馬士英花了兩天的時間才控制了南京全城，期間，盧九德的京營對一切事情都保持了觀望的態度，這也幫助了馬士英等人得以順利的剷除少部分忠於義興皇帝的朝臣和部隊。
福王朱由崧踏着滿地的鮮血，終於走進了南京皇城，按照馬士英等人的想法，在這裡，他將成爲新一任大明的君王。
新的年號也已經確定，在爲義興皇帝舉辦過盛大的安葬儀式之後，明年，將是嶄新的弘光元年。
對於義興皇帝的死，諸多朝臣倒是沒有過多的探究。其實，每個人都明白這背後的博弈，對於大明的朝臣來說，義興皇帝和崇禎皇帝都並不是他們心中完美的皇帝形象。
“天子與士大夫共治天下！”但對於士大夫來說，這天下，有他們便足夠了。
士大夫心中所謂的義興“專斷時代”匆匆結束，從頭到尾不過一年的時間，這讓滿朝的大臣，尤其是東林黨人興奮莫名，在他們看來，馬士英等人不過是些弒君的叛臣，自古以來邪不壓正，他們遲早會被東林正義的力量清除出朝堂。
而即將上位的朱由崧，由於得位不正，也無法對朝政產生什麼巨大的影響，所以說，將來的大明朝堂，將會是東林的天下，清風正氣，將會充盈整個大明中樞。
馬士英則對這一切冷眼旁觀，宦海浮沉二十餘載，對於朝臣們的黨政他早已看穿。所謂的東林除了少部分幹臣之外，其餘的大部分都不過是趨炎附勢之徒。藉助於東林的名望和影響，滿足自己的個人目的。現在的朝堂。手中有兵權纔是最重要的，劉良佐兩萬人馬，兵不血刃，便能輕易的攻克南京就充分的說明了這一點。
但出乎意料的是，剛剛安穩下來沒幾天，二月初五的時候，南京城中便出現了混亂的情況。劉良佐約束麾下的兵馬不利，入城時的劫掠並沒有完全消除。雖然馬士英嚴令他必須控制住麾下兵馬，不能再出現類似的情況，但卻是沒有達到預期的效果。
這一點，令劉良佐都很驚詫。麾下的兵馬不知道是怎麼一回事，居然有愈演愈烈的趨勢，從劫掠普通百姓，開始轉向南京城中的豪族、鄉紳。甚至於朝中的大臣。
劉良佐雖然是個武夫，但也知道，這個時候萬萬不能出什麼亂子。派出心腹糾察軍紀，徹查此事，卻是始終沒能得出一個確切的結果，但有一點可以肯定。似乎是有人在暗中推波助瀾，挑唆、慫恿自己的士卒在城中搞出這麼多事情來。
消息送到馬士英手中，馬士英頓時起了警覺，但想要徹底調查清楚，眼下又着實沒有能力。南京初定。朱由崧登基的事情邊讓馬士英焦頭爛額，還要想方設法將自己的弒君的事情一點一點的抹去。實在是殫精竭慮，忙的不亦樂乎。現下哪有時間來調查這樣的事情。
無可奈何之下，馬士英只得拜託盧九德，請京營負責南京城中的治安。但即便是如此，二月初五的晚上，仍是有十餘位大臣家中遭到了洗劫，搶劫財貨不說，還殺死了其中的五位朝臣。
偏偏這十餘人還都是東林一黨中的骨幹成員，如此一來，錢謙益、黃宗羲這些東林首領可是再也無法忍耐了。
凌晨時分，便有千餘名官員和儒生聚集到宮門之外，聲稱要嚴懲劉良佐和肇事兇手。馬士英少不得要四方奔走，好不容易纔將事情給壓了下來。
但東林黨人卻將馬士英和劉良佐視爲了死敵。
轉過天來，京師中發生了數起對抗事件，便是儒生和劉良佐的兵馬起了衝突，手無寸鐵的儒生吃了大虧，被殺的血流成河，兩百多條無辜的生命葬送在劉良佐的刀劍之下。
這樣一來，馬士英便再也無能爲力了，只能眼睜睜的看着南京城中的局面一天比一天糟糕。這時候，他只能頻頻向黃得功、鄭芝龍和左夢庚發出書信，要他們日夜兼程，儘快趕至南京，平息城中的變亂。
但期盼中的援兵沒有到來，卻是得到了一個更加令馬士英崩潰的消息。
朱平安在山東起兵，將朱由崧、馬士英等人列爲叛逆，昭告天下他們的謀逆弒君之舉，山東軍楊廷麟數萬精銳之師開始南下。淮揚、江西、廣東紛紛響應，共推唐王朱聿鍵監國南京，各路人馬紛紛向南直隸一線挺進。
而其中最令人意想不到的是，福建鄭芝龍竟然頃刻間改換了門庭，加入到討逆大軍的行列中，舉兵七萬沿江北上。
