對於這個倔老頭來說，他對人不對事，劉鈞的這計劃，他覺得對大明朝廷有好處，自然就全力支持。
這個計劃通過，那麼朝廷的糧餉支出要減少許多，兵也足編足數了。尤其是京畿兵馬分成這三大部份後，再不用擔心劉鈞這樣的重臣控制京畿兵馬了。
遼東王是個實在人啊，劉宗周心裡感嘆着道。
而劉鈞也再次表態，只要京畿兵馬按此方案整頓過後，他願意負責籌措這十三萬人的軍餉，以及負責這十三萬人的裝備更換。
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當天，再次整編京軍的命令就已經通過了兵部、內閣和總理處、司禮監和司通政、六科整套流程，最後成爲一道正式有效的命令，下達到了京畿三大營九鎮軍營。
這個命令一下，無數官員被免職、調職、降職。六位內外提督、六位巡撫、六位巡按，全都接到了調職令。
現在整個京軍系統，只保留一位直隸總督，一位九門提督，以及三位副將銜親軍統領。另外警備、衛戍兩軍設兩個總兵。
原來七位巡撫，現在除了劉鈞兼任的順天巡撫，其餘六巡撫全都撤消，相應的六位巡按也都撤消了。
現在直隸做爲一個省，只設一位總督兼巡撫，另設一位巡按，其餘的各巡撫和巡按全都撤除，減少了事權重疊。
警備和衛戍兩鎮總兵，有內臣監軍和文臣監軍取代原來巡撫和巡按對總兵的監督，但又突出了軍官們的指揮權。
也是在這次的會議上，正式確立了總督和巡撫做爲地方正式官員，而不再只是臨時派遣官員。總督從一品，巡撫正二品。
各承宣布政使司，則正式更名爲省。
每省設一巡撫，而一省或數省設一總督，如重要的直隸省雖只一省單設總督，但由總督兼巡撫，不再另設巡撫。
南直隸也正式設省，一分爲二，長江以北設江北省，長江以南設江南省，江南江北二省與江西省三省設三江總督，三省各設一巡撫。
大明全國正式劃分爲二十一省，直隸、山西、河南、山東、遼東、遼西、陝西、甘肅、四川、湖南、湖北、江西、江北、江南、浙江、福建、臺灣、廣東、廣西、雲南、貴州。
在原來兩京十三省的基礎上，從湖廣省分出湖北省，福建省分出臺灣省，陝西省分出了甘肅省，又把兩京設立直隸、江北、江南三省，加上從山東省分出的關外遼東和遼西二省，使得大明的省達到了二十一個。
直隸總督、山東總督、遼西總督、遼東總督、陝甘總督、山西總督、三江總督，川湖總督、雲貴總督、河南總督、東南總督、兩廣總督，二十一省分爲十二總督。
十二總督下，二十一省每省只各設一巡撫、巡按，原來一省之內設立的多位巡撫、巡按，都只保留一位。。