神農退位，軒轅登基
軒轅氏的名聲越來越大，引起了神農的注意，神農還特招軒轅進陳郡一同商討人族大事。軒轅進了陳郡，神農發現軒轅此人聰慧能幹，遠勝當年的自己，所以特意提拔軒轅，讓其學會如果治理人族大事。經過了幾年的培養，軒轅越發的成熟，神農看可託付大事與軒轅，特令軒轅代理人族事物，而神農自己卻在茅屋中將他多年對醫理的感悟，以及各種其難雜症的配方都寫道了裡面，繪製成了一本《神農百草經》。神農總感覺有什麼不對的地方，可就是沒有發覺，此時楊道塵一現身，將一團青光打入了神農體內，神農頓時明悟了前因後果，對着楊道塵拜道“弟子玄龜拜見師尊，祝師尊聖壽無疆”“起來吧，如今你以明悟前世因果，如今你不叫玄龜，而是神農，乃是人族共主”“是”話音剛落神農有接着說道“師尊，您看軒轅可否當得人族共主？”“公孫軒轅乃是下任的人皇，怎會當不得，如今你以明悟，又爲人族留下了《神農百草經》，對人族的貢獻之大，即可證得那地皇道果”“原來如此，弟子明白了”神農說完，楊道塵也消失在虛空當中，神農也閉關養神，不言不語。
神農知道軒轅是下任的人族共主，其又有過人的天資和聲望，於是神農請軒轅進了議事大殿，各自就座之後方對軒轅道：“吾自得位於伏羲聖皇之後已有數十載，這些年來吾戰戰兢兢，不敢有絲毫差池，惟恐弱了我人族，如今終於不負聖父所望，人族在我手中總算一路走了過來。只是吾如今年事已老，對族中事務有心無力，軒轅，你乃德才兼備之人，吾欲將共主之位傳與你。”軒轅聞言忙站起身來道：“軒轅何德何能，豈敢成爲共主？”神農搖搖頭道：“軒轅，你不必妄自菲薄，你之能吾知，望你以我人族大業爲重，莫要推辭！”軒轅聞言點頭嚴肅地說道：“既是如此。軒轅定不負共主之望！”一個月之後，到了神農證道的日子，陳都也是擠滿了人，高臺上供奉着聖母女媧娘娘，聖父道塵天尊以及人教教主太上老君，神農和軒轅站在高臺之上。此時一聲鐘響，衆人頓時安靜了下來，靜靜地等待着神農說話。未幾，只見自三十三天之上飛來一輛九龍御輦，御輦上正端坐着天皇伏羲，他的左手邊站立着人教弟子玄都大法師。御輦穩穩地停在了衆人眼前，衆人見是伏羲親來，紛紛拜倒歡呼不已。伏羲呵呵笑道：“這些年來倒是有勞皇弟了，如今皇弟證道真是可喜可賀啊！”隨即玄都大法師躬身行了個禮，然後從袖中取出太清符詔，展了開來，神農見狀忙領着衆人拜倒於地，恭聽太清法旨。只見玄都大法師念道：“太清太上道德天尊敕令：人族共主姜氏神農，自爲人皇以來大治天下，務利之已矣，不望其報；不貪天下之財，而天下共富之；不以其智能自貴於人，而天下共尊之。今可得道，飛昇火雲宮，當歷無量量劫不滅！另着人族公孫軒轅繼位。”
神農拜了九拜，雙手接過太清符詔，拉着軒轅登上了高臺，拈香祭拜了三尊聖像，隨後轉身高聲說道：“神農自成爲共主以來不敢有絲毫懈怠，天幸如今下任共主已出，神農也可放心離去，今日神農禪位，天下共知！”言罷從袖中取出人皇至寶崆峒印，又摘下頭上的九龍星辰冠，捧着來到軒轅面前，表情嚴肅地說道：“軒轅，今日我把人族的未來交到你的手中，你定要將我人族帶領壯大，莫要辜負了聖父期望！”軒轅戴上九龍星辰冠，雙手接過崆峒印，高舉過頭，轉身來到三尊聖像前，跪倒在地，高聲道：“公孫軒轅今日接掌大位，必不辜負教主與聖母聖父期望！天佑我人族！”這時只見一股澎湃的王者之氣從崆峒印中爆發出來，五條九爪金龍在陳都上空飛舞盤旋，吟嘯連連，天降無量功德，有一成落在了多寶道人身上，卻是天道有感多寶道人教導之功，以示獎勵。功德臨體，多寶道人感覺對於大道的體悟越發的清晰了起來。半成爲人教教主太上老君所得，其餘落在神農身上，神農頓時爆發出五彩霞光，照亮了整個陳都，天音鳴唱，無邊金蓮涌起，神農道行一路飆升至大羅金仙頂峰，瞬間證得了地皇道果！神農上了九龍御輦，對軒轅說道：“皇弟，從此人族就交給你了，吾去也！”隨即與伏羲大笑着乘九龍御輦而去，到火雲宮去了。
自此，軒轅接受人族共主之位，只是軒轅出生之時，正逢魔星降世，北斗衝七煞，自身沾染殺氣，出生以來好武成風，不像前兩代人皇一般以仁義治天下，且此時洪荒之中部落林立，人族四分五裂一盤散沙，軒轅身負一統人族的大任，註定要在將來掀起一場腥風血雨。人族有一部落名喚九黎，部落中人大多是巫族和人族所生，天生好戰，體能強盛，部落之中有一人名叫蚩尤，蚩尤天生神力，少時就以力大聞名於族中，東夷人好戰，故而九黎族也不例外。每次在族中的比武中蚩尤都大獲全勝，且其爲人豪爽異常，那些戰士因其武勇，故而對他言聽計從，小小年紀就在族中的威望甚高，族長看後心中興奮不已，暗歎九黎族終於有了傳人！。蚩尤天生便有大神通，更爲讓族人敬重的是他肉體極具強悍，莫說尋常的刀刃，即便是神兵利器也無法在他身上留下一絲一毫的痕跡，皆謂爲天人也！在多年的打獵廝殺中，巫族血脈覺醒，成了巫族新生的大巫，蚩尤巫族血脈覺醒之後，想到遠古時期巫族的榮光，不願看到巫族被弱小的人族統治就此落寞，便開始行走洪荒，尋找那些覺醒了巫族血脈之人。一時間，還真被他找到了不少。共八十一人，蚩尤與他們結拜成兄弟，蚩尤也知道天道之下，人族當興，但是卻不惜看到人族騎在巫族的頭上，苦思之下，決定以九黎部落爲根基，統一人族。借人族的汽運重興巫族，此乃人族內戰，想來那些聖人也不好拉下面皮來拍死自己。打定主意之後，蚩尤全力發展九黎部落，發明了長弓，長矛等武器，傳授巫法。改善族人體質等等。