劉裕入主建康的首要任務不是追擊桓玄，而是鞏固自己在建康的地位，畢竟桓玄大勢已去，不可能再有東山再起的機會，抓着了，是錦上添花，抓不着，也無傷大雅。
而且衛風擺明了是要奪取荊江二州，雖然劉裕很不樂意上游掌握在衛風手裡，但人家有實力，大破魏軍也令劉裕心存忌憚，因此他並不願意在陣腳未穩時過早與衛風發生衝突，更何況放走桓玄也不是一點用都沒有，桓氏在荊襄經營數十年，衛風想得到荊州，總不能輕輕鬆鬆，說不定還能磕掉大門牙呢！
桓玄主政時，事無鉅細，親歷親爲，追求完美，自然也要求臣下不得有一絲缺陷，在給他的奏章中，即便是發現一個錯別字，最起碼也要罷官撤職，根本談不上量才錄用，而劉裕一改桓玄弊端，他不干涉政令革新，秉承用人不疑，疑人不用的指導方針，並把政事完全託付給了劉穆之，除此之外，還一力籠絡高門甲族。
籠綴高門甲族離不開王謝，對於衛風倚重的王凝之與謝混一系，劉裕只維持着表面上的客氣，因爲他清楚在衛風垮臺之前，這二系不可能爲他所用，關鍵是衛風與這兩系糾纏的太深了，謝混把兩個寶貝女兒都許給了衛風，劉裕還能如何？
劉裕重用的是王導的直系，即曾給桓玄奉上璽綬的王謐，王謐當初也曾救過他一命，另一系則是謝重。即與謝混、謝道韞不大對眼的謝氏旁支，並把年僅十四歲的謝晦任爲了孟昶的中兵參軍。
只不過，劉裕雖無心追擊桓玄，劉毅卻立功心切，在劉裕入主建康的第十天，即五月十日，劉毅找到了劉裕，說道：“德輿兄，如今建康初定，但桓玄仍未伏誅。故毅請領水軍攻打桓玄。必將生擒此獠，迎主上回鎮建康！”
“這....”劉裕有了片刻的遲疑，只是拿不出正當的理由拒絕，在看了看劉穆之。劉穆之略一點頭之後。便道：“好。既然希樂有心，就讓無忌隨你同去，你若取下荊江。二州刺史可擇其一！”
劉毅心頭大喜，鄭重施了一禮：“請德輿兄放心便是，毅這就去做準備，爭取十日內啓行。”說完，疾步向外走去。
目送着劉毅的背影漸漸遠離，劉穆之捋須微微笑道：“將軍，劉毅自視頗高，將來或有可能與您生出爭端，讓他去上游，與衛將軍爭奪荊江二州倒也不錯，劉毅雖未必是衛將軍敵手，卻可使我北府軍與衛將軍結下仇怨，若是劉毅被衛將斬落馬下，呵呵~~至少可以抵消掉衛將軍對京口的援手之德啊！”
“哈哈哈哈~~”劉裕禁不住的捋須長笑！
劉毅與何無忌於十日後領水軍萬人追擊桓玄，而桓玄在荊州還是有些根基的，竟然也糾集了近五萬的水軍反撲劉毅，他害怕的只是衛風與劉裕，對於劉毅還未放在眼裡，兩軍於崢嶸洲（今湖北黃岡西北長江中的沙洲）相遇。
放眼望去，桓玄一方有近千條船，還有數條樓船，而北府軍由於原來的水軍已被打散，同時水軍不像步卒那般說召集就能召集，最起碼水手要一個個的找來，船隻也要一艘艘調集，所以劉毅才需要花費十天的時間。
可縱是如此，也只收集到百來艘艨艟鬥艦，人數只有萬人，面對着對面那浩浩蕩蕩的艦隊，劉毅的心裡有些發怵，遲遲沒法下達進攻的命令。
何無忌不禁冷冷笑道：“希樂，桓玄虛有其表，此人志大才疏，膽怯如雞，烏合雖衆，不足一掃，你看，他在大艦旁系有小舟，已便敗時逃循，如此怯弱，三軍誰肯用命？兩軍決戰，勝負之間，盡在主將雄怯與否，漢光武破昆陽，魏武克官渡，皆是以寡制衆，彼能行之，你我何不可？”
劉毅細細一看，果然如此，於是放下心來，大喝道：“今日便是我等大破桓玄之機，檑鼓！”
當時的水軍戰法主要有三種，一是戰船衝撞，利用已方堅船衝擊敵舟要害部位，如劃過舷側斷其長楫，衝撞船尾破其舵室，或攔腰撞其鬥樓，毀其弩窗、矛穴，使敵船喪失部分戰力，二是當狹路相交，舟楫相逢時，須以樓船士跳幫接舷作戰，三則爲火攻，但火攻不可輕用，須與天時地利緊密結合起來。
而且水軍的軍紀極爲嚴苛，甚至連騎兵都遠遠及不上，因爲水戰動輒舟楫數千，稍有不慎便會引發混亂，所以軍士、船工、舵手須分工明確，各就其位，戰船行進調度須有嚴格規定管理。
