六月，天氣轉熱，京師一切照舊。但是二十日這一天，一封來自遼東的請罪奏書在皇城裡激起了不小的波瀾，奏書是出自袁崇煥之手。
毛文龍死了。
事情經過，簡略交代：
二年五月二十五日，袁督師一行從寧遠海上揚帆起航，二十八日，抵達旅順口外四十里的雙島。
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二十九日，袁督師慰問島上官兵，賞賜酒食。當晚，毛文龍從皮島乘船來到雙島，因夜已晚，沒有相見。
六月初一日，東江總兵毛文龍拜謁袁督師，進禮單，設茶飯。袁崇煥拒收禮單，但同意與毛文龍共進茶飯。袁崇煥說：“遼東海外，止我兩人之事，必同心共濟，方可成功。歷險至此，欲商進取大計。”表達了團結毛文龍，希望同心協力、共謀進取大計的願望。
毛文龍說：“某海外八年，屢立微功。因被讒言，糧餉缺乏，少器械馬匹，不能遂心。若錢糧充足，相助成功，亦非難事。”對錢糧器械提出了要求。
袁崇煥告辭時，對毛文龍說：船上不便舉行宴會，需借毛帥帳房，在島岸宴飲。毛文龍應允。
袁崇煥和毛文龍在島岸上宴飲，邊飲邊聊。酒席間，袁督師說：“皇上神聖，與堯、舜、湯、武合爲一君。臣子當勉旃疆場。”稱讚當今萬歲崇禎皇帝聖明，因此，作爲臣子應當盡力國事。
毛文龍怏怏不樂，只說熹宗恩遇之隆，言外之意是並不認同袁崇煥對崇禎皇帝的評價。袁崇煥十分驚訝，但是壓下心頭的不快，又進一步詢問復遼方略。毛文龍答道：“關、寧兵馬俱無用，止用東江二三千人，藏雲隱霧，一把火遂滅了東夷！”直截了當地告訴袁崇煥，你手下的千軍萬馬都沒有用處，有我這兩三千人就夠了。實際上根本沒有把袁崇煥放在眼裡。袁崇煥當然很不高興，但還是把這口氣忍下去了，繼續同毛文龍推心置腹地慢慢交談，一直談到二更天才結束。
初二日，毛文龍請袁崇煥登島。袁崇煥上島後，接受東江官將行禮畢，賞部分兵丁每人銀一兩、米一石、布一匹。毛文龍侍從佩刀環繞，袁督師命他們退下。袁崇煥和毛文龍又秘密交談，三更方散。內容無非還是東江要受朝廷節制，共同爲實現五年復遼目標努力之事。
初三日，毛文龍請袁督師登島赴宴。看來，袁督師前面的努力並未奏效。袁崇煥這次對毛文龍說的話已經比較直接了：“久勞邊塞，杭州西湖，盡有樂地。”毛帥你這些年在邊塞很辛苦了，我勸你回你們老家杭州，那兒風景很好，你養老去吧。話裡有話，綿裡藏針。言外之意就是，你毛文龍要不就接受朝廷節制，要不就辭職回你的老家杭州吧。毛文龍道：“久有此心，但滅了東奴，朝鮮文弱，可襲而有之！”毛文龍顯然不願交出兵權，並不買袁督師的賬。這天夜裡，袁崇煥傳副將汪翥密語，直至二更。
初四日，袁督師頒賞東江官兵3570員，官每員3兩至5兩、兵每名一錢，又將餉銀10萬兩交卸給東江。袁崇煥傳令徐旗鼓、王副將、謝參將敘話。並出行文：旅順以東行毛總兵印信，以西行袁督師印信。又定營制等。袁崇煥又作了一次讓步，他希望達成一個折中協議：旅順以東歸東江總兵毛文龍節制，以西歸袁督師節制。但毛文龍依舊不肯遵依。
初五日，袁督師崇煥傳令：登岸擺圍，較射頒賞。毛文龍來到袁督師帳房，問道：“老大人何日起行？”袁崇煥告訴他第二天就返回，今天要在島上觀兵較射。也就是比賽射箭，優者給賞。毛文龍同意了。謝參將傳號令，命各營兵四面擺圍。毛文龍及其隨行官百餘員，都被繞在圍內，隨行兵丁被截在營外。
袁崇煥問東江各官姓名，都說“姓毛”。毛文龍說：“俱是敝戶小孫。”袁崇煥說：“豈有俱姓毛之理？你們海外勞苦，每名領米一斛，且家口分食，你們受本部院一拜！爲國家出力，自後不愁無餉！”各官感泣叩首。
袁崇煥問文龍曰：“本部院節制四鎮，請嚴海禁，恐天津、登、萊，受腹心之患，今請設東江餉部，錢糧由寧遠達東江，亦無不便。昨與貴鎮相商，必欲取道登、萊，又議移鎮、定營制，分旅順東西節制，並設道廳，稽兵馬錢糧，俱不見允。豈國家費許多錢糧，終置無用？本部院披瀝肝膽，與你談了三日，望你回頭是岸，那曉得你狼子野心，一片欺誆，目中無本部院猶可，方今聖天子英武天縱，國法豈能相容！”袁崇煥要立斬東江總兵毛文龍。