山東軍嶽錦峰和仇澤兩部，從睢州一線向左夢庚發動進攻，左夢庚抵擋不住山東軍的炮火，只得退守鹿邑，依靠本身的十餘萬兵馬據城防守。
而楊廷麟所部也進入河南，聯合嶽錦峰和仇澤共擊左夢庚。左夢庚驚恐萬分，不斷向南京馬士英送來求救文書。可如今的馬士英哪有兵力可以派遣。
內憂外患，讓馬士英心力交瘁。
可遠在廬州的黃得功又在這個時候往馬士英的心上狠狠插了一刀。
二月初十的時候，黃得功宣佈起兵反正，與湖廣兵備道黃公輔一同進兵武昌，截斷了左夢庚的歸路。馬士英聞聽，頓時吐血不止。
朱由崧、阮大鋮、劉孔昭等人惶惶不可終日，不約而同的來到府上探望。
衆人相對無言，一片愁雲慘淡。
“咱們是被鄭芝龍給坑了！”馬士英委頓在病榻之上，卻是忽然說了這麼一番話。
衆人爲之一愣。
馬士英卻是接着說道：“現在看來，鄭芝龍是早有圖謀。鄭鴻逵在南京奔走，爲的就是慫恿咱們鋌而走險。鄭芝龍很聰明，他不願單上弒君的罪名，卻將咱們推到了前邊，他坐擁雄兵，正好便在這個時候來收拾殘局。他與朱平安早有勾結，要不然，早前答應的出兵山東，牽制朱平安，爲何雷聲大雨點小。現在又和朱平安一同起兵，輔助朱聿鍵上位。這世間之事，哪有這麼多的巧合之處？”
阮大鋮苦笑一聲，“瑤公，即便是知道了又如何，鄭鴻逵做事滑不留手，咱們卻是沒有抓到他的把柄，現在就算昭告天下，天下百姓誰會相信呢？”
劉孔昭連連點頭，“正是如此，眼下已經是四面楚歌之局，咱們不能坐困愁城，總要想一個法子逃出生天纔是啊！”
朱由崧也不說話，坐在座位上，只是不住的掉眼淚。
馬士英慨然長嘆，“如今還有什麼好法子，黃得功、鄭芝龍相繼背叛，左夢庚自身難保，咱們手中沒有可用之兵，拿什麼來抵禦朱平安和鄭芝龍的大軍？”
“那總不能坐以待斃啊！”阮大鋮憤憤說道。
“倒還有一個法子”，衆人心頭一喜，齊齊的看向馬士英，馬士英皺着眉頭喝完馬鸞遞上來的一碗藥湯，這才接着說道：“姜曰廣和高弘圖都是咱們當初擁立福王時的人馬，當初他們被貶斥到廣西，如今看來倒也不算是壞事，總算有了一塊落腳之地。”
“擁立福王的事情還不算晚，他們也有書信往來，言辭中也是惴惴不安。現在，朱平安等人擁立唐王朱聿鍵，勢必要爲義興帝報仇雪恨，他們也是在劫難逃！”
“瑤公的意思是，咱們去廣西投奔他們？”劉孔昭疑惑的問道。
馬士英攤開雙手，“難道別的還有更好的法子嗎？”
“可這山高路遠，你我都是手無縛雞之力之人，家中也不過有些家將護院而已，這一路上，如何能擺脫重重圍堵追截呢？”阮大鋮面有憂色的說道。
“所以，當下，咱們要找一個人來相助！”
“還有何人肯來相助本王啊！”朱由崧心灰意冷，又是擦了一把眼淚。
“王爺所言差矣，眼下在南京城，還有一人可以幫助咱們，他也非幫不可！”
“誰？”
馬鸞眼睛一亮，“父親所言莫非是指司禮監秉筆，如今執掌京營的盧九德？”
馬士英點點頭，“正是此人！”
“閹宦之人何談信義，如今咱們瀕臨絕境，他能夠不落井下石便是對得起咱們了，怎麼還能指望他以京營之兵跟隨咱們去廣西！”劉孔昭對馬士英的提議不以爲意。
馬士英搖搖頭，“此言差矣，當初擁立福王時，盧九德也是居功非小，一路從洪澤湖護衛福王入南京。諸公可也別忘了，當初潞王是怎麼死的？”
經馬士英提醒，衆人這纔想起那段往事來。京師陷落之後，南京衆臣推選繼位人選，福王和潞王都是其中之一，朝臣們中也有不少人傾向於擁立潞王繼位。
但盧九德卻是當機立斷，星夜趕往洪澤湖武家墩，迎接福王趕赴南京接掌帝位。就在那當天晚上，潞王朱常淓便不明不白的溺死在洪澤湖中，也使得南京朝臣不得不統一意見擁立福王朱由崧登位。
現在想起來，那分明是盧九德在其中做了手腳。要是如此的話，那他絕對不敢再留在南京，等着朱平安等人進城，恐怕這個時候，已經在籌謀退路了！