跨時代的一夜結束了。
當其餘大國反應過來時，才驟然發現，一夜之間木葉的實力竟然大損。
宇智波一族半數離開木葉，最重要的是，連同宇智波斑和宇智波玄兩人也同樣離開了木葉。
三神在短短的一夜間，離開的兩位。
當然，木葉村對外宣稱的是宇智波斑已經死亡，在那場被命名爲“終結谷之戰”的戰鬥中死在千手柱間手下。
至於宇智波玄，沒有任何消息，好像是離奇失蹤了，木葉對此也頗爲遮遮掩掩，讓其他忍村猜測不透。
不過無論如何，木葉村實力大減是不爭的事實，因此在暗地裡，其他忍村產生了一些偷摸的小動作，以此來試探木葉的反應。
讓他們再次跳出來和木葉宣戰，他們還是不敢的，雖然木葉的實力大損，可千手柱間餘威仍在，並非誰都敢去拔虎鬚的。
然而，在木葉中也出現了尷尬的一幕。
根據木葉村的規矩，像這種大規模的叛亂，是一定要定性的，哪怕不發佈通緝令，也要將離開的宇智波一族定位叛忍。
在其中，千手扉間就認爲，因該將宇智波斑和宇智波玄定義爲木葉最大的叛忍，在s級之上再開出新的等級，即所謂的三s級叛忍。
可惜的是他失敗了，原因很簡單，根據木葉建立之初的憲章，斑和玄是最高決策層的成員，無論發生任何事，都無法被剝離最高決策層的身份。
如果連他們身份都無法否定，怎麼可能把他們定義成叛忍。
這樣一來，就讓木葉的高層陷入了一個十分尷尬的境地，在理論上，如果未來的某一天宇智波斑或者宇智波玄回到了木葉，他們的身份依舊是木葉的最高領導層。
因爲在憲章中，他們的身份就不容撼動。
這讓許多長老都咬牙切齒，卻又無可奈何，原因很簡單，唯一能夠改動憲章的千手柱間不同意這件事。
沒有人知道他出於什麼考慮，總之，他保留了這個看似毫無道理的最高決策層體系。
雖然其中的成員只剩他一個。
在這種情況下，其他木葉高層也只能搖頭嘆息，最終只能放棄。
算了，反正現在的這種情況，宇智波斑死了，宇智波玄也不可能回到村子，這個名存實亡的最高決策層是否還存在意義不大。
不過等待第二代火影時，一定不能再讓這個組織出現，就讓初代的最高決策層成爲歷史的塵埃。
無數高層心中如此想到。
木葉的重建仍在繼續，許多事積壓在一起，宇智波半數族人離開絕不止表面上的那些影響。
暗部整個成了空殼，無數絕密資料不翼而飛，那些帶不走的器材以及實驗用具則被砸了個稀巴爛。
除了其他忍族在暗部的忍者外，所有在暗部任職的宇智波族人無一留下。
之後，柱間讓“根”部入主暗部，部長不再由其他任何人擔任，直接由火影本人兼任。
至於原先的“根”，則取消了編制，徹底融入暗部。
然而在暗中，千手扉間並未完全按照自己大哥的命令行事，他仍抽調了一批心腹，將“根”的核心留了下來。
之後，暗部重新開始運作，但這一次，已經徹底的改頭換面，並且原先的一切情報網都不能使用，必須重新開闢，這就等於一切迴歸原點。木葉的情報系統，短時間內成爲了瞎子。
等到村子重建的差不多時候，千手柱間親自帶人去了趟原宇智波北部的信城，那裡是玄起家的地方，即便是木葉建立後也還有相當數量的宇智波族人駐守。
柱間想去看看，宇智波族人是否撤到了這裡，終結谷之戰爆發的太突然了，讓他完全來不及反應。他想見見玄，有很多話他想當面問清楚。
不過當來到信城後，他失望了，仍舊是一座繁華的城市，可所有的宇智波族人都已撤離，連一個影子都無法見到。
不甘心的柱間又親自前往大名府，他記得，大名身邊因該有玄當初留下的親信。
火影來訪，自然得到大名最高規格的接待，在這位金主面前，表面功夫還是要做一下的，於是在陪大名走完了流程後，柱間才表明自己的來意。
答案仍未出乎預料，根據大名的回答，早在半年前，宇智波的族人已經相繼撤離他身邊。
柱間沉默了，呆了兩天後便告辭回了木葉。大名錶示身邊沒有高手保護缺乏安全感，千手柱間也答應他，爲他培養專門的高手隨身保護，被命名爲守護十二士。
……
離開木葉的宇智波就好像人間蒸發了一樣，任由千手柱間怎麼尋找，也無法發現蛛絲馬跡。
再加上暗部剛剛完成重組，情報能力有限，柱間只好把這件事令當做一條長期命令下達，希望有一天能夠發現離開宇智波的蹤跡。
之後，千手柱間便全身心的投入火影的工作中。
在村子重建後不久，有一條喜訊傳出，千手柱間的妻子，漩渦水鈴生下了一個男孩。
整個木葉村因爲這件事喜慶連連，千手一族更是張燈結綵。就連千手柱間的臉上也露出了久違的笑容。
這個孩子被千手柱間取名爲千手滬深。千手扉間更是對這個侄子無比喜愛。
然而，相比於喜慶的木葉村，火之國另一處所在就顯的冷清許多。在一片雲霧繚繞的山谷中，簡陋的村落構架浮現眼前，玄推開一扇門走入，玩笑道：“柱間的兒子出世了，你這個當大伯的不準備送份禮物麼？”....