袁督師西向叩頭請皇命，拿下文龍，剝去冠裳。毛文龍尚倔強，不肯就縛。袁督師又云：“你道本部院是個書生？本部院乃是朝廷一員大將，你這毛文龍有應斬十二罪。”袁督師宣佈毛文龍的十二條罪狀是：
第一，兵戎重任，祖制非五府官不領兵，即專征於外，必請文臣爲監。文龍夜郎自雄，專制一方。九年以來，兵馬錢糧，不受經、撫管核，專恣孰甚！一當斬！
第二，文龍自開鎮來，一切奏報，有一事一語覈實否？捕零夷，殺降夷，殺難民，全無征戰，卻報首功。劉興祚忠順奔來，止二十餘人，而曰率數百衆，當陣捉降，欺誑孰甚！二當斬！
第三，文龍剛愎撒潑，無人臣禮。前後章疏，具在御前。近且有“牧馬登州，取南京如反掌”等語。據登萊道申報，豈堪聽聞？大臣不道，三當斬！
第四，文龍總兵以來，每歲餉銀數十萬，無分毫給兵，每月止散米三鬥五升，侵盜邊海錢糧，四當斬！
第五，皮島自開馬市，私通外夷。五當斬！
第六，命姓賜氏，即朝廷不多行。文龍部下官兵，毛其姓者數千人。且以總兵而給副、參、遊、守之札，不下千人。其走使、輿臺，俱參、遊名色，褻朝廷名器，樹自己爪牙，犯上無等。六當斬！
第七，由寧遠回，即劫掠商人洪秀、方奉等，取其銀九百兩，沒其貨，奪其舡，仍禁其人，恬不爲怪。積歲所爲，劫贓無算，躬爲盜賊。七當斬！
第八，收部將之女爲妾，凡民間婦女有姿色者，俱設法致之，或收不復出，或旋入旋出。身爲不法，故官丁效尤，俱以虜掠財貨、子女爲常，好色誨淫，八當斬！
第九，人命關天。文龍拘錮難民，不令一人渡海，日給之米一碗，令往夷地掘參，遭夷屠殺無算。其畏死不肯往者，聽其餓死島中，皮島白骨如山。草菅人命，九當斬！
第十，疏請內臣出鎮，用其腹爪陳汝明、孟斌、周顯謨等，輦金長安，拜魏忠賢爲父，繪冕旒像於島中。至今陳汝明等一夥，仍盤踞京中。皇上登極之賞，俱留費都門，是何緣故？交結近侍，十當斬！
第十一，奴酋攻破鐵山，殺遼人無算。文龍逃竄皮島，且掩敗爲功。十一當斬！
第十二，開鎮八年，不能復遼東寸土，觀望養寇，十二當斬！
督師袁崇煥歷數毛文龍十二大罪狀後，毛文龍神喪氣奪，口不能言，惟叩頭求生。袁督師嚴厲地說：“爾不知國法久了，若不殺爾，東江一塊土，非皇上有也！”然後問東江各官等道：“文龍罪狀明否？”各官唯唯，沒人敢說話。又問衆兵，同樣也唯唯無辭。只有幾個毛文龍門下私人，稱其數年勞苦。袁崇煥厲聲斥責說：“毛文龍，不過就是一個匹夫罷了！因他守衛邊疆，官至都督，滿門封蔭，酬勞足夠了吧？他竟然敢欺騙朝廷，無法無天！我們要五年平奴，就要奉行列祖列宗制定的國法，今日不斬文龍，何以懲後？皇上賜給我尚方寶劍，正是這個原因。”這些人嚇得唯唯諾諾，不敢仰視。
袁督師叩頭請旨道：“臣今誅文龍，以肅軍政。鎮將中再有如文龍者，亦以是法誅之。”又說：“臣五年不能平奴，求皇上亦以誅文龍者誅臣！”袁督師宣諭後，立即取下尚方劍，令水營都司趙不忮、何麟圖監斬，令旗牌官張國柄執尚方劍，斬毛文龍於帳前。這時毛文龍的兵將在帳外洶洶，但袁崇煥軍威嚴肅，且事出意外，這些兵將還不敢挑起正面衝突。
袁崇煥計斬毛文龍後，命將毛文龍的遺體，裝棺安葬。
袁崇煥親自到毛文龍靈柩前拜祭，祭奠其亡靈。祭詞雲：“昨日斬爾，乃朝廷大法；今日祭爾，乃僚友私情。”遂下淚祭拜。
只殺毛文龍一人，其餘不問，照舊任職。這樣就穩住了東江的局勢。皮島的副、參、遊、都、守等官員，不下千員，既多又濫。如旅順參將毛永義所管3600員名，經過袁崇煥親自點核，能爲兵者，不過千人。因此，對毛文龍的部衆，進行覈查整編。分東江官兵爲四協：用毛文龍之子承祚管一協，用旗鼓徐敷奏管一協，另二協由東江各官舉遊擊劉興祚、副將陳繼盛二員分管。將毛文龍的印與劍、以及東江的事權，令副將陳繼盛代管。
分賞東江官兵。將帶來餉銀10萬兩，分給各島官兵。安撫各島軍民，釋放獄中無辜。袁督師覈查，毛文龍雖曾經誇口說有衆數十萬，其實官兵不過2萬人，不需設一“贅帥”，因此上疏請求皇上，應停此缺，“省糜費而杜隱憂”。
移諮朝鮮國王。向朝鮮國王李倧，通報此事。立即奏報皇上。
袁督師處理完東江事後，於五月初九日，揚帆回航寧遠。