畢竟對面的人數有那麼多，慢慢的消耗對方的有生力量纔是最實在的辦法，如果急於一時，陷入到對方人數海洋之中，那絕對是划不來的。於是在這樣的情況下，黑田家的進攻進入了一個相對平和的時期，他們對二之丸和本丸只是圍而不攻。被困在其中的本願寺一方經常會組織炮灰出來消耗黑田家的實力，而這個時候就是黑田家水軍部隊展現自己力量的時候，多達三千餘人的水軍，基本上每一次都能夠有一、兩千人的斬獲。
直到在本願寺一方進行了五次這樣的進攻之後，他們自己也受不了如此巨大的傷亡，這才消停了一些，因爲城中的信衆還是有害怕的。
見到沒有人敢從二之丸之中出來，黑田家纔再次開始往前推進，而在三之丸之中，原來給信衆們居住的一些地勢比較高的房屋，被黑田家隨軍工匠們改造成了，向二之丸進攻的前沿陣地！
有黑田家的明國水軍，在這些房屋改裝而成的平臺上，對着二之丸裡面的守軍進行各種遠程射擊，消耗他們的人數和心理防線。
黑田家開始對二之丸進攻的時候，終於在本願寺一方的軍陣之中造成了混亂，而出現混亂的並不是作爲炮灰的普通信衆，而是作爲精銳的僧兵。
當他們將這些普通信衆作爲炮灰的時候，他們口口聲聲說，只要喊着阿彌陀佛，就可以早登極樂，不受這人間之痛苦。
而當他們自己面對死亡的時候，他們的內心開始崩潰了，他們覺得怎麼樣防守最後都是一死，絕對逃不過黑田家的魔爪，所以他們自己做出了像黑田家投降的決定，希望通過這樣的方式能夠保住自己的性命。
但是這些走出二之丸，企圖向黑田家投降的僧兵，沒有一個能夠活着走出石山本願寺，因爲他們自己就沒有逃過黑田家士卒的屠殺。
在這之前小寺氏職已經再次強調過，對石山本願寺一方能夠進行屠殺，就絕對一個不留，他的態度是非常強硬的，因爲在此時還願意留在石山本願寺之中的，就一定是一向宗的虔誠教徒，又或者是核心之人。
對於這些一向宗的虔誠之人，黑田家沒有留着他們的必要，就算他們口中聲稱願意改變自己的信仰，最後也絕對還是保留着對一向宗最虔誠的信仰，這是黑田家所絕對不能夠答應的，也是對黑田家統治的威脅。
也就是說黑田家一方已經斷了本願寺中所有人降伏的可能性，在這種情況下，雖說本願寺一方的組織抵抗肯定會變得更加的強烈。
但是對於小寺氏職來說，能夠完成黑田職高交給他的任務纔是最重要，至於幫黑田職高背鍋，他是願意的。
而且對於本願寺這件事，黑田職高吩咐過一定要做到斬草除根，否則對於這種宗教性質的大名勢力，絕對會春風吹又生。
就這樣兩邊進行着極爲慘烈的拉鋸戰，最後在黑田家三千水軍不斷射擊的幫助下，以付出三千五百人爲代價。最終將石山本願寺城內所有的一向宗之人全部斬殺。而對於像本願寺的本丸，最後甚至使用的是火攻，將本丸抵抗之人全部殘忍燒死。
在進攻的過程中還有個小插曲，有一個黑田家的士卒看到一個剛剛年滿五六歲的孩子，所以本來準備放過他，他多少心中還是有憐憫之心的。
誰知這個孩子在他轉頭的瞬間，用一把小刀對着他的後背插了過去。還好沒有插中要害，而這個士卒最後將這孩子還是給殺掉了。有的時候就算你不想去殺別人，兩邊有着深深的仇恨之下，也不得不做出這樣的事情。
人是極爲複雜的動物，有的時候仇恨這種東西能夠起到非常大的，能讓一個孩子去拿起武器，也能夠讓本來善良的人，對一個孩子使用自己的武器。
整整數萬人的生死，其實還是能夠震動天下的，而同時附帶着的還有小寺氏職這個名字傳遍了天下，之前屠殺一萬一向宗的人馬，或許還是小事，畢竟屠殺這種東西，大名沒有哪個沒幹過，就比如號稱義理的上杉謙信，武田信玄都沒有少做屠殺之事。但是一次性屠殺七、八萬人，這實在是有些讓天下英雄瞠目結舌。
與此同時黑田家這樣的行爲也讓大家看到了，黑田家消滅淨土真宗的決心！而是事實也是如此，淨土真宗的總本山石山御坊真的被黑田家給夷爲平地。
加上之前加賀一向宗已經被母裡隆友剷除，而三河和長島的一向宗，也分別被德川家康和織田信長給幹掉，實際上天下之間的一向宗勢力已經非常的稀少了。
這兩份賀禮對於黑田義隆來說還是非常滿意的，第一個別所家，那是橫亙在黑田家東邊已經數十年的勢力，一直是黑田家的心腹大患。第二個本願寺，又是黑田職高不喜歡，並且強烈要求必須將之消滅掉的勢力。
與此同時，在消滅了石山本願寺之後，終於讓天下也對黑田家刮目相看的一次，原來黑田家之前能夠讓那些豪族、國人降服，已經是非常溫柔的了。
要知道黑田家殺的那可是七、八萬人，七、八萬人是什麼概念？有的大名家整個的人口加在一起還不一定有七、八萬人那麼多，黑田家卻一次把更多人給殺掉了，沒有任何的商量餘地，這是什麼樣的手段，至少黑田家這一次的果決確實已經震懾到了很多人。
在知道這個消息的十天之後，德川家康帶着自己麾下僅剩的一千餘人降服，同時非常艱難的，接受了黑田家所提出來的，非常苛刻的僅僅只給德川家保留一個郡的條件，而在德川家康麾下的大部分武士，並沒有離開德川家，而是接受了以非常低微的年俸，繼續爲德川家康效力的條件，這些三河武士真的是可以被稱爲像狗一樣忠誠的麾下。