檑鼓一通，吏士皆嚴，檑鼓二通，伍什皆就船整持櫓棹，軍士各持兵器就船，各當其所，幢帆旗鼓各隨將所載船，鼓三通鳴，大小戰船以次發，左不得至右，右不得至左，前後不得易，違令者斬！
“咚咚咚~~”第一通鼓重重檑響，北府軍將士均是面色沉凝，一股凜然煞氣正在蘊釀當中，第二通鼓響，船面上的戰士各就各位，把兵器牢牢握在了手裡，第三通鼓響，猛然間，近百條船運槳如飛，向着上游直衝而去！
桓玄心頭大駭，驚呼道：“想不到劉毅也是一員勇將啊，朕小瞧了他，朕不該輕身犯險，速退速退！”
卞範之立刻勸道：“陛下，退不得啊，一退全軍必亂！”
桓玄不悅道：“朕爲九五至尊，怎可置身於險地？你究竟存的什麼心思？”
卞範之立時閉上了嘴巴，一絲苦澀升上了心頭，桓玄和他父親桓溫相比，一絲一豪的英雄氣概都沒繼承到，反而各種惡習纏身，甚至卞範之都懷疑，桓玄是不是桓溫的種？桓溫另五子，桓熙、桓濟、桓歆、桓禕、桓偉，雖然談不上雄才大略，也沒有桓溫那氣吞萬里的氣魄，卻還算勉強識得大體，面對敵人時也輕易不會膽怯，卞範之敢肯定，換了桓溫五子中的任何一子立國，絕不會被劉寄奴趁虛而入！
“哎~~”卞範之重重嘆了口氣，他明白，這一退，必然是全軍潰敗的結果，即使退回江陵也沒用，自己必然是抄家滅族的下場，可是身爲桓玄的首席謀主，衛風或是劉裕會饒過他嗎？
隨着桓玄的命令下達，大小船隻紛紛搶着調頭，但在江上哪有那麼容易？大江中游與下游還不同，最多隻有三四里的寬度，全軍很快就騷亂起來，特別桓玄乘坐的是樓船，在調頭過程中竟撞翻了數條身邊的戰艦！
劉毅與何無忌均是目瞪口呆，好半天，劉毅才大喜道：“桓玄不戰自潰，此天助我也，擒獲桓玄就在今日！”
“哈哈哈哈~~”何無忌也是大笑出聲。
笑聲還未落下，桅杆上負責瞭望的水手卻急聲道：“劉將軍、何將軍，後面有船來了！”
劉毅與何無忌伸長脖子向後看去，約十數裡開外，隱隱約約有一支艦隊正疾駛而來，待近了些，可以看清有一百來條，其中領頭船隻的長達四十丈，三根粗大的主桅直刺天際，更令人不敢置信的是，速度還奇快無比！
劉毅與何無忌均是現出了駭然之色，他們敢肯定，這絕不是北府軍的船隻，劉毅大聲喚道：“快打旗語，詢問對方來路！”
桅杆上的瞭望手趕忙揮出了各色旗幟，只不過，對方並無反應，還在全速開來！
劉毅有些不安的問道：“眼見就能擒獲桓玄，可這當口....無忌，你說該如何是好？”
何無忌不假思索道：“桓玄大勢已去，縱使讓他逃回江陵不過是多活幾日罷了，但後方來船輕忽不得！”
劉毅點了點頭，又喚道：“暫停追擊桓玄，準備迎戰！”
由於北府軍的船隻均是船頭向上，把屁股暴露給了下游來船，這在水戰中是極其不利的，卻沒辦法，沒人有把握能在這短短的時間內調轉船頭，只得倒劃大槳，使船隻懸停住，弓箭手紛紛擠上船隻後部，緊張的看着來船。
使北府軍如臨大敵的，正是茱麗婭率領的艦隊，這時的茱麗婭站在望樓上，一副意氣風發的模樣，但還是有些小小的不滿意，因爲船帆換了，把軟帆換成了硬帆，使得見慣了軟帆的她有種不協調感，只是硬帆造價便宜，結實耐用，在內河與沿海航行的速度並不慢於軟帆，因此這一次遠征的艦隊用的全是硬帆。
在茱麗婭身邊，站着陳少女與劉興男，劉興男想去京口探視下臧愛親與劉裕，所以跟着茱麗婭一起了，然而，她遲了一步，臧愛親已被劉裕接去了建康，雖然建康也順路，但劉興男想了想還是沒上岸，因爲劉裕已不再是北府軍的小將了，而是手握建康軍政大權，她擔心上了岸被劉裕捉去聯姻，這可不得不防。
劉興男幽幽嘆了口氣，無奈道：“還不知是北府軍哪位將軍呢，說不定興男就認識他。”
陳少女卻提議道：“興男，你不如去船艙裡避一避罷，如果真是你認識的人，見了面也不好說話。”
劉興男點點頭道：“那好吧！”說着，向艙內走去。